seq1 = pF1KE4584.tfa, 2559 bp
seq2 = pF1KE4584/gi568815594f_525627.tfa (gi568815594f:525627_770104), 244478 bp

>pF1KE4584 2559
>gi568815594f:525627_770104 (Chr4)

1-468  (100001-100468)   100% ->
469-621  (109051-109203)   100% ->
622-711  (110254-110343)   100% ->
712-852  (128226-128366)   100% ->
853-927  (128454-128528)   100% ->
928-992  (129198-129262)   98% ->
993-1059  (130314-130380)   100% ->
1060-1107  (130619-130666)   100% ->
1108-1257  (131248-131397)   100% ->
1258-1401  (131725-131868)   100% ->
1402-1467  (133326-133391)   100% ->
1468-1614  (134841-134987)   100% ->
1615-1722  (136508-136615)   100% ->
1723-1832  (136883-136992)   100% ->
1833-1920  (137474-137561)   100% ->
1921-2021  (138144-138244)   99% ->
2022-2129  (138488-138595)   100% ->
2130-2193  (139255-139318)   100% ->
2194-2268  (139629-139703)   100% ->
2269-2355  (140905-140992)   97% ->
2356-2503  (142233-142380)   100% ->
2504-2559  (144423-144478)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTCAGTGAGGAGCAGGCCCGGAGCTTTCTGGACCAGAACCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTCAGTGAGGAGCAGGCCCGGAGCTTTCTGGACCAGAACCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTTGCCCGCCAGTACTTTGGGAAGAAACTGAGCCCTGAGAATGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTTGCCCGCCAGTACTTTGGGAAGAAACTGAGCCCTGAGAATGTGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCTGCGAGGACGGGTGCCCGCCGGACTGCGACAGCCTCCGGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCTGCGAGGACGGGTGCCCGCCGGACTGCGACAGCCTCCGGGACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCAGGTGGAGGAGAGCACGGCGCTGCTGGAGCTGGTGCAGGATATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCAGGTGGAGGAGAGCACGGCGCTGCTGGAGCTGGTGCAGGATATGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGAGCATCAACATGGAGCGCGTGGTCTTCAAGGTCCTGCGGCGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGAGCATCAACATGGAGCGCGTGGTCTTCAAGGTCCTGCGGCGCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACCCTCCTGCAGGCCGACCGCTGCAGCCTCTTCATGTACCGCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACCCTCCTGCAGGCCGACCGCTGCAGCCTCTTCATGTACCGCCAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACGGCGTGGCCGAGCTGGCCACCAGGCTTTTCAGCGTGCAGCCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACGGCGTGGCCGAGCTGGCCACCAGGCTTTTCAGCGTGCAGCCGGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTCCTGGAGGACTGCCTGGTGCCCCCCGACTCCGAGATCGTCTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTCCTGGAGGACTGCCTGGTGCCCCCCGACTCCGAGATCGTCTTCCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGACATCGGGGTCGTGGGCCACGTGGCTCAGACCAAAAAGATGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGACATCGGGGTCGTGGGCCACGTGGCTCAGACCAAAAAGATGGTGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCGAGGACGTGGCCGAG         TGCCCTCACTTCAGCTCATTTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100451 GTCGAGGACGTGGCCGAGGTG...CAGTGCCCTCACTTCAGCTCATTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGACGAGCTCACTGACTACAAGACAAAGAATATGCTGGCCACACCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109074 TGACGAGCTCACTGACTACAAGACAAAGAATATGCTGGCCACACCCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAATGGCAAAGACGTCGTGGCGGTGATCATGGCAGTGAACAAGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109124 TGAATGGCAAAGACGTCGTGGCGGTGATCATGGCAGTGAACAAGCTCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCCCATTCTTCACCAGCGAAGACGAAGAT         GTGTTCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109174 GGCCCATTCTTCACCAGCGAAGACGAAGATGTG...CAGGTGTTCTTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTACCTGAATTTTGCCACGTTGTACCTGAAGATCTATCACCTGAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110265 GTACCTGAATTTTGCCACGTTGTACCTGAAGATCTATCACCTGAGCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCACAACTGCGAGACGCGCCGCGGCCAG         GTGCTGCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110315 TCCACAACTGCGAGACGCGCCGCGGCCAGGTA...CAGGTGCTGCTGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCGGCCAACAAGGTGTTTGAGGAGCTGACGGACATCGAGAGGCAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128238 