seq1 = pF1KE4575.tfa, 2274 bp
seq2 = pF1KE4575/gi568815596r_85449937.tfa (gi568815596r:85449937_85661428), 211492 bp

>pF1KE4575 2274
>gi568815596r:85449937_85661428 (Chr2)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-214  (100444-100614)   100% ->
215-373  (102354-102512)   100% ->
374-539  (102824-102989)   100% ->
540-618  (105169-105247)   100% ->
619-725  (105839-105945)   100% ->
726-889  (107123-107286)   100% ->
890-1155  (107932-108197)   100% ->
1156-1287  (108359-108490)   100% ->
1288-1439  (108862-109013)   100% ->
1440-1609  (109448-109617)   100% ->
1610-1740  (109819-109949)   100% ->
1741-1888  (110357-110504)   100% ->
1889-2084  (110679-110874)   100% ->
2085-2274  (111303-111492)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTGTCTGCCGGGTCCGCGCGGACCTCGCCCAGCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGCGGTGTCTGCCGGGTCCGCGCGGACCTCGCCCAGCTCAGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATAAAGTACAGAAAGACAAGGCTGAACTGATCTCAGGGCCCAGGCAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100442 AGATAAAGTACAGAAAGACAAGGCTGAACTGATCTCAGGGCCCAGGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGCCGAATAGGGAAACTCTTGGGTTTTGAGTGGACAGATTTGTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100492 ACAGCCGAATAGGGAAACTCTTGGGTTTTGAGTGGACAGATTTGTCCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCGGAGGCTGGTGACCCTGCTGAATCGACCAACGGACCCTGCAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100542 TGGCGGAGGCTGGTGACCCTGCTGAATCGACCAACGGACCCTGCAAGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTGTCTTTCGTTTTCTTTTTG         GGTTCTTGATGGTGCTAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100592 AGCTGTCTTTCGTTTTCTTTTTGGTG...TAGGGTTCTTGATGGTGCTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATTCCCCAGGAGCGGGGGCTCAGCTCTCTGGACCGGAAATACCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 ACATTCCCCAGGAGCGGGGGCTCAGCTCTCTGGACCGGAAATACCTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGCTGGATGTGTGCCGCTTCCCCTTGCTGGATGCCCTACGCCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 GGGCTGGATGTGTGCCGCTTCCCCTTGCTGGATGCCCTACGCCCACTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTGACTGGATGTATCTTGTCTACACCATCATGTTTCTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102472 ACTTGACTGGATGTATCTTGTCTACACCATCATGTTTCTGGGTG...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGCACTGGGCATGATGCTGGGCCTGTGCTACCGGATAAGCTGTGTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102824 GGGCACTGGGCATGATGCTGGGCCTGTGCTACCGGATAAGCTGTGTGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCTGCTGCCATACTGGTATGTGTTTCTCCTGGACAAGACATCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 TTCCTGCTGCCATACTGGTATGTGTTTCTCCTGGACAAGACATCATGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACCACTCCTATCTGTATGGGTTGTTGGCCTTTCAGCTAACATTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102924 CAACCACTCCTATCTGTATGGGTTGTTGGCCTTTCAGCTAACATTCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGCAAACCACTACTG         GTCTGTGGACGGTCTGCTGAATGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102974 ATGCAAACCACTACTGGTA...TAGGTCTGTGGACGGTCTGCTGAATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATAGGAGGAATGCCCACGTGCCCCTTTGGAACTATGCAGTGCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105194 CATAGGAGGAATGCCCACGTGCCCCTTTGGAACTATGCAGTGCTCCGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAG         ATCTTCATTGTGTACTTCATTGCGGGTGTGAAAAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105244 CCAGGTA...CAGATCTTCATTGTGTACTTCATTGCGGGTGTGAAAAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGATGCAGACTGGGTTGAAGGCTATTCCATGGAATATTTGTCCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105876 TGGATGCAGACTGGGTTGAAGGCTATTCCATGGAATATTTGTCCCGGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGGCTCTTCAGTCCCTTCAA         ACTGCTGTTGTCTGAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105926 TGGCTCTTCAGTCCCTTCAAGTG...CAGACTGCTGTTGTCTGAGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACTAGCCTGCTGGTCGTGCACTGGGGTGGGCTGCTGCTTGACCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107144 GACTAGCCTGCTGGTCGTGCACTGGGGTGGGCTGCTGCTTGACCTCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGTTTCCTGCTCTTTTTTGATGTCTCAAGATCCATTGGCCTGTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107194 CTGGTTTCCTGCTCTTTTTTGATGTCTCAAGATCCATTGGCCTGTTCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTCCTACTTCCACTGCATGAATTCCCAGCTTTTCAGCATTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107244 GTGTCCTACTTCCACTGCATGAATTCCCAGCTTTTCAGCATTGGTC...