seq1 = pF1KE4536.tfa, 1809 bp
seq2 = pF1KE4536/gi568815589f_133536414.tfa (gi568815589f:133536414_133758444), 222031 bp

>pF1KE4536 1809
>gi568815589f:133536414_133758444 (Chr9)

1-297  (100001-100297)   100% ->
298-444  (103433-103579)   99% ->
445-702  (105794-106051)   100% ->
703-879  (107000-107176)   100% ->
880-982  (107805-107907)   100% ->
983-1149  (111433-111599)   100% ->
1150-1293  (115221-115364)   100% ->
1294-1332  (115833-115871)   100% ->
1333-1392  (116527-116586)   98% ->
1393-1520  (120110-120237)   100% ->
1521-1680  (120657-120816)   100% ->
1681-1809  (121903-122031)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGAGGCAGCCTTCATGTACAGCACAGCAGTGGCCATCTTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGAGGCAGCCTTCATGTACAGCACAGCAGTGGCCATCTTCCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCTGGTGGCCGCACTGCAGGGCTCGGCTCCCCGTGAGAGCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCTGGTGGCCGCACTGCAGGGCTCGGCTCCCCGTGAGAGCCCCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTATCACATCCCCCTGGACCCGGAGGGGTCCCTGGAGCTCTCATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTATCACATCCCCCTGGACCCGGAGGGGTCCCTGGAGCTCTCATGGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCAGCTACACCCAGGAGGCCATCCATTTCCAGCTCCTGGTGCGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAGCTACACCCAGGAGGCCATCCATTTCCAGCTCCTGGTGCGGAGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGGCTGGCGTCCTGTTTGGGATGTCCGACCGTGGCGAGCTTGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGCTGGCGTCCTGTTTGGGATGTCCGACCGTGGCGAGCTTGAGAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGATCTCGTGGTGCTCTGGACCGATGGGGACACTGCCTATTTTGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100251 CAGATCTCGTGGTGCTCTGGACCGATGGGGACACTGCCTATTTTGCGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298       GACGCCTGGAGTGACCAGAAGGGGCAGATCCACCTGGATCCCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ...CAGGACGCCTGGAGTGACCAGAAGGGGCAGATCCACCTGGATCCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGGACTACCAGCTGCTGCAGGTGCAGAGGACCCCAGAAGGCCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103477 GCAGGACTACCAGCTGCTGCAGGTGCAGAGGACCCCAGAAGGCCTGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCTTTTCAAGAGGCCCTTTGGCACCTGCGACCCCAAGGATTACCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103527 TGCTTTTCAAGAGGCCCTTTGGCACCTGCGACCCCAAGGATTACCTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAG         GACGGCACTGTCCACTTGGTCTACGGGATCCTGGAGGA
        || >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103577 GAAGTA...CAGGACGGCACTGTCCACTTGGTCTACGGGATCCTGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCGTTCCGGTCACTGGAGGCCATCAACGGCTCGGGCCTGCAGATGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105832 GCCGTTCCGGTCACTGGAGGCCATCAACGGCTCGGGCCTGCAGATGGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCAGAGGGTGCAGCTCCTGAAGCCCAATATCCCCGAACCGGAGTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105882 TGCAGAGGGTGCAGCTCCTGAAGCCCAATATCCCCGAACCGGAGTTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCAGACGCGTGCACCATGGAGGTCCAAGCTCCCAATATCCAGATCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105932 TCAGACGCGTGCACCATGGAGGTCCAAGCTCCCAATATCCAGATCCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGGAGACCACGTACTGGTGCTACATTAAGGAGCTTCCAAAGGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105982 CCAGGAGACCACGTACTGGTGCTACATTAAGGAGCTTCCAAAGGGCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCGGCACCACATTATCAAG         TACGAGCCCATCGTCACCAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106032 CTCGGCACCACATTATCAAGGTA...CAGTACGAGCCCATCGTCACCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCAATGAGGCCCTTGTCCACCACATGGAAGTCTTCCAGTGCGCCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107021 GGCAATGAGGCCCTTGTCCACCACATGGAAGTCTTCCAGTGCGCCCCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATGGACAGCGTCCCCCACTTCAGCGGGCCCTGCGACTCCAAGATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107071 GATGGACAGCGTCCCCCACTTCAGCGGGCCCTGCGACTCCAAGATGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCGACCGCCTCAACTACTGCCGCCACGTGCTGGCCGCCTGGGCCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107121 