seq1 = pF1KE4586.tfa, 2670 bp
seq2 = pF1KE4586/gi568815594f_6177456.tfa (gi568815594f:6177456_6402465), 225010 bp

>pF1KE4586 2670
>gi568815594f:6177456_6402465 (Chr4)

1-232  (100001-100232)   100% ->
233-315  (109638-109720)   100% ->
316-460  (111532-111676)   100% ->
461-631  (113742-113912)   100% ->
632-712  (114462-114542)   100% ->
713-861  (117586-117734)   100% ->
862-2670  (123202-125010)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCCAACACTGCTCCGCTGGGCCCCTCCTGCCCACAGCCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCCAACACTGCTCCGCTGGGCCCCTCCTGCCCACAGCCCCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCACCGCAGCCCCAGGCGCGTTCCCGACTCAATGCCACAGCCTCGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCACCGCAGCCCCAGGCGCGTTCCCGACTCAATGCCACAGCCTCGTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGGAGAGGAGCGAAAGGCCCCGAGCACCCGGACCCCAGGCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGGAGAGGAGCGAAAGGCCCCGAGCACCCGGACCCCAGGCTGGCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCCTGGTGTTAGAGACGCAGCGGCCCCCGCTGAACCCCAGGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCCTGGTGTTAGAGACGCAGCGGCCCCCGCTGAACCCCAGGCCCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACCAGGAGCCGGGAAAGAGCAGACGGCACCG         GGCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100201 TACCAGGAGCCGGGAAAGAGCAGACGGCACCGGTA...AAGGGCCTACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGAGACATGGAAATCCCCTTTGAAGAAGTCCTGGAGAGGGCCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109647 AGGGAGACATGGAAATCCCCTTTGAAGAAGTCCTGGAGAGGGCCAAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGGACCCCAAGGCACAGACTGAG         GTGGGGAAGCACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109697 GGGGACCCCAAGGCACAGACTGAGGTG...CAGGTGGGGAAGCACTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGTTGGCCGGCGACACGGATGAAGAACTCAACAGCTGCACCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111549 GCAGTTGGCCGGCGACACGGATGAAGAACTCAACAGCTGCACCGCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTGGCTGGTCCTCGCCGCGAAGCAGGGCCGTCGCGAGGCTGTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111599 ACTGGCTGGTCCTCGCCGCGAAGCAGGGCCGTCGCGAGGCTGTGAAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTCGCCGGTGCTTGGCGGACAGAAGAG         GCATCACGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111649 CTTCGCCGGTGCTTGGCGGACAGAAGAGGTG...CAGGCATCACGTCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAACGAACGGGAGGTGAGGCAGCTCTCCTCCGAGACCGACCTGGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113755 GAACGAACGGGAGGTGAGGCAGCTCTCCTCCGAGACCGACCTGGAGAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGTGCGCAAGGCAGCCCTGGTCATGTACTGGAAGCTCAACCCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113805 CCGTGCGCAAGGCAGCCCTGGTCATGTACTGGAAGCTCAACCCCAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGAAGCAGGTGGCCGTGGCGGAGCTGCTGGAGAATGTCGGCCAGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113855 AAGAAGCAGGTGGCCGTGGCGGAGCTGCTGGAGAATGTCGGCCAGGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGAGCACG         ATGGAGGGGCGCAGCCAGGCCCCGTGCCCAAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113905 CGAGCACGGTG...CAGATGGAGGGGCGCAGCCAGGCCCCGTGCCCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCTGCAGAAGCAGAGGCGCATGCTGGAGCGCCTGGTCAGCAGCGAGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114495 CCCTGCAGAAGCAGAGGCGCATGCTGGAGCGCCTGGTCAGCAGCGAGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713        CCAAGAACTACATCGCGCTGGATGACTTTGTGGAGATCACTAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114545 G...CAGCCAAGAACTACATCGCGCTGGATGACTTTGTGGAGATCACTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAGTACGCCAAGGGCGTCATCCCCAGCAGCCTGTTCCTGCAGGACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117629 