TCGGCCAACAAGGTGTTTGAGGAGCTGACGGACATCGAGAGGCAGTTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAGGCCTTCTACACGGTGCGGGCCTACCTCAACTGCGAGCGGTACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128288 CAAGGCCTTCTACACGGTGCGGGCCTACCTCAACTGCGAGCGGTACTCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGGCCTCCTGGACATGACCAAGGAGAAG         GAATTTTTTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128338 TGGGCCTCCTGGACATGACCAAGGAGAAGGTG...CAGGAATTTTTTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGTGGTCTGTGCTGATGGGAGAGTCCCAGCCGTACTCGGGCCCACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128466 GTGTGGTCTGTGCTGATGGGAGAGTCCCAGCCGTACTCGGGCCCACGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCCTGATGGCCGG         GAAATTGTCTTCTACAAAGTGATCGACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128516 GCCTGATGGCCGGGTG...CAGGAAATTGTCTTCTACAAAGTGATCGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACATCCTCCACGGCAAGGAGGAGATCAAGGTCATTCC         CACA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129226 ACGTCCTCCACGGCAAGGAGGAGATCAAGGTCATTCCGTA...CAGCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCTCAGCCGATCACTGGGCCCTGGCCAGCGGCCTTCCAAGCTACGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130318 CCCTCAGCCGATCACTGGGCCCTGGCCAGCGGCCTTCCAAGCTACGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGAAAGCGGCTTT         ATTTGTAACATCATGAATGCTTCCGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 130368 AGAAAGCGGCTTTGTG...CAGATTTGTAACATCATGAATGCTTCCGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACGAAATGTTCAAATTTCAG         GAAGGGGCCCTGGACGACTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 130647 ACGAAATGTTCAAATTTCAGGTA...CAGGAAGGGGCCCTGGACGACTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGGTGGCTCATCAAGAATGTGCTGTCCATGCCCATCGTCAACAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131269 GGGTGGCTCATCAAGAATGTGCTGTCCATGCCCATCGTCAACAAGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGATTGTGGGAGTCGCCACATTTTACAACAGGAAAGACGGGAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131319 GGAGATTGTGGGAGTCGCCACATTTTACAACAGGAAAGACGGGAAGCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGACGAACAGGACGAGGTTCTCATGGAG         TCCCTGACACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 131369 TTGACGAACAGGACGAGGTTCTCATGGAGGTA...CAGTCCCTGACACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTCCTGGGCTGGTCAGTGATGAACACCGACACCTACGACAAGATGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131737 TTCCTGGGCTGGTCAGTGATGAACACCGACACCTACGACAAGATGAACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTGGAGAACCGCAAGGACATCGCACAGGACATGGTCCTTTACCACGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131787 GCTGGAGAACCGCAAGGACATCGCACAGGACATGGTCCTTTACCACGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGTGCGACAGGGACGAGATCCAGCTCATCCTG         CCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 131837 AGTGCGACAGGGACGAGATCCAGCTCATCCTGGTG...TAGCCAACCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCGCGCCTGGGGAAGGAGCCTGCTGACTGCGATGAGGACGAGCTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133335 GCGCGCCTGGGGAAGGAGCCTGCTGACTGCGATGAGGACGAGCTGGGCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AATCCTG         AAGGAGGAGCTGCCAGGGCCCACCACATTTGACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133385 AATCCTGGTA...CAGAAGGAGGAGCTGCCAGGGCCCACCACATTTGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCTACGAATTCCACTTCTCTGACCTGGAGTGCACCGAACTGGACCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134875 TCTACGAATTCCACTTCTCTGACCTGGAGTGCACCGAACTGGACCTGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAATGTGGCATCCAGATGTACTACGAGCTGGGCGTGGTCCGAAAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134925 AAATGTGGCATCCAGATGTACTACGAGCTGGGCGTGGTCCGAAAGTTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GATCCCCCAGGAG         GTCCTGGTGCGGTTCCTGTTCTCCATCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 134975 GATCCCCCAGGAGGTG...CAGGTCCTGGTGCGGTTCCTGTTCTCCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCAAAGGGTACCGGAGAATCACCTACCACAACTGGCGCCACGGCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136536 