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   GTATGTTCTCCTACGTCATGCTGGCCAGCAGCCCTCTCTTCTGCTCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107930 AGGTATGTTCTCCTACGTCATGCTGGCCAGCAGCCCTCTCTTCTGCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGAGTGGCCTCGGAAGCTGGTGTCCTACTGCCCCCGAAGGTTGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107980 CTGAGTGGCCTCGGAAGCTGGTGTCCTACTGCCCCCGAAGGTTGCAACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGTTGCCCCTCAAGGCAGCCCCTCAGCCCAGTGTTTCCTGTGTGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108030 CTGTTGCCCCTCAAGGCAGCCCCTCAGCCCAGTGTTTCCTGTGTGTATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGGAGCCGGGGCAAAAGTGGCCAGAAGCCAGGGCTGCGCCATCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108080 GAGGAGCCGGGGCAAAAGTGGCCAGAAGCCAGGGCTGCGCCATCAGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAGCTGCCTTCACCCTGCTCTACCTCCTGGAGCAGCTATTCCTGCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108130 GAGCTGCCTTCACCCTGCTCTACCTCCTGGAGCAGCTATTCCTGCCCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTCATTTTCTCACCCAG         GGCTATAACAACTGGACAAATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108180 TCTCATTTTCTCACCCAGGTT...CAGGGCTATAACAACTGGACAAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGTATGGCTATTCCTGGGACATGATGGTGCACTCCCGCTCCCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108382 GCTGTATGGCTATTCCTGGGACATGATGGTGCACTCCCGCTCCCACCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGTGAAGATCACCTACCGTGATGGCCGCACTGGCGAACTGGGCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108432 ACGTGAAGATCACCTACCGTGATGGCCGCACTGGCGAACTGGGCTACCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AACCCTGGG         GTATTTACACAGAGTCGGCGATGGAAGGATCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108482 AACCCTGGGGTG...CAGGTATTTACACAGAGTCGGCGATGGAAGGATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGCAGACATGCTGAAGCAATATGCCACTTGCCTGAGCCGCCTGCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 TGCAGACATGCTGAAGCAATATGCCACTTGCCTGAGCCGCCTGCTTCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGTATAATGTCACTGAGCCCCAGATCTACTTTGATATTTGGGTCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 AGTATAATGTCACTGAGCCCCAGATCTACTTTGATATTTGGGTCTCCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATGACCGCTTCCAGCAGAG         GATTTTTGACCCTCGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108994 AATGACCGCTTCCAGCAGAGGTG...AAGGATTTTTGACCCTCGTGTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATCGTGCAGGCCGCTTGGTCACCCTTTCAGCGCACATCCTGGGTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109469 CATCGTGCAGGCCGCTTGGTCACCCTTTCAGCGCACATCCTGGGTGCAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CACTCTTGATGGACCTGTCTCCCTGGAGGGCCAAGTTACAGGAAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109519 CACTCTTGATGGACCTGTCTCCCTGGAGGGCCAAGTTACAGGAAATCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AGCAGCCTAGACAACCACACTGAGGTGGTCTTCATTGCAGATTTCCCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109569 AGCAGCCTAGACAACCACACTGAGGTGGTCTTCATTGCAGATTTCCCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610         GACTGCACTTGGAGAATTTTGTGAGTGAAGACCTGGGCAACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109619 TA...CAGGACTGCACTTGGAGAATTTTGTGAGTGAAGACCTGGGCAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTAGCATCCAGCTGCTGCAGGGGGAAGTGACTGTGGAGCTTGTGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109861 CTAGCATCCAGCTGCTGCAGGGGGAAGTGACTGTGGAGCTTGTGGCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CAGAAGAACCAGACTCTTCGAGAGGGAGAAAAAATGCAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109911 CAGAAGAACCAGACTCTTCGAGAGGGAGAAAAAATGCAGGTA...CAGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GCCTGCTGGTGAGTACCATAAGGTGTATACGACATCACCTAGCCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110359 GCCTGCTGGTGAGTACCATAAGGTGTATACGACATCACCTAGCCCTTCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GCTACATGTACGTCTATGTCAACACTACAGAGCTTGCACTGGAGCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110409 GCTACATGTACGTCTATGTCAACACTACAGAGCTTGCACTGGAGCAAGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTGGCATATCTGCAAGAATTAAAGGAAAAGGTGGAGAATGGAAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110459 CTGGCATATCTGCAAGAATTAAAGGAAAAGGTGGAGAATGGAAGTGGTG.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889      AAACAGGGCCTCTACCCCCAGAGCTGCAGCCTCTGTTGGAAGGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110509 ..CAGAAACAGGGCCTCTACCCCCAGAGCTGCAGCCTCTGTTGGAAGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAGTAAAAGGGGGCCCTGAGCCAACACCTCTGGTTCAGACCTTTCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110724 AAGTAAAAGGGGGCCCTGAGCCAACACCTCTGGTTCAGACCTTTCTTAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CGCCAACAAAGGCTCCAGGAGATTGAACGCCGGCGAAATACTCCTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110774 CGCCAACAAAGGCTCCAGGAGATTGAACGCCGGCGAAATACTCCTTTCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGAGCGATTCTTCCGCTTCTTGTTGCGAAAGCTCTATGTCTTTCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110824 TGAGCGATTCTTCCGCTTCTTGTTGCGAAAGCTCTATGTCTTTCGCCGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 G         CTTCCTGATGACTTGTATCTCACTTCGAAATCTGATATTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110874 GGTA...CAGCTTCCTGATGACTTGTATCTCACTTCGAAATCTGATATTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GGCCGTCCTTCCCTGGAGCAGCTGGCCCAGGAGGTGACTTATGCAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111343 GGCCGTCCTTCCCTGGAGCAGCTGGCCCAGGAGGTGACTTATGCAAACTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GAGACCCTTTGAGGCAGTTGGAGAACTGAATCCCTCAAACACGGATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111393 GAGACCCTTTGAGGCAGTTGGAGAACTGAATCCCTCAAACACGGATTCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 CACATTCTAATCCTCCTGAGTCAAATCCTGATCCTGTCCACTCAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111443 CACATTCTAATCCTCCTGAGTCAAATCCTGATCCTGTCCACTCAGAGTTC