seq1 = pF1KE4541.tfa, 1869 bp
seq2 = pF1KE4541/gi568815595r_53125759.tfa (gi568815595r:53125759_53355942), 230184 bp

>pF1KE4541 1869
>gi568815595r:53125759_53355942 (Chr3)

(complement)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-225  (113701-113818)   100% ->
226-339  (114698-114811)   100% ->
340-437  (115595-115692)   100% ->
438-629  (120769-120960)   98% ->
630-748  (122669-122787)   100% ->
749-942  (124393-124586)   100% ->
943-1107  (125322-125486)   99% ->
1108-1264  (126507-126663)   100% ->
1265-1395  (126806-126936)   100% ->
1396-1479  (127584-127667)   100% ->
1480-1573  (127794-127887)   100% ->
1574-1696  (129065-129187)   100% ->
1697-1869  (130012-130184)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCTACCACAAGCCTGACCAGCAGAAGCTGCAGGCCTTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCTACCACAAGCCTGACCAGCAGAAGCTGCAGGCCTTGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGGCCAACCGCCTACGTATCAGCTCCATCCAGGCCACCACTGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGGCCAACCGCCTACGTATCAGCTCCATCCAGGCCACCACTGCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCTGG         CCACCCCACGTCATGCTGCAGCGCCGCAGAGATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCTGGGTG...CAGCCACCCCACGTCATGCTGCAGCGCCGCAGAGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGCTGTCCTCTTTTTCCACACCATGCGCTACAAGTCCCAGGACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113735 ATGGCTGTCCTCTTTTTCCACACCATGCGCTACAAGTCCCAGGACCCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATCCGCACAATGACCGCTTTGTGCTCTCCAAG         GGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113785 GAATCCGCACAATGACCGCTTTGTGCTCTCCAAGGTA...CAGGGCCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGCTCCCATCCTCTACGCGGTCTGGGCTGAAGCTGGTTTCCTGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114705 CAGCTCCCATCCTCTACGCGGTCTGGGCTGAAGCTGGTTTCCTGGCCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGAGCTGCTGAACCTGAGGAAGATCAGCTCCGACTTGGACGGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114755 GCGGAGCTGCTGAACCTGAGGAAGATCAGCTCCGACTTGGACGGGCACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTCCCG         AAACAAGCTTTCACCGACGTGGCCACTGGCTCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114805 GGTCCCGGTA...CAGAAACAAGCTTTCACCGACGTGGCCACTGGCTCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGCCAGGGCCTCGGGGCCGCTTGTGGGATGGCCTACACCGGCAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115629 TGGGCCAGGGCCTCGGGGCCGCTTGTGGGATGGCCTACACCGGCAAATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCGACAAGGCCAG         CTACCGAGTCTATTGCTTGCTGGGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115679 TTCGACAAGGCCAGGTA...CAGCTACCGAGTCTATTGCTTGCTGGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGGGAGCTGTCAGAGGGCTCTGTATGGGAGGCCATGGCCTTCGCCAGCA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120796 CGGGGAGCTGTCAGAGGGCTCTGTATGGGAGGCCATGGCCTTCGCCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTATAAGCTGGACAACCTTGTGGCCATTCTAGACATCAATCGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120846 TCTATAAGCTGGACAACCTTGTGGCCATTCTAGACATCAATCGCCTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGAGTGACCCGGCCCCGCTGCAGCACCAGATGGACATCTACCAGAAGCG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 120896 CAGAGTGACCCGGCCCCACTGCAGCACCAGATGGACATCTACCAGAAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGCGAGGCCTTCGG         TTGGCATGCCATCATCGTGGATGGAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120946 GTGCGAGGCCTTCGGGTA...CAGTTGGCATGCCATCATCGTGGATGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAGCGTGGAGGAGCTGTGCAAGGCCTTTGGCCAGGCCAAGCACCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122695 ACAGCGTGGAGGAGCTGTGCAAGGCCTTTGGCCAGGCCAAGCACCAGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACAGCCATCATTGCCAAGACCTTCAAGGGCCGAGGGATCACGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122745 ACAGCCATCATTGCCAAGACCTTCAAGGGCCGAGGGATCACGGGTC...