seq1 = pF1KE4538.tfa, 1860 bp
seq2 = pF1KE4538/gi568815583r_90867134.tfa (gi568815583r:90867134_91084827), 217694 bp

>pF1KE4538 1860
>gi568815583r:90867134_91084827 (Chr15)

(complement)

10-144  (100001-100135)   100% ->
145-267  (100688-100810)   100% ->
268-501  (102847-103080)   99% ->
502-672  (103159-103329)   99% ->
673-822  (103795-103944)   100% ->
823-970  (104439-104586)   100% ->
971-1107  (105534-105670)   100% ->
1108-1203  (108057-108152)   100% ->
1204-1350  (110097-110243)   100% ->
1351-1461  (110582-110692)   100% ->
1462-1572  (114314-114424)   100% ->
1573-1749  (115205-115381)   100% ->
1750-1791  (115708-115749)   100% ->
1792-1860  (117626-117694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 AGTGAGGTGCTGGCGGAGGAGTCCATAGTATGTCTGCAGAAAGCCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTGAGGTGCTGGCGGAGGAGTCCATAGTATGTCTGCAGAAAGCCCTAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 TCACCTTCGGGAAATATGGGAGCTAATTGGGATTCCAGAGGACCAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACCTTCGGGAAATATGGGAGCTAATTGGGATTCCAGAGGACCAGCGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 TACAAAGAACTGAGGTGGTAAAGAAGCATATCAAG         GAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 TACAAAGAACTGAGGTGGTAAAGAAGCATATCAAGGTG...TAGGAACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGATATGATGATTGCTGAAGAGGAAAGCCTGAAGGAAAGACTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100694 CTGGATATGATGATTGCTGAAGAGGAAAGCCTGAAGGAAAGACTCATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGCATATCCGTCTGTCAGAAAGAGCTGAACACTCTGTGCAGCGAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100744 AAGCATATCCGTCTGTCAGAAAGAGCTGAACACTCTGTGCAGCGAGTTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTTGAGCCATTTCAG         GAAGAAGGAGAGACAACCATCTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||| |||||||||
 100794 ATGTTGAGCCATTTCAGGTC...CAGGAAGAAGGAGAGACGACCATCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAACTAGAAAAAGATTTGCGCACCCAAGTGGAATTGATGCGAAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102871 CAACTAGAAAAAGATTTGCGCACCCAAGTGGAATTGATGCGAAAACAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAGGAGAGAAAACAGGAACTGAAGCTACTTCAAGAGCAAGATCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102921 AAAGGAGAGAAAACAGGAACTGAAGCTACTTCAAGAGCAAGATCAAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTGCGAAATTCTTTGTATGCCCCACTATGATATTGACAGTGCCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102971 TGTGCGAAATTCTTTGTATGCCCCACTATGATATTGACAGTGCCTCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCAGCTTAGAAGAGCTGAACCAGTTCAGGCAACATGTGACAACTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103021 CCCAGCTTAGAAGAGCTGAACCAGTTCAGGCAACATGTGACAACTTTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGAAACAAAG         GCTTCTAGGCGTGAGGAGTTTGTCAGTATAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103071 GGAAACAAAGGTA...AAGGCTTCTAGGCGTGAGGAGTTTGTCAGTATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAGACAGATCATACTGTGTATGGAAGAATTAGACCACACCCCAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 103190 AGAGACAGATCATACTGTGTATGGAAGCATTAGACCACACCCCAGACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCTTTGAAAGAGATGTGGTGTGTGAAGACGAAGATGCCTTTTGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103240 AGCTTTGAAAGAGATGTGGTGTGTGAAGACGAAGATGCCTTTTGTTTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTTGGAGAATATTGCAACACTACAAAAGTTGCTACGGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103290 TTTGGAGAATATTGCAACACTACAAAAGTTGCTACGGCAGGTA...TAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAAATGCAGAAATCACAAAATGAAGCAGTGTGTGAGGGGCTGCGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103796 TGGAAATGCAGAAATCACAAAATGAAGCAGTGTGTGAGGGGCTGCGTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAAATCCGAGAGCTCTGGGACAGGTTGCAAATACCTGAAGAAGAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103846 CAAATCCGAGAGCTCTGGGACAGGTTGCAAATACCTGAAGAAGAAAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGCTGTGGCCACCATTATGTCTGGGTCAAAGGCCAAGGTCCGGAAAGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103896 AGCTGTGGCCACCATTATGTCTGGGTCAAAGGCCAAGGTCCGGAAAGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         CTGCAATTAGAAGTGGATCGGTTGGAAGAACTGAAAATGCAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103946 