seq1 = pF1KE4567.tfa, 2157 bp
seq2 = pF1KE4567/gi568815587f_89539236.tfa (gi568815587f:89539236_89798596), 259361 bp

>pF1KE4567 2157
>gi568815587f:89539236_89798596 (Chr11)

109-224  (99994-100107)   96% ->
225-411  (105768-105954)   98% ->
412-513  (113261-113362)   99% ->
514-639  (119384-119509)   97% ->
640-826  (120303-120489)   98% ->
827-920  (122915-123008)   96% ->
921-1019  (130170-130268)   98% ->
1020-1105  (131155-131240)   98% ->
1106-1225  (132652-132771)   99% ->
1226-1308  (134852-134934)   100% ->
1309-1372  (136870-136933)   98% ->
1373-1440  (141374-141441)   97% ->
1441-1532  (148112-148203)   100% ->
1533-1623  (149349-149439)   100% ->
1624-1888  (151647-151911)   99% ->
1889-1970  (152212-152293)   97% ->
1971-2157  (159175-159361)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 TTCCTCTTC GGGTGGTTTATAAAATCCTCCAATGAAGCTACTAACATTA
        ||--|-|||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 TT  T TTCAGGGTGGTTTATAAAATCCTCCAATGAAGCTACTAACATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 CTCCAAAGCATAATATGAAAGCATTTTTGGATGAATTGAAAGCTGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100041 CTCCAAAGCATAATATGAAAGCATTTTTGGATGAATTGAAAGCTGAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208 ATCAAGAAGTTCTTATA         TAATTTTACACAGATACCACATTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100091 ATCAAGAAGTTCTTATAGTA...CAGTAATTTTACACAGATACCACATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 AGCAGGAACAGAACAAAACTTTCAGCTTGCAAAGCAAATTCAATCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105792 AGCAGGAACAGAACAAAACTTTCAGCTTGCAAAGCAAATTCAATCCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299 GGAAAGAATTTGGCCTGGATTCTGTTGAGCTAGCACATTATGATGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
 105842 GGAAAGAATTTGGCCTGGATTCTGCTGAGCTAGCTCATTATGATGTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 TTGTCCTACCCAAATAAGACTCATCCCAACTACATCTCAATAATTAATGA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 105892 TTGTCCTACCCAAATAAGACACATCCCAACTACATCTCAATAATTAATGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 AGATGGAAATGAG         ATTTTCAACACATCATTATTTGAACCAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105942 AGATGGAAATGAGGTA...TAGATTTTCAACACATCATTATTTGAACCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 CTCCTCCAGGATATGAAAATGTTTCGGATATTGTACCACCTTTCAGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 113289 CTCCTCCAGGATATGAAAATGTTTCGGATATTGTACCATCTTTCAGTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 TTCTCTCCTCAAGGAATGCCAGAG         GGCGATCTAGTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| ||||||||| ||||
 113339 TTCTCTCCTCAAGGAATGCCAGAGGTA...CAGGGTGATCTAGTGCATGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531 TAACTATGCACGAACTGAAGACTTCTTTAAATTGGAACGGGACATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119401 TAACTATGCACGAACTGAAGACTTCTTTAAATTGGAACGGGACATGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    581 TCAATTGCTCTGGGAAAATTGTAATTGCCAGATATGGGAAAGTTTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 119451 TCAATTGCTCTGGGAAAATTGTAATTGCCAGATATAGGAAAGTTTTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    631 GGAAATAAG         GTTAAAAATGCCCAGCTGGCAGGGGCCAAAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119501 GGAAATAAGGTA...TAGGTTAAAAATGCCCAGCTGGCAGGGGCCAAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672 AGTCATTCTCTACTCCGACCCTGCTGACTACTTTGCTCCTGGGGTGAAGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120335 AGTCATTCTCTACTCAGACCCTGCTGACTACTTTGCTCCTGGGGTGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722 CCTATCCAGATGGTTGGAATCTTCCTGGAGGTGGTGTCCAGCGTGGAAAT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120385 CCTATCCAGACGGTTGGAATCTTCCTGGAGGTGGTGTCCAGCGTGGAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772 ATCCTAAATCTGAATGGTGCAGGAGACCCTCTCACACCAGGTTACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120435 ATCCTAAATCTGAATGGTGCAGGAGACCCTCTCACACCAGGTTACCCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 AAATG         AATATGCTTATAGGCGTGGAATTGCAGAGGCTGTTG
        |||||>>>...>>>|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
 120485 AAATGGTG...CAGAATACGCTTATAGGCATGGAATTGCAGAGGCTGTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863 GTCTTCCAAGTATTCCTGTTCATCCAATTGGATACTATGATGCACAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 122951 GTCTTCCAAGTATTCCTGTTCATCCAGTTGGATACTATGATGCACAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913 CTCCTAGA         AAAAATGGGTGGCTCAGCACCACCAGATAGCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123001 CTCCTAGAGTA...CAGAAAAATGGGTGGCTCAGCACCACCAGATAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    954 CTGGAGAGGAAGTCTCAAAGTGCCCTACAATGTTGGACCTGGCTTTACTG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 130203 CTGGAGAGGAAGTCTCAAAGTGTCCTACAATGTTGGACCTGGCTTTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004 GAAACTTTTCTACACA         AAAAGTCAAGATGCACATCCACTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130253 GAAACTTTTCTACACAGTT...TAGAAAAGTCAAGATGCACATCCACTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 ACCAATGAAGTGACAAGAATTTACAATGTGATAGGTACTCTCAGAGGAGC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131180 ACCAATGAAGTGACGAGAATTTACAATGTGATAGGTACTCTCAGAGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1095 AGTGGAACCAG         ACAGATATGTCATTCTGGGAGGTCACCGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 131230 AGTGGAACCAGGTA...TAGACAGATATGTCATTCTGGGAGGTCACCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 ACTCATGGGTGTTTGGTGGTATTGACCCTCAGAGTGGAGCAGCTGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132682 ACTCATGGGTGTTTGGTGGTATTGACCCTCAGAGTGGAGCAGCTGTTGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 CATGAAATTGTGAGGAGCTTTGGAACACTGAAAAAGGAAG         G
