seq1 = pF1KE4576.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KE4576/gi568815596r_26091253.tfa (gi568815596r:26091253_26344596), 253344 bp

>pF1KE4576 2289
>gi568815596r:26091253_26344596 (Chr2)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-109  (105454-105495)   100% ->
110-180  (105593-105663)   100% ->
181-314  (107609-107742)   100% ->
315-453  (110242-110380)   100% ->
454-573  (112318-112437)   100% ->
574-676  (114303-114405)   100% ->
677-799  (129422-129544)   100% ->
800-918  (130036-130154)   100% ->
919-975  (131971-132027)   100% ->
976-1085  (134708-134817)   100% ->
1086-1220  (140401-140535)   100% ->
1221-1392  (143277-143448)   100% ->
1393-1479  (146820-146906)   100% ->
1480-1620  (149365-149505)   100% ->
1621-1689  (149959-150027)   100% ->
1690-1885  (150825-151020)   100% ->
1886-2000  (152173-152287)   100% ->
2001-2146  (152969-153114)   100% ->
2147-2289  (153202-153344)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCCTGCCGGGCGATTGGCATCCTCAGCCGCTTTTCTGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCCTGCCGGGCGATTGGCATCCTCAGCCGCTTTTCTGCCTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCTCCGCTCCCGAG         GTTATATATGCCGCAATTTTACAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCTCCGCTCCCGAGGTG...CAGGTTATATATGCCGCAATTTTACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTCTTCTGCTTTGCTGA         CCAGAACCCATATTAACTATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105478 GGTCTTCTGCTTTGCTGAGTA...TAGCCAGAACCCATATTAACTATGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCAAAGGGGATGTGGCAGTTGTTCGAATTAACTCTCCCAATTCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105616 GTCAAAGGGGATGTGGCAGTTGTTCGAATTAACTCTCCCAATTCAAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181        GTAAATACACTGAGTAAAGAGCTACATTCAGAGTTCTCAGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 A...CAGGTAAATACACTGAGTAAAGAGCTACATTCAGAGTTCTCAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTATGAATGAAATCTGGGCTAGTGATCAAATCAGAAGTGCCGTCCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107652 TTATGAATGAAATCTGGGCTAGTGATCAAATCAGAAGTGCCGTCCTTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCATCAAAGCCAGGCTGCTTTATTGCAGGTGCTGATATCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107702 TCATCAAAGCCAGGCTGCTTTATTGCAGGTGCTGATATCAAGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATGTTAGCCGCTTGCAAGACCCTTCAAGAAGTAACACAGCTATCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110242 CATGTTAGCCGCTTGCAAGACCCTTCAAGAAGTAACACAGCTATCACAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGCACAGAGAATAGTTGAGAAACTTGAAAAGTCCACAAAGCCTATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110292 AAGCACAGAGAATAGTTGAGAAACTTGAAAAGTCCACAAAGCCTATTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCTGCCATCAATGGATCCTGCCTGGGAGGAGGACTTGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110342 GCTGCCATCAATGGATCCTGCCTGGGAGGAGGACTTGAGGTA...AAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCATTTCATGCCAATACAGAATAGCAACAAAAGACAGAAAAACAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112320 TGCCATTTCATGCCAATACAGAATAGCAACAAAAGACAGAAAAACAGTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGGTACCCCTGAAGTTTTGCTGGGGGCCTTACCAGGAGCAGGAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112370 TAGGTACCCCTGAAGTTTTGCTGGGGGCCTTACCAGGAGCAGGAGGCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAAAGGCTGCCCAAAATG         GTGGGTGTGCCTGCTGCTTTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112420 CAAAGGCTGCCCAAAATGGTG...TAGGTGGGTGTGCCTGCTGCTTTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATGATGCTGACTGGTAGAAGCATTCGTGCAGACAGGGCAAAGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114326 CATGATGCTGACTGGTAGAAGCATTCGTGCAGACAGGGCAAAGAAAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GACTGGTTGACCAACTGGTGGAACCCCTGG         GACCAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114376 GACTGGTTGACCAACTGGTGGAACCCCTGGGTA...TAGGACCAGGACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAACCTCCAGAGGAACGGACAATAGAATACCTAGAAGAAGTTGCAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129433 AAACCTCCAGAGGAACGGACAATAGAATACCTAGAAGAAGTTGCAATTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTTGCCAAAGGACTAGCTGATAAGAAGATCTCTCCAAAGAGAGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129483 TTTTGCCAAAGGACTAGCTGATAAGAAGATCTCTCCAAAGAGAGACAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GATTGGTGGAAA         AATTGACAGCGTATGCCATGACTATTCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 129533 GATTGGTGGAAAGTG...CAGAATTGACAGCGTATGCCATGACTATTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTTGTCAGGCAACAGGTTTACAAAAAAGTGGAAGAAAAAGTGCGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130065 TTTGTCAGGCAACAGGTTTACAAAAAAGTGGAAGAAAAAGTGCGAAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GACTAAAGGCCTTTATCCTGCACCTCTGAAAATAATTGAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 130115 GACTAAAGGCCTTTATCCTGCACCTCTGAAAATAATTGATGTG...TAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGTAAAGACTGGAATTGAGCAAGGGAGTGATGCCGGTTATCTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131972 TGGTAAAGACTGGAATTGAGCAAGGGAGTGATGCCGGTTATCTCTGTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCTCAG         AAATTTGGAGAGCTTGTAATGACCAAAGAATCAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132022 TCTCAGGTA...CAGAAATTTGGAGAGCTTGTAATGACCAAAGAATCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGCCTTGATGGGACTCTACCATGGTCAGGTCCTGTGCAAGAAGAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134743 