seq1 = pF1KE4577.tfa, 2292 bp
seq2 = pF1KE4577/gi568815581f_16317669.tfa (gi568815581f:16317669_16536886), 219218 bp

>pF1KE4577 2292
>gi568815581f:16317669_16536886 (Chr17)

1-200  (100001-100200)   100% ->
201-334  (102447-102580)   100% ->
335-625  (104931-105221)   100% ->
626-924  (105801-106099)   100% ->
925-1095  (108431-108601)   100% ->
1096-1251  (109054-109209)   100% ->
1252-1350  (109781-109879)   100% ->
1351-1421  (110649-110719)   100% ->
1422-1587  (111149-111314)   100% ->
1588-1654  (114116-114182)   100% ->
1655-1989  (114298-114632)   100% ->
1990-2114  (115906-116030)   100% ->
2115-2194  (117222-117301)   100% ->
2195-2292  (119121-119218)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTCACCCTCCAGCTCTCCAGTTTTCAGGTTGGAGACATTAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTCACCCTCCAGCTCTCCAGTTTTCAGGTTGGAGACATTAGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCCAAGAAGATGGCTCTGAGGCGGACAGAGGAAAGCTGGATTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCCAAGAAGATGGCTCTGAGGCGGACAGAGGAAAGCTGGATTTTGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGGCTGCCTCCCATGGAGTCACAGTTCCAGGGCGAGGACCGGAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGGCTGCCTCCCATGGAGTCACAGTTCCAGGGCGAGGACCGGAAATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCCTCAGATAAGAGTCAACCTCAACTACCGAAAGGGAACAGGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCCTCAGATAAGAGTCAACCTCAACTACCGAAAGGGAACAGGTGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201          TCAGCCGGATCCAAACCGATTTGACCGAGATCGGCTCTTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTG...CAGTCAGCCGGATCCAAACCGATTTGACCGAGATCGGCTCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGCGGTCTCCCGGGGTGTCCCCGAGGATCTGGCTGGACTTCCAGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102488 ATGCGGTCTCCCGGGGTGTCCCCGAGGATCTGGCTGGACTTCCAGAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAGCAAGACCAGCAAGTACCTCACCGACTCGGAATACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102538 CTGAGCAAGACCAGCAAGTACCTCACCGACTCGGAATACACAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335   AGGGCTCCACAGGTAAGACGTGCCTGATGAAGGCTGTGCTGAACCTTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104929 AGAGGGCTCCACAGGTAAGACGTGCCTGATGAAGGCTGTGCTGAACCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGACGGAGTCAATGCCTGCATTCTGCCACTGCTGCAGATCGACAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104979 AGGACGGAGTCAATGCCTGCATTCTGCCACTGCTGCAGATCGACAGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTGGCAATCCTCAGCCCCTGGTAAATGCCCAGTGCACAGATGACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105029 TCTGGCAATCCTCAGCCCCTGGTAAATGCCCAGTGCACAGATGACTATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGAGGCCACAGCGCTCTGCACATCGCCATTGAGAAGAGGAGTCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105079 CCGAGGCCACAGCGCTCTGCACATCGCCATTGAGAAGAGGAGTCTGCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGTGAAGCTCCTGGTGGAGAATGGGGCCAATGTGCATGCCCGGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105129 GTGTGAAGCTCCTGGTGGAGAATGGGGCCAATGTGCATGCCCGGGCCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGCCGCTTCTTCCAGAAGGGCCAAGGGACTTGCTTTTATTTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105179 GGCCGCTTCTTCCAGAAGGGCCAAGGGACTTGCTTTTATTTCGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   GTGAGCTACCCCTCTCTTTGGCCGCTTGCACCAAGCAGTGGGATGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105799 AGGTGAGCTACCCCTCTCTTTGGCCGCTTGCACCAAGCAGTGGGATGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAAGCTACCTCCTGGAGAACCCACACCAGCCCGCCAGCCTGCAGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105849 TAAGCTACCTCCTGGAGAACCCACACCAGCCCGCCAGCCTGCAGGCCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACTCCCAGGGCAACACAGTCCTGCATGCCCTAGTGATGATCTCGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105899 GACTCCCAGGGCAACACAGTCCTGCATGCCCTAGTGATGATCTCGGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTCAGCTGAGAACATTGCACTGGTGACCAGCATGTATGATGGGCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105949 CTCAGCTGAGAACATTGCACTGGTGACCAGCATGTATGATGGGCTCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAGCTGGGGCCCGCCTCTGCCCTACCGTGCAGCTTGAGGACATCCGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105999 AAGCTGGGGCCCGCCTCTGCCCTACCGTGCAGCTTGAGGACATCCGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTGCAGGATCTCACGCCTCTGAAGCTGGCCGCCAAGGAGGGCAAGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106049 CTGCAGGATCTCACGCCTCTGAAGCTGGCCGCCAAGGAGGGCAAGATCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 G         ATTTTCAGGCACATCCTGCAGCGGGAGTTTTCAGGACTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106099 GGTG...CAGATTTTCAGGCACATCCTGCAGCGGGAGTTTTCAGGACTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCCACCTTTCCCGAAAGTTCACCGAGTGGTGCTATGGGCCTGTCCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108471 GCCACCTTTCCCGAAAGTTCACCGAGTGGTGCTATGGGCCTGTCCGGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TCGCTGTATGACCTGGCTTCTGTGGACAGCTGTGAGGAGAACTCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108521 TCGCTGTATGACCTGGCTTCTGTGGACAGCTGTGAGGAGAACTCAGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGAGATCATTGCCTTTCATTGCAAGAGCCCG         CACCGACACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108571 