seq1 = pF1KE4551.tfa, 1983 bp
seq2 = pF1KE4551/gi568815586r_55854217.tfa (gi568815586r:55854217_56066011), 211795 bp

>pF1KE4551 1983
>gi568815586r:55854217_56066011 (Chr12)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-187  (104280-104390)   100% ->
188-334  (104549-104695)   100% ->
335-469  (107405-107539)   100% ->
470-631  (107928-108089)   100% ->
632-1354  (108341-109063)   99% ->
1355-1471  (109793-109909)   100% ->
1472-1556  (110149-110233)   100% ->
1557-1762  (110343-110548)   100% ->
1763-1850  (110651-110738)   100% ->
1851-1983  (111663-111795)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTGGTGCTAAAAAGATGCCTTCTTCATTTGGCTGTGATAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTGGTGCTAAAAAGATGCCTTCTTCATTTGGCTGTGATAGGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGCTGGCTGTGGGGGCTACAAAAG         TACCCAGAAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 TTTGCTGGCTGTGGGGGCTACAAAAGGTA...TAGTACCCAGAAACCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGGCTTGGTGTCTCAAGGCAACTCAGAACCAAAGCCTGGAACAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104295 ACTGGCTTGGTGTCTCAAGGCAACTCAGAACCAAAGCCTGGAACAGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTATCCAGAGTGGACAGAAGCCCAGAGACTTGACTGCTGGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104345 CTGTATCCAGAGTGGACAGAAGCCCAGAGACTTGACTGCTGGAGAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GTGGTCAAGTGTCCCTCAAGGTCAGTAATGATGGGCCTACACTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104395 ..CAGGTGGTCAAGTGTCCCTCAAGGTCAGTAATGATGGGCCTACACTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGTGCAAATGCCTCCTTCTCTATTGCCTTGAACTTCCCTGGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104594 TTGGTGCAAATGCCTCCTTCTCTATTGCCTTGAACTTCCCTGGAAGCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGGTATTGCCAGATGGGCAGGTTATCTGGGTCAACAATACCATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104644 AAGGTATTGCCAGATGGGCAGGTTATCTGGGTCAACAATACCATCATCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TG         GGAGCCAGGTGTGGGGAGGACAGCCAGTGTATCCCCAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104694 TGGTG...CAGGGAGCCAGGTGTGGGGAGGACAGCCAGTGTATCCCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAACTGACGATGCCTGCATCTTCCCTGATGGTGGACCTTGCCCATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107444 AAACTGACGATGCCTGCATCTTCCCTGATGGTGGACCTTGCCCATCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTTGGTCTCAGAAGAGAAGCTTTGTTTATGTCTGGAAGACCTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107494 TCTTGGTCTCAGAAGAGAAGCTTTGTTTATGTCTGGAAGACCTGGGGTG.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470      GCCAATACTGGCAAGTTCTAGGGGGCCCAGTGTCTGGGCTGAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107544 ..CAGGCCAATACTGGCAAGTTCTAGGGGGCCCAGTGTCTGGGCTGAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGGACAGGCAGGGCAATGCTGGGCACACACACCATGGAAGTGACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107973 TTGGGACAGGCAGGGCAATGCTGGGCACACACACCATGGAAGTGACTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACCATCGCCGGGGATCCCGGAGCTATGTGCCTCTTGCTCATTCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108023 TACCATCGCCGGGGATCCCGGAGCTATGTGCCTCTTGCTCATTCCAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCCTTCACCATTACTG         ACCAGGTGCCTTTCTCCGTGAGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108073 AGCCTTCACCATTACTGGTA...CAGACCAGGTGCCTTTCTCCGTGAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTCCCAGTTGCGGGCCTTGGATGGAGGGAACAAGCACTTCCTGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108365 TGTCCCAGTTGCGGGCCTTGGATGGAGGGAACAAGCACTTCCTGAGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGCCTCTGACCTTTGCCCTCCAGCTCCATGACCCTAGTGGCTATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 108415 CAGCCTCTGACCTTTGCCCTCCAGCTCCATGACCCCAGTGGCTATCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAAGCTGACCTCTCCTACACCTGGGACTTTGGAGACAGTAGTGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108465 TGAAGCTGACCTCTCCTACACCTGGGACTTTGGAGACAGTAGTGGAACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGATCTCTCGGGCACTTGTGGTCACTCATACTTACCTGGAGCCTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108515 TGATCTCTCGGGCACTTGTGGTCACTCATACTTACCTGGAGCCTGGCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTCACTGCCCAGGTGGTCCTGCAGGCTGCCATTCCTCTCACCTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108565 GTCACTGCCCAGGTGGTCCTGCAGGCTGCCATTCCTCTCACCTCCTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTACTCCCCAGTTCCAGGCACCACAGATGGGCACAGGCCAACTGCAGAGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108615 