seq1 = pF1KE4545.tfa, 1905 bp
seq2 = pF1KE4545/gi568815575f_153588575.tfa (gi568815575f:153588575_153795211), 206637 bp

>pF1KE4545 1905
>gi568815575f:153588575_153795211 (ChrX)

1-262  (100001-100262)   100% ->
263-394  (101801-101932)   100% ->
395-644  (102730-102979)   100% ->
645-777  (103401-103533)   100% ->
778-912  (104467-104601)   100% ->
913-1016  (104689-104792)   100% ->
1017-1141  (104888-105012)   100% ->
1142-1254  (105331-105443)   100% ->
1255-1392  (105556-105693)   100% ->
1393-1495  (105770-105872)   100% ->
1496-1596  (105959-106059)   100% ->
1597-1767  (106145-106315)   100% ->
1768-1905  (106500-106637)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAGAAGAGCGCCGAGAACGGCATCTATAGCGTGTCCGGCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAAGAAGAGCGCCGAGAACGGCATCTATAGCGTGTCCGGCGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAAGGGCCCCCTCATCGCGCCCGGGCCCGACGGGGCCCCGGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAAGGGCCCCCTCATCGCGCCCGGGCCCGACGGGGCCCCGGCCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGACGGCCCCGTGGGCCTGGGGACACCCGGCGGCCGCCTGGCCGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGACGGCCCCGTGGGCCTGGGGACACCCGGCGGCCGCCTGGCCGTGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCGCGAGACCTGGACGCGCCAGATGGACTTCATCATGTCGTGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCGCGAGACCTGGACGCGCCAGATGGACTTCATCATGTCGTGCGTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCGCCGTGGGCTTGGGCAACGTGTGGCGCTTCCCCTACCTGTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCGCCGTGGGCTTGGGCAACGTGTGGCGCTTCCCCTACCTGTGCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAACGGCGGAG         GTGTGTTCCTTATTCCCTACGTCCTGATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAACGGCGGAGGTG...CAGGTGTGTTCCTTATTCCCTACGTCCTGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCTGGTTGGAGGAATCCCCATTTTCTTCTTAGAGATCTCGCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101830 GCCCTGGTTGGAGGAATCCCCATTTTCTTCTTAGAGATCTCGCTGGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTCATGAAGGCCGGCAGCATCAATGTCTGGAACATCTGTCCCCTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101880 GTTCATGAAGGCCGGCAGCATCAATGTCTGGAACATCTGTCCCCTGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAG         GCCTGGGCTACGCCTCCATGGTGATCGTCTTCTACTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101930 AAGGTG...CAGGCCTGGGCTACGCCTCCATGGTGATCGTCTTCTACTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACACCTACTACATCATGGTGCTGGCCTGGGGCTTCTATTACCTGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102768 AACACCTACTACATCATGGTGCTGGCCTGGGGCTTCTATTACCTGGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCCTTTACCACCACGCTGCCCTGGGCCACATGTGGCCACACCTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102818 GTCCTTTACCACCACGCTGCCCTGGGCCACATGTGGCCACACCTGGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCCCGACTGCGTGGAGATCTTCCGCCATGAAGACTGTGCCAATGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102868 CTCCCGACTGCGTGGAGATCTTCCGCCATGAAGACTGTGCCAATGCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGCCAACCTCACCTGTGACCAGCTTGCTGACCGCCGGTCCCCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102918 CTGGCCAACCTCACCTGTGACCAGCTTGCTGACCGCCGGTCCCCTGTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGAGTTCTGGGA         GAACAAAGTCTTGAGGCTGTCTGGGGGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102968 CGAGTTCTGGGAGTG...TAGGAACAAAGTCTTGAGGCTGTCTGGGGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAGGTGCCAGGGGCCCTCAACTGGGAGGTGACCCTTTGTCTGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103430 TGGAGGTGCCAGGGGCCCTCAACTGGGAGGTGACCCTTTGTCTGCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGCTGGGTGCTGGTCTACTTCTGTGTCTGGAAGGGGGTCAAATCCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103480 TGCTGGGTGCTGGTCTACTTCTGTGTCTGGAAGGGGGTCAAATCCACGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AAAG         ATCGTGTACTTCACTGCTACATTCCCCTACGTGGTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103530 AAAGGTA...CAGATCGTGTACTTCACTGCTACATTCCCCTACGTGGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGTCGTGCTGCTGGTGCGTGGAGTGCTGCTGCCTGGCGCCCTGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 TGGTCGTGCTGCTGGTGCGTGGAGTGCTGCTGCCTGGCGCCCTGGATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCATTTACTATCTCAAGCCTGACTGGTCAAAGCTGGGGTCCCCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104554 