seq1 = pF1KE4558.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KE4558/gi568815588f_112294947.tfa (gi568815588f:112294947_112527355), 232409 bp

>pF1KE4558 2049
>gi568815588f:112294947_112527355 (Chr10)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-265  (103955-104063)   100% ->
266-330  (109565-109629)   100% ->
331-432  (109759-109860)   100% ->
433-532  (113476-113575)   100% ->
533-711  (114561-114739)   100% ->
712-744  (115517-115549)   100% ->
745-796  (115638-115689)   100% ->
797-870  (116510-116583)   100% ->
871-948  (116956-117033)   100% ->
949-1083  (118227-118361)   100% ->
1084-1218  (121942-122076)   100% ->
1219-1314  (122900-122995)   100% ->
1315-1387  (126647-126719)   100% ->
1388-1476  (127001-127089)   100% ->
1477-1593  (127379-127495)   100% ->
1594-1737  (130392-130535)   100% ->
1738-1839  (131312-131413)   100% ->
1840-1911  (131842-131913)   100% ->
1912-2049  (132272-132409)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTTTATCTTTAACTTTTTGTTTTCCCCACTTCCGACCCCGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTTTATCTTTAACTTTTTGTTTTCCCCACTTCCGACCCCGGCGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCTGCATCCTGACATTTGGAGCTGCCATCTTCTTGTGGCTGATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCTGCATCCTGACATTTGGAGCTGCCATCTTCTTGTGGCTGATCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCTCAACCCGTCTTACCTCTTCTTGACCTGAACAATCAGTCTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACCTCAACCCGTCTTACCTCTTCTTGACCTGAACAATCAGTCTGTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGAG         GGAGGAGCACGGAAGGGGGTTTCCCAGAAGAACAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGAGGTA...TAGGGAGGAGCACGGAAGGGGGTTTCCCAGAAGAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACCTAACAAGTTGCTGCTTCTCAGATGCCAAGACTATGTATGAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103990 TGACCTAACAAGTTGCTGCTTCTCAGATGCCAAGACTATGTATGAGGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCAAAGAGGACTCGCTGTGTCTG         ACAATGGGCCCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104040 TCCAAAGAGGACTCGCTGTGTCTGGTA...TAGACAATGGGCCCTGCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGATATAGAAAACCAAACCAGCCCTACAGATGGCTATCTTACAAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109582 GGATATAGAAAACCAAACCAGCCCTACAGATGGCTATCTTACAAACAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTGTCTGATAGAGCAGAGTACCTGGGTTCCTGTCTCTTGCATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109632 A...TAGGTGTCTGATAGAGCAGAGTACCTGGGTTCCTGTCTCTTGCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGTTATAAATCATCACCAGACCAGTTTGTCGGCATCTTTGCTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109802 AAGGTTATAAATCATCACCAGACCAGTTTGTCGGCATCTTTGCTCAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGCCAGAG         TGGATCATCTCCGAATTGGCTTGTTACACGTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109852 AGGCCAGAGGTA...CAGTGGATCATCTCCGAATTGGCTTGTTACACGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCTATGGTAGCTGTACCTCTGTATGACACCTTGGGACCAGAAGCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113508 CTCTATGGTAGCTGTACCTCTGTATGACACCTTGGGACCAGAAGCCATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACATATTGTCAACAAGG         CTGATATCGCCATGGTGATCTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113558 TACATATTGTCAACAAGGGTA...CAGCTGATATCGCCATGGTGATCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACACACCCCAAAAGGCATTGGTGCTGATAGGGAATGTAGAGAAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114584 GACACACCCCAAAAGGCATTGGTGCTGATAGGGAATGTAGAGAAAGGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCCCGAGCCTGAAGGTGATCATCCTTATGGACCCCTTTGATGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114634 CACCCCGAGCCTGAAGGTGATCATCCTTATGGACCCCTTTGATGATGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAAGCAAAGAGGGGAGAAGAGTGGAATTGAGATCTTATCCCTATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114684 TGAAGCAAAGAGGGGAGAAGAGTGGAATTGAGATCTTATCCCTATATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGAG         AACCTAGGCAAAGAGCACTTCAGAAAACCTGTG  
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114734 GCTGAGGTA...TAGAACCTAGGCAAAGAGCACTTCAGAAAACCTGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745        CCTCCTAGCCCAGAAGACCTGAGCGTCATCTGCTTCACCAGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115552 A...CAGCCTCCTAGCCCAGAAGACCTGAGCGTCATCTGCTTCACCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGACCACAG         GTGACCCCAAAGGAGCCATGATAACCCATCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115681 GGACCACAGGTC...CAGGTGACCCCAAAGGAGCCATGATAACCCATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATATTGTTTCAAATGCTGCTGCCTTTCTCAAATGTGTGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116542 AATATTGTTTCAAATGCTGCTGCCTTTCTCAAATGTGTGGAGGTC...