seq1 = pF1KE4535.tfa, 1806 bp
seq2 = pF1KE4535/gi568815595r_165673385.tfa (gi568815595r:165673385_165931033), 257649 bp

>pF1KE4535 1806
>gi568815595r:165673385_165931033 (Chr3)

(complement)

1-1517  (100001-101517)   100% ->
1518-1684  (144723-144889)   100% ->
1685-1806  (157528-157649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATAGCAAAGTCACAATCATATGCATCAGATTTCTCTTTTGGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATAGCAAAGTCACAATCATATGCATCAGATTTCTCTTTTGGTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGCTCTGCATGCTTATTGGGAAGTCACATACTGAAGATGACATCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTGCTCTGCATGCTTATTGGGAAGTCACATACTGAAGATGACATCATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCAACAAAGAATGGAAAAGTCAGAGGGATGAACTTGACAGTTTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCAACAAAGAATGGAAAAGTCAGAGGGATGAACTTGACAGTTTTTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCACGGTAACAGCCTTTCTTGGAATTCCCTATGCACAGCCACCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCACGGTAACAGCCTTTCTTGGAATTCCCTATGCACAGCCACCTCTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGACTTCGATTCAAAAAGCCACAGTCTCTGACCAAGTGGTCTGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGACTTCGATTCAAAAAGCCACAGTCTCTGACCAAGTGGTCTGATATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAATGCCACAAAATATGCAAATTCTTGCTGTCAGAACATAGATCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAATGCCACAAAATATGCAAATTCTTGCTGTCAGAACATAGATCAAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTCCAGGCTTCCATGGATCAGAGATGTGGAACCCAAACACTGACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTCCAGGCTTCCATGGATCAGAGATGTGGAACCCAAACACTGACCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAAGACTGTTTATATCTAAATGTATGGATTCCAGCACCTAAACCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAAGACTGTTTATATCTAAATGTATGGATTCCAGCACCTAAACCAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCCACTGTATTGATATGGATTTATGGTGGTGGTTTTCAAACTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCCACTGTATTGATATGGATTTATGGTGGTGGTTTTCAAACTGGAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCATCTTTACATGTTTATGATGGCAAGTTTCTGGCTCGGGTTGAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCATCTTTACATGTTTATGATGGCAAGTTTCTGGCTCGGGTTGAAAGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TATTGTAGTGTCAATGAACTATAGGGTGGGTGCCCTAGGATTCTTAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TATTGTAGTGTCAATGAACTATAGGGTGGGTGCCCTAGGATTCTTAGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCAGGAAATCCTGAGGCTCCAGGGAACATGGGTTTATTTGATCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCAGGAAATCCTGAGGCTCCAGGGAACATGGGTTTATTTGATCAACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTGGCTCTTCAGTGGGTTCAAAAAAATATAGCAGCCTTTGGTGGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTGGCTCTTCAGTGGGTTCAAAAAAATATAGCAGCCTTTGGTGGAAATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAAAAGTGTAACTCTCTTTGGAGAAAGTGCAGGAGCAGCTTCAGTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAAAAGTGTAACTCTCTTTGGAGAAAGTGCAGGAGCAGCTTCAGTTAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCATTTGCTTTCTCCTGGAAGCCATTCATTGTTCACCAGAGCCATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCATTTGCTTTCTCCTGGAAGCCATTCATTGTTCACCAGAGCCATTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAAAGTGGATCCTTTAATGCTCCTTGGGCGGTAACATCTCTTTATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAAAGTGGATCCTTTAATGCTCCTTGGGCGGTAACATCTCTTTATGAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TAGGAACAGAACGTTGAACTTAGCTAAATTGACTGGTTGCTCTAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TAGGAACAGAACGTTGAACTTAGCTAAATTGACTGGTTGCTCTAGAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGAGACTGAAATAATCAAGTGTCTTAGAAATAAAGATCCCCAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGAGACTGAAATAATCAAGTGTCTTAGAAATAAAGATCCCCAAGAAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTTCTGAATGAAGCATTTGTTGTCCCCTATGGGACTCCTTTGTCAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTTCTGAATGAAGCATTTGTTGTCCCCTATGGGACTCCTTTGTCAGTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTTGGTCCGACCGTGGATGGTGATTTTCTCACTGACATGCCAGACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTTGGTCCGACCGTGGATGGTGATTTTCTCACTGACATGCCAGACATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TACTTGAACTTGGACAATTTAAAAAAACCCAGATTTTGGTGGGTGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TACTTGAACTTGGACAATTTAAAAAAACCCAGATTTTGGTGGGTGTTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAAGATGAAGGGACAGCTTTTTTAGTCTATGGTGCTCCTGGCTTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAAGATGAAGGGACAGCTTTTTTAGTCTATGGTGCTCCTGGCTTCAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGATAACAATAGTATCATAACTAGAAAAGAATTTCAGGAAGGTTTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGATAACAATAGTATCATAACTAGAAAAGAATTTCAGGAAGGTTTAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TATTTTTTCCAGGAGTGAGTGAGTTTGGAAAGGAATCCATCCTTTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TATTTTTTCCAGGAGTGAGTGAGTTTGGAAAGGAATCCATCCTTTTTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TACACAGACTGGGTAGATGATCAGAGACCTGAAAACTACCGTGAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TACACAGACTGGGTAGATGATCAGAGACCTGAAAACTACCGTGAGGCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGGTGATGTTGTTGGGGATTATAATTTCATATGCCCTGCCTTGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGGTGATGTTGTTGGGGATTATAATTTCATATGCCCTGCCTTGGAGTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCAAGAAGTTCTCAGAATGGGGAAATAATGCCTTTTTCTACTATTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCAAGAAGTTCTCAGAATGGGGAAATAATGCCTTTTTCTACTATTTTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CACCGATCCTCCAAACTTCCGTGGCCAGAATGGATGGGAGTGATGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CACCGATCCTCCAAACTTCCGTGGCCAGAATGGATGGGAGTGATGCATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CTATGAAATTGAATTTGTCTTTGGTTTACCTCTGGAAAGAAGAGATAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CTATGAAATTGAATTTGTCTTTGGTTTACCTCTGGAAAGAAGAGATAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACACAAAAGCCGAGGAAATTTTGAGTAGATCCATAGTGAAACGGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACACAAAAGCCGAGGAAATTTTGAGTAGATCCATAGTGAAACGGTGGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AATTTTGCAAAATATGG         GAATCCAAATGAGACTCAGAACAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101501 AATTTTGCAAAATATGGGTA...TAGGAATCCAAATGAGACTCAGAACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TAGCACAAGCTGGCCTGTCTTCAAAAGCACTGAACAAAAATATCTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144747 TAGCACAAGCTGGCCTGTCTTCAAAAGCACTGAACAAAAATATCTAACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TGAATACAGAGTCAACAAGAATAATGACGAAACTACGTGCTCAACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144797 TGAATACAGAGTCAACAAGAATAATGACGAAACTACGTGCTCAACAATGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CGATTCTGGACATCATTTTTTCCAAAAGTCTTGGAAATGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 144847 CGATTCTGGACATCATTTTTTCCAAAAGTCTTGGAAATGACAGGTG...C

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1685   GAAATATTGATGAAGCAGAATGGGAGTGGAAAGCAGGATTCCATCGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157526 AGGAAATATTGATGAAGCAGAATGGGAGTGGAAAGCAGGATTCCATCGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GGAACAATTACATGATGGACTGGAAAAATCAATTTAACGATTACACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157576 GGAACAATTACATGATGGACTGGAAAAATCAATTTAACGATTACACTAGC

   1800     .    :    .    :
   1783 AAGAAAGAAAGTTGTGTGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||
 157626 AAGAAAGAAAGTTGTGTGGGTCTC