seq1 = pF1KE4553.tfa, 1995 bp
seq2 = pF1KE4553/gi568815582f_29690760.tfa (gi568815582f:29690760_29905307), 214548 bp

>pF1KE4553 1995
>gi568815582f:29690760_29905307 (Chr16)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-266  (106134-106329)   100% ->
267-394  (107615-107742)   100% ->
395-549  (107834-107988)   100% ->
550-759  (108216-108425)   100% ->
760-990  (108505-108735)   100% ->
991-1144  (108869-109022)   100% ->
1145-1280  (109154-109289)   99% ->
1281-1449  (112010-112178)   99% ->
1450-1609  (112690-112849)   100% ->
1610-1677  (113239-113306)   100% ->
1678-1890  (114055-114267)   100% ->
1891-1950  (114356-114415)   100% ->
1951-1995  (114504-114548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGGCGGCTCGACGCAGCAGAGGCGACGCGAGATGGCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGGGCGGCTCGACGCAGCAGAGGCGACGCGAGATGGCGGCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAGCGGCGGCGATCTCAG         GAGCTGGTCGCTGTCGGCTAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 TTCAGCGGCGGCGATCTCAGGTA...CAGGAGCTGGTCGCTGTCGGCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAGATTGGAGCTACTCGTCGTCCACCTCCAGCTCGCGTAAGGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106155 GCAAGATTGGAGCTACTCGTCGTCCACCTCCAGCTCGCGTAAGGGTGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCGACTGCGGCCATTTGTGGATGGAACAGCGGGAGCAAGTGATCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106205 GTGCGACTGCGGCCATTTGTGGATGGAACAGCGGGAGCAAGTGATCCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTGTGCGGGGCATGGACAGCTGCTCTCTAGAGATTGCTAACTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106255 CTGTGTGCGGGGCATGGACAGCTGCTCTCTAGAGATTGCTAACTGGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCACCAGGAGACTCTCAAATACCA         GTTTGATGCCTTCTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106305 ACCACCAGGAGACTCTCAAATACCAGTA...CAGGTTTGATGCCTTCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGGAGAGGAGTACTCAGCAGGACATCTATGCAGGTTCAGTGCAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107631 GGGGAGAGGAGTACTCAGCAGGACATCTATGCAGGTTCAGTGCAGCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTAAGGCACTTGCTGGAAGGGCAGAATGCCAGTGTGCTTGCCTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107681 CCTAAGGCACTTGCTGGAAGGGCAGAATGCCAGTGTGCTTGCCTATGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACAGGAGCTG         GGAAGACGCACACAATGCTGGGCAGCCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107731 CCACAGGAGCTGGTG...CAGGGAAGACGCACACAATGCTGGGCAGCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCAACCTGGGGTGATCCCGCGGGCTCTCATGGACCTCCTGCAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107863 GAGCAACCTGGGGTGATCCCGCGGGCTCTCATGGACCTCCTGCAGCTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGGGAGGAGGGTGCCGAGGGCCGGCCATGGGCCCTTTCTGTCACCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107913 AAGGGAGGAGGGTGCCGAGGGCCGGCCATGGGCCCTTTCTGTCACCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTACCTAGAGATCTACCAGGAGAAG         GTATTAGACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107963 CTTACCTAGAGATCTACCAGGAGAAGGTG...CAGGTATTAGACCTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACCCTGCTTCGGGAGACCTGGTAATCCGAGAAGACTGCCGGGGGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108231 GACCCTGCTTCGGGAGACCTGGTAATCCGAGAAGACTGCCGGGGGAATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGATTCCGGGTCTCTCCCAGAAGCCCATCAGTAGCTTTGCTGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108281 CCTGATTCCGGGTCTCTCCCAGAAGCCCATCAGTAGCTTTGCTGATTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCGGCACTTCCTGCCAGCCAGTCGAAATCGGACTGTAGGAGCCACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108331 AGCGGCACTTCCTGCCAGCCAGTCGAAATCGGACTGTAGGAGCCACCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCAACCAGCGCTCCTCCCGCAGTCATGCTGTGCTCCTGGTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108381 CTCAACCAGCGCTCCTCCCGCAGTCATGCTGTGCTCCTGGTCAAGGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760     GTGGACCAGCGGGAACGTTTGGCCCCATTTCGCCAGCGAGAGGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108431 .CAGGTGGACCAGCGGGAACGTTTGGCCCCATTTCGCCAGCGAGAGGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACTCTACCTGATTGACTTGGCTGGGTCAGAGGACAACCGGCGCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108551 AACTCTACCTGATTGACTTGGCTGGGTCAGAGGACAACCGGCGCACAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACAAGGGCCTTCGGCTAAAAGAGAGTGGAGCCATCAACACCTCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108601 AACAAGGGCCTTCGGCTAAAAGAGAGTGGAGCCATCAACACCTCCCTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTCCTGGGCAAAGTGGTAGATGCGCTGAATCAGGGCCTCCCTCGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108651 TGTCCTGGGCAAAGTGGTAGATGCGCTGAATCAGGGCCTCCCTCGTGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTATCGGGACAGCAAGCTCACTCGCCTATTGCAG         GACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108701 CTTATCGGGACAGCAAGCTCACTCGCCTATTGCAGGTC...CAGGACTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGGTGGCTCAGCCCACAGTATCCTTATTGCCAACATTGCCCCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108875 CTGGGTGGCTCAGCCCACAGTATCCTTATTGCCAACATTGCCCCTGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACGCTTCTACCTAGACACAGTCTCCGCACTCAACTTTGCTGCCAGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108925 ACGCTTCTACCTAGACACAGTCTCCGCACTCAACTTTGCTGCCAGGTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGAGGTGATCAATCGGCCTTTTACCAATGAGAGCCTGCAGCCTCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108975 AGGAGGTGATCAATCGGCCTTTTACCAATGAGAGCCTGCAGCCTCATGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145        CCTTGGGACCTGTTAAGCTGTCTCAGAAAGAATTGCTTGGTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109025 G...TAGCCTTGGGACCTGTTAAGCTGTCTCAGAAAGAATTGCTTGGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACCAGAGGCAAAGAGAGCCCGAGGCCCTGAGGAAGAGGAGATTGGGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 109197 ACCAGAGGCAAAGAGAGCCCGAGGCCCTGAGGAAGAGGAGATCGGGAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CTGAGCCCATGGCAGCTCCAGCCTCTGCCTCCCAGAAACTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109247 CTGAGCCCATGGCAGCTCCAGCCTCTGCCTCCCAGAAACTCAGGTG...C

