seq1 = pF1KE4579.tfa, 2355 bp
seq2 = pF1KE4579/gi568815587r_117106000.tfa (gi568815587r:117106000_117329844), 223845 bp

>pF1KE4579 2355
>gi568815587r:117106000_117329844 (Chr11)

(complement)

1-468  (100001-100468)   100% ->
469-603  (101495-101629)   100% ->
604-769  (102523-102688)   100% ->
770-860  (103824-103914)   100% ->
861-915  (105090-105144)   100% ->
916-1054  (105629-105767)   100% ->
1055-1155  (106537-106637)   100% ->
1156-1323  (110087-110254)   100% ->
1324-1431  (110681-110788)   100% ->
1432-1534  (111277-111379)   100% ->
1535-1691  (120792-120948)   100% ->
1692-1786  (121781-121875)   100% ->
1787-1880  (122685-122778)   100% ->
1881-1998  (123047-123164)   100% ->
1999-2355  (123489-123845)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAAGGGGAGGCAGAAAGTGCCACACTTGGATGCCCCCCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAAGGGGAGGCAGAAAGTGCCACACTTGGATGCCCCCCTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCACCTGCCTCTGGCTGGAATTAGCCGGGCTCTTCTTACTGGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCACCTGCCTCTGGCTGGAATTAGCCGGGCTCTTCTTACTGGTTCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTCATGGGCCTGGCAGGGACAGGTGGGCCTGATGGCCAGGGCACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGTCATGGGCCTGGCAGGGACAGGTGGGCCTGATGGCCAGGGCACAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCCGAGCTGGGCTGTGCACCTGGAAAGCCTGGAAGGTGACGGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCCGAGCTGGGCTGTGCACCTGGAAAGCCTGGAAGGTGACGGGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGACTCTGGAGCAGCAGGCGGATGCCTTGGCCCAGGCAGCAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGACTCTGGAGCAGCAGGCGGATGCCTTGGCCCAGGCAGCAGGGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAATGCTGGACGCATCGGAGAGCTTCAGGGGCACTACCTCTTTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAATGCTGGACGCATCGGAGAGCTTCAGGGGCACTACCTCTTTGTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGCTGGGCACAGGCCGGCCCTGGAGGTGGAGGCCATCCGGCAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTGCTGGGCACAGGCCGGCCCTGGAGGTGGAGGCCATCCGGCAGCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGGCTGTGTTGGCTGGGCATGAAGCTGTGCGCTGGCACTCAGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGGCTGTGTTGGCTGGGCATGAAGCTGTGCGCTGGCACTCAGAGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCTGCTAAGGCGGGCCAAGCGCAGCGTCCACTTCAACGACCCCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCTGCTAAGGCGGGCCAAGCGCAGCGTCCACTTCAACGACCCCAAGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCAGCAATGGCACCTG         AATAACCGACGGAGCCCGGGCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100451 CCGCAGCAATGGCACCTGGTG...CAGAATAACCGACGGAGCCCGGGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGACATCAACGTGACGGGTGTGTGGGAACGCAATGTGACTGGGCGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101518 GGACATCAACGTGACGGGTGTGTGGGAACGCAATGTGACTGGGCGAGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGACGGTGGTGGTAGTGGATGACGGAGTGGAACACACCATCCAGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 TGACGGTGGTGGTAGTGGATGACGGAGTGGAACACACCATCCAGGACATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCACCCAACTAT         AGCCCTGAGGGTAGCTATGACCTCAACTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101618 GCACCCAACTATGTG...CAGAGCCCTGAGGGTAGCTATGACCTCAACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAATGACCCTGACCCCATGCCCCACCCGGATGTGGAGAATGGCAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102552 TAATGACCCTGACCCCATGCCCCACCCGGATGTGGAGAATGGCAACCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATGGCACGCGATGTGCAGGAGAGATCGCGGCTGTGCCCAACAACAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 ATGGCACGCGATGTGCAGGAGAGATCGCGGCTGTGCCCAACAACAGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGTGCCGTGGGCGTGGCCTACGGGAGCCGCATCGCAG         GTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102652 TGTGCCGTGGGCGTGGCCTACGGGAGCCGCATCGCAGGTA...TAGGTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCGGGTACTGGATGGACCTCTCACAGACAGCATGGAGGCAGTGGCGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103828 CCGGGTACTGGATGGACCTCTCACAGACAGCATGGAGGCAGTGGCGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACAAGCACTATCAGATCAATGACATCTACAGCTGCAG         CTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103878 ACAAGCACTATCAGATCAATGACATCTACAGCTGCAGGTG...CAGCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGACCAGATGACGATGGGAAGACAGTGGATGGCCCCCATCAGCTTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105094 GGACCAGATGACGATGGGAAGACAGTGGATGGCCCCCATCAGCTTGGAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 G         GCTGCCTTACAACATGGGGTGATTGCTGGTCGCCAGGGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105144 GGTA...CAGGCTGCCTTACAACATGGGGTGATTGCTGGTCGCCAGGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGGGAGCATCTTTGTGGTAGCCAGTGGCAACGGAGGCCAACACAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105669 TTGGGAGCATCTTTGTGGTAGCCAGTGGCAACGGAGGCCAACACAACGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AACTGCAACTACGATGGCTACGCCAACTCCATCTACACCGTCACCATAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105719 AACTGCAACTACGATGGCTACGCCAACTCCATCTACACCGTCACCATAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055         GAGCTGTGGATGAGGAGGGACGCATGCCTTTCTATGCAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105769 TA...TAGGAGCTGTGGATGAGGAGGGACGCATGCCTTTCTATGCAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AATGTGCCTCCATGCTGGCAGTCACCTTCAGTGGTGGGGACAAGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106579 