seq1 = pF1KE4540.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KE4540/gi568815578f_57461412.tfa (gi568815578f:57461412_57665801), 204390 bp

>pF1KE4540 1866
>gi568815578f:57461412_57665801 (Chr20)

1-224  (100001-100224)   99% ->
225-406  (100660-100841)   100% ->
407-610  (101285-101488)   98% ->
611-798  (101617-101804)   100% ->
799-961  (102154-102316)   99% ->
962-1186  (102758-102982)   100% ->
1187-1318  (103071-103202)   100% ->
1319-1414  (103629-103724)   100% ->
1415-1866  (103939-104390)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCCTCAGCTGCAAAACGGCCTGAACCTCTCGGCCAAAGTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCCTCAGCTGCAAAACGGCCTGAACCTCTCGGCCAAAGTTGTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAAGCCTGGACAGCCTGCCCCAGGCAGTGAGGGAGTTTCTCGAGAATA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAAGCCTGGACAGCCTACCCCAGGCAGTGAGGGAGTTTCTCGAGAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCTGAGCTGTGTCAGCCTGATCACATCCACATCTGTGACGGCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGCTGAGCTGTGTCAGCCTGATCACATCCACATCTGTGACGGCTCTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGAGAATGGGCGGCTTCTGGGCCAGATGGAGGAAGAGGGCATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGAGAATGGGCGGCTTCTGGGCCAGATGGAGGAAGAGGGCATCCTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGCTGAAGAAGTATGACAACTG         CTGGTTGGCTCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100201 GCGGCTGAAGAAGTATGACAACTGGTA...CAGCTGGTTGGCTCTCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCCAGGGATGTGGCCAGGATCGAAAGCAAGACGGTTATCGTCACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 ACCCCAGGGATGTGGCCAGGATCGAAAGCAAGACGGTTATCGTCACCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCAAAGAGACACAGTGCCCATCCCCAAAACAGGCCTCAGCCAGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100727 GAGCAAAGAGACACAGTGCCCATCCCCAAAACAGGCCTCAGCCAGCTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCGCTGGATGTCAGAGGAGGATTTTGAGAAAGCGTTCAATGCCAGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100777 TCGCTGGATGTCAGAGGAGGATTTTGAGAAAGCGTTCAATGCCAGGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGGGTGCATGAAAG         GTCGCACCATGTACGTCATCCCATTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100827 CAGGGTGCATGAAAGGTG...TAGGTCGCACCATGTACGTCATCCCATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCATGGGGCCGCTGGGCTCACCTCTGTCGAAGATCGGCATCGAGCTGAC
        |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
 101311 AGCATGGGGCCGCTGGGCTCGCCTCTGTCAAAGATCGGCATCGAGCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGATTCGCCCTACGTGGTGGCCAGCATGCGGATCATGACGCGGATGGGCA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101361 GGATTCACCCTACGTGGTGGCCAGCATGCGGATCATGACGCGGATGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGCCCGTCCTGGAAGCACTGGGCGATGGGGAGTTTGTCAAATGCCTCCAT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101411 CGCCCGTCCTGGAAGCAGTGGGCGATGGGGAGTTTGTCAAATGCCTCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCTGTGGGGTGCCCTCTGCCTTTACAAA         AGCCTTTGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101461 TCTGTGGGGTGCCCTCTGCCTTTACAAAGTA...CAGAGCCTTTGGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAACTGGCCCTGCAACCCGGAGCTGACGCTCATCGCCCACCTGCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101630 CAACTGGCCCTGCAACCCGGAGCTGACGCTCATCGCCCACCTGCCTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAGAGAGATCATCTCCTTTGGCAGTGGGTACGGCGGGAACTCGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101680 GCAGAGAGATCATCTCCTTTGGCAGTGGGTACGGCGGGAACTCGCTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGAAGAAGTGCTTTGCTCTCAGGATGGCCAGCCGGCTGGCCAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101730 GGGAAGAAGTGCTTTGCTCTCAGGATGGCCAGCCGGCTGGCCAAGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGGGTGGCTGGCAGAGCACATGCTG         GTTCTGGGTATAACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>> |||||||||||||||
