seq1 = pF1KE4542.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KE4542/gi568815581f_4832605.tfa (gi568815581f:4832605_5034560), 201956 bp

>pF1KE4542 1878
>gi568815581f:4832605_5034560 (Chr17)

1-1292  (100001-101292)   99% <-
1293-1878  (101371-101956)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTCCTCCTCTTGCTGCTCCTGCTGCCAAGCCCCTTACACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCTCCTCCTCTTGCTGCTCCTGCTGCCAAGCCCCTTACACCCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCATCTGTGAGGTCTCCAAAGTGGCCAGCCACCTAGAAGTGAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCATCTGTGAGGTCTCCAAAGTGGCCAGCCACCTAGAAGTGAACTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGAGGAATCTGACAGCGCTGCCTCCAGACCTGCCGAAAGACACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAGAGGAATCTGACAGCGCTGCCTCCAGACCTGCCGAAAGACACAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCTCCACCTGAGTGAGAACCTCCTGTACACCTTCTCCCTGGCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCTCCACCTGAGTGAGAACCTCCTGTACACCTTCTCCCTGGCAACCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATGCCTTACACTCGCCTCACTCAGCTGAACCTAGATAGGTGCGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATGCCTTACACTCGCCTCACTCAGCTGAACCTAGATAGGTGCGAGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAAGCTCCAGGTCGATGGGACGCTGCCAGTGCTGGGGACCCTGGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAAGCTCCAGGTCGATGGGACGCTGCCAGTGCTGGGGACCCTGGATCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCCACAATCAGCTGCAAAGCCTGCCCTTGCTAGGGCAGACACTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCCACAATCAGCTGCAAAGCCTGCCCTTGCTAGGGCAGACACTGCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTCACCGTCCTGGACGTCTCCTTCAACCGGCTGACCTCGCTGCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTCACCGTCCTGGACGTCTCCTTCAACCGGCTGACCTCGCTGCCTCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGCCCTGCGTGGTCTTGGCGAACTCCAAGAGCTCTACCTGAAAGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGCCCTGCGTGGTCTTGGCGAACTCCAAGAGCTCTACCTGAAAGGCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCTGAAGACCCTGCCCCCAGGGCTCCTGACGCCCACACCCAAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGCTGAAGACCCTGCCCCCAGGGCTCCTGACGCCCACACCCAAGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGCTCAGTCTGGCTAACAACAACTTGACTGAGCTCCCCGCTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGCTCAGTCTGGCTAACAACAACTTGACTGAGCTCCCCGCTGGGCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAATGGGCTGGAGAATCTCGACACCCTTCTCCTCCAAGAGAACTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGAATGGGCTGGAGAATCTCGACACCCTTCTCCTCCAAGAGAACTCGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TATACAATACCAAAGGGCTTTTTTGGGTCCCACCTCCTGCCTTTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TATACAATACCAAAGGGCTTTTTTGGGTCCCACCTCCTGCCTTTTGCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCTCCACGGGAACCCCTGGTTATGCAACTGTGAGATCCTCTATTTTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCTCCACGGGAACCCCTGGTTATGCAACTGTGAGATCCTCTATTTTCGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCTGGCTGCAGGACAATGCTGAAAATGTCTACGTATGGAAGCAAGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCTGGCTGCAGGACAATGCTGAAAATGTCTACGTATGGAAGCAAGGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACGTCAAGGCCATGACCTCTAACGTGGCCAGTGTGCAGTGTGACAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GACGTCAAGGCCATGACCTCTAACGTGGCCAGTGTGCAGTGTGACAATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGACAAGTTTCCCGTCTACAAATACCCAGGAAAGGGGTGCCCCACCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGACAAGTTTCCCGTCTACAAATACCCAGGAAAGGGGTGCCCCACCCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTGATGAAGGTGACACAGACCTATATGATTACTACCCAGAAGAGGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGATGAAGGTGACACAGACCTATATGATTACTACCCAGAAGAGGACACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGGCGATAAGGTGCGTGCCACAAGGACTGTGGTCAAGTTCCCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGGCGATAAGGTGCGTGCCACAAGGACTGTGGTCAAGTTCCCCACCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGCCCATACAACCCCCTGGGGTCTATTCTACTCATGGTCCACTGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGCCCATACAACCCCCTGGGGTCTATTCTACTCATGGTCCACTGCTTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TAGACAGCCAAATGCCCTCCTCCTTGCATCCAACACAAGAATCCACTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAGACAGCCAAATGCCCTCCTCCTTGCATCCAACACAAGAATCCACTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGCAGACCACATTCCCACCTAGATGGACCCCAAATTTCACACTTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGCAGACCACATTCCCACCTAGATGGACCCCAAATTTCACACTTCACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGAATCCATCACATTCTCCAAAACTCCAAAATCCACTACTGAACCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGAATCCATCACATTCTCCAAAACTCCAAAATCCACTACTGAACCAACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CAAGCCCGACCACCTCAGAGCCCGTCCCGGAGCCCGCCCCAAACATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CAAGCCCGACCACCTCAGAGCCCGTCCCGGAGCCCGCCCCAAACATGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACCCTGGAGCCCACTCCAAGCCCGACCACCCCAGAGCCCACCTCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACCCTGGAGCCCACTCCAAGCCCGACCACCCCAGAGCCCACCTCAGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGCCCCCAGCCCGACCACCCCGGAGCCCACCCCA ATCCCGAC       
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||-| ||||-|<<<...<
 101251 CGCCCCCAGCCCGACCACCCCGGAGCCCACCTCAGAGCCCG CCCC...G

