seq1 = pF1KE4533.tfa, 1794 bp
seq2 = pF1KE4533/gi568815595r_185545534.tfa (gi568815595r:185545534_185924957), 379424 bp

>pF1KE4533 1794
>gi568815595r:185545534_185924957 (Chr3)

(complement)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-236  (101745-101805)   100% ->
237-285  (226611-226659)   100% ->
286-337  (228295-228346)   100% ->
338-401  (232196-232259)   100% ->
402-674  (235331-235603)   100% ->
675-809  (237767-237901)   100% ->
810-932  (249045-249167)   100% ->
933-1068  (249527-249662)   100% ->
1069-1197  (252289-252417)   100% ->
1198-1266  (266549-266617)   100% ->
1267-1383  (267556-267672)   100% ->
1384-1458  (272790-272864)   100% ->
1459-1590  (275424-275555)   100% ->
1591-1704  (277820-277933)   100% ->
1705-1794  (279335-279424)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACAAGCTTTACATCGGGAACCTGAGCCCCGCCGTCACCGCCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACAAGCTTTACATCGGGAACCTGAGCCCCGCCGTCACCGCCGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCGGCAGCTCTTTGGGGACAGGAAGCTGCCCCTGGCGGGACAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCCGGCAGCTCTTTGGGGACAGGAAGCTGCCCCTGGCGGGACAGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGAAGTCCGGCTACGCCTTCGTGGACTACCCCGACCAGAACTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGAAGTCCGGCTACGCCTTCGTGGACTACCCCGACCAGAACTGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCGCGCCATCGAGACCCTCTCGG         GTAAAGTGGAATTGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 ATCCGCGCCATCGAGACCCTCTCGGGTG...AAGGTAAAGTGGAATTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGAAAATCATGGAAGTTGATTACTCAGTCTCTAAAAAGCTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101761 TGGGAAAATCATGGAAGTTGATTACTCAGTCTCTAAAAAGCTAAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GAGCAGGAAAATTCAGATTCGAAACATCCCTCCTCACCTGCAGTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101811 .CAGGAGCAGGAAAATTCAGATTCGAAACATCCCTCCTCACCTGCAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAG         GTGTTGGATGGACTTTTGGCTCAATATGGGACAGTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226657 GAGGTA...TAGGTGTTGGATGGACTTTTGGCTCAATATGGGACAGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAATGTGGAACAAG         TCAACACAGACACAGAAACCGCCGTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 228333 GAATGTGGAACAAGGTA...TAGTCAACACAGACACAGAAACCGCCGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAACGTCACATATGCAACAAGAGAAGAAGCAAAAAT         AGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 232223 TCAACGTCACATATGCAACAAGAGAAGAAGCAAAAATGTA...CAGAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGGAGAAGCTAAGCGGGCATCAGTTTGAGAACTACTCCTTCAAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235335 ATGGAGAAGCTAAGCGGGCATCAGTTTGAGAACTACTCCTTCAAGATTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTACATCCCGGATGAAGAGGTGAGCTCCCCTTCGCCCCCTCAGCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235385 CTACATCCCGGATGAAGAGGTGAGCTCCCCTTCGCCCCCTCAGCGAGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCGTGGGGACCACTCTTCCCGGGAGCAAGGCCACGCCCCTGGGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235435 AGCGTGGGGACCACTCTTCCCGGGAGCAAGGCCACGCCCCTGGGGGCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTCAGGCCAGACAGATTGATTTCCCGCTGCGGATCCTGGTCCCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235485 TCTCAGGCCAGACAGATTGATTTCCCGCTGCGGATCCTGGTCCCCACCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTTGTTGGTGCCATCATCGGAAAGGAGGGCTTGACCATAAAGAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235535 GTTTGTTGGTGCCATCATCGGAAAGGAGGGCTTGACCATAAAGAACATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTAAGCAGACCCAGTCCCG         GGTAGATATCCATAGAAAAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 235585 CTAAGCAGACCCAGTCCCGGTA...CAGGGTAGATATCCATAGAAAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACTCTGGAGCTGCAGAGAAGCCTGTCACCATCCATGCCACCCCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237789 AACTCTGGAGCTGCAGAGAAGCCTGTCACCATCCATGCCACCCCAGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACTTCTGAAGCATGCCGCATGATTCTTGAAATCATGCAGAAAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237839 GACTTCTGAAGCATGCCGCATGATTCTTGAAATCATGCAGAAAGAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGAGACCAAACT         AGCCGAAGAGATTCCTCTGAAAATCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 