seq1 = pF1KE4580.tfa, 2400 bp
seq2 = pF1KE4580/gi568815587f_65861781.tfa (gi568815587f:65861781_66078915), 217135 bp

>pF1KE4580 2400
>gi568815587f:65861781_66078915 (Chr11)

1-313  (100001-100313)   100% ->
314-371  (102294-102351)   100% ->
372-427  (102735-102790)   100% ->
428-554  (103312-103438)   99% ->
555-660  (103562-103667)   100% ->
661-738  (103922-103999)   100% ->
739-838  (104107-104206)   100% ->
839-981  (104296-104438)   100% ->
982-1188  (104570-104776)   100% ->
1189-1313  (105479-105603)   100% ->
1314-1429  (105691-105806)   100% ->
1430-1572  (105899-106041)   100% ->
1573-1746  (114615-114788)   100% ->
1747-1857  (114876-114986)   100% ->
1858-1945  (115234-115321)   100% ->
1946-2036  (115783-115873)   100% ->
2037-2172  (115984-116119)   100% ->
2173-2262  (116820-116909)   100% ->
2263-2384  (117013-117134)   100% ->
2385-2400  (117232-117247)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTCGTCCAAGAAGCATCGCGGAGAGAAGGAGGCGGCCGGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTCGTCCAAGAAGCATCGCGGAGAGAAGGAGGCGGCCGGGACGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCGGCCGGCACCGGGGGTGCCACCGAGCAGCCGCCGCGGCACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGCGGCCGGCACCGGGGGTGCCACCGAGCAGCCGCCGCGGCACCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACACAAAAAACACAAGCACCGGAGTGGCGGCAGTGGCGGTAGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACACAAAAAACACAAGCACCGGAGTGGCGGCAGTGGCGGTAGCGGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACGACGGAAGCGGAGCCGGGAACGTGGGGGCGAGCGCGGGAGCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAACGACGGAAGCGGAGCCGGGAACGTGGGGGCGAGCGCGGGAGCGGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGCGGGGCCGAAGCTGAGGCCCGGAGCAGCACGCACGGGCGGGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGCGGGGCCGAAGCTGAGGCCCGGAGCAGCACGCACGGGCGGGAGCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCAGGCAGAGCCCTCCGAGCGGCGCGTGAAGCGGGAGAAGCGCGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCAGGCAGAGCCCTCCGAGCGGCGCGTGAAGCGGGAGAAGCGCGATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCTACGAGGCCG         CTGCCAGCTCCAAAACTAGCTCAGGCGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCTACGAGGCCGGTG...CAGCTGCCAGCTCCAAAACTAGCTCAGGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCCTCCTCACTCAGCATCGAGGAGACTAA         CAAACTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102322 TGCCTCCTCACTCAGCATCGAGGAGACTAAGTG...CAGCAAACTCCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAAGTTGGGGCTGAAACCCTTGGAGGTTAATGCCATCAAGAAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102746 CAAAGTTGGGGCTGAAACCCTTGGAGGTTAATGCCATCAAGAAGGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428     AGGCGGGCACCAAGGAGGAGCCCGTGACAGCTGATGTCATCAACCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102796 .CAGAGGCGGGCACCAAGGAGGAGCCCGTGACAGCTGATGTCATCAACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TATGGCCTTGCGACAGCGAGAGGAGCTGCGGGAGAAGCTGGCAGCTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 103358 TATGGCCTTGCGACAGCGAGAGGAGCTGCGGGAGAAGCTGGCGGCTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGAGAAGCGCCTGCTGAACCAAAAGCTGGG         GAAGATAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103408 AGGAGAAGCGCCTGCTGAACCAAAAGCTGGGGTG...CAGGAAGATAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCCTAGGAGAGGATGACCCCTGGCTGGACGACACTGCAGCCTGGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103572 ACCCTAGGAGAGGATGACCCCTGGCTGGACGACACTGCAGCCTGGATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGGAGCCGGCAGCTGCAGAAGGAGAAGGACCTGGCAGAGAAGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103622 GAGGAGCCGGCAGCTGCAGAAGGAGAAGGACCTGGCAGAGAAGAGGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      GCCAAGTTACTGGAGGAGATGGACCAAGAGTTTGGTGTCAGCACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 ..TAGGCCAAGTTACTGGAGGAGATGGACCAAGAGTTTGGTGTCAGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGTGGAGGAGGAGTTCGGGCAGAGGCGGCAG         GACCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103967 CTGGTGGAGGAGGAGTTCGGGCAGAGGCGGCAGGTG...TAGGACCTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGTGCCCGGGACCTGCAGGGCCTCACCGTGGAGCATGCCATTGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104115 CAGTGCCCGGGACCTGCAGGGCCTCACCGTGGAGCATGCCATTGATTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCGAGAAGGGGAGACAATGATTCTTACCCTCAAGGACAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104165 TCCGAGAAGGGGAGACAATGATTCTTACCCTCAAGGACAAAGGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839  GCGTGCTGCAGGAGGAGGAGGACGTGCTGGTGAACGTGAACCTGGTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104295 GGCGTGCTGCAGGAGGAGGAGGACGTGCTGGTGAACGTGAACCTGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAGGAGCGGGCAGAGAAAAATGTGGAGCTGCGGAAGAAGAAGCCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104345 TAAGGAGCGGGCAGAGAAAAATGTGGAGCTGCGGAAGAAGAAGCCTGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTGCCCTATGCCGAGGACGAGAGCGTGGACGACCTGGCGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104395 ACCTGCCCTATGCCGAGGACGAGAGCGTGGACGACCTGGCGCAGGCA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982    CAAAAACCTCGCTCTATCCTGTCCAAGTATGACGAAGAGCTTGAAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104567 CAGCAAAAACCTCGCTCTATCCTGTCCAAGTATGACGAAGAGCTTGAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAGCGGCCACATTCCTTCCGCTTGGAGCAGGGCGGCACGGCTGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104617 GGAGCGGCCACATTCCTTCCGCTTGGAGCAGGGCGGCACGGCTGATGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCGGGAGCGGGAGCTGGAGGAGATCCGGGCCAAGCTGCGGCTGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104667 TGCGGGAGCGGGAGCTGGAGGAGATCCGGGCCAAGCTGCGGCTGCAGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGTCCCTGAGCACAGTGGGGCCCCGGCTGGCCTCCGAATACCTCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104717 CAGTCCCTGAGCACAGTGGGGCCCCGGCTGGCCTCCGAATACCTCACGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAGGAGATG         GTGACCTTTAAAAAGACCAAGCGGAGGGTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104767 TGAGGAGATGGTG...AAGGTGACCTTTAAAAAGACCAAGCGGAGGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAAAATCCGCAAGAAGGAGAAGGAGGTAGTAGTGCGGGCAGATGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105510 AGAAAATCCGCAAGAAGGAGAAGGAGGTAGTAGTGCGGGCAGATGACTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGCCTCTCGGGGACCAGACTCAGGATGGGGACTTTGGTTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105560 CTGCCTCTCGGGGACCAGACTCAGGATGGGGACTTTGGTTCCAGGTG...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314    ACTGCGGGGACGGGGTCGCCGCCGAGTGTCCGAAGTGGAGGAGGAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105688 CAGACTGCGGGGACGGGGTCGCCGCCGAGTGTCCGAAGTGGAGGAGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGGAGCCTGTGCCTCAGCCCCTGCCGTCGGACGACACCCGAGTGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105738 AGGAGCCTGTGCCTCAGCCCCTGCCGTCGGACGACACCCGAGTGGAGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATGGACATCAGTGATGAGG         AGGAAGGTGGAGCTCCACCGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105788 ATGGACATCAGTGATGAGGGTG...CAGAGGAAGGTGGAGCTCCACCGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGGGTCCCCGCAGGTGCTGGAGGAGGACGAGGCGGAGCTGGAGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105921 GGGGTCCCCGCAGGTGCTGGAGGAGGACGAGGCGGAGCTGGAGCTGCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCAGCTGGAGAAGGGACGCCGGCTGCGACAGTTACAGCAGCTACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105971 AGCAGCTGGAGAAGGGACGCCGGCTGCGACAGTTACAGCAGCTACAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTGCGAGACAGTGGCGAGAAG         GTGGTGGAGATTGTGAAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106021 CTGCGAGACAGTGGCGAGAAGGTG...CAGGTGGTGGAGATTGTGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTGGAGTCTCGCCAGCGGGGCTGGGAGGAGGATGAGGATCCCGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114635 GCTGGAGTCTCGCCAGCGGGGCTGGGAGGAGGATGAGGATCCCGAGCGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGGGGGCCATCGTGTTCAACGCCACGTCCGAGTTCTGCCGCACCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114685 AGGGGGCCATCGTGTTCAACGCCACGTCCGAGTTCTGCCGCACCTTGGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGATCCCCACCTACGGGCTGGCTGGCAATCGCGAGGAGCAGGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114735 GAGATCCCCACCTACGGGCTGGCTGGCAATCGCGAGGAGCAGGAGGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CATG         GACTTTGAACGGGATGAGGAGCGCTCAGCCAACGGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114785 CATGGTG...CAGGACTTTGAACGGGATGAGGAGCGCTCAGCCAACGGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GCTCCGAATCTGACGGGGAGGAGAACATCGGCTGGAGCACGGTGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114913 GCTCCGAATCTGACGGGGAGGAGAACATCGGCTGGAGCACGGTGAACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GACGAGGAGAAGCAGCAGCAGGAT         TTCTCTGCTTCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114963 GACGAGGAGAAGCAGCAGCAGGATGTG...TAGTTCTCTGCTTCCTCCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CACCATCCTGGACGAGGAACCGATCGTGAATAGGGGGCTGGCAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115251 CACCATCCTGGACGAGGAACCGATCGTGAATAGGGGGCTGGCAGCTGCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGCTCCTGTGTCAGAACAAAG         GGCTGCTGGAGACCACAGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115301 TGCTCCTGTGTCAGAACAAAGGTA...TAGGGCTGCTGGAGACCACAGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CAGAAGGTGGCCCGGGTGAAGGCCCCCAACAAGTCGCTGCCCTCAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115803 CAGAAGGTGGCCCGGGTGAAGGCCCCCAACAAGTCGCTGCCCTCAGCCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GTACTGCATCGAGGATAAGAT         GGCCATCGATGACAAGTACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115853 GTACTGCATCGAGGATAAGATGTG...CAGGGCCATCGATGACAAGTACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCCGGAGGGAGGAATACCGAGGCTTCACACAGGACTTCAAGGAGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116004 GCCGGAGGGAGGAATACCGAGGCTTCACACAGGACTTCAAGGAGAAGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGCTACAAACCCGACGTTAAGATCGAATACGTGGATGAGACGGGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116054 GGCTACAAACCCGACGTTAAGATCGAATACGTGGATGAGACGGGCCGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 ACTCACACCCAAGGAG         GCTTTCCGGCAGCTGTCGCACCGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116104 ACTCACACCCAAGGAGGTG...CAGGCTTTCCGGCAGCTGTCGCACCGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TCCATGGCAAGGGCTCAGGCAAGATGAAGACAGAGCGGCGGATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116845 TCCATGGCAAGGGCTCAGGCAAGATGAAGACAGAGCGGCGGATGAAGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CTGGACGAGGAGGCG         CTCCTGAAGAAGATGAGCTCCAGCGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116895 CTGGACGAGGAGGCGGTG...CAGCTCCTGAAGAAGATGAGCTCCAGCGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CACGCCCCTGGGCACCGTGGCCCTGCTCCAGGAGAAGCAGAAGGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117039 CACGCCCCTGGGCACCGTGGCCCTGCTCCAGGAGAAGCAGAAGGCTCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AGACCCCCTACATCGTGCTCAGCGGCAGCGGCAAGAGCATGAACGC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117089 AGACCCCCTACATCGTGCTCAGCGGCAGCGGCAAGAGCATGAACGCGTG.

   2550     .    :    .    :
   2385      GAACACCATCACCAAG
        ..>>>||||||||||||||||
 117139 ..CAGGAACACCATCACCAAG