seq1 = pF1KE4565.tfa, 2106 bp
seq2 = pF1KE4565/gi568815595r_81390410.tfa (gi568815595r:81390410_81861517), 471108 bp

>pF1KE4565 2106
>gi568815595r:81390410_81861517 (Chr3)

(complement)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-313  (155905-156074)   100% ->
314-429  (190565-190680)   100% ->
430-555  (211597-211722)   100% ->
556-691  (212527-212662)   100% ->
692-782  (215036-215126)   100% ->
783-992  (218528-218737)   99% ->
993-1108  (267495-267610)   99% ->
1109-1236  (270354-270481)   100% ->
1237-1335  (275328-275426)   100% ->
1336-1446  (280243-280353)   100% ->
1447-1618  (283422-283593)   100% ->
1619-1803  (324423-324607)   100% ->
1804-1936  (326193-326325)   100% ->
1937-2052  (362293-362408)   100% ->
2053-2106  (371055-371108)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTCCGATGACTCCCGCGGCTCGGCCCGAGGACTACGAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTCCGATGACTCCCGCGGCTCGGCCCGAGGACTACGAGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCAATGCCGCCCTGGCTGACGTGCCCGAACTGGCCAGACTCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCAATGCCGCCCTGGCTGACGTGCCCGAACTGGCCAGACTCCTGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACCCGTACTTGAAGCCCTACGCCGTGGACTTCCAGCGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 TCGACCCGTACTTGAAGCCCTACGCCGTGGACTTCCAGCGCAGGTA...A

