seq1 = pF1KE4543.tfa, 1881 bp
seq2 = pF1KE4543/gi568815585r_46027594.tfa (gi568815585r:46027594_46259662), 232069 bp

>pF1KE4543 1881
>gi568815585r:46027594_46259662 (Chr13)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-228  (100674-100837)   100% ->
229-358  (101012-101141)   100% ->
359-491  (103093-103225)   100% ->
492-573  (104777-104858)   100% ->
574-739  (106718-106883)   100% ->
740-882  (108585-108727)   100% ->
883-978  (111216-111311)   100% ->
979-1174  (112560-112755)   100% ->
1175-1253  (115143-115221)   100% ->
1254-1368  (116259-116373)   100% ->
1369-1502  (117238-117371)   100% ->
1503-1626  (125413-125536)   99% ->
1627-1751  (128725-128849)   100% ->
1752-1881  (131940-132069)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGAGGATCAGTGTCCGATGAGGAAATGATGGAGCTCAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGAGGATCAGTGTCCGATGAGGAAATGATGGAGCTCAGAGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTTGCCAAAGTTG         ATACTGATGGCAATGGATACATCAGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTTGCCAAAGTTGGTG...CAGATACTGATGGCAATGGATACATCAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAATGAGTTGAATGACTTGTTCAAGGCTGCTTGCTTGCCTTTGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCAATGAGTTGAATGACTTGTTCAAGGCTGCTTGCTTGCCTTTGCCTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATAGAGTACGAGAAATTACAGAAAACCTGATGGCTACAGGTGATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TATAGAGTACGAGAAATTACAGAAAACCTGATGGCTACAGGTGATCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAAGATGGAAGGATCAGCTTTGATGAGTTTATCAAG         ATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100801 CCAAGATGGAAGGATCAGCTTTGATGAGTTTATCAAGGTG...CAGATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCATGGCCTAAAAAGCACAGATGTTGCCAAGACCTTTAGAAAAGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 TCCATGGCCTAAAAAGCACAGATGTTGCCAAGACCTTTAGAAAAGCAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATAAGAAGGAAGGGATTTGTGCAATCGGTGGTACTTCAGAGCAGTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 AATAAGAAGGAAGGGATTTGTGCAATCGGTGGTACTTCAGAGCAGTCTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTTGGCACCCAACACTCCTATTCAG         AGGAAGAAAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101116 CGTTGGCACCCAACACTCCTATTCAGGTA...CAGAGGAAGAAAAGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTTTGTCAACTGGATAAACAAAGCCCTGGAAAATGATCCTGATTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103108 CCTTTGTCAACTGGATAAACAAAGCCCTGGAAAATGATCCTGATTGTCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGTCATCCCAATGAACCCAAACACGAATGATCTCTTTAATGCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103158 CATGTCATCCCAATGAACCCAAACACGAATGATCTCTTTAATGCTGTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATGGCATTGTCCTTTG         TAAAATGATCAACCTGTCAGTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103208 AGATGGCATTGTCCTTTGGTA...CAGTAAAATGATCAACCTGTCAGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGACACAATTGATGAAAGAACAATCAACAAAAAGAAGCTAACCCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104800 CAGACACAATTGATGAAAGAACAATCAACAAAAAGAAGCTAACCCCTTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCATTCAG         GAAAATCTGAACTTGGCTCTGAACTCTGCCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104850 ACCATTCAGGTA...CAGGAAAATCTGAACTTGGCTCTGAACTCTGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCATCGGGTGCCATGTGGTCAACATAGGGGCTGAGGACCTGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106750 AGCCATCGGGTGCCATGTGGTCAACATAGGGGCTGAGGACCTGAAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAAGCCTTATCTGGTCCTGGGACTTCTGTGGCAAGTCATCAAGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106800 GGAAGCCTTATCTGGTCCTGGGACTTCTGTGGCAAGTCATCAAGATTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGTTTGCTGACATTGAACTCAGCAGAAATGAAG         CTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106850 TTGTTTGCTGACATTGAACTCAGCAGAAATGAAGGTA...CAGCTCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCTCTTTTGAGAGAAGGTGAGAGCCTGGAGGATTTGATGAAACTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108592 TGCTCTTTTGAGAGAAGGTGAGAGCCTGGAGGATTTGATGAAACTCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAAGAGCTCTTGCTGAGGTGGGCTAATTACCACCTGGAAAATGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108642 CTGAAGAGCTCTTGCTGAGGTGGGCTAATTACCACCTGGAAAATGCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGCAACAAAATTGGCAACTTCAGTACTGACATCAAG         GACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108692 TGCAACAAAATTGGCAACTTCAGTACTGACATCAAGGTA...CAGGACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAAGCTTATTACCACCTGCTTGAGCAGGTGGCTCCAAAAGGAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111221 AAAAGCTTATTACCACCTGCTTGAGCAGGTGGCTCCAAAAGGAGATGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGGTGTTCCTGCTGTTGTTATTGACATGTCAGGACTGCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111271 AAGGTGTTCCTGCTGTTGTTATTGACATGTCAGGACTGCGGGTA...