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293   CATCGCCACAAGCCCGACCATCCTGGTGTCTGCCACAAGCCTGATCAC
        <<||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101369 ACCATCGCCACAAGCCCGACCATCCTGGTGTCTGCCACAAGCCTGATCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 TCCAAAAAGCACATTTTTAACTACCACAAAACCCGTATCACTCTTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101419 TCCAAAAAGCACATTTTTAACTACCACAAAACCCGTATCACTCTTAGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391 CCACCAAAAAAACCATCCCTGAACTTGATCAGCCACCAAAGCTCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101469 CCACCAAAAAAACCATCCCTGAACTTGATCAGCCACCAAAGCTCCGTGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1441 GTGCTCCAAGGGCATTTGGAGAGCTCCAGAAATGACCCTTTTCTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101519 GTGCTCCAAGGGCATTTGGAGAGCTCCAGAAATGACCCTTTTCTCCACCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491 CGACTTTTGCTGCCTCCTCCCCCTGGGCTTCTATGTCTTGGGTCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101569 CGACTTTTGCTGCCTCCTCCCCCTGGGCTTCTATGTCTTGGGTCTCTTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541 GGCTGCTCTTTGCCTCTGTGGTCCTCATCCTGCTGCTGAGCTGGGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101619 GGCTGCTCTTTGCCTCTGTGGTCCTCATCCTGCTGCTGAGCTGGGTTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 CATGTGAAACCACAGGCCCTGGACTCTGGCCAAGGTGCTGCTCTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101669 CATGTGAAACCACAGGCCCTGGACTCTGGCCAAGGTGCTGCTCTGACCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 AGCCACACAAACCACACACCTGGAGCTGCAGAGGGGACGGCAAGTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101719 AGCCACACAAACCACACACCTGGAGCTGCAGAGGGGACGGCAAGTGACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691 TGCCCCGGGCCTGGCTGCTCTTCCTTCGAGGTTCGCTTCCCACTTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101769 TGCCCCGGGCCTGGCTGCTCTTCCTTCGAGGTTCGCTTCCCACTTTCCGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741 TCCAGCCTCTTCCTGTGGGTACGGCCTAATGGCCGTCTGGGGCCTCTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 101819 TCCAGCCTCTTCCTGTGGGTACGGCCTAATGGCCGTGTGGGGCCTCTAGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1791 GGCAGGAAGGAGGCCCTCAGCTCTGAGTCAGGGTCGTGGTCAGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 GGCAGGAAGGAGGCCCTCAGCTCTGAGTCAGGGTCGTGGTCAGGACCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1841 TGAGCACAGTGAGCATTAGGTACTCTGGCCACAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101919 TGAGCACAGTGAGCATTAGGTACTCTGGCCACAGCCTC