seq1 = pF1KE4566.tfa, 2130 bp
seq2 = pF1KE4566/gi568815592r_105178147.tfa (gi568815592r:105178147_105502891), 324745 bp

>pF1KE4566 2130
>gi568815592r:105178147_105502891 (Chr6)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-120  (104965-105039)   100% ->
121-254  (125373-125506)   100% ->
255-385  (126637-126767)   100% ->
386-595  (129314-129523)   100% ->
596-717  (133868-133989)   100% ->
718-823  (149815-149920)   100% ->
824-1015  (169387-169578)   100% ->
1016-1213  (173866-174063)   100% ->
1214-1317  (179124-179227)   100% ->
1318-1454  (213998-214134)   100% ->
1455-1549  (217312-217406)   100% ->
1550-1681  (220310-220441)   100% ->
1682-1838  (220990-221146)   100% ->
1839-2130  (224454-224745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCCTTCAGTACCCCGACGTGTACCGCGACGAGACCGCC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGCTGTCCCTTCAGTACCCCGACGTGTACCGCGACGAGACCGCCGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTACAGGATTATCATGGTCATAAAATTTGTGACCCTTACGCCTGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGTACAGGATTATCATGGTCATAAAATTTGTGACCCTTACGCCTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGAAGACCCCGACAGTGAACAGACTAAG         GCCTTTGTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105011 TTGAAGACCCCGACAGTGAACAGACTAAGGTA...CAGGCCTTTGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCCCAGAATAAGATTACTGTGCCATTTCTTGAGCAGTGTCCCATCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125385 GCCCAGAATAAGATTACTGTGCCATTTCTTGAGCAGTGTCCCATCAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTATACAAAGAGAGAATGACTGAACTATATGATTATCCCAAGTATAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125435 TTTATACAAAGAGAGAATGACTGAACTATATGATTATCCCAAGTATAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCACTTCAAGAAAGGAAAACG         GTATTTTTATTTTTACAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125485 GCCACTTCAAGAAAGGAAAACGGTG...CAGGTATTTTTATTTTTACAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGGTTTGCAGAACCAGCGAGTATTATATGTACAGGATTCCTTAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126656 ACAGGTTTGCAGAACCAGCGAGTATTATATGTACAGGATTCCTTAGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAGGCCAGAGTGTTCCTGGACCCCAACATACTGTCTGACGATGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126706 TGAGGCCAGAGTGTTCCTGGACCCCAACATACTGTCTGACGATGGCACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCACTCCGAG         GTTATGCGTTCAGCGAAGATGGTGAATAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 126756 TGGCACTCCGAGGTA...TAGGTTATGCGTTCAGCGAAGATGGTGAATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGCCTATGGTCTGAGTGCCAGTGGCTCAGACTGGGTGACAATCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129343 TTTGCCTATGGTCTGAGTGCCAGTGGCTCAGACTGGGTGACAATCAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATGAAAGTTGATGGTGCCAAAGAGCTTCCAGATGTGCTTGAAAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129393 CATGAAAGTTGATGGTGCCAAAGAGCTTCCAGATGTGCTTGAAAGAGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTTCAGCTGTATGGCCTGGACCCATGATGGGAAGGGAATGTTCTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129443 AGTTCAGCTGTATGGCCTGGACCCATGATGGGAAGGGAATGTTCTACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCATACCCTCAACAGGATGGAAAAAGTGATG         GCACAGAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 129493 TCATACCCTCAACAGGATGGAAAAAGTGATGGTG...CAGGCACAGAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATCTACCAATCTCCACCAAAAGCTCTACTACCATGTCTTGGGAACCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133878 ATCTACCAATCTCCACCAAAAGCTCTACTACCATGTCTTGGGAACCGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTCAGAAGATATTTTGTGTGCTGAGTTTCCTGATGAACCTAAATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133928 AGTCAGAAGATATTTTGTGTGCTGAGTTTCCTGATGAACCTAAATGGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTGGAGCTGAG         TTATCTGATGATGGCCGCTATGTCTTGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 133978 GGTGGAGCTGAGGTA...TAGTTATCTGATGATGGCCGCTATGTCTTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATCAATAAGGGAAGGATGTGATCCAGTAAACCGACTCTGGTACTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149844 ATCAATAAGGGAAGGATGTGATCCAGTAAACCGACTCTGGTACTGTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACAGCAGGAATCCAGTGGCATCGCGG         GAATCCTGAAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 149894 TACAGCAGGAATCCAGTGGCATCGCGGGTG...CAGGAATCCTGAAGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTAAAACTGATTGACAACTTTGAAGGGGAATATGACTACGTGACCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169401 GTAAAACTGATTGACAACTTTGAAGGGGAATATGACTACGTGACCAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGGACGGTGTTCACATTCAAGACGAATCGCCAGTCTCCCAACTATCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169451 GGGGACGGTGTTCACATTCAAGACGAATCGCCAGTCTCCCAACTATCGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGATCAACATTGACTTCAGGGATCCTGAAGAGTCTAAGTGGAAAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169501 