seq1 = pF1KE4539.tfa, 1866 bp
seq2 = pF1KE4539/gi568815582f_662681.tfa (gi568815582f:662681_868730), 206050 bp

>pF1KE4539 1866
>gi568815582f:662681_868730 (Chr16)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-129  (100553-100596)   100% ->
130-179  (100962-101011)   100% ->
180-300  (101343-101463)   100% ->
301-380  (101967-102046)   100% ->
381-510  (102227-102356)   100% ->
511-704  (102430-102623)   100% ->
705-795  (102847-102937)   100% ->
796-895  (103011-103110)   100% ->
896-1074  (103379-103557)   98% ->
1075-1230  (103655-103810)   100% ->
1231-1373  (103988-104130)   100% ->
1374-1501  (104205-104332)   100% ->
1502-1596  (104696-104790)   100% ->
1597-1783  (105699-105885)   100% ->
1784-1866  (105968-106050)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTGCCAACGGCTCGACCCCTGTTGGGGTCCTGTGGGACCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTGCCAACGGCTCGACCCCTGTTGGGGTCCTGTGGGACCCCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCGGCAGCCTCCTGTTCCTGCTCTTCAGCCTCG         GATGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CCTCGGCAGCCTCCTGTTCCTGCTCTTCAGCCTCGGTG...TAGGATGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCAGCCCTCGAGGACCCTGGCTGGAGAGACAGGGCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100559 TGCAGCCCTCGAGGACCCTGGCTGGAGAGACAGGGCAGGTA...CAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTGCGCCCCTGGACGGAGTCCTGGCCAACCCACCTAACATTTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100965 GCTGCGCCCCTGGACGGAGTCCTGGCCAACCCACCTAACATTTCCAGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    180       CCTCTCCCCTCGCCAACTCCTTGGCTTCCCGTGTGCGGAGGTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 ...CAGCCTCTCCCCTCGCCAACTCCTTGGCTTCCCGTGTGCGGAGGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCGGCCTGAGCACGGAGCGTGTCCGGGAGCTGGCTGTGGCCTTGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101387 CCGGCCTGAGCACGGAGCGTGTCCGGGAGCTGGCTGTGGCCTTGGCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAATGTCAAGCTCTCAACAGAGCAG         CTGCGCTGTCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101437 AAGAATGTCAAGCTCTCAACAGAGCAGGTC...CAGCTGCGCTGTCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCACCGGCTCTCTGAGCCCCCCGAGGACCTGGACGCCCTCCCATTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 TCACCGGCTCTCTGAGCCCCCCGAGGACCTGGACGCCCTCCCATTGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTGCTATTCCTCAA         CCCAGATGCGTTCTCGGGGCCCCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102031 TGCTGCTATTCCTCAAGTA...CAGCCCAGATGCGTTCTCGGGGCCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCCTGCACCCGTTTCTTCTCCCGCATCACGAAGGCCAATGTGGACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102252 GCCTGCACCCGTTTCTTCTCCCGCATCACGAAGGCCAATGTGGACCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCCGAGGGGGGCTCCCGAGCGACAGCGGCTGCTGCCTGCGGCTCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102302 CCCGAGGGGGGCTCCCGAGCGACAGCGGCTGCTGCCTGCGGCTCTGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTGG         GGTGTGCGGGGGTCTCTGCTGAGCGAGGCTGATGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102352 GCTGGGTA...CAGGGTGTGCGGGGGTCTCTGCTGAGCGAGGCTGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CGGGCTCTGGGAGGCCTGGCTTGCGACCTGCCTGGGCGCTTTGTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102466 CGGGCTCTGGGAGGCCTGGCTTGCGACCTGCCTGGGCGCTTTGTGGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTCGGCCGAAGTGCTGCTACCCCGGCTGGTGAGCTGCCCGGGACCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102516 GTCGGCCGAAGTGCTGCTACCCCGGCTGGTGAGCTGCCCGGGACCCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCAGGACCAGCAGGAGGCAGCCAGGGCGGCTCTGCAGGGCGGGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102566 ACCAGGACCAGCAGGAGGCAGCCAGGGCGGCTCTGCAGGGCGGGGGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCTACGG         CCCCCCGTCGACATGGTCTGTCTCCACGATGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102616 CCCTACGGGTA...CAGCCCCCCGTCGACATGGTCTGTCTCCACGATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGCTCTGCGGGGCCTGCTGCCCGTGCTGGGCCAGCCCATCATCCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102880 CGCTCTGCGGGGCCTGCTGCCCGTGCTGGGCCAGCCCATCATCCGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCCGCAG         GGCATCGTGGCCGCGTGGCGGCAACGCTCCTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102930 TCCCGCAGGTG...CAGGGCATCGTGGCCGCGTGGCGGCAACGCTCCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGGACCCATCCTGGCGGCAGCCTGAACGGACCATCCTCCGGCCGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103044 CGGGACCCATCCTGGCGGCAGCCTGAACGGACCATCCTCCGGCCGCGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCGGCGGGAAGTGGAGA         AGACAGCCTGTCCTTCAGGCAAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103094 CCGGCGGGAAGTGGAGAGTG...CAGAGACAGCCTGTCCTTCAGGCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AGGCTCCCGAGATAGACGAGAGCCTCATCTTCTACAAGAAGTGGGAGCTG
