seq1 = pF1KE4564.tfa, 2106 bp
seq2 = pF1KE4564/gi568815579f_41608732.tfa (gi568815579f:41608732_41827313), 218582 bp

>pF1KE4564 2106
>gi568815579f:41608732_41827313 (Chr19)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-424  (100949-101308)   100% ->
425-703  (106240-106518)   99% ->
704-958  (106919-107173)   100% ->
959-1237  (108724-109002)   100% ->
1238-1492  (109397-109651)   100% ->
1493-1771  (111199-111477)   99% ->
1772-2026  (112191-112445)   100% ->
2027-2106  (118503-118582)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCTCCCTCGGCCCCTCCCCACAGATGGTGCATCCCCTGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCTCCCTCGGCCCCTCCCCACAGATGGTGCATCCCCTGGCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGCTCACAG         CCTCACTTCTAACCTTCTGGAACCCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGCTCACAGGTG...TAGCCTCACTTCTAACCTTCTGGAACCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACCACTGCCAAGCTCACTATTGAATCCACGCCGTTCAATGTCGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 CCACCACTGCCAAGCTCACTATTGAATCCACGCCGTTCAATGTCGCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGAAGGAGGTGCTTCTACTTGTCCACAATCTGCCCCAGCATCTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101026 GGGAAGGAGGTGCTTCTACTTGTCCACAATCTGCCCCAGCATCTTTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACAGCTGGTACAAAGGTGAAAGAGTGGATGGCAACCGTCAAATTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 CTACAGCTGGTACAAAGGTGAAAGAGTGGATGGCAACCGTCAAATTATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATATGTAATAGGAACTCAACAAGCTACCCCAGGGCCCGCATACAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 GATATGTAATAGGAACTCAACAAGCTACCCCAGGGCCCGCATACAGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAGAGATAATATACCCCAATGCATCCCTGCTGATCCAGAACATCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 CGAGAGATAATATACCCCAATGCATCCCTGCTGATCCAGAACATCATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAATGACACAGGATTCTACACCCTACACGTCATAAAGTCAGATCTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 GAATGACACAGGATTCTACACCCTACACGTCATAAAGTCAGATCTTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGAAGAAGCAACTGGCCAGTTCCGGGTATACC         CGGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101276 ATGAAGAAGCAACTGGCCAGTTCCGGGTATACCGTG...CAGCGGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCAAGCCCTCCATCTCCAGCAACAACTCCAAACCCGTGGAGGACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106248 CCCAAGCCCTCCATCTCCAGCAACAACTCCAAACCCGTGGAGGACAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCTGTGGCCTTCACCTGTGAACCTGAGACTCAGGACGCAACCTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106298 TGCTGTGGCCTTCACCTGTGAACCTGAGACTCAGGACGCAACCTACCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGTGGGTAAACAATCAGAGCCTCCCGGTCAGTCCCAGGCTGCAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106348 GGTGGGTAAACAATCAGAGCCTCCCGGTCAGTCCCAGGCTGCAGCTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGGCAACAGGACCCTCACTCTATTCAATGTCACAAGAAATGACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 106398 AATGGCAACAGGACCCTCACTCTATTCAATGTCACAAGAAATGACACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAGCTACAAATGTGAAACCCAGAACCCAGTGAGTGCCAGGCGCAGTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106448 AAGCTACAAATGTGAAACCCAGAACCCAGTGAGTGCCAGGCGCAGTGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGTCATCCTGAATGTCCTCT         ATGGCCCGGATGCCCCCACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106498 CAGTCATCCTGAATGTCCTCTGTG...CAGATGGCCCGGATGCCCCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATTTCCCCTCTAAACACATCTTACAGATCAGGGGAAAATCTGAACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106939 ATTTCCCCTCTAAACACATCTTACAGATCAGGGGAAAATCTGAACCTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTGCCACGCAGCCTCTAACCCACCTGCACAGTACTCTTGGTTTGTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106989 CTGCCACGCAGCCTCTAACCCACCTGCACAGTACTCTTGGTTTGTCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGACTTTCCAGCAATCCACCCAAGAGCTCTTTATCCCCAACATCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107039 GGACTTTCCAGCAATCCACCCAAGAGCTCTTTATCCCCAACATCACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AATAATAGTGGATCCTATACGTGCCAAGCCCATAACTCAGACACTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107089 AATAATAGTGGATCCTATACGTGCCAAGCCCATAACTCAGACACTGGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAATAGGACCACAGTCACGACGATCACAGTCTATG         CAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107139 CAATAGGACCACAGTCACGACGATCACAGTCTATGGTA...CAGCAGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CACCCAAACCCTTCATCACCAGCAACAACTCCAACCCCGTGGAGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108730 