CTCCTCCCCAGTTCCAGGCACCACAGATGGGCACAGGCCAACTGCAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCCTAACACCACAGCTGGCCAAGTGCCTACTACAGAAGTTGTGGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108665 CCCCTAACACCACAGCTGGCCAAGTGCCTACTACAGAAGTTGTGGGTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACACCTGGTCAGGCGCCAACTGCAGAGCCCTCTGGAACCACATCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108715 ACACCTGGTCAGGCGCCAACTGCAGAGCCCTCTGGAACCACATCTGTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGTGCCAACCACTGAAGTCATAAGCACTGCACCTGTGCAGATGCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108765 GGTGCCAACCACTGAAGTCATAAGCACTGCACCTGTGCAGATGCCAACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAGAGAGCACAGGTATGACACCTGAGAAGGTGCCAGTTTCAGAGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108815 CAGAGAGCACAGGTATGACACCTGAGAAGGTGCCAGTTTCAGAGGTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGTACCACACTGGCAGAGATGTCAACTCCAGAGGCTACAGGTATGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108865 GGTACCACACTGGCAGAGATGTCAACTCCAGAGGCTACAGGTATGACACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGCAGAGGTATCAATTGTGGTGCTTTCTGGAACCACAGCTGCACAGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108915 TGCAGAGGTATCAATTGTGGTGCTTTCTGGAACCACAGCTGCACAGGTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAACTACAGAGTGGGTGGAGACCACAGCTAGAGAGCTACCTATCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108965 CAACTACAGAGTGGGTGGAGACCACAGCTAGAGAGCTACCTATCCCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCTGAAGGTCCAGATGCCAGCTCAATCATGTCTACGGAAAGTATTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109015 CCTGAAGGTCCAGATGCCAGCTCAATCATGTCTACGGAAAGTATTACAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1355         GTTCCCTGGGCCCCCTGCTGGATGGTACAGCCACCTTAAGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109065 TA...CAGGTTCCCTGGGCCCCCTGCTGGATGGTACAGCCACCTTAAGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGGTGAAGAGACAAGTCCCCCTGGATTGTGTTCTGTATCGATATGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109835 TGGTGAAGAGACAAGTCCCCCTGGATTGTGTTCTGTATCGATATGGTTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TTTTCCGTCACCCTGGACATTGTCC         AGGGTATTGAAAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109885 TTTTCCGTCACCCTGGACATTGTCCGTG...CAGAGGGTATTGAAAGTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGAGATCCTGCAGGCTGTGCCGTCCGGTGAGGGGGATGCATTTGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110165 CGAGATCCTGCAGGCTGTGCCGTCCGGTGAGGGGGATGCATTTGAGCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CTGTGTCCTGCCAAGGCGG         GCTGCCCAAGGAAGCCTGCATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110215 CTGTGTCCTGCCAAGGCGGGTG...CAGGCTGCCCAAGGAAGCCTGCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAGATCTCATCGCCAGGGTGCCAGCCCCCTGCCCAGCGGCTGTGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110365 GAGATCTCATCGCCAGGGTGCCAGCCCCCTGCCCAGCGGCTGTGCCAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGTGCTACCCAGCCCAGCCTGCCAGCTGGTTCTGCACCAGATACTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110415 TGTGCTACCCAGCCCAGCCTGCCAGCTGGTTCTGCACCAGATACTGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GTGGCTCGGGGACATACTGCCTCAATGTGTCTCTGGCTGATACCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110465 GTGGCTCGGGGACATACTGCCTCAATGTGTCTCTGGCTGATACCAACAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTGGCAGTGGTCAGCACCCAGCTTATCATGCCTG         GTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110515 CTGGCAGTGGTCAGCACCCAGCTTATCATGCCTGGTA...CAGGTCAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AGCAGGCCTTGGGCAGGTTCCGCTGATCGTGGGCATCTTGCTGGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110658 AGCAGGCCTTGGGCAGGTTCCGCTGATCGTGGGCATCTTGCTGGTGTTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TGGCTGTGGTCCTTGCATCTCTGATATATAG         GCGCAGACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110708 TGGCTGTGGTCCTTGCATCTCTGATATATAGGTA...CAGGCGCAGACTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ATGAAGCAAGACTTCTCCGTACCCCAGTTGCCACATAGCAGCAGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111673 ATGAAGCAAGACTTCTCCGTACCCCAGTTGCCACATAGCAGCAGTCACTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTGCGTCTACCCCGCATCTTCTGCTCTTGTCCCATTGGTGAGAATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 111723 GCTGCGTCTACCCCGCATCTTCTGCTCTTGTCCCATTGGTGAGAACAGCC

   2050     .    :    .    :
   1961 CCCTCCTCAGTGGGCAGCAGGTC
        |||||||||||||||||||||||
 111773 CCCTCCTCAGTGGGCAGCAGGTC