ATCATTTACTATCTCAAGCCTGACTGGTCAAAGCTGGGGTCCCCTCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        GTGTGGATAGATGCGGGGACCCAGATTTTCTTTTCTTACGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104604 G...TAGGTGTGGATAGATGCGGGGACCCAGATTTTCTTTTCTTACGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGGCCTGGGGGCCCTCACAGCCCTGGGCAGCTACAACCGCTTCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104732 TTGGCCTGGGGGCCCTCACAGCCCTGGGCAGCTACAACCGCTTCAACAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AACTGCTACAA         GGACGCCATCATCCTGGCTCTCATCAACAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104782 AACTGCTACAAGTA...CAGGGACGCCATCATCCTGGCTCTCATCAACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGGACCAGCTTCTTTGCTGGCTTCGTGGTCTTCTCCATCCTGGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104918 TGGGACCAGCTTCTTTGCTGGCTTCGTGGTCTTCTCCATCCTGGGCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGGCTGCAGAGCAGGGCGTGCACATCTCCAAGGTGGCAGAGTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104968 TGGCTGCAGAGCAGGGCGTGCACATCTCCAAGGTGGCAGAGTCAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142     GGCCGGGCCTGGCCTTCATCGCCTACCCGCGGGCTGTCACGCTGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105018 .CAGGGCCGGGCCTGGCCTTCATCGCCTACCCGCGGGCTGTCACGCTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCCAGTGGCCCCACTCTGGGCTGCCCTGTTCTTCTTCATGCTGTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105377 GCCAGTGGCCCCACTCTGGGCTGCCCTGTTCTTCTTCATGCTGTTGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTGGTCTCGACAGCCAG         TTTGTAGGTGTGGAGGGCTTCATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105427 TTGGTCTCGACAGCCAGGTT...CAGTTTGTAGGTGTGGAGGGCTTCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACCGGCCTCCTCGACCTCCTCCCGGCCTCCTACTACTTCCGTTTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105580 ACCGGCCTCCTCGACCTCCTCCCGGCCTCCTACTACTTCCGTTTCCAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGAGATCTCTGTGGCCCTCTGTTGTGCCCTCTGCTTTGTCATCGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105630 GGAGATCTCTGTGGCCCTCTGTTGTGCCCTCTGCTTTGTCATCGATCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCATGGTGACTGAT         GGCGGGATGTACGTCTTCCAGCTGTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105680 CCATGGTGACTGATGTG...CAGGGCGGGATGTACGTCTTCCAGCTGTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACTACTACTCGGCCAGCGGCACCACCCTGCTCTGGCAGGCCTTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105797 GACTACTACTCGGCCAGCGGCACCACCCTGCTCTGGCAGGCCTTTTGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTGCGTGGTGGTGGCCTGGGTGTACG         GAGCTGACCGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105847 GTGCGTGGTGGTGGCCTGGGTGTACGGTA...CAGGAGCTGACCGCTTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGGACGACATTGCCTGTATGATCGGGTACCGACCTTGCCCCTGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105974 TGGACGACATTGCCTGTATGATCGGGTACCGACCTTGCCCCTGGATGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGGTGCTGGTCCTTCTTCACCCCGCTGGTCTGCATG         GGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106024 TGGTGCTGGTCCTTCTTCACCCCGCTGGTCTGCATGGTA...TAGGGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTTCATCTTCAACGTTGTGTACTACGAGCCGCTGGTCTACAACAACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106150 CTTCATCTTCAACGTTGTGTACTACGAGCCGCTGGTCTACAACAACACCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ACGTGTACCCGTGGTGGGGTGAGGCCATGGGCTGGGCCTTCGCCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106200 ACGTGTACCCGTGGTGGGGTGAGGCCATGGGCTGGGCCTTCGCCCTGTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TCCATGCTGTGCGTGCCGCTGCACCTCCTGGGCTGCCTCCTCAGGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106250 TCCATGCTGTGCGTGCCGCTGCACCTCCTGGGCTGCCTCCTCAGGGCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGGCACCATGGCTGAG         CGCTGGCAGCACCTGACCCAGCCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106300 GGGCACCATGGCTGAGGTA...CAGCGCTGGCAGCACCTGACCCAGCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCTGGGGCCTCCACCACTTGGAGTACCGAGCTCAGGACGCAGATGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106525 TCTGGGGCCTCCACCACTTGGAGTACCGAGCTCAGGACGCAGATGTCAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GGCCTGACCACCCTGACCCCAGTGTCCGAGAGCAGCAAGGTCGTCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106575 GGCCTGACCACCCTGACCCCAGTGTCCGAGAGCAGCAAGGTCGTCGTGGT

   2000     .    :
   1893 GGAGAGTGTCATG
        |||||||||||||
 106625 GGAGAGTGTCATG