seq1 = pF1KE4557.tfa, 2037 bp
seq2 = pF1KE4557/gi568815596f_112546829.tfa (gi568815596f:112546829_112763022), 216194 bp

>pF1KE4557 2037
>gi568815596f:112546829_112763022 (Chr2)

1-334  (100001-100334)   99% ->
335-475  (100496-100636)   100% ->
476-561  (100825-100910)   100% ->
562-658  (105874-105970)   100% ->
659-778  (110294-110413)   100% ->
779-1048  (111997-112266)   100% ->
1049-1607  (112376-112934)   100% ->
1608-1793  (113559-113744)   100% ->
1794-1878  (114314-114398)   100% ->
1879-2037  (116036-116194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACGCTGATTACCAGTACTACAGCTGCTACCGCCGCTTCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACGCTGATTACCAGTACTACAGCTGCTACCGCCGCTTCTGGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGGTGGACTACCTATGGATGCTCATCCTGGGCTTCATTATTGCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTGGTGGACTACCTATGGATGCTCATCCTGGGCTTCATTATTGCATTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGGCATTCTCCGTGGGAGCCAATGATGTAGCAAATTCTTTTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGGCATTCTCCGTGGGAGCCAATGATGTAGCAAATTCTTTTGGTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGTGGGCTCAGGTGTAGTGACCCTGAAGCAAGCCTGCATCCTAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGTGGGCTCAGGTGTAGTGACCCTGAAGCAAGCCTGCATCCTAGCTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCTTTGAAACAGTGGGCTCTGTCTTACTGGGGGCCAAAGTGAGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCTTTGAAACAGTGGGCTCTGTCTTACTGGGGGCCAAAGTGAGCGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCCGGAAGGGCTTGATTGACGTGGAGATGTACAACTCGACTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCATCCGGAAGGGCTTGATTGACGTGGAGATGTACAACTCGACTCAAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTACTGATGGCCGGCTCAGTCAGTGCTATGTTTG         GTTCTGC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100301 CTGCTGATGGCCGGCTCAGTCAGTGCTATGTTTGGTA...CAGGTTCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGTGGCAACTCGTGGCTTCGTTTTTGAAGCTCCCTATTTCTGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 TGTGTGGCAACTCGTGGCTTCGTTTTTGAAGCTCCCTATTTCTGGAACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTGTATTGTTGGTGCAACTATTGGTTTCTCCCTCGTGGCAAAGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100553 ATTGTATTGTTGGTGCAACTATTGGTTTCTCCCTCGTGGCAAAGGGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGGTGTCAAGTGGTCTGAACTGATAAAAATTG         TGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100603 GAGGGTGTCAAGTGGTCTGAACTGATAAAAATTGGTA...CAGTGATGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTGGTTCGTGTCCCCACTGCTTTCTGGAATTATGTCTGGAATTTTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100832 TTGGTTCGTGTCCCCACTGCTTTCTGGAATTATGTCTGGAATTTTATTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTGGTTCGTGCATTCATCCTCCATAAG         GCAGATCCAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100882 TCCTGGTTCGTGCATTCATCCTCCATAAGGTA...CAGGCAGATCCAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTAATGGTTTGCGAGCTTTGCCAGTTTTCTATGCCTGCACAGTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105886 CCTAATGGTTTGCGAGCTTTGCCAGTTTTCTATGCCTGCACAGTTGGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAACCTCTTTTCCATCATGTATACTGGAGCACCGT         TGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105936 AAACCTCTTTTCCATCATGTATACTGGAGCACCGTGTA...TAGTGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTTTGACAAACTTCCTCTGTGGGGTACCATCCTCATCTCGGTGGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110300 GCTTTGACAAACTTCCTCTGTGGGGTACCATCCTCATCTCGGTGGGATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCAGTTTTCTGTGCCCTTATCGTCTGGTTCTTTGTATGTCCCAGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110350 GCAGTTTTCTGTGCCCTTATCGTCTGGTTCTTTGTATGTCCCAGGATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAGAAAAATTGAAC         GAGAAATAAAGTGTAGTCCTTCTGAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110400 GAGAAAAATTGAACGTA...TAGGAGAAATAAAGTGTAGTCCTTCTGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCCCTTAATGGAAAAAAAGAATAGCTTGAAAGAAGACCATGAAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112024 GCCCCTTAATGGAAAAAAAGAATAGCTTGAAAGAAGACCATGAAGAAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGTTGTCTGTTGGTGATATTGAAAACAAGCATCCTGTTTCTGAGGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112074 AAGTTGTCTGTTGGTGATATTGAAAACAAGCATCCTGTTTCTGAGGTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCTGCCACTGTGCCCCTCCAGGCTGTGGTGGAGGAGAGAACAGTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112124 GCCTGCCACTGTGCCCCTCCAGGCTGTGGTGGAGGAGAGAACAGTCTCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAAACTTGGAGATTTGGAGGAAGCTCCAGAGAGAGAGAGGCTTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112174 TCAAACTTGGAGATTTGGAGGAAGCTCCAGAGAGAGAGAGGCTTCCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTGGACTTGAAAGAGGAAACCAGCATAGATAGCACCGTGAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112224 GTGGACTTGAAAGAGGAAACCAGCATAGATAGCACCGTGAATGGTG...T