TGATCAACATTGACTTCAGGGATCCTGAAGAGTCTAAGTGGAAAGTACTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTTCCTGAGCATGAGAAAGATGTCTTAG         AATGGATAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 169551 GTTCCTGAGCATGAGAAAGATGTCTTAGGTG...CAGAATGGATAGCTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTCAGGTCCAACTTCTTGGTCTTATGCTACCTCCATGACGTCAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173879 TGTCAGGTCCAACTTCTTGGTCTTATGCTACCTCCATGACGTCAAGAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCTGCAGCTCCATGACCTGACTACTGGTGCTCTCCTTAAGACCTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173929 TTCTGCAGCTCCATGACCTGACTACTGGTGCTCTCCTTAAGACCTTCCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCGATGTCGGCAGCATTGTAGGGTACAGCGGTCAGAAGAAGGACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173979 CTCGATGTCGGCAGCATTGTAGGGTACAGCGGTCAGAAGAAGGACACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AATCTTCTATCAGTTTACTTCCTTTTTATCTCCAG         GTATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 174029 AATCTTCTATCAGTTTACTTCCTTTTTATCTCCAGGTA...TAGGTATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTTATCACTGTGATCTTACCAAAGAGGAGCTGGAGCCAAGAGTTTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179130 TTTATCACTGTGATCTTACCAAAGAGGAGCTGGAGCCAAGAGTTTTCCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGGTGACCGTAAAAGGAATTGATGCTTCTGATTACCAGACAGTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 179180 GAGGTGACCGTAAAAGGAATTGATGCTTCTGATTACCAGACAGTCCAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318        ATTTTCTACCCTAGCAAGGATGGTACGAAGATTCCAATGTTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179230 A...TAGATTTTCTACCCTAGCAAGGATGGTACGAAGATTCCAATGTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGTGCATAAAAAAGGCATAAAATTGGATGGCTCTCATCCAGCTTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214041 TTGTGCATAAAAAAGGCATAAAATTGGATGGCTCTCATCCAGCTTTCTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TATGGCTATGGCGGCTTCAACATATCCATCACACCCAACTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 214091 TATGGCTATGGCGGCTTCAACATATCCATCACACCCAACTACAGGTG...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1455    TGTTTCCAGGCTTATTTTTGTGAGACACATGGGTGGTATCCTGGCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217309 CAGTGTTTCCAGGCTTATTTTTGTGAGACACATGGGTGGTATCCTGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGCCAACATCAGAGGAGGTGGCGAATATGGAGAGACGTGGCATAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 217359 TGGCCAACATCAGAGGAGGTGGCGAATATGGAGAGACGTGGCATAAAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550        GTGGTATCTTGGCCAACAAACAAAACTGCTTTGATGACTTTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217409 G...TAGGTGGTATCTTGGCCAACAAACAAAACTGCTTTGATGACTTTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GTGTGCTGCTGAGTATCTGATCAAGGAAGGTTACACATCTCCCAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220353 GTGTGCTGCTGAGTATCTGATCAAGGAAGGTTACACATCTCCCAAGAGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGACTATTAATGGAGGTTCAAATGGAGGCCTCTTAGTGG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 220403 TGACTATTAATGGAGGTTCAAATGGAGGCCTCTTAGTGGGTG...TAGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCTTGTGCAAATCAGAGACCTGACCTCTTTGGTTGTGTTATTGCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220992 GCTTGTGCAAATCAGAGACCTGACCTCTTTGGTTGTGTTATTGCCCAAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGAGTAATGGACATGCTGAAGTTTCATAAATATACCATCGGCCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221042 TGGAGTAATGGACATGCTGAAGTTTCATAAATATACCATCGGCCATGCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGACCACTGATTATGGGTGCTCGGACAGCAAACAACACTTTGAATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221092 GGACCACTGATTATGGGTGCTCGGACAGCAAACAACACTTTGAATGGCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GTCAA         ATACTCTCCATTGCATAATGTGAAGTTACCAGAAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221142 GTCAAGTA...CAGATACTCTCCATTGCATAATGTGAAGTTACCAGAAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 AGATGACATCCAGTACCCGTCCATGCTGCTCCTCACTGCTGACCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224490 AGATGACATCCAGTACCCGTCCATGCTGCTCCTCACTGCTGACCATGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACCGCGTGGTCCCGCTTCACTCCCTGAAGTTCATTGCCACCCTTCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224540 ACCGCGTGGTCCCGCTTCACTCCCTGAAGTTCATTGCCACCCTTCAGTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATCGTGGGCCGCAGCAGGAAGCAAAGCAACCCCCTGCTTATCCACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224590 ATCGTGGGCCGCAGCAGGAAGCAAAGCAACCCCCTGCTTATCCACGTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CACCAAGGCGGGCCACGGGGCGGGGAAGCCCACAGCCAAAGTGATAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224640 CACCAAGGCGGGCCACGGGGCGGGGAAGCCCACAGCCAAAGTGATAGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAGTCTCAGACATGTTTGCGTTCATCGCGCGGTGCCTGAACGTCGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224690 AAGTCTCAGACATGTTTGCGTTCATCGCGCGGTGCCTGAACGTCGACTGG

   2250     .
   2125 ATTCCA
        ||||||
 224740 ATTCCA