seq1 = pF1KE4573.tfa, 2226 bp
seq2 = pF1KE4573/gi568815597r_157576715.tfa (gi568815597r:157576715_157798631), 221917 bp

>pF1KE4573 2226
>gi568815597r:157576715_157798631 (Chr1)

(complement)

1-31  (98143-98173)   100% ->
32-52  (98920-98940)   100% ->
53-298  (100003-100248)   100% ->
299-559  (100713-100973)   100% ->
560-844  (101208-101492)   100% ->
845-1132  (102305-102592)   100% ->
1133-1411  (103025-103303)   100% ->
1412-1690  (108099-108377)   100% ->
1691-1810  (108715-108834)   100% ->
1811-1838  (115388-115415)   100% ->
1839-1957  (117533-117651)   100% ->
1958-2026  (117862-117930)   100% ->
2027-2058  (119659-119690)   100% ->
2059-2172  (119776-119889)   100% ->
2173-2226  (121864-121917)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCTGTGGCTGCTGCTGCTGATCCTGA         CTCCTGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  98143 ATGCTTCTGTGGCTGCTGCTGCTGATCCTGAGTG...CAGCTCCTGGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAACAATCAG         GGGTGGCCCCAAAAGCTGTACTTCTCCTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  98930 AGAACAATCAGGTA...TAGGGGTGGCCCCAAAAGCTGTACTTCTCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATCCTCCATGGTCCACAGCCTTCAAAGGAGAAAAAGTGGCTCTCATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100033 ATCCTCCATGGTCCACAGCCTTCAAAGGAGAAAAAGTGGCTCTCATATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGCAGCATATCACATTCCCTAGCCCAGGGAGACACATATTGGTATCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100083 AGCAGCATATCACATTCCCTAGCCCAGGGAGACACATATTGGTATCACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGAAGTTGTTGAAAATAAAACATGACAAGATCCAAATTACAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100133 TGAGAAGTTGTTGAAAATAAAACATGACAAGATCCAAATTACAGAGCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAATTACCAATGTAAGACCCGAGGATCCTCCCTCAGTGATGCCGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100183 GAAATTACCAATGTAAGACCCGAGGATCCTCCCTCAGTGATGCCGTGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGAATTTTCACCTG         ACTGGCTGATCCTGCAGGCTTTACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100233 GTGGAATTTTCACCTGGTG...CAGACTGGCTGATCCTGCAGGCTTTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCTGTCTTTGAAGGAGACAATGTCATTCTGAGATGTCAGGGGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100738 TCCTGTCTTTGAAGGAGACAATGTCATTCTGAGATGTCAGGGGAAAGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAAAAACACTCATCAAAAGGTTTACTACAAGGATGGAAAACAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 ACAAAAACACTCATCAAAAGGTTTACTACAAGGATGGAAAACAGCTTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATAGTTATAATTTAGAGAAGATCACAGTGAATTCAGTCTCCAGGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 AATAGTTATAATTTAGAGAAGATCACAGTGAATTCAGTCTCCAGGGATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGCAAATATCATTGTACTGCTTATAGGAAGTTTTACATACTTGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 TAGCAAATATCATTGTACTGCTTATAGGAAGTTTTACATACTTGACATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGTAACTTCAAAACCCCTAAATATCCAAGTTCAAG         AGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100938 AAGTAACTTCAAAACCCCTAAATATCCAAGTTCAAGGTA...TAGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTCTACATCCTGTGCTGAGAGCCAGCTCTTCCACGCCCATAGAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101213 TTTCTACATCCTGTGCTGAGAGCCAGCTCTTCCACGCCCATAGAGGGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCATGACCCTGACCTGTGAGACCCAGCTCTCTCCACAGAGGCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101263 TCCCATGACCCTGACCTGTGAGACCCAGCTCTCTCCACAGAGGCCAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCAGCTGCAATTCTCCCTCTTCAGAGATAGCCAGACCCTCGGATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101313 TCCAGCTGCAATTCTCCCTCTTCAGAGATAGCCAGACCCTCGGATTGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGAGCAGGTCCCCCAGACTCCAGATCCCTGCCATGTGGACTGAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 TGGAGCAGGTCCCCCAGACTCCAGATCCCTGCCATGTGGACTGAAGACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGGGTCTTACTGGTGTGAGGTGGAGACAGTGACTCACAGCATCAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 AGGGTCTTACTGGTGTGAGGTGGAGACAGTGACTCACAGCATCAAAAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGAGCCTGAGATCTCAGATACGTGTACAGA         GAGTCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101463 GGAGCCTGAGATCTCAGATACGTGTACAGAGTG...CAGGAGTCCCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTAATGTGAATCTAGAGATCCGGCCCACCGGAGGGCAGCTGATTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102316 TCTAATGTGAATCTAGAGATCCGGCCCACCGGAGGGCAGCTGATTGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAAATATGGTCCTTATTTGCTCAGTAGCCCAGGGTTCAGGGACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102366 AGAAAATATGGTCCTTATTTGCTCAGTAGCCCAGGGTTCAGGGACTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CATTCTCCTGGCACAAAGAAGGAAGAGTAAGAAGCCTGGGTAGAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102416 CATTCTCCTGGCACAAAGAAGGAAGAGTAAGAAGCCTGGGTAGAAAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGCGTTCCCTGTTGGCAGAGCTGCATGTTCTCACCGTGAAGGAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102466 