GAAGTACGCCAAGGGCGTCATCCCCAGCAGCCTGTTCCTGCAGGACGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGATGATGACGAGCTGGCGGGGAAGAGCCCTGAGGACCTGCCACTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117679 AAGATGATGACGAGCTGGCGGGGAAGAGCCCTGAGGACCTGCCACTGCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGAAG         GTGGTCAAGTACCCCCTGCACGCCATCATGGAGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117729 CTGAAGGTG...CAGGTGGTCAAGTACCCCCTGCACGCCATCATGGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAGGAGTACCTGATTGACATGGCCTCCAGGGCAGGCATGCACTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123237 CAAGGAGTACCTGATTGACATGGCCTCCAGGGCAGGCATGCACTGGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCACCATCATCCCCACGCACCACATCAACGCGCTCATCTTCTTCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123287 CCACCATCATCCCCACGCACCACATCAACGCGCTCATCTTCTTCTTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTCAGCAACCTCACCATCGACTTCTTCGCCTTCTTCATCCCGCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123337 GTCAGCAACCTCACCATCGACTTCTTCGCCTTCTTCATCCCGCTGGTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTCTACCTGTCCTTCATCTCCATGGTGATCTGCACCCTCAAGGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123387 CTTCTACCTGTCCTTCATCTCCATGGTGATCTGCACCCTCAAGGTGTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGACAGCAAGGCCTGGGAGAACTTCCGCACCCTCACCGACCTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123437 AGGACAGCAAGGCCTGGGAGAACTTCCGCACCCTCACCGACCTGCTGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CGCTTCGAGCCCAACCTGGATGTGGAGCAGGCCGAGGTCAACTTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123487 CGCTTCGAGCCCAACCTGGATGTGGAGCAGGCCGAGGTCAACTTCGGCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAACCACCTGGAGCCCTATGCCCATTTCCTGCTCTCTGTCTTCTTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123537 GAACCACCTGGAGCCCTATGCCCATTTCCTGCTCTCTGTCTTCTTCGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCTTCTCCTTCCCCATCGCCAGCAAGGACTGCATCCCCTGCTCGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123587 TCTTCTCCTTCCCCATCGCCAGCAAGGACTGCATCCCCTGCTCGGAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCTGTCATCACCGGCTTCTTTACCGTGACCAGCTACCTGAGCCTGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123637 GCTGTCATCACCGGCTTCTTTACCGTGACCAGCTACCTGAGCCTGAGCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCATGCAGAGCCCTACACGCGCAGGGCCCTGGCCACCGAGGTCACCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123687 CCATGCAGAGCCCTACACGCGCAGGGCCCTGGCCACCGAGGTCACCGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GCCTGCTATCGCTGCTGCCCTCCATGCCCTTGAATTGGCCCTACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123737 GCCTGCTATCGCTGCTGCCCTCCATGCCCTTGAATTGGCCCTACCTGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GTCCTTGGCCAGACCTTCATCACCGTGCCTGTCGGCCACCTGGTCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123787 GTCCTTGGCCAGACCTTCATCACCGTGCCTGTCGGCCACCTGGTCGTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAACGTCAGCGTCCCGTGCCTGCTCTATGTCTACCTGCTCTATCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123837 CAACGTCAGCGTCCCGTGCCTGCTCTATGTCTACCTGCTCTATCTCTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TCCGCATGGCACAGCTGAGGAATTTCAAGGGCACCTACTGCTACCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123887 TCCGCATGGCACAGCTGAGGAATTTCAAGGGCACCTACTGCTACCTTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CCCTACCTGGTGTGCTTCATGTGGTGTGAGCTCTCCGTGGTCATCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123937 CCCTACCTGGTGTGCTTCATGTGGTGTGAGCTCTCCGTGGTCATCCTGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GGAGTCCACCGGCCTGGGGCTGCTCCGCGCCTCCATCGGCTACTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123987 GGAGTCCACCGGCCTGGGGCTGCTCCGCGCCTCCATCGGCTACTTCCTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TCCTCTTTGCCCTCCCCATCCTGGTGGCCGGCCTGGCCCTGGTGGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124037 