seq1 = pF1KE4532.tfa, 1782 bp
seq2 = pF1KE4532/gi568815589f_127551603.tfa (gi568815589f:127551603_127790854), 239252 bp

>pF1KE4532 1782
>gi568815589f:127551603_127790854 (Chr9)

1-37  (60802-60838)   100% ->
38-87  (100001-100050)   100% ->
88-169  (102113-102194)   100% ->
170-246  (106773-106849)   100% ->
247-325  (108428-108506)   100% ->
326-429  (109500-109603)   100% ->
430-578  (111603-111751)   100% ->
579-663  (113645-113729)   100% ->
664-794  (114564-114694)   100% ->
795-902  (116478-116585)   100% ->
903-963  (118296-118356)   100% ->
964-1029  (120449-120514)   100% ->
1030-1110  (121579-121659)   100% ->
1111-1249  (124202-124340)   100% ->
1250-1359  (125042-125151)   100% ->
1360-1461  (126829-126930)   100% ->
1462-1547  (128555-128640)   100% ->
1548-1702  (130804-130958)   100% ->
1703-1782  (139173-139252)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCCATTGGCCTCAAAGCTGTTGTCGGAGAGA         AGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  60802 ATGGCCCCCATTGGCCTCAAAGCTGTTGTCGGAGAGAGTA...TAGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATGCATGATGTGATAAAGAAGGTCAAGAAGAAGGGGGAATGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100005 TATGCATGATGTGATAAAGAAGGTCAAGAAGAAGGGGGAATGGAAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      GTGCTGGTGGTGGATCAGTTAAGCATGAGGATGCTGTCCTCCTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 ..CAGGTGCTGGTGGTGGATCAGTTAAGCATGAGGATGCTGTCCTCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGCAAGATGACAGACATCATGACCGAGGGCATAACGA         TTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102158 TGCAAGATGACAGACATCATGACCGAGGGCATAACGAGTG...TAGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGAAGATATCAATAAGCGCAGAGAGCCGCTCCCCAGCCTGGAGGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106777 GGAAGATATCAATAAGCGCAGAGAGCCGCTCCCCAGCCTGGAGGCTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATCTCATCACTCCATCCGAGAAG         TCCGTCCACTCTCTCATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106827 ATCTCATCACTCCATCCGAGAAGGTA...CAGTCCGTCCACTCTCTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AGTGACTTTAAGGACCCGCCGACTGCTAAATACCGGGCTGCACACGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108446 AGTGACTTTAAGGACCCGCCGACTGCTAAATACCGGGCTGCACACGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CTTCACTGACT         CTTGTCCAGATGCCCTGTTTAATGAACTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108496 CTTCACTGACTGTG...CAGCTTGTCCAGATGCCCTGTTTAATGAACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TAAAATCCCGAGCAGCCAAAGTCATCAAAACTCTGACGGAAATCAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109530 TAAAATCCCGAGCAGCCAAAGTCATCAAAACTCTGACGGAAATCAATATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GCATTTCTCCCGTATGAATCCCAG         GTCTATTCCTTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109580 GCATTTCTCCCGTATGAATCCCAGGTG...CAGGTCTATTCCTTGGACTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TGCTGACTCTTTCCAAAGCTTCTACAGTCCCCACAAGGCTCAGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111620 TGCTGACTCTTTCCAAAGCTTCTACAGTCCCCACAAGGCTCAGATGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATCCTATACTGGAGCGCCTGGCAGAGCAGATCGCGACCCTTTGTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111670 ATCCTATACTGGAGCGCCTGGCAGAGCAGATCGCGACCCTTTGTGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTGAAGGAGTACCCGGCTGTGCGGTATCGGGG         GGAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111720 CTGAAGGAGTACCCGGCTGTGCGGTATCGGGGGTA...CAGGGAATACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGACAATGCCCTGCTGGCTCAGCTAATCCAGGACAAGCTCGATGCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113654 GGACAATGCCCTGCTGGCTCAGCTAATCCAGGACAAGCTCGATGCCTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGCTGATGATCCAACAATGGGGGAG         GGCCCAGACAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113704 AAGCTGATGATCCAACAATGGGGGAGGTA...CAGGGCCCAGACAAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGCTCCCAGCTCCTGATCCTGGATCGAGGCTTTGACCCCAGCTCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114579 CGCTCCCAGCTCCTGATCCTGGATCGAGGCTTTGACCCCAGCTCCCCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCTCCATGAATTGACTTTTCAGGCTATGAGTTATGATCTGCTGCCTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114629 GCTCCATGAATTGACTTTTCAGGCTATGAGTTATGATCTGCTGCCTATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAAATGATGTATACAA         GTATGAGACCAGCGGCATCGGGGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114679 AAAATGATGTATACAAGTA...TAGGTATGAGACCAGCGGCATCGGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCACGGGTGAAGGAGGTGCTCCTGGACGAGGACGACGACCTGTGGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116503 GCACGGGTGAAGGAGGTGCTCCTGGACGAGGACGACGACCTGTGGATAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACTGCGCCACAAGCACATCGCAGAGGTGTCCCA         GGAAGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116553 ACTGCGCCACAAGCACATCGCAGAGGTGTCCCAGTA...CAGGGAAGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCCGGTCTCTGAAAGATTTTTCTTCTAGCAAGAGAATGAATACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118304 CCCGGTCTCTGAAAGATTTTTCTTCTAGCAAGAGAATGAATACTGGAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AAG         ACCACCATGCGGGACCTGTCCCAGATGCTGAAGAAGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118354 AAGGTA...CAGACCACCATGCGGGACCTGTCCCAGATGCTGAAGAAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCCTCAGTACCAGAAAGAGCTCAGCAAG         TACTCCACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120487 GCCTCAGTACCAGAAAGAGCTCAGCAAGGTA...TAGTACTCCACCCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TGCACCTTGCTGAGGACTGTATGAAGCATTACCAAGGCACCGTAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121592 TGCACCTTGCTGAGGACTGTATGAAGCATTACCAAGGCACCGTAGACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CTCTGCCGAGTGGAGCAG         GACCTGGCCATGGGCACAGATGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 121642 CTCTGCCGAGTGGAGCAGGTA...TAGGACCTGGCCATGGGCACAGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGAGGGAGAGAAGATCAAGGACCCTATGCGAGCCATCGTCCCCATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124225 TGAGGGAGAGAAGATCAAGGACCCTATGCGAGCCATCGTCCCCATTCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TGGATGCCAATGTCAGCACTTATGACAAAATCCGCATCATCCTTCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124275 TGGATGCCAATGTCAGCACTTATGACAAAATCCGCATCATCCTTCTCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ATCTTTTTGAAGAATG         GCATCACGGAGGAAAACCTGAACAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124325 ATCTTTTTGAAGAATGGTA...CAGGCATCACGGAGGAAAACCTGAACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 ACTGATCCAGCACGCCCAGATACCCCCGGAGGATAGTGAGATCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125067 ACTGATCCAGCACGCCCAGATACCCCCGGAGGATAGTGAGATCATCACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 ACATGGCTCACCTCGGCGTGCCCATCGTCACCGAT         TCCACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125117 ACATGGCTCACCTCGGCGTGCCCATCGTCACCGATGTA...CAGTCCACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CTGCGTCGCCGGAGCAAGCCGGAGCGGAAGGAACGCATCAGCGAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126835 CTGCGTCGCCGGAGCAAGCCGGAGCGGAAGGAACGCATCAGCGAGCAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CTACCAGCTCTCACGGTGGACTCCGATTATCAAGGACATCATGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 126885 CTACCAGCTCTCACGGTGGACTCCGATTATCAAGGACATCATGGAGGTT.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462      GACACTATTGAGGACAAACTTGACACCAAACACTACCCTTATATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126935 ..TAGGACACTATTGAGGACAAACTTGACACCAAACACTACCCTTATATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TCTACCCGTTCCTCTGCCTCCTTCAGCACCACCGCCGTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128600 TCTACCCGTTCCTCTGCCTCCTTCAGCACCACCGCCGTCAGGTA...CAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CGCCCGCTATGGGCACTGGCATAAGAACAAGGCCCCAGGCGAGTACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130804 CGCCCGCTATGGGCACTGGCATAAGAACAAGGCCCCAGGCGAGTACCGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 GTGGCCCCCGCCTCATCATTTTCATCCTTGGGGGTGTGAGCCTGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130854 GTGGCCCCCGCCTCATCATTTTCATCCTTGGGGGTGTGAGCCTGAATGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 ATGCGCTGCGCCTACGAGGTGACCCAGGCCAACGGAAAGTGGGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130904 ATGCGCTGCGCCTACGAGGTGACCCAGGCCAACGGAAAGTGGGAGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GATAG         GATCCACACACATCCTCACCCCACAGAAACTGCTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130954 GATAGGTG...CAGGATCCACACACATCCTCACCCCACAGAAACTGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 ACACACTGAAGAAACTGAATAAAACAGATGAAGAAATAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139209 ACACACTGAAGAAACTGAATAAAACAGATGAAGAAATAAGCAGT