 101780 AGGGTGGCTGGCAGAGCACATGCTGGTG...CAGATTCTGGGTATAACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACCCTGAGGGTGAGAAGAAGTACCTGGCGGCCGCATTTCCCAGCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102170 ACCCTGAGGGTGAGAAGAAGTACCTGGCGGCCGCATTTCCCAGCGCCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGAAGACCAACCTGGCCATGATGAACCCCAGCCTCCCCGGGTGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102220 GGGAAGACCAACCTGGCCATGATGAACCCCAGCCTCCCCGGGTGGAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGAGTGCGTCGGGGATGACATTGCCTGGATGAAGTTTGACGCACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102270 TGAGTGCGTCGGGGATGACATTGCCTGGATGAAGTTTGACGCACAAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962       GTCATTTAAGGGCCATCAACCCAGAAAATGGCTTTTTCGGTGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102320 ...CAGGTCATTTAAGGGCCATCAACCCAGAAAATGGCTTTTTCGGTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCTCCTGGGACTTCAGTGAAGACCAACCCCAATGCCATCAAGACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 GCTCCTGGGACTTCAGTGAAGACCAACCCCAATGCCATCAAGACCATCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAAGAACACAATCTTTACCAATGTGGCCGAGACCAGCGACGGGGGCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102852 GAAGAACACAATCTTTACCAATGTGGCCGAGACCAGCGACGGGGGCGTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACTGGGAAGGCATTGATGAGCCGCTAGCTTCAGGTGTCACCATCACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102902 ACTGGGAAGGCATTGATGAGCCGCTAGCTTCAGGTGTCACCATCACGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGGAAGAATAAGGAGTGGAGCTCAGAGGATG         GGGAACCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102952 TGGAAGAATAAGGAGTGGAGCTCAGAGGATGGTG...TAGGGGAACCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGCCCACCCCAACTCGAGGTTCTGCACCCCTGCCAGCCAGTGCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 TGCCCACCCCAACTCGAGGTTCTGCACCCCTGCCAGCCAGTGCCCCATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTGATGCTGCCTGGGAGTCTCCGGAAGGTGTTCCCATTGAAGGCATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 TTGATGCTGCCTGGGAGTCTCCGGAAGGTGTTCCCATTGAAGGCATTATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTTGGAGGCCGTAGACCTGCTG         GTGTCCCTCTAGTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103181 TTTGGAGGCCGTAGACCTGCTGGTG...AAGGTGTCCCTCTAGTCTATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AGCTCTCAGCTGGCAACATGGAGTCTTTGTGGGGGCGGCCATGAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103648 AGCTCTCAGCTGGCAACATGGAGTCTTTGTGGGGGCGGCCATGAGATCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGGCCACAGCGGCTGCAGAACATAAAG         GCAAAATCATCATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103698 AGGCCACAGCGGCTGCAGAACATAAAGGTA...CAGGCAAAATCATCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CATGACCCCTTTGCCATGCGGCCCTTCTTTGGCTACAACTTCGGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 CATGACCCCTTTGCCATGCGGCCCTTCTTTGGCTACAACTTCGGCAAATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCTGGCCCACTGGCTTAGCATGGCCCAGCACCCAGCAGCCAAACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104003 CCTGGCCCACTGGCTTAGCATGGCCCAGCACCCAGCAGCCAAACTGCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGATCTTCCATGTCAACTGGTTCCGGAAGGACAAGGAAGGCAAATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 AGATCTTCCATGTCAACTGGTTCCGGAAGGACAAGGAAGGCAAATTCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TGGCCAGGCTTTGGAGAGAACTCCAGGGTGCTGGAGTGGATGTTCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 TGGCCAGGCTTTGGAGAGAACTCCAGGGTGCTGGAGTGGATGTTCAACCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GATCGATGGAAAAGCCAGCACCAAGCTCACGCCCATAGGCTACATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 GATCGATGGAAAAGCCAGCACCAAGCTCACGCCCATAGGCTACATCCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGGAGGATGCCCTGAACCTGAAAGGCCTGGGGCACATCAACATGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104203 AGGAGGATGCCCTGAACCTGAAAGGCCTGGGGCACATCAACATGATGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTTTTCAGCATCTCCAAGGAATTCTGGGAGAAGGAGGTGGAAGACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104253 CTTTTCAGCATCTCCAAGGAATTCTGGGAGAAGGAGGTGGAAGACATCGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GAAGTATCTGGAGGATCAAGTCAATGCCGACCTCCCCTGTGAAATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104303 GAAGTATCTGGAGGATCAAGTCAATGCCGACCTCCCCTGTGAAATCGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .
   1829 GAGAGATCCTTGCCTTGAAGCAAAGAATAAGCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104353 GAGAGATCCTTGCCTTGAAGCAAAGAATAAGCCAGATG