CAGCGTTCCCTGTTGGCAGAGCTGCATGTTCTCACCGTGAAGGAGAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGCAGGGAGATACTACTGTGCAGCTGATAACGTTCACAGCCCCATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102516 TGCAGGGAGATACTACTGTGCAGCTGATAACGTTCACAGCCCCATCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCACGTGGATTCGAGTCACCGTGAGAA         TTCCGGTATCTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102566 GCACGTGGATTCGAGTCACCGTGAGAAGTA...CAGTTCCGGTATCTCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTGTCCTCACCTTCAGGGCTCCCAGGGCCCACACTGTGGTGGGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103039 CCTGTCCTCACCTTCAGGGCTCCCAGGGCCCACACTGTGGTGGGGGACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTGGAGCTTCACTGTGAGTCCCTGAGAGGCTCTCCCCCGATCCTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103089 GCTGGAGCTTCACTGTGAGTCCCTGAGAGGCTCTCCCCCGATCCTGTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GATTTTATCATGAGGATGTCACCCTGGGGAACAGCTCAGCCCCCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103139 GATTTTATCATGAGGATGTCACCCTGGGGAACAGCTCAGCCCCCTCTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGAGGAGCCTCCTTCAACCTCTCTCTGACTGCAGAACATTCTGGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103189 GGAGGAGCCTCCTTCAACCTCTCTCTGACTGCAGAACATTCTGGAAACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTCCTGTGATGCAGACAATGGCCTGGGGGCCCAGCACAGTCATGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103239 CTCCTGTGATGCAGACAATGGCCTGGGGGCCCAGCACAGTCATGGAGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GTCTCAGGGTCACAG         TTCCGGTGTCTCGCCCCGTCCTCACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103289 GTCTCAGGGTCACAGGTA...CAGTTCCGGTGTCTCGCCCCGTCCTCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTCAGGGCTCCCGGGGCCCAGGCTGTGGTGGGGGACCTGCTGGAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108125 CTCAGGGCTCCCGGGGCCCAGGCTGTGGTGGGGGACCTGCTGGAGCTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CTGTGAGTCCCTGAGAGGCTCCTTCCCGATCCTGTACTGGTTTTATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108175 CTGTGAGTCCCTGAGAGGCTCCTTCCCGATCCTGTACTGGTTTTATCACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGGATGACACCTTGGGGAACATCTCGGCCCACTCTGGAGGAGGGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108225 AGGATGACACCTTGGGGAACATCTCGGCCCACTCTGGAGGAGGGGCATCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TTCAACCTCTCTCTGACTACAGAACATTCTGGAAACTACTCATGTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 TTCAACCTCTCTCTGACTACAGAACATTCTGGAAACTACTCATGTGAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TGACAATGGCCTGGGGGCCCAGCACAGTAAAGTGGTGACACTCAATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 TGACAATGGCCTGGGGGCCCAGCACAGTAAAGTGGTGACACTCAATGTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CAG         GAACTTCCAGGAACAGAACAGGCCTTACCGCTGCGGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108375 CAGGTG...CAGGAACTTCCAGGAACAGAACAGGCCTTACCGCTGCGGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 ATCACGGGGCTGGTGCTCAGCATCCTCGTCCTTGCTGCTGCTGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108753 ATCACGGGGCTGGTGCTCAGCATCCTCGTCCTTGCTGCTGCTGCTGCTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GCTGCATTACGCCAGGGCCCGAAGGAAACCAG         GAGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108803 GCTGCATTACGCCAGGGCCCGAAGGAAACCAGGTG...CAGGAGGACTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CTGCCACTGGAACATCTAG         TCACAGTCCTAGTGAGTGTCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115397 CTGCCACTGGAACATCTAGGTG...CAGTCACAGTCCTAGTGAGTGTCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GAGCCTTCCTCGTCCAGGCCTTCCAGGATAGACCCTCAAGAGCCCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117555 GAGCCTTCCTCGTCCAGGCCTTCCAGGATAGACCCTCAAGAGCCCACTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CTCTAAACCACTAGCCCCAATGGAGCTGGAGCCAATGTACAGCAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117605 CTCTAAACCACTAGCCCCAATGGAGCTGGAGCCAATGTACAGCAATGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1958       TAAATCCTGGAGATAGCAACCCGATTTATTCCCAGATCTGGAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117655 ...CAGTAAATCCTGGAGATAGCAACCCGATTTATTCCCAGATCTGGAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ATCCAGCATACAAAAGAAAACTCAG         CTAATTGTCCAATGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117906 ATCCAGCATACAAAAGAAAACTCAGGTA...CAGCTAATTGTCCAATGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GCATCAAGAGCATGAG         GAACTTACAGTCCTCTATTCAGAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119675 GCATCAAGAGCATGAGGTG...CAGGAACTTACAGTCCTCTATTCAGAAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TGAAGAAGACACACCCAGACGACTCTGCAGGGGAGGCTAGCAGCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119801 TGAAGAAGACACACCCAGACGACTCTGCAGGGGAGGCTAGCAGCAGAGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 AGGGCCCATGAAGAAGATGATGAAGAAAACTATGAGAAT         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119851 AGGGCCCATGAAGAAGATGATGAAGAAAACTATGAGAATGTA...TAGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TCTGAACCCAAGAAAGAACAAAGTTCAAGATTTTCCATGTCTTTGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121866 TCTGAACCCAAGAAAGAACAAAGTTCAAGATTTTCCATGTCTTTGTAACA

   2350 
   2225 CT
        ||
 121916 CT