seq1 = pF1KE4534.tfa, 1797 bp
seq2 = pF1KE4534/gi568815595f_10917212.tfa (gi568815595f:10917212_11136963), 219752 bp

>pF1KE4534 1797
>gi568815595f:10917212_11136963 (Chr3)

1-238  (100001-100238)   100% ->
239-370  (100632-100763)   100% ->
371-471  (101387-101487)   100% ->
472-581  (103002-103111)   100% ->
582-714  (105125-105257)   100% ->
715-849  (108238-108372)   100% ->
850-953  (108562-108665)   100% ->
954-1078  (109024-109148)   99% ->
1079-1191  (111524-111636)   100% ->
1192-1323  (112010-112141)   100% ->
1324-1426  (113966-114068)   100% ->
1427-1527  (116428-116528)   100% ->
1528-1695  (117320-117487)   99% ->
1696-1797  (119651-119752)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCAACGGCAGCAAGGTGGCCGACGGGCAGATCTCCACCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACCAACGGCAGCAAGGTGGCCGACGGGCAGATCTCCACCGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGAGGCCCCTGTGGCCAATGACAAGCCCAAAACCTTGGTGGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGAGGCCCCTGTGGCCAATGACAAGCCCAAAACCTTGGTGGTCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGAAGAAGGCGGCAGACCTCCCCGACCGGGACACGTGGAAGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGAAGAAGGCGGCAGACCTCCCCGACCGGGACACGTGGAAGGGCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGACTTCCTCATGTCCTGTGTGGGCTATGCCATCGGCCTGGGCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGACTTCCTCATGTCCTGTGTGGGCTATGCCATCGGCCTGGGCAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGAGGTTCCCCTATCTCTGCGGGAAAAATGGTGGGG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 CTGGAGGTTCCCCTATCTCTGCGGGAAAAATGGTGGGGGTA...CAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTCCTGATCCCCTATTTCCTGACACTCATCTTTGCGGGGGTCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 CCTTCCTGATCCCCTATTTCCTGACACTCATCTTTGCGGGGGTCCCACTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCTGCTGGAGTGCTCCCTGGGCCAGTACACCTCCATCGGGGGGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100685 TTCCTGCTGGAGTGCTCCCTGGGCCAGTACACCTCCATCGGGGGGCTAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTATGGAAGCTGGCTCCTATGTTCAAGG         GCGTGGGCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100735 GGTATGGAAGCTGGCTCCTATGTTCAAGGGTA...CAGGCGTGGGCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGGCTGCTGTGCTATCATTCTGGCTGAACATCTACTACATCGTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 CGGCTGCTGTGCTATCATTCTGGCTGAACATCTACTACATCGTCATCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCCTGGGCCATTTACTACCTGTACAACTCCTTCACCACG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101449 TCCTGGGCCATTTACTACCTGTACAACTCCTTCACCACGGTG...CAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGCCGTGGAAACAGTGCGACAACCCCTGGAACACAGACCGCTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103004 ACTGCCGTGGAAACAGTGCGACAACCCCTGGAACACAGACCGCTGCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAACTACAGCATGGTCAACACTACCAACATGACCAGCGCTGTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103054 CCAACTACAGCATGGTCAACACTACCAACATGACCAGCGCTGTGGTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCTGGGA         GCGCAACATGCATCAGATGACGGACGGGCTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103104 TTCTGGGAGTG...CAGGCGCAACATGCATCAGATGACGGACGGGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAGCCAGGTCAGATCCGCTGGCCACTGGCCATCACGCTGGCCATCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105158 TAAGCCAGGTCAGATCCGCTGGCCACTGGCCATCACGCTGGCCATCGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGATCCTTGTGTATTTCTGTATCTGGAAGGGTGTTGGCTGGACTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105208 GGATCCTTGTGTATTTCTGTATCTGGAAGGGTGTTGGCTGGACTGGAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          GTGGTCTACTTTTCAGCCACATACCCCTACATCATGCTGAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105258 GTA...CAGGTGGTCTACTTTTCAGCCACATACCCCTACATCATGCTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCCTGTTCTTCCGTGGAGTGACGCTGCCCGGGGCCAAGGAGGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108279 CATCCTGTTCTTCCGTGGAGTGACGCTGCCCGGGGCCAAGGAGGGCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTTCTACATCACACCCAACTTCCGCAAGCTGTCTGACTCCGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108329 