TA...CAGCTGCAATTAGAAGTGGATCGGTTGGAAGAACTGAAAATGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AACATGAAGAAAGTGATTGAGGCAATTCGAGTGGAGCTGGTTCAGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104481 AACATGAAGAAAGTGATTGAGGCAATTCGAGTGGAGCTGGTTCAGTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGACCAGTGCTTTTATAGCCAGGAGCAGAGACAAGCTTTTGCCCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104531 GGACCAGTGCTTTTATAGCCAGGAGCAGAGACAAGCTTTTGCCCCTTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTGCTG         AGGACTACACAGAAAGTCTGCTCCAGCTCCACGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104581 GTGCTGGTT...CAGAGGACTACACAGAAAGTCTGCTCCAGCTCCACGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCTGAGATTGTGCGGTTAAAAAACTACTATGAAGTTCACAAGGAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105569 GCTGAGATTGTGCGGTTAAAAAACTACTATGAAGTTCACAAGGAACTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGAAGGTGTCCAGAAGTGGGAAGAAACCTGGAGGCTTTTCTTAGAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105619 TGAAGGTGTCCAGAAGTGGGAAGAAACCTGGAGGCTTTTCTTAGAGTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AG         AGAAAAGCTTCAGATCCAAATCGATTTACAAACCGAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105669 AGGTA...CAGAGAAAAGCTTCAGATCCAAATCGATTTACAAACCGAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGAAATCTTCTAAAAGAAGAAAAACAACGAGCCAAGCTCCAGAAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108096 GGAAATCTTCTAAAAGAAGAAAAACAACGAGCCAAGCTCCAGAAAATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCCAAG         CTGGAAGAAGAGTTGAAGGCACGAATTGAATTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108146 GCCCAAGGTA...CAGCTGGAAGAAGAGTTGAAGGCACGAATTGAATTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGGAACAGGAACATTCAAAGGCATTTATGGTGAATGGGCAGAAATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110131 GGGAACAGGAACATTCAAAGGCATTTATGGTGAATGGGCAGAAATTCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGTATGTGGCAGAACAATGGGAGATGCATCGATTGGAGAAAGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 GAGTATGTGGCAGAACAATGGGAGATGCATCGATTGGAGAAAGAGAGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAAGCAGGAAAGA         CAACTGAAGAACAAAAAACAGACAGAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110231 CAAGCAGGAAAGAGTA...CAGCAACTGAAGAACAAAAAACAGACAGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGAGATGCTGTATGGCAGCGCTCCTCGAACACCTAGCAAGCGGCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110610 CAGAGATGCTGTATGGCAGCGCTCCTCGAACACCTAGCAAGCGGCGAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTGGCTCCCAATACACCGGGCAAAGCACGTAAG         CTGAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110660 CTGGCTCCCAATACACCGGGCAAAGCACGTAAGGTA...TAGCTGAACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TACCACCATGTCCAATGCTACGGCCAATAGTAGCATTCGGCCTATCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114322 TACCACCATGTCCAATGCTACGGCCAATAGTAGCATTCGGCCTATCTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GAGGGACAGTCTACCACTCCCCCGTGTCTCGACTTCCTCCTTCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114372 GAGGGACAGTCTACCACTCCCCCGTGTCTCGACTTCCTCCTTCTGGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AAG         CCAGTCGCTGCTTCCACCTGTTCAGGGAAGAAAACACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114422 AAGGTT...CAGCCAGTCGCTGCTTCCACCTGTTCAGGGAAGAAAACACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCGTACTGGCAGGCATGGAGCCAACAAGGAGAACCTGGAGCTCAACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115243 CCGTACTGGCAGGCATGGAGCCAACAAGGAGAACCTGGAGCTCAACGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCATCCTGAGTGGTGGGTACCCTGGCTCGGCCCCCCTCCAGCGCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115293 GCATCCTGAGTGGTGGGTACCCTGGCTCGGCCCCCCTCCAGCGCAACTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGCATTAATTCTGTTGCCAGCACCTATTCTGAGTTTGCG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 115343 AGCATTAATTCTGTTGCCAGCACCTATTCTGAGTTTGCGGTA...TAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGATCCGTCCCTCTCTGACAGTTCCACTGTTGGGCTTCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115710 GGATCCGTCCCTCTCTGACAGTTCCACTGTTGGGCTTCAGGTC...CAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GAGAACTTTCAAAGGCTTCCAAATCTGATGCTACTTCTGGAATCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117627 GAGAACTTTCAAAGGCTTCCAAATCTGATGCTACTTCTGGAATCCTCAAT

   1950     .    :    .
   1843 TCAACCAACATCCAGTCC
        ||||||||||||||||||
 117677 TCAACCAACATCCAGTCC