GCAAAGGGTACCGGAGAATCACCTACCACAACTGGCGCCACGGCTTCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTGGCCCAGACGATGTTCACGCTGCTCATG         ACCGGCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 136586 GTGGCCCAGACGATGTTCACGCTGCTCATGGTA...CAGACCGGCAAACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GAAGAGCTACTACACGGACCTGGAGGCCTTCGCCATGGTGACAGCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136894 GAAGAGCTACTACACGGACCTGGAGGCCTTCGCCATGGTGACAGCCGGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGTGCCATGACATCGACCACCGCGGCACCAACAACCTGTACCAGATGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136944 TGTGCCATGACATCGACCACCGCGGCACCAACAACCTGTACCAGATGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833         GTCCCAGAACCCCTTGGCTAAGCTCCACGGCTCCTCGATTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136994 TA...CAGGTCCCAGAACCCCTTGGCTAAGCTCCACGGCTCCTCGATTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGAGCGGCACCACCTGGAGTTTGGGAAGTTCCTGCTCTCGGAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137516 GGAGCGGCACCACCTGGAGTTTGGGAAGTTCCTGCTCTCGGAGGAGGTT.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921      ACCCTGAACATCTACCAGAACCTGAACCGGCGGCAGCACGATCAC
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 137566 ..CAGACCCTGAACATCTACCAGAACCTGAACCGGCGGCAGCACGAGCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GTGATCCACCTGATGGACATCGCCATCATCGCCACGGACCTGGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138189 GTGATCCACCTGATGGACATCGCCATCATCGCCACGGACCTGGCCCTGTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CTTCAA         GAAGAGAGCGATGTTTCAGAAGATCGTGGATGAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138239 CTTCAAGTG...CAGGAAGAGAGCGATGTTTCAGAAGATCGTGGATGAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CCAAGAACTACCAGGACAAGAAGAGCTGGGTGGAGTACCTGTCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138523 CCAAGAACTACCAGGACAAGAAGAGCTGGGTGGAGTACCTGTCCCTGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 ACGACCCGGAAGGAGATCGTCAT         GGCCATGATGATGACAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 138573 ACGACCCGGAAGGAGATCGTCATGTG...CAGGGCCATGATGATGACAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTGCGACCTGTCTGCCATCACCAAGCCCTGGGAAGTCCAGAGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 139273 CTGCGACCTGTCTGCCATCACCAAGCCCTGGGAAGTCCAGAGCAAGGTT.

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2194      GTCGCACTTCTCGTGGCTGCTGAGTTCTGGGAGCAAGGTGACTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139323 ..CAGGTCGCACTTCTCGTGGCTGCTGAGTTCTGGGAGCAAGGTGACTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GAAAGGACAGTCTTGGATCAGCAGCCCATT         CCTATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 139674 GAAAGGACAGTCTTGGATCAGCAGCCCATTGTG...CAGCCTATGATGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 CCGGAACAAGGCGGCCGAGCTCCCCAAGCTGCAAGTGGGCTTCATCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140916 CCGGAACAAGGCGGCCGAGCTCCCCAAGCTGCAAGTGGGCTTCATCGACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 TCGTGTGCACATTCGTGTACAAGGAG          TTCTCTCGTTTCCA
        |||||||||||||||||||||||| |->>>...>>>||||||||||||||
 140966 TCGTGTGCACATTCGTGTACAAGGCGAGTG...GAGTTCTCTCGTTTCCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 CGAAGAGATCCTGCCCATGTTCGACCGACTGCAGAACAATAGGAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142247 CGAAGAGATCCTGCCCATGTTCGACCGACTGCAGAACAATAGGAAAGAGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 GGAAGGCGCTGGCTGATGAGTATGAGGCCAAAGTGAAGGCTCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142297 GGAAGGCGCTGGCTGATGAGTATGAGGCCAAAGTGAAGGCTCTGGAGGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 AAGGAGGAGGAGGAGAGGGTGGCAGCCAAGAAAG         GCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 142347 AAGGAGGAGGAGGAGAGGGTGGCAGCCAAGAAAGGTC...TAGGCACAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2511 AATTTGCAATGGCGGCCCAGCACCCAAGTCTTCAACCTGCTGTATCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144430 AATTTGCAATGGCGGCCCAGCACCCAAGTCTTCAACCTGCTGTATCCTG