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    749   GGGTAGAAGATAAGGAGTCTTGGCATGGGAAGCCCCTCCCCAAAAACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124391 AGGGGTAGAAGATAAGGAGTCTTGGCATGGGAAGCCCCTCCCCAAAAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGCTGAGCAGATCATCCAGGAGATCTACAGCCAGATCCAGAGCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124441 TGGCTGAGCAGATCATCCAGGAGATCTACAGCCAGATCCAGAGCAAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGATCCTGGCAACCCCTCCACAGGAGGACGCACCCTCAGTGGACATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124491 AAGATCCTGGCAACCCCTCCACAGGAGGACGCACCCTCAGTGGACATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACATCCGCATGCCCAGCCTGCCCAGCTACAAAGTTGGGGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 124541 CAACATCCGCATGCCCAGCCTGCCCAGCTACAAAGTTGGGGACAAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943      ATAGCCACCCGCAAGGCCTACGGGCAGGCACTGGCCAAGCTGGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124591 ..CAGATAGCCACCCGCAAGGCCTACGGGCAGGCACTGGCCAAGCTGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATGCCAGTGACCGCATCATCGCCCTGGATGGGGACACCAAAAATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125367 CATGCCAGTGACCGCATCATCGCCCTGGATGGGGACACCAAAAATTCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTCTCGGAGATCTTCAAAAAGGAGCACCCGGACCGCTTCATCGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125417 CTTCTCGGAGATCTTCAAAAAGGAGCACCCGGACCGCTTCATCGAGTGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATTGCCGAGCAGAACATG         GTGAGCATCGCGGTGGGCTGT
        ||||||| ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125467 ACATTGCTGAGCAGAACATGGTA...CAGGTGAGCATCGCGGTGGGCTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCACCCGCAACAGGACGGTGCCCTTCTGCAGCACTTTTGCAGCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126528 GCCACCCGCAACAGGACGGTGCCCTTCTGCAGCACTTTTGCAGCCTTCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACGCGGGCCTTTGACCAGATTCGCATGGCCGCCATCTCCGAGAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126578 CACGCGGGCCTTTGACCAGATTCGCATGGCCGCCATCTCCGAGAGCAACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCAACCTCTGCGGCTCCCACTGCGGCGTTTCCATCG         GGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126628 TCAACCTCTGCGGCTCCCACTGCGGCGTTTCCATCGGTG...CAGGGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACGGGCCCTCCCAGATGGCCCTAGAAGATCTGGCTATGTTTCGGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126811 GACGGGCCCTCCCAGATGGCCCTAGAAGATCTGGCTATGTTTCGGTCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCCCACATCAACTGTCTTTTACCCAAGTGATGGCGTTGCTACAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126861 CCCCACATCAACTGTCTTTTACCCAAGTGATGGCGTTGCTACAGAGAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGTGGAACTAGCCGCCAATACAAAG         GGTATCTGCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126911 CAGTGGAACTAGCCGCCAATACAAAGGTA...CAGGGTATCTGCTTCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CGGACCAGCCGCCCAGAAAATGCCATCATCTATAACAACAATGAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127599 CGGACCAGCCGCCCAGAAAATGCCATCATCTATAACAACAATGAGGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCAGGTCGGACAAGCCAAG         GTGGTCCTGAAGAGCAAGGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 127649 CCAGGTCGGACAAGCCAAGGTC...CAGGTGGTCCTGAAGAGCAAGGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACCAGGTGACCGTTATCGGGGCTGGGGTGACCCTGCACGAGGCCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127816 ACCAGGTGACCGTTATCGGGGCTGGGGTGACCCTGCACGAGGCCTTGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCTGCCGAACTGCTGAAGAAAG         AAAAGATCAACATCCGCGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127866 GCTGCCGAACTGCTGAAGAAAGGTG...CAGAAAAGATCAACATCCGCGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTGGACCCCTTCACCATCAAGCCCCTGGACAGAAAACTCATTCTCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129084 GCTGGACCCCTTCACCATCAAGCCCCTGGACAGAAAACTCATTCTCGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCGCTCGTGCCACCAAGGGCAGGATCCTCACCGTGGAGGACCATTATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129134 GCGCTCGTGCCACCAAGGGCAGGATCCTCACCGTGGAGGACCATTATTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAAG         GTGGCATTGGTGAGGCTGTGTCCAGTGCAGTAGTGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129184 GAAGGTA...TAGGTGGCATTGGTGAGGCTGTGTCCAGTGCAGTAGTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CGAGCCTGGCATCACTGTCACCCACCTGGCAGTTAACCGGGTACCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130049 CGAGCCTGGCATCACTGTCACCCACCTGGCAGTTAACCGGGTACCAAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GTGGGAAGCCAGCTGAGCTGCTGAAGATGTTTGGTATCGACAGGGATGCC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130099 GTGGGAAGCCGGCTGAGCTGCTGAAGATGTTTGGTATCGACAGGGATGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1834 ATTGCACAAGCTGTGAGGGGCCTCATCACCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130149 ATTGCACAAGCTGTGAGGGGCCTCATCACCAAGGCC