seq1 = pF1KE4556.tfa, 2031 bp
seq2 = pF1KE4556/gi568815595r_32897048.tfa (gi568815595r:32897048_33197085), 300038 bp

>pF1KE4556 2031
>gi568815595r:32897048_33197085 (Chr3)

(complement)

1-75  (100001-100075)   97% ->
76-245  (124373-124542)   100% ->
246-396  (128116-128266)   100% ->
397-457  (128796-128856)   100% ->
458-552  (131529-131623)   100% ->
553-733  (138817-138997)   100% ->
734-792  (143537-143595)   100% ->
793-914  (145082-145203)   100% ->
915-955  (145288-145328)   100% ->
956-1068  (150854-150966)   100% ->
1069-1143  (172761-172835)   100% ->
1144-1233  (175431-175520)   100% ->
1234-1347  (178525-178638)   100% ->
1348-1479  (180246-180377)   100% ->
1480-1734  (182776-183030)   99% ->
1735-2031  (199742-200038)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGGTTCCTGGTTCGCATCCTCCTTCTGCTGCTGGTTCTGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGGGTTCCTGGTTCGCATCCTCCCTCTGTTGCTGGTTCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGGCCCTACGCGCGGCTTGCGC         AATGCCACCCAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 TCTGGGCCCTACGCGCGGCTTGCGCGTA...TAGAATGCCACCCAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTTTGAAATTGACTATAGCCGGGACTCCTTCCTCAAGGATGGCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124389 TGTTTGAAATTGACTATAGCCGGGACTCCTTCCTCAAGGATGGCCAGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCGCTACATCTCAGGAAGCATTCACTACTCCCGTGTGCCCCGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124439 TTTCGCTACATCTCAGGAAGCATTCACTACTCCCGTGTGCCCCGCTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGAAGGACCGGCTGCTGAAGATGAAGATGGCTGGGCTGAACGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124489 CTGGAAGGACCGGCTGCTGAAGATGAAGATGGCTGGGCTGAACGCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAC         GTATGTGCCCTGGAACTTTCATGAGCCCTGGCCAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124539 AGACGTA...CAGGTATGTGCCCTGGAACTTTCATGAGCCCTGGCCAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTACCAGTTTTCTGAGGACCATGATGTGGAATATTTTCTTCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128153 CAGTACCAGTTTTCTGAGGACCATGATGTGGAATATTTTCTTCGGCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCATGAGCTGGGACTGCTGGTTATCCTGAGGCCCGGGCCCTACATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128203 TCATGAGCTGGGACTGCTGGTTATCCTGAGGCCCGGGCCCTACATCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAGTGGGAAATG         GGAGGATTACCTGCTTGGCTGCTAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128253 CAGAGTGGGAAATGGTG...TAGGGAGGATTACCTGCTTGGCTGCTAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGAGTCTATTCTTCTCCGCTCCTCCGACCCAG         ATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128823 AAAGAGTCTATTCTTCTCCGCTCCTCCGACCCAGGTA...CAGATTACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCAGCTGTGGACAAGTGGTTGGGAGTCCTTCTGCCCAAGATGAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131536 GGCAGCTGTGGACAAGTGGTTGGGAGTCCTTCTGCCCAAGATGAAGCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTCTATCAGAATGGAGGGCCAGTTATAACAGTGCAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131586 TCCTCTATCAGAATGGAGGGCCAGTTATAACAGTGCAGGTA...CAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAAATGAATATGGCAGCTACTTTGCCTGTGATTTTGACTACCTGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138820 GAAAATGAATATGGCAGCTACTTTGCCTGTGATTTTGACTACCTGCGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGCAGAAGCGCTTTCGCCACCATCTGGGGGATGATGTGGTTCTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138870 CCTGCAGAAGCGCTTTCGCCACCATCTGGGGGATGATGTGGTTCTGTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACTGATGGAGCACATAAAACATTCCTGAAATGTGGGGCCCTGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138920 CCACTGATGGAGCACATAAAACATTCCTGAAATGTGGGGCCCTGCAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCTACACCACGGTGGACTTTGGAACAG         GCAGCAACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138970 CTCTACACCACGGTGGACTTTGGAACAGGTT...CAGGCAGCAACATCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGATGCTTTCCTAAGCCAGAGGAAGTGTGAGCCCAAAGGACCCTTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 143550 AGATGCTTTCCTAAGCCAGAGGAAGTGTGAGCCCAAAGGACCCTTGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      ATCAATTCTGAATTCTATACTGGCTGGCTAGATCACTGGGGCCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143600 ..TAGATCAATTCTGAATTCTATACTGGCTGGCTAGATCACTGGGGCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTCACTCCACAATCAAGACCGAAGCAGTGGCTTCCTCCCTCTATGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145127 CCTCACTCCACAATCAAGACCGAAGCAGTGGCTTCCTCCCTCTATGATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTTGCCCGTGGGGCGAGTGTGAACTT         GTACATGTTTATAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 145177 ACTTGCCCGTGGGGCGAGTGTGAACTTGTG...TAGGTACATGTTTATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GTGGGACCAATTTTGCCTATTGGAATG         GGGCCAACTCACCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 145302 GTGGGACCAATTTTGCCTATTGGAATGGTA...TAGGGGCCAACTCACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TATGCAGCACAGCCCACCAGCTACGACTATGATGCCCCACTGAGTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150868 TATGCAGCACAGCCCACCAGCTACGACTATGATGCCCCACTGAGTGAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGGGACCTCACTGAGAAGTATTTTGCTCTGCGAAACATCATCCAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 150918 TGGGGACCTCACTGAGAAGTATTTTGCTCTGCGAAACATCATCCAGAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069         TTTGAAAAAGTACCAGAAGGTCCTATCCCTCCATCTACACCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150968 TG...TAGTTTGAAAAAGTACCAGAAGGTCCTATCCCTCCATCTACACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGTTTGCATATGGAAAGGTCACTTTGGAAAAG         TTAAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 172803 AAGTTTGCATATGGAAAGGTCACTTTGGAAAAGGTA...CAGTTAAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AGTGGGAGCAGCTCTGGACATTCTGTGTCCCTCTGGGCCCATCAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175439 AGTGGGAGCAGCTCTGGACATTCTGTGTCCCTCTGGGCCCATCAAAAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTTATCCCTTGACATTTATCCAGGTGAAACAG         CATTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 175489 TTTATCCCTTGACATTTATCCAGGTGAAACAGGTA...CAGCATTATGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TTTGTGCTGTACCGGACAACACTTCCTCAAGATTGCAGCAACCCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178534 TTTGTGCTGTACCGGACAACACTTCCTCAAGATTGCAGCAACCCAGCACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCTCTCTTCACCCCTCAATGGAGTCCACGATCGAGCATATGTTGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178584 TCTCTCTTCACCCCTCAATGGAGTCCACGATCGAGCATATGTTGCTGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATGGG         ATCCCCCAGGGAGTCCTTGAGCGAAACAATGTGATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178634 ATGGGGTA...CAGATCCCCCAGGGAGTCCTTGAGCGAAACAATGTGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ACTCTGAACATAACAGGGAAAGCTGGAGCCACTCTGGACCTTCTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180282 ACTCTGAACATAACAGGGAAAGCTGGAGCCACTCTGGACCTTCTGGTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GAACATGGGACGTGTGAACTATGGTGCATATATCAACGATTTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 180332 GAACATGGGACGTGTGAACTATGGTGCATATATCAACGATTTTAAGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480      GGTTTGGTTTCTAACCTGACTCTCAGTTCCAATATCCTCACGGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180382 ..CAGGGTTTGGTTTCTAACCTGACTCTCAGTTCCAATATCCTCACGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TGGACGATCTTTCCACTGGACACTGAGGATGCAGTGCGCAGCCACCTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 182821 TGGACGATCTTTCCACTGGACACTGAGGATGCAGTGTGCAGCCACCTGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGGCTGGGGACACCGTGACAGTGGCCACCATGATGAAGCCTGGGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182871 GGGCTGGGGACACCGTGACAGTGGCCACCATGATGAAGCCTGGGCCCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ACTCATCCAACTACACGCTCCCGGCCTTTTATATGGGGAACTTCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182921 ACTCATCCAACTACACGCTCCCGGCCTTTTATATGGGGAACTTCTCCATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CCCAGTGGGATCCCAGACTTGCCCCAGGACACCTTTATCCAGTTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182971 CCCAGTGGGATCCCAGACTTGCCCCAGGACACCTTTATCCAGTTTCCTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 ATGGACCAAG         GGCCAGGTCTGGATTAATGGCTTTAACCTTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 183021 ATGGACCAAGGTA...CAGGGCCAGGTCTGGATTAATGGCTTTAACCTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GCCGCTATTGGCCAGCCCGGGGCCCTCAGTTGACCTTGTTTGTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199773 GCCGCTATTGGCCAGCCCGGGGCCCTCAGTTGACCTTGTTTGTGCCCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CACATCCTGATGACCTCGGCCCCAAACACCATCACCGTGCTGGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199823 CACATCCTGATGACCTCGGCCCCAAACACCATCACCGTGCTGGAACTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GTGGGCACCCTGCAGCAGTGATGATCCAGAACTATGTGCTGTGACGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199873 GTGGGCACCCTGCAGCAGTGATGATCCAGAACTATGTGCTGTGACGTTCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGGACAGGCCAGTTATTGGCTCATCTGTGACCTACGATCATCCCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199923 TGGACAGGCCAGTTATTGGCTCATCTGTGACCTACGATCATCCCTCCAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CCTGTTGAAAAAAGACTCATGCCCCCACCCCCGCAAAAAAACAAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199973 CCTGTTGAAAAAAGACTCATGCCCCCACCCCCGCAAAAAAACAAAGATTC

   2150     .    :    .
   2016 ATGGCTGGACCATGTA
        ||||||||||||||||
 200023 ATGGCTGGACCATGTA