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871  CATGCTTATGAGCCCACTCCTGATGATGTGGCCATATCCTACCTCCCTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 GCATGCTTATGAGCCCACTCCTGATGATGTGGCCATATCCTACCTCCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGCTCATATGTTTGAGAGGATTGTACAG         GCTGTTGTGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117005 TGGCTCATATGTTTGAGAGGATTGTACAGGTG...CAGGCTGTTGTGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGCTGTGGAGCCAGAGTTGGATTCTTCCAAGGGGATATTCGGTTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118239 AGCTGTGGAGCCAGAGTTGGATTCTTCCAAGGGGATATTCGGTTGCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGACGACATGAAGACTTTGAAGCCCACATTGTTTCCCGCGGTGCCTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118289 TGACGACATGAAGACTTTGAAGCCCACATTGTTTCCCGCGGTGCCTCGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCCTTAACAGGATCTACGATAAG         GTACAAAATGAGGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118339 TCCTTAACAGGATCTACGATAAGGTA...CAGGTACAAAATGAGGCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACACCCTTGAAGAAGTTCTTGTTGAAGCTGGCTGTTTCCAGTAAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121960 ACACCCTTGAAGAAGTTCTTGTTGAAGCTGGCTGTTTCCAGTAAATTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGAGCTTCAAAAGGGTATCATCAGGCATGATAGTTTCTGGGACAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122010 AGAGCTTCAAAAGGGTATCATCAGGCATGATAGTTTCTGGGACAAGCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCTTTGCAAAGATCCAG         GACAGCCTGGGCGGAAGGGTTCGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122060 TCTTTGCAAAGATCCAGGTA...CAGGACAGCCTGGGCGGAAGGGTTCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTAATTGTCACTGGAGCTGCCCCCATGTCCACTTCAGTCATGACATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122924 GTAATTGTCACTGGAGCTGCCCCCATGTCCACTTCAGTCATGACATTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCGGGCAGCAATGGGATGTCAG         GTGTATGAAGCTTATGGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122974 CCGGGCAGCAATGGGATGTCAGGTA...CAGGTGTATGAAGCTTATGGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AAACAGAATGCACAGGTGGCTGTACATTTACATTACCTGGGGACTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126666 AAACAGAATGCACAGGTGGCTGTACATTTACATTACCTGGGGACTGGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCAG         GTCACGTTGGGGTGCCCCTGGCTTGCAATTACGTGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126716 TCAGGTA...TAGGTCACGTTGGGGTGCCCCTGGCTTGCAATTACGTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GCTGGAAGATGTGGCTGACATGAACTACTTTACAGTGAATAATGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127038 GCTGGAAGATGTGGCTGACATGAACTACTTTACAGTGAATAATGAAGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AG         GTCTGCATCAAGGGTACAAACGTGTTCAAAGGATACCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127088 AGGTG...CAGGTCTGCATCAAGGGTACAAACGTGTTCAAAGGATACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AAGGACCCTGAGAAGACACAGGAAGCCCTGGACAGTGATGGCTGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127418 AAGGACCCTGAGAAGACACAGGAAGCCCTGGACAGTGATGGCTGGCTTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CACAGGAGACATTGGTCGCTGGCTCCCG         AATGGAACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 127468 CACAGGAGACATTGGTCGCTGGCTCCCGGTA...TAGAATGGAACTCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGATCATCGACCGTAAAAAGAACATTTTCAAGCTGGCCCAAGGAGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130405 AGATCATCGACCGTAAAAAGAACATTTTCAAGCTGGCCCAAGGAGAATAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 ATTGCACCAGAGAAGATAGAAAATATCTACAACAGGAGTCAACCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130455 ATTGCACCAGAGAAGATAGAAAATATCTACAACAGGAGTCAACCAGTGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 ACAAATTTTTGTACACGGGGAGAGCTTACGG         TCATCCTTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 130505 ACAAATTTTTGTACACGGGGAGAGCTTACGGGTA...TAGTCATCCTTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TAGGAGTGGTGGTTCCTGACACAGATGTACTTCCCTCATTTGCAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131322 TAGGAGTGGTGGTTCCTGACACAGATGTACTTCCCTCATTTGCAGCCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 CTTGGGGTGAAGGGCTCCTTTGAGGAACTGTGCCAAAACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 131372 CTTGGGGTGAAGGGCTCCTTTGAGGAACTGTGCCAAAACCAAGTA...TA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1840  GTTGTAAGGGAAGCCATTTTAGAAGACTTGCAGAAAATTGGGAAAGAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131841 GGTTGTAAGGGAAGCCATTTTAGAAGACTTGCAGAAAATTGGGAAAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GTGGCCTTAAAACTTTTGAACAG         GTCAAAGCCATTTTTCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131891 GTGGCCTTAAAACTTTTGAACAGGTG...CAGGTCAAAGCCATTTTTCTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 CATCCAGAGCCATTTTCCATTGAAAATGGGCTCTTGACACCAACATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132290 CATCCAGAGCCATTTTCCATTGAAAATGGGCTCTTGACACCAACATTGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 AGCAAAGCGAGGAGAGCTTTCCAAATACTTTCGGACCCAAATTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132340 AGCAAAGCGAGGAGAGCTTTCCAAATACTTTCGGACCCAAATTGACAGCC

   2200     .    :    .    :
   2030 TGTATGAGCACATCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||
 132390 TGTATGAGCACATCCAGGAT