GGCCTTGATGGGACTCTACCATGGTCAGGTCCTGTGCAAGAAGAATAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTGGAGCTCCACAGAAGGATGTTAA         GCATCTGGCTATTCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 134793 TTGGAGCTCCACAGAAGGATGTTAAGTA...CAGGCATCTGGCTATTCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GGTGCAGGGCTGATGGGAGCAGGCATCGCCCAAGTCTCCGTGGATAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140417 GGTGCAGGGCTGATGGGAGCAGGCATCGCCCAAGTCTCCGTGGATAAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GCTAAAGACTATACTTAAAGATGCCACCCTCACTGCGCTAGACCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140467 GCTAAAGACTATACTTAAAGATGCCACCCTCACTGCGCTAGACCGAGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGCAACAAGTGTTCAAAGG         ATTGAATGACAAAGTGAAGAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 140517 AGCAACAAGTGTTCAAAGGGTA...TAGATTGAATGACAAAGTGAAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAAGCTCTAACATCATTTGAAAGGGATTCCATCTTCAGCAACTTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143299 AAAGCTCTAACATCATTTGAAAGGGATTCCATCTTCAGCAACTTGACTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCAGCTTGATTACCAAGGTTTTGAAAAGGCCGACATGGTGATTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143349 GCAGCTTGATTACCAAGGTTTTGAAAAGGCCGACATGGTGATTGAAGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGTTTGAGGACCTTAGTCTTAAGCACAGAGTGCTAAAGGAAGTAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143399 TGTTTGAGGACCTTAGTCTTAAGCACAGAGTGCTAAAGGAAGTAGAAGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393          GTGATTCCAGATCACTGTATCTTTGCCAGTAACACATCTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143449 GTA...CAGGTGATTCCAGATCACTGTATCTTTGCCAGTAACACATCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCTCCCAATCAGTGAAATCGCTGCTGTCAGCAAAAGACCTGAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 146861 TCTCCCAATCAGTGAAATCGCTGCTGTCAGCAAAAGACCTGAGAAGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480      GTGATTGGCATGCACTACTTCTCTCCCGTGGACAAGATGCAGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146911 ..CAGGTGATTGGCATGCACTACTTCTCTCCCGTGGACAAGATGCAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTGGAGATTATCACGACCGAGAAAACTTCCAAAGACACCAGTGCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149410 CTGGAGATTATCACGACCGAGAAAACTTCCAAAGACACCAGTGCTTCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGTAGCAGTTGGTCTCAAGCAGGGGAAGGTCATCATTGTGGTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 149460 TGTAGCAGTTGGTCTCAAGCAGGGGAAGGTCATCATTGTGGTTAAGGTA.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621      GATGGACCTGGCTTCTATACTACCAGGTGTCTTGCGCCCATGATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149510 ..CAGGATGGACCTGGCTTCTATACTACCAGGTGTCTTGCGCCCATGATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TCTGAAGTCATCCGAATCCTCCAG         GAAGGAGTTGACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 150004 TCTGAAGTCATCCGAATCCTCCAGGTT...CAGGAAGGAGTTGACCCGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 GAAGCTGGATTCCCTGACCACAAGCTTTGGCTTTCCTGTGGGTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150842 GAAGCTGGATTCCCTGACCACAAGCTTTGGCTTTCCTGTGGGTGCCGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CACTGGTGGATGAAGTTGGTGTGGATGTAGCGAAACATGTGGCGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150892 CACTGGTGGATGAAGTTGGTGTGGATGTAGCGAAACATGTGGCGGAAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CTGGGCAAAGTCTTTGGGGAGCGGTTTGGAGGTGGAAACCCAGAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150942 CTGGGCAAAGTCTTTGGGGAGCGGTTTGGAGGTGGAAACCCAGAACTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GACACAGATGGTGTCCAAGGGCTTCCTAG         GTCGTAAATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 150992 GACACAGATGGTGTCCAAGGGCTTCCTAGGTG...TAGGTCGTAAATCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GGAAGGGCTTTTACATCTATCAGGAGGGTGTGAAGAGGAAGGATTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152185 GGAAGGGCTTTTACATCTATCAGGAGGGTGTGAAGAGGAAGGATTTGAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TCTGACATGGATAGTATTTTAGCGAGTCTGAAGCTGCCTCCTAAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152235 TCTGACATGGATAGTATTTTAGCGAGTCTGAAGCTGCCTCCTAAGTCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 AGT         CTCATCAGACGAAGACATCCAGTTCCGCCTGGTGACAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152285 AGTGTA...CAGCTCATCAGACGAAGACATCCAGTTCCGCCTGGTGACAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 GATTTGTGAATGAGGCAGTCATGTGCCTGCAAGAGGGGATCTTGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153007 GATTTGTGAATGAGGCAGTCATGTGCCTGCAAGAGGGGATCTTGGCCACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 CCTGCAGAGGGAGACATCGGAGCCGTCTTTGGGCTTGGCTTCCCGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153057 CCTGCAGAGGGAGACATCGGAGCCGTCTTTGGGCTTGGCTTCCCGCCTTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TCTGGGAG         GGCCTTTCCGCTTTGTGGATCTGTATGGCGCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 153107 TCTGGGAGGTT...CAGGGCCTTTCCGCTTTGTGGATCTGTATGGCGCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 AGAAGATAGTGGACCGGCTCAAGAAATATGAAGCTGCCTATGGAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153235 AGAAGATAGTGGACCGGCTCAAGAAATATGAAGCTGCCTATGGAAAACAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 TTCACCCCATGCCAGCTGCTAGCTGACCATGCTAACAGCCCTAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153285 TTCACCCCATGCCAGCTGCTAGCTGACCATGCTAACAGCCCTAACAAGAA

   2450     .    :
   2280 GTTCTACCAG
        ||||||||||
 153335 GTTCTACCAG