        |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103403 AGGCCCGCGAGATAGACGAGAGCCTCATCTTCTACAAGAAGTGGGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAAGCCTGCGTGGATGCGGCCCTGCTGGCCACCCAGATGGACCGCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103453 GAAGCCTGCGTGGATGCGGCCCTGCTGGCCACCCAGATGGACCGCGTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGCCATCCCCTTCACCTACGAGCAGCTGGACGTCCTAAAGCATAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103503 CGCCATCCCCTTCACCTACGAGCAGCTGGACGTCCTAAAGCATAAACTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGAG         CTCTACCCACAAGGTTACCCCGAGTCTGTGATCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103553 ATGAGGTA...CAGCTCTACCCACAAGGTTACCCCGAGTCTGTGATCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CACCTGGGCTACCTCTTCCTCAAGATGAGCCCTGAGGACATTCGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103691 CACCTGGGCTACCTCTTCCTCAAGATGAGCCCTGAGGACATTCGCAAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAATGTGACGTCCCTGGAGACCCTGAAGGCTTTGCTTGAAGTCAACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103741 GAATGTGACGTCCCTGGAGACCCTGAAGGCTTTGCTTGAAGTCAACAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGCACGAAATGAGTCCTCAG         GTGGCCACCCTGATCGACCGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103791 GGCACGAAATGAGTCCTCAGGTG...CAGGTGGCCACCCTGATCGACCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTGTGAAGGGAAGGGGCCAGCTAGACAAAGACACCCTAGACACCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104009 TTTGTGAAGGGAAGGGGCCAGCTAGACAAAGACACCCTAGACACCCTGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGCCTTCTACCCTGGGTACCTGTGCTCCCTCAGCCCCGAGGAGCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104059 CGCCTTCTACCCTGGGTACCTGTGCTCCCTCAGCCCCGAGGAGCTGAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCGTGCCCCCCAGCAGCATCTG         GGCGGTCAGGCCCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104109 CCGTGCCCCCCAGCAGCATCTGGTG...CAGGGCGGTCAGGCCCCAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTGGACACGTGTGACCCAAGGCAGCTGGACGTCCTCTATCCCAAGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104224 CTGGACACGTGTGACCCAAGGCAGCTGGACGTCCTCTATCCCAAGGCCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCTTGCTTTCCAGAACATGAACGGGTCCGAATACTTCGTGAAGATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104274 CCTTGCTTTCCAGAACATGAACGGGTCCGAATACTTCGTGAAGATCCAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCTTCCTGG         GTGGGGCCCCCACGGAGGATTTGAAGGCGCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104324 CCTTCCTGGGTG...CAGGTGGGGCCCCCACGGAGGATTTGAAGGCGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGTCAGCAGAATGTGAGCATGGACTTGGCCACGTTCATGAAGCTGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104728 AGTCAGCAGAATGTGAGCATGGACTTGGCCACGTTCATGAAGCTGCGGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGATGCGGTGCTG         CCGTTGACTGTGGCTGAGGTGCAGAAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104778 GGATGCGGTGCTGGTA...CAGCCGTTGACTGTGGCTGAGGTGCAGAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TTCTGGGACCCCACGTGGAGGGCCTGAAGGCGGAGGAGCGGCACCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105727 TTCTGGGACCCCACGTGGAGGGCCTGAAGGCGGAGGAGCGGCACCGCCCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTGCGGGACTGGATCCTACGGCAGCGGCAGGACGACCTGGACACGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105777 GTGCGGGACTGGATCCTACGGCAGCGGCAGGACGACCTGGACACGCTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GCTGGGGCTACAGGGCGGCATCCCCAACGGCTACCTGGTCCTAGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105827 GCTGGGGCTACAGGGCGGCATCCCCAACGGCTACCTGGTCCTAGACCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GCATGCAAG         AGGCCCTCTCGGGGACGCCCTGCCTCCTAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105877 GCATGCAAGGTG...TAGAGGCCCTCTCGGGGACGCCCTGCCTCCTAGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CCTGGACCTGTTCTCACCGTCCTGGCACTGCTCCTAGCCTCCACCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106000 CCTGGACCTGTTCTCACCGTCCTGGCACTGCTCCTAGCCTCCACCCTGGC

   2000 
   1866 C
        |
 106050 C