237889 ATGAGACCAAACTGTA...TAGAGCCGAAGAGATTCCTCTGAAAATCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCACACAATGGCTTGGTTGGAAGACTGATTGGAAAAGAAGGCAGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249073 GCACACAATGGCTTGGTTGGAAGACTGATTGGAAAAGAAGGCAGAAATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAGAAAATTGAACATGAAACAGGGACCAAGATAACAATCTCATC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 249123 GAAGAAAATTGAACATGAAACAGGGACCAAGATAACAATCTCATCGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933     TTTGCAGGATTTGAGCATATACAACCCGGAAAGAACCATCACTGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249173 .CAGTTTGCAGGATTTGAGCATATACAACCCGGAAAGAACCATCACTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGGCACAGTTGAGGCCTGTGCCAGTGCTGAGATAGAGATTATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249573 AAGGGCACAGTTGAGGCCTGTGCCAGTGCTGAGATAGAGATTATGAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTGCGTGAGGCCTTTGAAAATGATATGCTGGCTGTTAAC         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 249623 GCTGCGTGAGGCCTTTGAAAATGATATGCTGGCTGTTAACGTA...CAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACAAGCCAATCTGATCCCAGGGTTGAACCTCAGCGCACTTGGCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252290 AACAAGCCAATCTGATCCCAGGGTTGAACCTCAGCGCACTTGGCATCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCAACAGGACTGTCCGTGCTATCTCCACCAGCAGGGCCCCGCGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252340 TCAACAGGACTGTCCGTGCTATCTCCACCAGCAGGGCCCCGCGGAGCTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCCCGCTGCCCCCTACCACCCCTTCACT         ACCCACTCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 252390 CCCCGCTGCCCCCTACCACCCCTTCACTGTA...CAGACCCACTCCGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACTTCTCCAGCCTGTACCCCCATCACCAGTTTGGCCCGTTCCCGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266562 ACTTCTCCAGCCTGTACCCCCATCACCAGTTTGGCCCGTTCCCGCATCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CACTCT         TATCCAGAGCAGGAGATTGTGAATCTCTTCATCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266612 CACTCTGTA...CAGTATCCAGAGCAGGAGATTGTGAATCTCTTCATCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AACCCAGGCTGTGGGCGCCATCATCGGGAAGAAGGGGGCACACATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267591 AACCCAGGCTGTGGGCGCCATCATCGGGAAGAAGGGGGCACACATCAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGCTGGCGAGATTCGCCGGAGCCTCTATCAAG         ATTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 267641 AGCTGGCGAGATTCGCCGGAGCCTCTATCAAGGTG...CAGATTGCCCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCGGAAGGCCCAGACGTCAGCGAAAGGATGGTCATCATCACCGGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272799 GCGGAAGGCCCAGACGTCAGCGAAAGGATGGTCATCATCACCGGGCCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGAAGCCCAGTTCAAG         GCCCAGGGACGGATCTTTGGGAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 272849 GGAAGCCCAGTTCAAGGTT...CAGGCCCAGGGACGGATCTTTGGGAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGAAAGAGGAAAACTTCTTTAACCCCAAAGAAGAAGTGAAGCTGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275449 TGAAAGAGGAAAACTTCTTTAACCCCAAAGAAGAAGTGAAGCTGGAAGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CATATCAGAGTGCCCTCTTCCACAGCTGGCCGGGTGATTGGCAAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275499 CATATCAGAGTGCCCTCTTCCACAGCTGGCCGGGTGATTGGCAAAGGTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAAGACC         GTGAACGAACTGCAGAACTTAACCAGTGCAGAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275549 CAAGACCGTA...CAGGTGAACGAACTGCAGAACTTAACCAGTGCAGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCATCGTGCCTCGTGACCAAACGCCAGATGAAAATGAGGAAGTGATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277854 TCATCGTGCCTCGTGACCAAACGCCAGATGAAAATGAGGAAGTGATCGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGAATTATCGGGCACTTCTTTGCTAGCCAG         ACTGCACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 277904 AGAATTATCGGGCACTTCTTTGCTAGCCAGGTA...CAGACTGCACAGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAAGATCAGGGAAATTGTACAACAGGTGAAGCAGCAGGAGCAGAAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279346 CAAGATCAGGGAAATTGTACAACAGGTGAAGCAGCAGGAGCAGAAATACC

   1900     .    :    .    :    .
   1766 CTCAGGGAGTCGCCTCACAGCGCAGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 279396 CTCAGGGAGTCGCCTCACAGCGCAGCAAG