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049   GTGCAGTGCAGTTGCCTAATGGGAACCTTGTCCAGTTCAGTCAAGCCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112374 AGGTGCAGTGCAGTTGCCTAATGGGAACCTTGTCCAGTTCAGTCAAGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCAGCAACCAAATAAACTCCAGTGGCCACTACCAGTATCACACCGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112424 TCAGCAACCAAATAAACTCCAGTGGCCACTACCAGTATCACACCGTGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGGATTCCGGCCTGTACAAAGAGCTACTCCATAAATTACATCTTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112474 AAGGATTCCGGCCTGTACAAAGAGCTACTCCATAAATTACATCTTGCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGTGGGAGATTGCATGGGAGACTCCGGTGACAAACCCTTAAGGCGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112524 GGTGGGAGATTGCATGGGAGACTCCGGTGACAAACCCTTAAGGCGCAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATAGCTATACTTCCTATACCATGGCAATATGTGGCATGCCTCTGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112574 ATAGCTATACTTCCTATACCATGGCAATATGTGGCATGCCTCTGGATTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTCCGTGCCAAAGAAGGTGAACAGAAGGGCGAAGAAATGGAGAAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112624 TTCCGTGCCAAAGAAGGTGAACAGAAGGGCGAAGAAATGGAGAAGCTGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ATGGCCTAATGCAGACTCCAAGAAGCGAATTCGAATGGACAGTTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112674 ATGGCCTAATGCAGACTCCAAGAAGCGAATTCGAATGGACAGTTACACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GTTACTGCAATGCTGTGTCTGACCTTCACTCAGCATCTGAGATAGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112724 GTTACTGCAATGCTGTGTCTGACCTTCACTCAGCATCTGAGATAGACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AGTGTCAAGGCAGAGATGGGTCTAGGTGACAGAAAAGGAAGTAATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112774 AGTGTCAAGGCAGAGATGGGTCTAGGTGACAGAAAAGGAAGTAATGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TCTAGAAGAATGGTATGACCAGGATAAGCCTGAAGTCTCTCTCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112824 TCTAGAAGAATGGTATGACCAGGATAAGCCTGAAGTCTCTCTCCTCTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AGTTCCTGCAGATCCTTACAGCCTGCTTTGGGTCATTCGCCCATGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112874 AGTTCCTGCAGATCCTTACAGCCTGCTTTGGGTCATTCGCCCATGGTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AATGACGTAAG         CAATGCCATTGGGCCTCTGGTTGCTTTATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112924 AATGACGTAAGGTC...CAGCAATGCCATTGGGCCTCTGGTTGCTTTATA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TTTGGTTTATGACACAGGAGATGTTTCTTCAAAAGTGGCAACACCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113589 TTTGGTTTATGACACAGGAGATGTTTCTTCAAAAGTGGCAACACCAATAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GGCTTCTACTCTATGGTGGTGTTGGTATCTGTGTTGGTCTGTGGGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113639 GGCTTCTACTCTATGGTGGTGTTGGTATCTGTGTTGGTCTGTGGGTTTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GGAAGAAGAGTTATCCAGACCATGGGGAAGGATCTGACACCGATCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113689 GGAAGAAGAGTTATCCAGACCATGGGGAAGGATCTGACACCGATCACACC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CTCTAG         TGGCTTCAGTATTGAACTGGCATCTGCCCTCACTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113739 CTCTAGGTA...TAGTGGCTTCAGTATTGAACTGGCATCTGCCCTCACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGGTGATTGCATCAAATATTGGCCTTCCCATCAGTACAACACATTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114349 TGGTGATTGCATCAAATATTGGCCTTCCCATCAGTACAACACATTGTAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879          GTGGGCTCTGTTGTGTCTGTTGGCTGGCTCCGGTCCAAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114399 GTA...TAGGTGGGCTCTGTTGTGTCTGTTGGCTGGCTCCGGTCCAAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGCTGTTGACTGGCGTCTCTTTCGTAACATTTTTATGGCCTGGTTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116077 GGCTGTTGACTGGCGTCTCTTTCGTAACATTTTTATGGCCTGGTTTGTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CAGTCCCCATTTCTGGAGTTATCAGTGCTGCCATCATGGCAATCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116127 CAGTCCCCATTTCTGGAGTTATCAGTGCTGCCATCATGGCAATCTTCAGA

   2100     .    :    .
   2020 TATGTCATCCTCAGAATG
        ||||||||||||||||||
 116177 TATGTCATCCTCAGAATG