seq1 = pF1KE4571.tfa, 2211 bp
seq2 = pF1KE4571/gi568815587f_66382201.tfa (gi568815587f:66382201_66609248), 227048 bp

>pF1KE4571 2211
>gi568815587f:66382201_66609248 (Chr11)

1-270  (100001-100270)   99% ->
271-360  (102973-103062)   100% ->
361-498  (104340-104477)   100% ->
499-573  (105068-105142)   100% ->
574-667  (105714-105807)   100% ->
668-798  (109053-109183)   100% ->
799-929  (109294-109424)   100% ->
930-988  (109498-109556)   100% ->
989-1183  (110516-110710)   99% ->
1184-1296  (110867-110979)   100% ->
1297-1389  (111341-111433)   100% ->
1390-1452  (113006-113068)   100% ->
1453-1577  (113165-113289)   100% ->
1578-1698  (113430-113550)   100% ->
1699-1878  (115098-115277)   100% ->
1879-2041  (122412-122574)   99% ->
2042-2211  (126879-127048)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACACCCAGTACATCCTGCCCAATGACATCGGCGTGTCTAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACACCCAGTACATCCTGCCCAATGACATCGGCGTGTCTAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACTGCCGTGAGGCCTTCCGCCTGCTGTCACCCACAGAGCGCCTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACTGCCGTGAGGCCTTCCGCCTGCTGTCACCCACAGAGCGCCTCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACCACCTGTCCCGTGCCGCCTGGTACGGAGGCCTGGCTGTGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTACCACCTGTCCCGTGCCGCCTGGTACGGAGGCCTGGCTGTGCTGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGACCTCCCCTGAGGCCCCCTACATCTATGCTCTGCTCAGCCGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGACCTCCCCTGAGGCCCCCTACATCTATGCTCTGCTCAGCCGCCTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCGCCCAGGACCCCGACCAGCTGCACCAACATGCCCTGGCTGAAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCGCCCAGGACCCCGACCAGCTGCGCCAACATGCCCTGGCTGAAGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTACCGAGGAGGAGTATCAG         GCGTTCCTGGTCTATGCCGCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 TTACCGAGGAGGAGTATCAGGTC...CAGGCGTTCCTGGTCTATGCCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTGTTTACTCCAACATGGGCAACTACAAGTCCTTTGGTGACACCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 GGTGTTTACTCCAACATGGGCAACTACAAGTCCTTTGGTGACACCAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTCCCAACTTGCCCAAG         GAAAAGCTGGAACGGGTGATCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103044 TGTTCCCAACTTGCCCAAGGTG...CAGGAAAAGCTGGAACGGGTGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGGAGTGAGGCTGCTCAGCAGCACCCAGAAGAAGTCAGGGGCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104362 TAGGGAGTGAGGCTGCTCAGCAGCACCCAGAAGAAGTCAGGGGCCTCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGACCTGCGGGGAGCTTATGTTCTCTCTGGAGCCAAGGCTTCGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104412 CAGACCTGCGGGGAGCTTATGTTCTCTCTGGAGCCAAGGCTTCGACACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGGACTGGGGAAGGAG         GGAATCACCACCTATTTCTCTGGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104462 CGGACTGGGGAAGGAGGTG...CAGGGAATCACCACCTATTTCTCTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTGTACCATGGAAGATGCCAAATTGGCCCAGGACTTTCTGGACTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105093 ATTGTACCATGGAAGATGCCAAATTGGCCCAGGACTTTCTGGACTCACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574          AACCTCAGTGCCTACAACACCCGGCTCTTCAAAGAGGTCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105143 GTT...TAGAACCTCAGTGCCTACAACACCCGGCTCTTCAAAGAGGTCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAGAAGGGAAGCCCTACTACGAGGTGCGGCTGGCTTCTGTGCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105755 TGGAGAAGGGAAGCCCTACTACGAGGTGCGGCTGGCTTCTGTGCTTGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAG         AGCCTTCCCTGGACTCTGAGGTGACTTCCAAGCTGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105805 CAGGTG...CAGAGCCTTCCCTGGACTCTGAGGTGACTTCCAAGCTGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCTATGAATTCCGGGGAAGCCCTTTCCAGGTGACCCGGGGGGACTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109091 AGCTATGAATTCCGGGGAAGCCCTTTCCAGGTGACCCGGGGGGACTACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCATCCTCCAGAAGGTGGTGGAGCAGCTGGAGAAAGCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109141 GCCCATCCTCCAGAAGGTGGTGGAGCAGCTGGAGAAAGCCAAGGTT...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799   GCCTATGCAGCCAACAGCCACCAGGGGCAGATGCTGGCCCAGTATATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109292 AGGCCTATGCAGCCAACAGCCACCAGGGGCAGATGCTGGCCCAGTATATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAGCTTCACCCAGGGCTCCATCGAGGCCCACAAGAGGGGCTCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109342 GAGAGCTTCACCCAGGGCTCCATCGAGGCCCACAAGAGGGGCTCCCGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGGATCCAGGACAAAGGCCCCATCGTGGAGAG         TTACATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109392 CTGGATCCAGGACAAAGGCCCCATCGTGGAGAGGTG...CAGTTACATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGTTCATCGAGAGCTACCGCGACCCCTTTGGTTCCCGAGGAGAATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109506 GGTTCATCGAGAGCTACCGCGACCCCTTTGGTTCCCGAGGAGAATTTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 G         GTTTTGTAGCTGTGGTGAACAAGGCCATGAGTGCCAAGTT