TCTTCTACATCACACCCAACTTCCGCAAGCTGTCTGACTCCGAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850    GTGTGGCTGGATGCGGCAACCCAGATCTTCTTCTCATACGGGCTGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108559 TAGGTGTGGCTGGATGCGGCAACCCAGATCTTCTTCTCATACGGGCTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGGGTCCCTGATCGCTCTCGGGAGCTACAACTCTTTCCACAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108609 CCTGGGGTCCCTGATCGCTCTCGGGAGCTACAACTCTTTCCACAACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTACAG         GGACTCCATCATCGTCTGCTGCATCAATTCGTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108659 TCTACAGGTT...CAGGGACTCCATCATCGTCTGCTGCATCAATTCGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCAGCATGTTCGCAGGATTCGTCATCTTCTCCATCGTGGGCTTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109058 ACCAGCATGTTCGCAGGATTCGTCATCTTCTCCATCGTGGGCTTCATGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCATGTCACGAAGAGGTCCATTGCTGATGTGGCGGCCTCAG         
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109108 CCATGTCACCAAGAGGTCCATTGCTGATGTGGCGGCCTCAGGTC...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCCCGGGCTGGCGTTCCTGGCATACCCAGAGGCGGTGACCCAGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111524 GCCCCGGGCTGGCGTTCCTGGCATACCCAGAGGCGGTGACCCAGCTGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCTCCCCACTCTGGGCCATCCTCTTCTTCTCCATGCTGTTGATGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111574 ATCTCCCCACTCTGGGCCATCCTCTTCTTCTCCATGCTGTTGATGCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATTGACAGCCAG         TTCTGCACTGTGGAGGGCTTCATCACAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111624 CATTGACAGCCAGGTG...AAGTTCTGCACTGTGGAGGGCTTCATCACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCCTGGTGGATGAGTACCCCAGGCTCCTCCGCAACCGCAGAGAGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112038 CCCTGGTGGATGAGTACCCCAGGCTCCTCCGCAACCGCAGAGAGCTCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATTGCTGCTGTCTGCATCATCTCCTACCTGATCGGTCTCTCTAACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112088 ATTGCTGCTGTCTGCATCATCTCCTACCTGATCGGTCTCTCTAACATCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCAG         GGGGGTATTTATGTCTTCAAACTCTTTGACTACTACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112138 TCAGGTA...CAGGGGGGTATTTATGTCTTCAAACTCTTTGACTACTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTGCCAGTGGCATGAGCCTGCTGTTCCTCGTGTTCTTTGAATGTGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114003 CTGCCAGTGGCATGAGCCTGCTGTTCCTCGTGTTCTTTGAATGTGTCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATTTCCTGGTTTTACG         GTGTCAACCGATTCTATGACAATAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114053 ATTTCCTGGTTTTACGGTG...CAGGTGTCAACCGATTCTATGACAATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCAAGAGATGGTTGGATCCAGGCCCTGCATCTGGTGGAAACTCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116453 CCAAGAGATGGTTGGATCCAGGCCCTGCATCTGGTGGAAACTCTGCTGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTTTCTTCACACCAATCATTGTGGCG         GGCGTGTTCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116503 CTTTCTTCACACCAATCATTGTGGCGGTA...CAGGGCGTGTTCATTTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGTGCTGTGCAGATGACGCAACTCACCATGGGAAACTATGTTTTCCCCAA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 117335 AGTGCTGTGCAGATGACGCCACTCACCATGGGAAACTATGTTTTCCCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GTGGGGCCAGGGTGTGGGCTGGCTGATGGCTCTGTCTTCCATGGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117385 GTGGGGCCAGGGTGTGGGCTGGCTGATGGCTCTGTCTTCCATGGTCCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCCCCGGGTACATGGCCTACATGTTCCTCACCTTAAAGGGCTCCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117435 TCCCCGGGTACATGGCCTACATGTTCCTCACCTTAAAGGGCTCCCTGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CAG         CGCATCCAAGTCATGGTCCAGCCCAGCGAAGACATCGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117485 CAGGTA...CAGCGCATCCAAGTCATGGTCCAGCCCAGCGAAGACATCGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCGCCCAGAGAATGGTCCTGAGCAGCCCCAGGCGGGCAGCTCCACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119689 TCGCCCAGAGAATGGTCCTGAGCAGCCCCAGGCGGGCAGCTCCACCAGCA

   1900     .    :
   1784 AGGAGGCCTACATC
        ||||||||||||||
 119739 AGGAGGCCTACATC