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGAAGGATGACATCCAGAGGGCAGAATGCATGCTGCAGCAGGCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112560 GAGAAGGATGACATCCAGAGGGCAGAATGCATGCTGCAGCAGGCGGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTGGGCTGCCGGCAGTTTGTCACAGCCACAGATGTTGTCCGAGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112610 GCTGGGCTGCCGGCAGTTTGTCACAGCCACAGATGTTGTCCGAGGGAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAAGTTGAACTTGGCTTTTATTGCCAACCTCTTTAACAGATACCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112660 CCAAGTTGAACTTGGCTTTTATTGCCAACCTCTTTAACAGATACCCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGCACAAACCAGAGAACCAGGACATTGACTGGGGGGCTCTTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112710 CTGCACAAACCAGAGAACCAGGACATTGACTGGGGGGCTCTTGAAGGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175      GTGAGACGAGAGAAGAGCGGACATTTAGGAACTGGATGAACTCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112760 ..TAGGTGAGACGAGAGAAGAGCGGACATTTAGGAACTGGATGAACTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGGTGTTAACCCTCGAGTCAATCATTTGTACAG         TGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115188 TGGGTGTTAACCCTCGAGTCAATCATTTGTACAGGTA...CAGTGACTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCAGATGCCCTGGTCATCTTCCAGCTCTATGAAAAGATCAAAGTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116266 TCAGATGCCCTGGTCATCTTCCAGCTCTATGAAAAGATCAAAGTTCCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGACTGGAACAGAGTAAACAAACCGCCATACCCCAAACTGGGAGGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116316 TGACTGGAACAGAGTAAACAAACCGCCATACCCCAAACTGGGAGGCAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGAAGAAG         CTTGAGAATTGTAACTACGCGGTAGAATTGGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116366 TGAAGAAGGTA...CAGCTTGAGAATTGTAACTACGCGGTAGAATTGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGAATCAAGCGAAGTTCTCCCTGGTTGGCATCGGTGGACAAGATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117271 AAGAATCAAGCGAAGTTCTCCCTGGTTGGCATCGGTGGACAAGATCTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGAAGGAAACCGCACTCTCACACTGGCCTTGATTTGGCAGCTAATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117321 TGAAGGAAACCGCACTCTCACACTGGCCTTGATTTGGCAGCTAATGAGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 G         GTATACACTGAATATCCTCGAAGAAATTGGTGGTGGCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117371 GGTA...CAGGTATACACTGAATATCCTCGAAGAAATTGGTGGTGGCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGGTCAATGATGACATTATTGTCAACTGGGTGAATGAAACATTGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125453 AAGGTCAATGATGACATTATTGTCAACTGGGTGAATGAAACATTGAGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGCAGAGAAAAGTTCATCCATCTCTAGTTTCAAG         GACCCGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125503 AGCAAAGAAAAGTTCATCCATCTCTAGTTTCAAGGTA...TAGGACCCGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGATTAGTACAAGTCTGCCTGTTCTGGACCTCATCGATGCCATCCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128732 AGATTAGTACAAGTCTGCCTGTTCTGGACCTCATCGATGCCATCCAACCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGTTCCATTAACTATGACCTTCTGAAGACAGAAAATCTGAATGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128782 GGTTCCATTAACTATGACCTTCTGAAGACAGAAAATCTGAATGATGATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GAAACTCAACAATGCAAA         ATATGCCATCTCTATGGCCCGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128832 GAAACTCAACAATGCAAAGTA...TAGATATGCCATCTCTATGGCCCGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AAATTGGAGCAAGAGTGTATGCCCTGCCAGAAGACCTGGTTGAAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131963 AAATTGGAGCAAGAGTGTATGCCCTGCCAGAAGACCTGGTTGAAGTGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CCCAAAATGGTCATGACCGTGTTTGCCTGCCTCATGGGGAAAGGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132013 CCCAAAATGGTCATGACCGTGTTTGCCTGCCTCATGGGGAAAGGAATGAA

   2000     .
   1875 GAGGGTG
        |||||||
 132063 GAGGGTG