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 132732 CATGAAACTGTGAGGAGCTTTGGAACACTGAAAAAGGAAGGTA...TAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1227 GTGGAGACCTAGAAGAACAATTTTGTTTGCAAGCTGGGATGCAGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134853 GTGGAGACCTAGAAGAACAATTTTGTTTGCAAGCTGGGATGCAGAAGAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277 TTGGTCTTCTTGGTTCTACTGAGTGGGCAGAG         GAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| ||||||
 134903 TTGGTCTTCTTGGTTCTACTGAGTGGGCAGAGGTT...TAGGATAATTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318 AGACTCCTTCAAGAGCGTGGCGTGGCTTATATTAATGCTGACTCATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136879 AGACTCCTTCAAGAGCGTGGCGTGGCTTATATTAATGCTGACTCATCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 AGAAG         GAAACTACACTCTGAGAGTTGATTGTACACCGCTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 136929 AGAAGGTG...CAGGAAACTACACTCTGAGAGTTGATTGTACACCACTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409 TGTACAGCTTGGTACACAACCTAACAAAAGAG         CTGAAAAGC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 141410 TGTACAGCTTGGTATACAACCTAACAAAAGAGGTA...TAGCTGAAAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 CCTGATGAAGGCTTTGAAGGCAAATCTCTTTATGAAAGTTGGACTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148121 CCTGATGAAGGCTTTGAAGGCAAATCTCTTTATGAAAGTTGGACTAAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 AAGTCCTTCCCCAGAGTTCAGTGGCATGCCCAG         GATAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 148171 AAGTCCTTCCCCAGAGTTCAGTGGCATGCCCAGGTA...AAGGATAAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541 AATTGGGATCTGGAAATGATTTTGAGGTGTTCTTCCAACGACTTGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149357 AATTGGGATCTGGAAATGATTTTGAGGTGTTCTTCCAACGACTTGGAATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 GCTTCAGGCAGAGCACGGTATACTAAAAATTGG         GAAACAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 149407 GCTTCAGGCAGAGCACGGTATACTAAAAATTGGGTA...TAGGAAACAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1632 CAAATTCAGCGGCTATCCACTGTATCACAGTGTCTATGAAACATATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151655 CAAATTCAGCGGCTATCCACTGTATCACAGTGTCTATGAAACATATGAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682 TGGTGGAAAAGTTTTATGATCCAATGTTTAAATATCACCTCACTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151705 TGGTGGAAAAGTTTTATGATCCAATGTTTAAATATCACCTCACTGTGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1732 CAGGTTCGAGGAGGGATGGTGTTTGAGCTAGCCAATTCCATAGTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151755 CAGGTTCGAGGAGGGATGGTGTTTGAGCTAGCCAATTCCATAGTGCTCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1782 TTTTGATTGTCGAGATTATGCTGTAGTTTTAAGAAAGTATGCTGACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151805 TTTTGATTGTCGAGATTATGCTGTAGTTTTAAGAAAGTATGCTGACAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1832 TCTACAGTATTTCTATGAAACATCCACAGGAAATGAAGACATACAGTGTA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 151855 TCTACAATATTTCTATGAAACATCCACAGGAAATGAAGACATACAGTTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1882 TCATTTG         ATTCACTTTTTTCTGCAGTAAAGAATTTTACAGA
        |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||| |||||||||||
 151905 TCATTTGGTA...CAGATTCACTTTTTTCTGCAGTAAAAAATTTTACAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1923 AATTGCTTCCAAGTTCAGTGAGAGACTCCAGGACTTTGACAAAAGCAA  
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>
 152246 AATTGCTTCCAAGTTCAGCGAGAGACTCCAGGACTTTGACAAAAGCAAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971        GCATGTCATCTATGCTCCAAGCAGCCACAACAAGTATGCAGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152296 A...CAGGCATGTCATCTATGCTCCAAGCAGCCACAACAAGTATGCAGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2014 GAGTCATTCCCAGGAATTTATGATGCTCTGTTTGATATTGAAAGCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159218 GAGTCATTCCCAGGAATTTATGATGCTCTGTTTGATATTGAAAGCAAAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2064 GGACCCTTCCAAGGCCTGGGGAGAAGTGAAGAGACAGATTTATGTTGCAG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
 159268 GGACCCTTCCAAGGCCTGGGGAGATGTGAAGAGACAGATTTCTGTTGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :
   2114 CCTTCACAGTGCAGGCAGCTGCAGAGACTTTGAGTGAAGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159318 CCTTCACAGTGCAGGCAGCTGCAGAGACTTTGAGTGAAGTAGCC