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1281   CCCCCTACAGAAGCTAAGCAGCATGGACCCGGCCATGCTGGAGCGCCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112008 AGCCCCCTACAGAAGCTAAGCAGCATGGACCCGGCCATGCTGGAGCGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTCAGCTTGGACCGTCTGCTTGCCTCCCAGGGGAGCCAGGGGGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112058 CCTCAGCTTGGACCGTCTGCTTGCCTCCCAGGGGAGCCAGGGGGCCCCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGTTGAGTACCCCAAAGCGAGAGCGGATGGTGCTAATGAAGACAGTAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 112108 TGTTGAGTACCCCAAAGCGAGAGCGGATGGTGCTAATGAAGACAGTGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAGAAGGACCTAGAGATTGAG         AGGCTTAAGACGAAGCAAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112158 GAGAAGGACCTAGAGATTGAGGTA...CAGAGGCTTAAGACGAAGCAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGAACTGGAGGCCAAGATGTTGGCCCAGAAGGCTGAGGAAAAGGAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112710 AGAACTGGAGGCCAAGATGTTGGCCCAGAAGGCTGAGGAAAAGGAGAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATTGTCCCACAATGCTCCGGCCCCTTTCACATCGCACAGTCACAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112760 ATTGTCCCACAATGCTCCGGCCCCTTTCACATCGCACAGTCACAGGGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AAGCCCCTGAAAAAGGCTGTGGTGATGCCCCTACAGCTAA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112810 AAGCCCCTGAAAAAGGCTGTGGTGATGCCCCTACAGCTAAGTA...CAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCAGGAGCAGGCAGCATCCCCAAATGCCGAGATCCACATCCTGAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113240 TCAGGAGCAGGCAGCATCCCCAAATGCCGAGATCCACATCCTGAAGAATA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AAGGCCGGAAGAGAAAG         CTGGAGTCCCTGGATGCCCTAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113290 AAGGCCGGAAGAGAAAGGTG...CAGCTGGAGTCCCTGGATGCCCTAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CCTGAGGAGAAGGCTGAGGACTGCTGGGAGCTACAGATCAGCCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114079 CCTGAGGAGAAGGCTGAGGACTGCTGGGAGCTACAGATCAGCCCGGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ACTGGCTCATGGGCGCCAAAAAATACTGGATCTGCTGAACGAAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114129 ACTGGCTCATGGGCGCCAAAAAATACTGGATCTGCTGAACGAAGGCTCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCCGAGATCTCCGCAGTCTTCAGCGCATTGGCCCGAAGAAGGCCCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114179 CCCGAGATCTCCGCAGTCTTCAGCGCATTGGCCCGAAGAAGGCCCAGCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ATCGTGGGCTGGCGGGAGCTCCACGGCCCCTTCAGCCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114229 ATCGTGGGCTGGCGGGAGCTCCACGGCCCCTTCAGCCAGGTA...CAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GGAGGACCTGGAACGCGTGGAGGGCATAACGGGGAAACAGATGGAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114358 GGAGGACCTGGAACGCGTGGAGGGCATAACGGGGAAACAGATGGAGTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCCTGAAG         GCAAACATCCTGGGTCTCGCCGCCGGCCAGCGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 114408 TCCTGAAGGTG...CAGGCAAACATCCTGGGTCTCGCCGCCGGCCAGCGC

   2100     .    :
   1984 TGTGGCGCCTCC
        ||||||||||||
 114537 TGTGGCGCCTCC