CCGACCGCCTCAACTACTGCCGCCACGTGCTGGCCGCCTGGGCCCTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCCAAG         GCATTTTACTACCCAGAGGAAGCCGGCCTTGCCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107171 GCCAAGGTG...CAGGCATTTTACTACCCAGAGGAAGCCGGCCTTGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGGGGGTCCAGGGTCCTCCAGATATCTCCGCCTGGAAGTTCACTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107840 CGGGGGTCCAGGGTCCTCCAGATATCTCCGCCTGGAAGTTCACTACCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACCCACTGGTGATAGAAG         GACGAAACGACTCCTCAGGCATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107890 ACCCACTGGTGATAGAAGGTA...CAGGACGAAACGACTCCTCAGGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGCTTGTACTACACAGCCAAGCTGCGGCGCTTCAACGCGGGGATCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111456 CGCTTGTACTACACAGCCAAGCTGCGGCGCTTCAACGCGGGGATCATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCTGGGACTGGTGTACACGCCAGTGATGGCCATTCCACCACGGGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111506 GCTGGGACTGGTGTACACGCCAGTGATGGCCATTCCACCACGGGAGACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCTTCATCCTCACTGGCTACTGCACGGACAAGTGCACCCAGCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111556 CCTTCATCCTCACTGGCTACTGCACGGACAAGTGCACCCAGCTGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150    GCACTGCCTCCCTCCGGGATCCACATCTTCGCCTCTCAGCTCCACAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115218 CAGGCACTGCCTCCCTCCGGGATCCACATCTTCGCCTCTCAGCTCCACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACACCTGACTGGGAGAAAGGTGGTCACAGTGCTGGTCCGGGACGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115268 ACACCTGACTGGGAGAAAGGTGGTCACAGTGCTGGTCCGGGACGGCCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGTGGGAGATCGTGAACCAGGACAATCACTACAGCCCTCACTTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115318 AGTGGGAGATCGTGAACCAGGACAATCACTACAGCCCTCACTTCCAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1294       GAGATCCGCATGTTGAAGAAGGTCGTGTCGGTCCATCCG     
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115368 ...CAGGAGATCCGCATGTTGAAGAAGGTCGTGTCGGTCCATCCGGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333     GGAGATGTGCTCATCACCTCCTGCACGTACAACACGGAAGACCGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 115877 .CAGGGAGATGTGCTCATCACCTCCTGCACGTACAACACAGAAGACCGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGCTGGCCACAGTG         GGGGGCTTCGGGATCCTGGAGGAGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116573 AGCTGGCCACAGTGGTA...CAGGGGGGCTTCGGGATCCTGGAGGAGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGTGTCAACTACGTGCACTACTACCCCCAGACGCAGCTGGAGCTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120137 TGTGTCAACTACGTGCACTACTACCCCCAGACGCAGCTGGAGCTCTGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAGCGCTGTGGACGCCGGCTTCCTGCAGAAGTACTTCCACCTCATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120187 GAGCGCTGTGGACGCCGGCTTCCTGCAGAAGTACTTCCACCTCATCAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 G         GTTCAACAACGAGGATGTCTGCACCTGCCCTCAGGCGTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120237 GGTG...CAGGTTCAACAACGAGGATGTCTGCACCTGCCCTCAGGCGTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTGTCTCAGCAGTTCACCTCTGTTCCCTGGAACTCCTTCAACCGCGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120697 GTGTCTCAGCAGTTCACCTCTGTTCCCTGGAACTCCTTCAACCGCGACGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ACTGAAGGCCCTGTACAGCTTCGCGCCCATCTCCATGCACTGCAACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120747 ACTGAAGGCCCTGTACAGCTTCGCGCCCATCTCCATGCACTGCAACAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCTCAGCCGTCCGCTTCCAG         GGTGAATGGAACCTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120797 CCTCAGCCGTCCGCTTCCAGGTG...CAGGGTGAATGGAACCTGCAGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGCCCAAGGTCATCTCCACACTGGAAGAGCCCACCCCACAGTGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121924 CTGCCCAAGGTCATCTCCACACTGGAAGAGCCCACCCCACAGTGCCCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CAGCCAGGGCCGAAGCCCTGCTGGCCCCACCGTTGTCAGCATTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121974 CAGCCAGGGCCGAAGCCCTGCTGGCCCCACCGTTGTCAGCATTGGTGGGG

   1900     .
   1802 GCAAAGGC
        ||||||||
 122024 GCAAAGGC