AATGTGCCTCCATGCTGGCAGTCACCTTCAGTGGTGGGGACAAGATGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CGGAGCATT         GTGACCACTGACTGGGACCTTCAGAAGGGCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106629 CGGAGCATTGTG...CAGGTGACCACTGACTGGGACCTTCAGAAGGGCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGCTGCACTGAGGGCCACACAGGGACCTCAGCTGCAGCGCCTCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110119 TGGCTGCACTGAGGGCCACACAGGGACCTCAGCTGCAGCGCCTCTGGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTGGCATGATAGCCTTAATGCTGCAGGTGCGGCCCTGCCTCACGTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110169 CTGGCATGATAGCCTTAATGCTGCAGGTGCGGCCCTGCCTCACGTGGCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GACGTCCAGCACATCATTGTCTTCACAGCCACCCGG         TATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110219 GACGTCCAGCACATCATTGTCTTCACAGCCACCCGGGTG...CAGTATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGATCGCCGTGCAGAGTGGGTCACCAACGAGGCAGGCTTCAGCCATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110686 GGATCGCCGTGCAGAGTGGGTCACCAACGAGGCAGGCTTCAGCCATAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACCAGCACGGTTTCGGCCTCCTCAACGCCTGGAGGCTCGTGAATGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110736 ACCAGCACGGTTTCGGCCTCCTCAACGCCTGGAGGCTCGTGAATGCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAG         ATCTGGACATCTGTCCCTTACTTAGCATCCTACGTCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110786 AAGGTG...TAGATCTGGACATCTGTCCCTTACTTAGCATCCTACGTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCCCGTGTTAAAAGAAAACAAGGCGATTCCGCAGTCCCCCCGTTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111315 TCCCGTGTTAAAAGAAAACAAGGCGATTCCGCAGTCCCCCCGTTCCCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGGTCCTGTGGAATG         TCAGCAGGATGGACCTGGAGATGTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111365 AGGTCCTGTGGAATGGTA...CAGTCAGCAGGATGGACCTGGAGATGTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGGCTGAAGACCCTGGAGCATGTGGCAGTGACAGTCTCCATCACTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120818 GGGCTGAAGACCCTGGAGCATGTGGCAGTGACAGTCTCCATCACTCACCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ACGGCGCGGCAGCTTGGAGCTGAAGCTGTTCTGCCCCAGTGGCATGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120868 ACGGCGCGGCAGCTTGGAGCTGAAGCTGTTCTGCCCCAGTGGCATGATGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCCTCATCGGCGCCCCCCGCAGCATGGACTC         GGATCCCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120918 CCCTCATCGGCGCCCCCCGCAGCATGGACTCGTA...CAGGGATCCCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGCTTCAATGACTGGACCTTCTCCACTGTGCGATGCTGGGGGGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121791 GGCTTCAATGACTGGACCTTCTCCACTGTGCGATGCTGGGGGGAGAGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCGAGGGACCTACAGGCTTGTCATCAGGGATGTCG         GGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121841 CCGAGGGACCTACAGGCTTGTCATCAGGGATGTCGGTG...TAGGGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGTCATTCCAGGTCGGCATCCTCCGGCAATGGCAGCTGACCCTATATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122691 AGTCATTCCAGGTCGGCATCCTCCGGCAATGGCAGCTGACCCTATATGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TCTGTGTGGAGTGCAGTAGACATCAGGGACAGACAAAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122741 TCTGTGTGGAGTGCAGTAGACATCAGGGACAGACAAAGGTG...CAGGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GTTAGAGAGTGCCATGAGTGGAAAATACCTGCACGATGACTTCGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123050 GTTAGAGAGTGCCATGAGTGGAAAATACCTGCACGATGACTTCGCCCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCTGCCCACCGGGGCTGAAAATTCCTGAGGAAGATGGTTACACCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123100 CCTGCCCACCGGGGCTGAAAATTCCTGAGGAAGATGGTTACACCATCACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CCCAACACCCTCAAG         ACCCTGGTGCTGGTAGGCTGTTTCAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123150 CCCAACACCCTCAAGGTA...CAGACCCTGGTGCTGGTAGGCTGTTTCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CGTCTTCTGGACTGTTTACTACATGCTGGAAGTATATTTGAGCCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123515 CGTCTTCTGGACTGTTTACTACATGCTGGAAGTATATTTGAGCCAGAGGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATGTGGCTTCCAATCAAGTTTGTAGGAGTGGACCCTGCCACTGGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123565 ATGTGGCTTCCAATCAAGTTTGTAGGAGTGGACCCTGCCACTGGCCCCAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CGGAGCCGGAAAGCCAAGGAGGAAGGGACAGAGCTAGAATCAGTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123615 CGGAGCCGGAAAGCCAAGGAGGAAGGGACAGAGCTAGAATCAGTGCCACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TTGCAGCAGCAAGGATCCAGACGAAGTGGAAACAGAGAGCAGGGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123665 TTGCAGCAGCAAGGATCCAGACGAAGTGGAAACAGAGAGCAGGGGCCCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CCACCACCTCTGACCTCCTTGCCCCAGACCTGCTGGAGCAAGGGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123715 CCACCACCTCTGACCTCCTTGCCCCAGACCTGCTGGAGCAAGGGGACTGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 AGCCTGTCCCAGAACAAGAGCGCCCTGGACTGCCCTCATCAGCACCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123765 AGCCTGTCCCAGAACAAGAGCGCCCTGGACTGCCCTCATCAGCACCTAGA

   2450     .    :    .    :    .    :
   2325 CGTACCGCACGGGAAGGAGGAGCAGATCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 123815 CGTACCGCACGGGAAGGAGGAGCAGATCTGC