        |>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109556 GGTA...CAGGTTTCGTAGCTGTGGTGAACAAGGCCATGAGTGCCAAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAGCGGCTGGTGGCGAGCGCAGAGCAGCTGCTGAAGGAGCTGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110556 TGAGCGGCTGGTGGCGAGCGCAGAGCAGCTGCTGAAGGAGCTGCCCTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCCAACCTTTGAGAAGGACAAGTTCCTCACCCCTGACTTCACCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110606 CCCCAACCTTTGAGAAGGACAAGTTCCTCACCCCTGACTTCACCTCCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGTTCTCACCTTCGCTGGCTCCGGCATCCCTGCCGGCATCAACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110656 GATGTTCTCACCTTCGCTGGCTCCGGCATCCCTGCCGGCATCAACATCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACT         ACGATGATCTGAGGCAGACGGAAGGCTTTAAGAACG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110706 CAACTGTG...CAGACGATGATCTGAGGCAGACGGAAGGCTTTAAGAACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGTCGCTGGGGAATGTGCTGGCTGTGGCCTACGCCACGCAGCGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110903 TGTCGCTGGGGAATGTGCTGGCTGTGGCCTACGCCACGCAGCGGGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTTACCTTTCTGGAGGAGGATGACAAG         GACCTGTACATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110953 CTTACCTTTCTGGAGGAGGATGACAAGGTG...CAGGACCTGTACATCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGGAAGGGGCCCTCCTTCGATGTGCAGGTGGGCCTGCACGAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111355 CTGGAAGGGGCCCTCCTTCGATGTGCAGGTGGGCCTGCACGAGCTGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCATGGCAGTGGCAAGCTCTTCGTACAG         GACGAAAAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111405 GCCATGGCAGTGGCAAGCTCTTCGTACAGGTG...CAGGACGAAAAAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCATTCAACTTTGACCAGGAAACAGTGATCAACCCAGAGACGGGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113018 GCATTCAACTTTGACCAGGAAACAGTGATCAACCCAGAGACGGGCGAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 G         ATTCAGAGCTGGTATCGGAGCGGGGAGACCTGGGATAGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113068 GGTG...CAGATTCAGAGCTGGTATCGGAGCGGGGAGACCTGGGATAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGTTCAGCACCATCGCCTCCAGCTACGAAGAGTGCCGGGCTGAGAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113205 AGTTCAGCACCATCGCCTCCAGCTACGAAGAGTGCCGGGCTGAGAGCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGTCTCTACCTCTGTCTCCACCCGCAAGTGCTGGA         GATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113255 GGTCTCTACCTCTGTCTCCACCCGCAAGTGCTGGAGTA...CAGGATCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGGCTTTGAGGGGGCTGATGCGGAGGACGTGATCTACGTGAACTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113436 TGGCTTTGAGGGGGCTGATGCGGAGGACGTGATCTACGTGAACTGGCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACATGGTTCGGGCCGGGCTGCTCGCTCTGGAGTTCTACACACCTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113486 ACATGGTTCGGGCCGGGCTGCTCGCTCTGGAGTTCTACACACCTGAGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTCAACTGGCGACAG         GCCCATATGCAGGCCCGGTTTGTGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113536 TTCAACTGGCGACAGGTA...CAGGCCCATATGCAGGCCCGGTTTGTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCTGAGAGTCTTGCTGGAGGCTGGCGAGGGACTCGTTACCATCACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115124 CCTGAGAGTCTTGCTGGAGGCTGGCGAGGGACTCGTTACCATCACTCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCACAGGCTCCGATGGGCGCCCAGATGCCCGGGTCCGCCTCGACCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115174 CCACAGGCTCCGATGGGCGCCCAGATGCCCGGGTCCGCCTCGACCGCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AAGATCCGGTCTGTGGGCAAGCCTGCTCTAGAGCGCTTCCTGCGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115224 AAGATCCGGTCTGTGGGCAAGCCTGCTCTAGAGCGCTTCCTGCGGAGACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCAG         GTGCTGAAGTCCACAGGGGATGTGGCCGGAGGGCGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115274 TCAGGTA...CAGGTGCTGAAGTCCACAGGGGATGTGGCCGGAGGGCGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CCCTGTACGAGGGGTATGCAACGGTCACTGATGCGCCCCCCGAGTGCTTC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 122449 CCCTGTACGAGGGGTATGCAACAGTCACTGATGCGCCCCCCGAGTGCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CTCACCCTCAGGGACACGGTGCTGCTGCGTAAGGAATCTCGGAAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122499 CTCACCCTCAGGGACACGGTGCTGCTGCGTAAGGAATCTCGGAAGCTCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGTTCAGCCCAACACTCGCCTTGAAG         GCTCAGACGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122549 TGTTCAGCCCAACACTCGCCTTGAAGGTA...CAGGCTCAGACGTGCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TTCTGGAATACGAGGCGTCAGCTGCTGGCCTCATCCGATCCTTCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126894 TTCTGGAATACGAGGCGTCAGCTGCTGGCCTCATCCGATCCTTCTCTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CGTTTCCCAGAGGATGGACCCGAGTTGGAGGAGATCCTCACACAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126944 CGTTTCCCAGAGGATGGACCCGAGTTGGAGGAGATCCTCACACAGCTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CACAGCCGATGCCCGATTCTGGAAGGGCCCCAGTGAGGCCCCATCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126994 CACAGCCGATGCCCGATTCTGGAAGGGCCCCAGTGAGGCCCCATCTGGCC

   2350     .
   2207 AAGCT
        |||||
 127044 AAGCT