CACCCAAACCCTTCATCACCAGCAACAACTCCAACCCCGTGGAGGATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GATGCTGTAGCCTTAACCTGTGAACCTGAGATTCAGAACACAACCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108780 GATGCTGTAGCCTTAACCTGTGAACCTGAGATTCAGAACACAACCTACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GTGGTGGGTAAATAATCAGAGCCTCCCGGTCAGTCCCAGGCTGCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108830 GTGGTGGGTAAATAATCAGAGCCTCCCGGTCAGTCCCAGGCTGCAGCTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCAATGACAACAGGACCCTCACTCTACTCAGTGTCACAAGGAATGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108880 CCAATGACAACAGGACCCTCACTCTACTCAGTGTCACAAGGAATGATGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GGACCCTATGAGTGTGGAATCCAGAACGAATTAAGTGTTGACCACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108930 GGACCCTATGAGTGTGGAATCCAGAACGAATTAAGTGTTGACCACAGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CCCAGTCATCCTGAATGTCCTCT         ATGGCCCAGACGACCCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108980 CCCAGTCATCCTGAATGTCCTCTGTG...CAGATGGCCCAGACGACCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCATTTCCCCCTCATACACCTATTACCGTCCAGGGGTGAACCTCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109415 CCATTTCCCCCTCATACACCTATTACCGTCCAGGGGTGAACCTCAGCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TCCTGCCATGCAGCCTCTAACCCACCTGCACAGTATTCTTGGCTGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109465 TCCTGCCATGCAGCCTCTAACCCACCTGCACAGTATTCTTGGCTGATTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGGGAACATCCAGCAACACACACAAGAGCTCTTTATCTCCAACATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109515 TGGGAACATCCAGCAACACACACAAGAGCTCTTTATCTCCAACATCACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGAAGAACAGCGGACTCTATACCTGCCAGGCCAATAACTCAGCCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109565 AGAAGAACAGCGGACTCTATACCTGCCAGGCCAATAACTCAGCCAGTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CACAGCAGGACTACAGTCAAGACAATCACAGTCTCTG         CGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109615 CACAGCAGGACTACAGTCAAGACAATCACAGTCTCTGGTA...CAGCGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GCTGCCCAAGCCCTCCATCTCCAGTAACAACTCCAAACCCGTGGAGGACA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 111203 GCTGCCCAAGCCCTCCATCTCCAGCAACAACTCCAAACCCGTGGAGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AGGATGCTGTGGCCTTCACCTGTGAACCTGAGGCTCAGAACACAACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111253 AGGATGCTGTGGCCTTCACCTGTGAACCTGAGGCTCAGAACACAACCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CTGTGGTGGGTAAATGGTCAGAGCCTCCCAGTCAGTCCCAGGCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111303 CTGTGGTGGGTAAATGGTCAGAGCCTCCCAGTCAGTCCCAGGCTGCAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GTCCAATGGCAACAGGACCCTCACTCTATTCAATGTCACAAGAAATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111353 GTCCAATGGCAACAGGACCCTCACTCTATTCAATGTCACAAGAAATGACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CAAGAGCCTATGTATGTGGAATCCAGAACTCAGTGAGTGCAAACCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111403 CAAGAGCCTATGTATGTGGAATCCAGAACTCAGTGAGTGCAAACCGCAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GACCCAGTCACCCTGGATGTCCTCT         ATGGGCCGGACACCCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111453 GACCCAGTCACCCTGGATGTCCTCTGTG...CAGATGGGCCGGACACCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CATCATTTCCCCCCCAGACTCGTCTTACCTTTCGGGAGCGAACCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112207 CATCATTTCCCCCCCAGACTCGTCTTACCTTTCGGGAGCGAACCTCAACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TCTCCTGCCACTCGGCCTCTAACCCATCCCCGCAGTATTCTTGGCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112257 TCTCCTGCCACTCGGCCTCTAACCCATCCCCGCAGTATTCTTGGCGTATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 AATGGGATACCGCAGCAACACACACAAGTTCTCTTTATCGCCAAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112307 AATGGGATACCGCAGCAACACACACAAGTTCTCTTTATCGCCAAAATCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 GCCAAATAATAACGGGACCTATGCCTGTTTTGTCTCTAACTTGGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112357 GCCAAATAATAACGGGACCTATGCCTGTTTTGTCTCTAACTTGGCTACTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 GCCGCAATAATTCCATAGTCAAGAGCATCACAGTCTCTG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112407 GCCGCAATAATTCCATAGTCAAGAGCATCACAGTCTCTGGTA...CAGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 TCTGGAACTTCTCCTGGTCTCTCAGCTGGGGCCACTGTCGGCATCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118505 TCTGGAACTTCTCCTGGTCTCTCAGCTGGGGCCACTGTCGGCATCATGAT

   2150     .    :    .    :    .
   2079 TGGAGTGCTGGTTGGGGTTGCTCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 118555 TGGAGTGCTGGTTGGGGTTGCTCTGATA