seq1 = pF1KE4546.tfa, 1920 bp
seq2 = pF1KE4546/gi568815592f_52320411.tfa (gi568815592f:52320411_52592338), 271928 bp

>pF1KE4546 1920
>gi568815592f:52320411_52592338 (Chr6)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-285  (103536-103757)   100% ->
286-573  (117894-118181)   100% ->
574-723  (132278-132427)   100% ->
724-916  (133685-133877)   99% ->
917-1137  (144485-144705)   100% ->
1138-1278  (148923-149063)   100% ->
1279-1492  (158627-158840)   100% ->
1493-1640  (159230-159377)   100% ->
1641-1851  (169730-169940)   100% ->
1852-1920  (171860-171928)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTCCAATCCCGTGCATGGCTTGCCCTTTCTTCCGGGCACGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTCCAATCCCGTGCATGGCTTGCCCTTTCTTCCGGGCACGTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGGACTCTACG         AAAACAGCCTTCCACAGAAGTCAGACGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAGGACTCTACGGTG...CAGAAAACAGCCTTCCACAGAAGTCAGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGCTACAGGAACGGCTATGCAATTGTTCGACGTCCAACAGTTGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103564 TGAGCTACAGGAACGGCTATGCAATTGTTCGACGTCCAACAGTTGGGATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCGGAGACCGGCTCCAGTTCAACCAGCTGTCCCAGGCTGAGCTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103614 GGCGGAGACCGGCTCCAGTTCAACCAGCTGTCCCAGGCTGAGCTGGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGGCCAGTAAGGCACCAGTCTTAACTTATGGCCAACCTAAACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103664 GTTGGCCAGTAAGGCACCAGTCTTAACTTATGGCCAACCTAAACAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCTGCGGATTTTATTCCTGCGCATGTGGCCTTTGACAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103714 CACCTGCGGATTTTATTCCTGCGCATGTGGCCTTTGACAAAAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    GTACTGAAATTTGATGCCTATTTCCAAGAAGATGTTCCTATGTCAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117891 TAGGTACTGAAATTTGATGCCTATTTCCAAGAAGATGTTCCTATGTCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGGAACAGTATAGGATCCGTCAGGTGAACATTTACTATTATCTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117941 TGAGGAACAGTATAGGATCCGTCAGGTGAACATTTACTATTATCTAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGACAGCATGTCTGTCATAGAGCCTGTTGTAGAAAATTCTGGAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117991 ATGACAGCATGTCTGTCATAGAGCCTGTTGTAGAAAATTCTGGAATCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAGGCAAGTTAATAAAACGCCAGCGGCTAGCCAAGAATGACCGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118041 CAAGGCAAGTTAATAAAACGCCAGCGGCTAGCCAAGAATGACCGGGGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCATTACCATTGGAAAGACCTAAATCGAGGAATAAACATCACAATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118091 CCATTACCATTGGAAAGACCTAAATCGAGGAATAAACATCACAATTTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCAAAACTTTCCGCGTTGTTGACTGTGACCAATTCACACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118141 GCAAAACTTTCCGCGTTGTTGACTGTGACCAATTCACACAGGTA...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTATTTTTAGAAAGCCAAGGAATTGAGTTAAATCCACCAGAGAAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132278 GTATTTTTAGAAAGCCAAGGAATTGAGTTAAATCCACCAGAGAAGATGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCTTGATCCTTACACTGAACTCCGAAAACAGCCTCTTCGTAAGTATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132328 TCTTGATCCTTACACTGAACTCCGAAAACAGCCTCTTCGTAAGTATGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCCATCAGACTTTGATCAACTCAAGCAATTTCTCACCTTTGACAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132378 CCCCATCAGACTTTGATCAACTCAAGCAATTTCTCACCTTTGACAAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724          GTCCTTCGATTCTATGCAATCTGGGATGATACAGACAGCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132428 GTA...AAGGTCCTTCGATTCTATGCAATCTGGGATGATACAGACAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTATGGTGAATGTCGGACCTACATCATTCATTACTATCTTATGGATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133726 GTATGGTGAATGTCGGACCTACATCATTCATTACTATCTTATGGATGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGGTGGAAATTCGAGAGGTCCACGAACGGAATGATGGGATAGATCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 133776 CGGTGGAAATTCGAGAGGTCCACGAACGGAATGATGGGAGAGATCCTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCACTCCTAATGAACCGCCAGCGTGTGCCCAAAGTTTTGGTGGAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133826 