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   GTATAAGCAGTTTAGCCAAATTTTGAAGAACATTGGAGAAAATGAAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155903 AGGTATAAGCAGTTTAGCCAAATTTTGAAGAACATTGGAGAAAATGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGTATTGATAAGTTTTCCAGAGGCTATGAATCATTTGGCGTCCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155953 TGGTATTGATAAGTTTTCCAGAGGCTATGAATCATTTGGCGTCCACAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGCTGATGGTGGTTTATACTGCAAAGAATGGGCCCCGGGAGCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156003 GTGCTGATGGTGGTTTATACTGCAAAGAATGGGCCCCGGGAGCAGAAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTTTTCTTACTGGAGATTTTA         ATGGTTGGAATCCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 156053 GTTTTTCTTACTGGAGATTTTAGTA...TAGATGGTTGGAATCCATTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACCCATACAAAAAACTGGATTATGGAAAATGGGAGCTGTATATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190584 GTACCCATACAAAAAACTGGATTATGGAAAATGGGAGCTGTATATCCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAAGCAGAATAAATCTGTACTCGTGCCTCATGGATCCAAATTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 190634 CAAAGCAGAATAAATCTGTACTCGTGCCTCATGGATCCAAATTAAAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       GTAGTTATTACTAGTAAAAGCGGAGAGATCTTGTATCGTATTTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190684 ...TAGGTAGTTATTACTAGTAAAAGCGGAGAGATCTTGTATCGTATTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACCGTGGGCAAAGTATGTGGTTCGTGAAGGTGATAATGTGAATTATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211641 ACCGTGGGCAAAGTATGTGGTTCGTGAAGGTGATAATGTGAATTATGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGATACACTGGGATCCAGAACACTCATATGAG         TTTAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 211691 GGATACACTGGGATCCAGAACACTCATATGAGGTG...TAGTTTAAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCAGACCAAAGAAGCCACGGAGTCTAAGAATTTATGAATCTCATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212536 TCCAGACCAAAGAAGCCACGGAGTCTAAGAATTTATGAATCTCATGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATTTCTTCCCATGAAGGAAAAGTAGCTTCTTATAAACATTTTACATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212586 AATTTCTTCCCATGAAGGAAAAGTAGCTTCTTATAAACATTTTACATGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGTACTACCAAGAATCAAAGGCCTTG         GATACAACTGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 212636 ATGTACTACCAAGAATCAAAGGCCTTGGTA...TAGGATACAACTGCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGTTGATGGCAATCATGGAGCATGCTTACTATGCCAGCTTTGGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215050 CAGTTGATGGCAATCATGGAGCATGCTTACTATGCCAGCTTTGGTTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATCACAAGCTTCTTTGCAGCTTCCAG         CCGTTATGGATCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||| |||
 215100 AATCACAAGCTTCTTTGCAGCTTCCAGGTA...TAGCCGTTATGGAACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAAGAGCTACAAGAACTGGTAGACACAGCTCATTCCATGGGTATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218542 CTGAAGAGCTACAAGAACTGGTAGACACAGCTCATTCCATGGGTATCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTCCTCTTAGATGTGGTACACAGCCATGCTTCAAAAAATTCAGCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218592 GTCCTCTTAGATGTGGTACACAGCCATGCTTCAAAAAATTCAGCAGATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTGAATATGTTTGATGGGACAGATTCCTGTTATTTTCATTCTGGACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218642 ATTGAATATGTTTGATGGGACAGATTCCTGTTATTTTCATTCTGGACCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGGGACTCATGATCTTTGGGATAGCAGATTGTTTGCCTACTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 218692 GAGGGACTCATGATCTTTGGGATAGCAGATTGTTTGCCTACTCCAGGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993      CTGGGAAGTTTTAAGATTCCTTCTGTCAAACATAAGATGGTGGTT
        ..>>>||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218742 ..TAGCTGGGAAATTTTAAGATTCCTTCTGTCAAACATAAGATGGTGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAAGAATATCGCTTTGATGGATTTCGTTTTGATGGTGTTACGTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267540 GGAAGAATATCGCTTTGATGGATTTCGTTTTGATGGTGTTACGTCCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTTATCATCACCATGGAGTGG         GTCAAGGTTTCTCAGGTGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 267590 TTTATCATCACCATGGAGTGGGTA...AAGGTCAAGGTTTCTCAGGTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TACAGTGAATATTTCGGACTACAAGTAGATGAAGATGCCTTGACTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270374 TACAGTGAATATTTCGGACTACAAGTAGATGAAGATGCCTTGACTTACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGTTGGCAAATCATTTGGTTCACACGCTGTGTCCCGATTCTATAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270424 CATGTTGGCAAATCATTTGGTTCACACGCTGTGTCCCGATTCTATAACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TAGCTGAG         GATGTATCAGGAATGCCAGCTCTGTGCTCTCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 270474 TAGCTGAGGTA...TAGGATGTATCAGGAATGCCAGCTCTGTGCTCTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATTTCCCAGGGAGGGGGTGGTTTTGACTATCGACTAGCCATGGCAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275361 ATTTCCCAGGGAGGGGGTGGTTTTGACTATCGACTAGCCATGGCAATTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGATAAGTGGATTCAG         CTACTTAAAGAGTTTAAAGATGAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 275411 AGATAAGTGGATTCAGGTA...TAGCTACTTAAAGAGTTTAAAGATGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTGGAACATGGGCGATATAGTATACACGCTCACAAACAGGCGCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280268 ACTGGAACATGGGCGATATAGTATACACGCTCACAAACAGGCGCTACCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAAAAGTGCATTGCTTATGCAGAGAGCCATGATCAG         GCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 280318 GAAAAGTGCATTGCTTATGCAGAGAGCCATGATCAGGTA...TAGGCATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGTTGGGGATAAGTCGCTGGCATTTTGGTTGATGGATGCCGAAATGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283427 GGTTGGGGATAAGTCGCTGGCATTTTGGTTGATGGATGCCGAAATGTATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAAACATGAGTGTCCTGACTCCTTTTACTCCAGTTATTGATCGTGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283477 CAAACATGAGTGTCCTGACTCCTTTTACTCCAGTTATTGATCGTGGAATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CAGCTTCATAAAATGATTCGACTCATTACGCATGGGCTTGGTGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283527 CAGCTTCATAAAATGATTCGACTCATTACGCATGGGCTTGGTGGAGAAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTATCTCAATTTCATGG         GTAATGAATTTGGGCATCCTGAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 283577 CTATCTCAATTTCATGGGTA...CAGGTAATGAATTTGGGCATCCTGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGTTAGACTTCCCAAGAAAAGGAAATAATGAGAGTTACCATTATGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324447 GGTTAGACTTCCCAAGAAAAGGAAATAATGAGAGTTACCATTATGCCAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CGGCAGTTTCATTTAACTGACGACGACCTTCTTCGCTACAAGTTCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324497 CGGCAGTTTCATTTAACTGACGACGACCTTCTTCGCTACAAGTTCCTAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TAATTTTGACAGGGATATGAATAGATTGGAAGAAAGATATGGTTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 324547 TAATTTTGACAGGGATATGAATAGATTGGAAGAAAGATATGGTTGGCTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CAGCTCCACAG         GCCTACGTGAGTGAAAAACATGAAGGCAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 324597 CAGCTCCACAGGTA...CAGGCCTACGTGAGTGAAAAACATGAAGGCAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAGATCATTGCTTTTGAAAGAGCAGGTCTTCTTTTCATTTTCAACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326223 AAGATCATTGCTTTTGAAAGAGCAGGTCTTCTTTTCATTTTCAACTTCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TCCAAGCAAGAGCTACACTGACTACCGAGTTGGAACAGCATTGCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326273 TCCAAGCAAGAGCTACACTGACTACCGAGTTGGAACAGCATTGCCAGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAT         TCAAAATTGTGCTAGATTCAGATGCAGCGGAATATGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326323 AATATC...CATTCAAAATTGTGCTAGATTCAGATGCAGCGGAATATGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGGCATCAGAGACTGGACCACAGCACTGACTTTTTTTCTGAGGCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362331 GGGCATCAGAGACTGGACCACAGCACTGACTTTTTTTCTGAGGCTTTTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ACATAATGGGCGTCCCTATTCTCTTTTG         GTGTACATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 362381 ACATAATGGGCGTCCCTATTCTCTTTTGGTA...TAGGTGTACATTCCAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GCAGAGTGGCCCTCATCCTTCAGAATGTGGATCTGCCGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 371068 GCAGAGTGGCCCTCATCCTTCAGAATGTGGATCTGCCGAAT