GGAGATCATTGCCTTTCATTGCAAGAGCCCGGTG...CAGCACCGACACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GAATGGTCGTTTTGGAGCCCCTGAACAAACTGCTGCAGGCGAAATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109064 GAATGGTCGTTTTGGAGCCCCTGAACAAACTGCTGCAGGCGAAATGGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGCTCATCCCCAAGTTCTTCTTAAACTTCCTGTGTAATCTGATCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109114 CTGCTCATCCCCAAGTTCTTCTTAAACTTCCTGTGTAATCTGATCTACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GTTCATCTTCACCGCTGTTGCCTACCATCAGCCTACCCTGAAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109164 GTTCATCTTCACCGCTGTTGCCTACCATCAGCCTACCCTGAAGAAGGCA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252      CAGGCCGCCCCTCACCTGAAAGCGGAGGTTGGAAACTCCATGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109214 ..CAGCAGGCCGCCCCTCACCTGAAAGCGGAGGTTGGAAACTCCATGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTGACGGGCCACATCCTTATCCTGCTAGGGGGGATCTACCTCCTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109826 CTGACGGGCCACATCCTTATCCTGCTAGGGGGGATCTACCTCCTCGTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCAG         CTGTGGTACTTCTGGCGGCGCCACGTGTTCATCTGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109876 CCAGGTG...CAGCTGTGGTACTTCTGGCGGCGCCACGTGTTCATCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCTCGTTCATAGACAGCTACTTTGAAATCCTCTT         CCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110686 TCTCGTTCATAGACAGCTACTTTGAAATCCTCTTGTA...CAGCCTGTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CAGGCCCTGCTCACAGTGGTGTCCCAGGTGCTGTGTTTCCTGGCCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111156 CAGGCCCTGCTCACAGTGGTGTCCCAGGTGCTGTGTTTCCTGGCCATCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTGGTACCTGCCCCTGCTTGTGTCTGCGCTGGTGCTGGGCTGGCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111206 GTGGTACCTGCCCCTGCTTGTGTCTGCGCTGGTGCTGGGCTGGCTGAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGCTTTACTATACACGTGGCTTCCAGCACACAGGCATCTACAGTGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111256 TGCTTTACTATACACGTGGCTTCCAGCACACAGGCATCTACAGTGTCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATCCAGAAG         GTCATCCTGCGGGACCTGCTGCGCTTCCTTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111306 ATCCAGAAGGTG...CAGGTCATCCTGCGGGACCTGCTGCGCTTCCTTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GATCTACTTAGTCTTCCTTTTCGGCTTCGCTGTAG         CCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114148 GATCTACTTAGTCTTCCTTTTCGGCTTCGCTGTAGGTA...TAGCCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGAGCCTGAGCCAGGAGGCTTGGCGCCCCGAAGCTCCTACAGGCCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114304 TGAGCCTGAGCCAGGAGGCTTGGCGCCCCGAAGCTCCTACAGGCCCCAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GCCACAGAGTCAGTGCAGCCCATGGAGGGACAGGAGGACGAGGGCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114354 GCCACAGAGTCAGTGCAGCCCATGGAGGGACAGGAGGACGAGGGCAACGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGCCCAGTACAGGGGTATCCTGGAAGCCTCCTTGGAGCTCTTCAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114404 GGCCCAGTACAGGGGTATCCTGGAAGCCTCCTTGGAGCTCTTCAAATTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CCATCGGCATGGGCGAGCTGGCCTTCCAGGAGCAGCTGCACTTCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114454 CCATCGGCATGGGCGAGCTGGCCTTCCAGGAGCAGCTGCACTTCCGCGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ATGGTGCTGCTGCTGCTGCTGGCCTACGTGCTGCTCACCTACATCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114504 ATGGTGCTGCTGCTGCTGCTGGCCTACGTGCTGCTCACCTACATCCTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTCAACATGCTCATCGCCCTCATGAGCGAGACCGTCAACAGTGTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114554 GCTCAACATGCTCATCGCCCTCATGAGCGAGACCGTCAACAGTGTCGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CTGACAGCTGGAGCATCTGGAAGCTGCAG         AAAGCCATCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114604 CTGACAGCTGGAGCATCTGGAAGCTGCAGGTG...CAGAAAGCCATCTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GTCCTGGAGATGGAGAATGGCTATTGGTGGTGCAGGAAGAAGCAGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115918 GTCCTGGAGATGGAGAATGGCTATTGGTGGTGCAGGAAGAAGCAGCGGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 AGGTGTGATGCTGACCGTTGGCACTAAGCCAGATGGCAGCCCCGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115968 AGGTGTGATGCTGACCGTTGGCACTAAGCCAGATGGCAGCCCCGATGAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GCTGGTGCTTCAG         GGTGGAGGAGGTGAACTGGGCTTCATGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116018 GCTGGTGCTTCAGGTG...CAGGGTGGAGGAGGTGAACTGGGCTTCATGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GAGCAGACGCTGCCTACGCTGTGTGAGGACCCGTCAGGGGCAGGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117250 GAGCAGACGCTGCCTACGCTGTGTGAGGACCCGTCAGGGGCAGGTGTCCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 TC         GAACTCTCGAGAACCCTGTCCTGGCTTCCCCTCCCAAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117300 TCGTG...CAGGAACTCTCGAGAACCCTGTCCTGGCTTCCCCTCCCAAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AGGATGAGGATGGTGCCTCTGAGGAAAACTATGTGCCCGTCCAGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119160 AGGATGAGGATGGTGCCTCTGAGGAAAACTATGTGCCCGTCCAGCTCCTC

   2400     .
   2284 CAGTCCAAC
        |||||||||
 119210 CAGTCCAAC