CCACTCCTAATGAACCGCCAGCGTGTGCCCAAAGTTTTGGTGGAAAATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AA         AGAACTTCCCTCAGTGTGTGCTAGAAATCTCTGACCAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133876 AAGTA...TAGAGAACTTCCCTCAGTGTGTGCTAGAAATCTCTGACCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGTGTTGGAATGGTATACTGCTAAAGACTTCATTGTTGGGAAGTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144524 AAGTGTTGGAATGGTATACTGCTAAAGACTTCATTGTTGGGAAGTCACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACTATCCTTGGGAGAACTTTCTTCATTTATGATTGTGATCCATTTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144574 ACTATCCTTGGGAGAACTTTCTTCATTTATGATTGTGATCCATTTACTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACGGTATTACAAAGAGAAGTTTGGAATCACTGATTTACCACGTATTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144624 ACGGTATTACAAAGAGAAGTTTGGAATCACTGATTTACCACGTATTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGAGCAAGCGGGAACCACCTCCAGTAAAACAG         GAGTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 144674 TGAGCAAGCGGGAACCACCTCCAGTAAAACAGGTA...CAGGAGTTGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTTATAACGGTTTTGGACTAGTGGAAGATTCTGCTCAGAATTGTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148932 CCTTATAACGGTTTTGGACTAGTGGAAGATTCTGCTCAGAATTGTTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTCATTCCAAAAGCTCCAAAAAAAGACGTTATTAAAATGCTGGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148982 TCTCATTCCAAAAGCTCCAAAAAAAGACGTTATTAAAATGCTGGTGAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATAACAAGGTGCTTCGTTATTTGGCTGTACTG         GAATCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 149032 ATAACAAGGTGCTTCGTTATTTGGCTGTACTGGTG...TAGGAATCCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATCCCAGAAGACAAAGACCGCAGATTTGTCTTCTCTTACTTTCTAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158636 ATCCCAGAAGACAAAGACCGCAGATTTGTCTTCTCTTACTTTCTAGCTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CGACATGATCAGTATCTTTGAGCCTCCTGTTCGCAATTCTGGTATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158686 CGACATGATCAGTATCTTTGAGCCTCCTGTTCGCAATTCTGGTATCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGGGCAAGTACCTTGGCAGGACTAAAGTTGTTAAACCATACTCTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158736 GGGGCAAGTACCTTGGCAGGACTAAAGTTGTTAAACCATACTCTACAGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GACAACCCTGTCTACTATGGCCCCAGTGACTTCTTCATTGGTGCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158786 GACAACCCTGTCTACTATGGCCCCAGTGACTTCTTCATTGGTGCTGTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGAAG         TGTTTGGTCACCGGTTCATCATCCTTGATACAGACG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158836 TGAAGGTA...CAGTGTTTGGTCACCGGTTCATCATCCTTGATACAGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGTATGTTTTGAAATACATGGAGAGCAACGCTGCCCAGTATTCACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159266 AGTATGTTTTGAAATACATGGAGAGCAACGCTGCCCAGTATTCACCAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GCACTCGCGTCAATTCAGAACCATGTCCGAAAGCGAGAAGCGCCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159316 GCACTCGCGTCAATTCAGAACCATGTCCGAAAGCGAGAAGCGCCTGCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGAAGCAGAAAG         CAAGCAAACTGAAAAGGATCCAGGCGTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 159366 AGAAGCAGAAAGGTG...CAGCAAGCAAACTGAAAAGGATCCAGGCGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGGAATTGGAAGCATTAATAGACACAATTCAGAAGCAACTGAAAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169759 AGGAATTGGAAGCATTAATAGACACAATTCAGAAGCAACTGAAAGATCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCATGCAAAGACAACATTCGTGAGGCATTTCAAATTTATGACAAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169809 TCATGCAAAGACAACATTCGTGAGGCATTTCAAATTTATGACAAGGAAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TTCAGGATATGTGGACAGAGACATGTTCTTTAAAATCTGTGAATCGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169859 TTCAGGATATGTGGACAGAGACATGTTCTTTAAAATCTGTGAATCGCTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 ACGTCCCAGTGGATGACTCCTTGGTTAAGGAG         TTACTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| |||||
 169909 ACGTCCCAGTGGATGACTCCTTGGTTAAGGAGGTC...CAGTTAATCAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ATGTGCTCTCATGGAGAAGGCAAAATTAACTACTATAACTTTGTTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171869 ATGTGCTCTCATGGAGAAGGCAAAATTAACTACTATAACTTTGTTCGTGC

   2000     .    :
   1911 TTTCTCAAAC
        ||||||||||
 171919 TTTCTCAAAC