TCCTCTTTGCCCTCCCCATCCTGGTGGCCGGCCTGGCCCTGGTGGGCGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CTGCAGTTCGCCCGGTGGTTCACGTCTCTGGAGCTCACCAAGATCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124087 CTGCAGTTCGCCCGGTGGTTCACGTCTCTGGAGCTCACCAAGATCGCAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CACCGTGGCGGTCTGTAGTGTGCCCCTGCTGTTGCGCTGGTGGACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124137 CACCGTGGCGGTCTGTAGTGTGCCCCTGCTGTTGCGCTGGTGGACCAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CCAGCTTCTCTGTGGTGGGGATGGTGAAGTCCCTGACGCGGAGCTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124187 CCAGCTTCTCTGTGGTGGGGATGGTGAAGTCCCTGACGCGGAGCTCCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GTCAAGCTCATCCTGGTGTGGCTCACGGCCATCGTGCTGTTCTGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124237 GTCAAGCTCATCCTGGTGTGGCTCACGGCCATCGTGCTGTTCTGCTGGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CTATGTGTACCGCTCAGAGGGCATGAAGGTCTACAACTCCACACTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124287 CTATGTGTACCGCTCAGAGGGCATGAAGGTCTACAACTCCACACTGACCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 GGCAGCAGTATGGTGCGCTGTGCGGGCCACGCGCCTGGAAGGAGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124337 GGCAGCAGTATGGTGCGCTGTGCGGGCCACGCGCCTGGAAGGAGACCAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 ATGGCGCGCACCCAGATCCTCTGCAGCCACCTGGAGGGCCACAGGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124387 ATGGCGCGCACCCAGATCCTCTGCAGCCACCTGGAGGGCCACAGGGTCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 GTGGACCGGCCGCTTCAAGTACGTCCGCGTGACTGACATCGACAACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124437 GTGGACCGGCCGCTTCAAGTACGTCCGCGTGACTGACATCGACAACAGCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 CCGAGTCTGCCATCAACATGCTCCCGTTCTTCATCGGCGACTGGATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124487 CCGAGTCTGCCATCAACATGCTCCCGTTCTTCATCGGCGACTGGATGCGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 TGCCTCTACGGCGAGGCCTACCCTGCCTGCAGCCCTGGCAACACCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124537 TGCCTCTACGGCGAGGCCTACCCTGCCTGCAGCCCTGGCAACACCTCCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 GGCCGAGGAGGAGCTCTGTCGCCTTAAGCTGCTGGCCAAGCACCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124587 GGCCGAGGAGGAGCTCTGTCGCCTTAAGCTGCTGGCCAAGCACCCCTGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 ACATCAAGAAGTTCGACCGCTACAAGTTTGAGATTACCGTGGGCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124637 ACATCAAGAAGTTCGACCGCTACAAGTTTGAGATTACCGTGGGCATGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 TTCAGCAGCGGCGCTGACGGCTCGCGCAGCCGCGAGGAGGACGACGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124687 TTCAGCAGCGGCGCTGACGGCTCGCGCAGCCGCGAGGAGGACGACGTCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 CAAGGACATCGTGCTGCGGGCCAGCAGCGAGTTCAAGAGCGTGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124737 CAAGGACATCGTGCTGCGGGCCAGCAGCGAGTTCAAGAGCGTGCTGCTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2447 GCCTGCGCCAGGGCAGCCTCATCGAGTTCAGCACCATCCTGGAGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124787 GCCTGCGCCAGGGCAGCCTCATCGAGTTCAGCACCATCCTGGAGGGCCGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2497 CTGGGCAGCAAGTGGCCTGTCTTCGAGCTCAAGGCCATCAGCTGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124837 CTGGGCAGCAAGTGGCCTGTCTTCGAGCTCAAGGCCATCAGCTGCCTCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2547 CTGCATGGCCCAGCTCTCACCCACCAGGCGGCACGTGAAGATCGAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124887 CTGCATGGCCCAGCTCTCACCCACCAGGCGGCACGTGAAGATCGAGCACG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2597 ACTGGCGCAGCACCGTGCATGGCGCCGTGAAGTTCGCCTTCGACTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124937 ACTGGCGCAGCACCGTGCATGGCGCCGTGAAGTTCGCCTTCGACTTCTTT

   2700     .    :    .    :
   2647 TTCTTCCCATTCCTGTCGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||
 124987 TTCTTCCCATTCCTGTCGGCGGCC