seq1 = pF1KE4531.tfa, 1782 bp
seq2 = pF1KE4531/gi568815589r_88913450.tfa (gi568815589r:88913450_89278460), 365011 bp

>pF1KE4531 1782
>gi568815589r:88913450_89278460 (Chr9)

(complement)

1-474  (100001-100474)   99% ->
475-545  (165835-165905)   100% ->
546-609  (200558-200621)   100% ->
610-729  (203233-203352)   100% ->
730-783  (207209-207262)   100% ->
784-835  (212881-212932)   96% ->
836-962  (226298-226424)   100% ->
963-1113  (231467-231617)   100% ->
1114-1201  (232628-232715)   100% ->
1202-1360  (236277-236435)   100% ->
1361-1656  (240173-240468)   100% ->
1657-1782  (264886-265011)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCCACGCACCAAGTATAACCGCTTCAGGAATGACTCGGTGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCCACGCACCAAGTATAACCGCTTCAGGAATGACTCGGTGACATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCGATGACCTTCTCCACAGCCTGTCGGTGAGCGGCGGCGGAGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCGATGACCTTCTCCACAGCCTGTCGGTGAGCGGCGGCGGAGGCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCGGCGGCGCGCGCGACCCCGGCGGCGGCTCCCTACTTGGTGTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTCGGCGGCGCGCGCGACCCCGGCGGCGGCTCCCTACTTGGTGTCCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCGCTGCGCAAGGCGCCCGTCGATGGGCCCGGCAGCCTGGGCCACCT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCGCTGCGCAAGGCGCCCGACGATGGGCCCGGCAGCCTGGGCCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCCACAAGGTGTCCCACCTGAAACTCTCCAGCTCGGGCCTCCGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCCACAAGGTGTCCCACCTGAAACTCTCCAGCTCGGGCCTCCGCGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTCGTCGGCCGCCCGGGAGCGGGCGGGCGCGCGGCTCTCGGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTCGTCGGCCGCCCGGGAGCGGGCGGGCGCGCGGCTCTCGGGCAGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCGCGCCCAGCCTGGCCGCCCCGGACGGCAGTGCGCCCTCGGCGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCGCGCCCAGCCTGGCCGCCCCGGACGGCAGTGCGCCCTCGGCGCCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCCCGGCCATGAGCGCCGCCAGGAAGGGCCGGCCCGGCGACGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCCCCGGCCATGAGCGCCGCCAGGAAGGGCCGGCCCGGCGACGAGCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCCCAGGCCCCCTCGGGGGGCGCCGCACGCCAGCGACCAGGTGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCCCAGGCCCCCTCGGGGGGCGCCGCACGCCAGCGACCAGGTGCTGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCGGAGTCACCTACGTGGTCAAG         TACTTGGGGTGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100451 CCCGGAGTCACCTACGTGGTCAAGGTG...CAGTACTTGGGGTGCATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTTCTGCGCTCAATGAGGTCTCTTGACTTCAGTACAAGAACACAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165852 AGTTCTGCGCTCAATGAGGTCTCTTGACTTCAGTACAAGAACACAAATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCAG         GGAAGCCATCAGCCGCGTCTGTGAAGCTGTGCCTGGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165902 CCAGGTA...AAGGGAAGCCATCAGCCGCGTCTGTGAAGCTGTGCCTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCGAAGGGAGCCTTCAAGAAGAGAAAG         CCTCCAAGCAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 200595 GCGAAGGGAGCCTTCAAGAAGAGAAAGGTA...CAGCCTCCAAGCAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTGTCCAGCATCTTGGGAAAGAGCAACCTCCAGTTTGCGGGAATGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203247 GCTGTCCAGCATCTTGGGAAAGAGCAACCTCCAGTTTGCGGGAATGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTCTCTGACCATCTCCACGGCCAGTCTGAACCTGCGAACTCCGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203297 TCTCTCTGACCATCTCCACGGCCAGTCTGAACCTGCGAACTCCGGACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACAG         ATCATAGCGAATCACCACATGCGGTCCATCTCCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203347 AAACAGGTA...CAGATCATAGCGAATCACCACATGCGGTCCATCTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGCCTCTGGGGGAGACCCG         GACACGACTGACTATGTTGCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||||||
 207244 CGCCTCTGGGGGAGACCCGGTA...CAGGACACAACTGACTATGTTGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGTGACTAAGGACCCTGTTAATCGCAGAG         CTTGTCACATT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 212903 ATGTGGCTAAGGACCCTGTTAATCGCAGAGGTA...CAGCTTGTCACATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTGGAATGCTGTGATGGGCTGGCCCAGGATGTCATCGGCTCCATCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226309 TTGGAATGCTGTGATGGGCTGGCCCAGGATGTCATCGGCTCCATCGGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCCTTTGAGCTCCGGTTTAAGCAATATTTACAGTGTCCTACCAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226359 AGCCTTTGAGCTCCGGTTTAAGCAATATTTACAGTGTCCTACCAAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGCTCTCCATGATCG         AATGCAGAGTCTGGATGAGCCATGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 226409 CCGCTCTCCATGATCGGTG...CAGAATGCAGAGTCTGGATGAGCCATGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACGGAAGAGGAGGGAGATGGCTCAGACCACCCATACTACAACAGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231492 ACGGAAGAGGAGGGAGATGGCTCAGACCACCCATACTACAACAGCATCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAGCAAGATGCCTCCTCCAGGGGGCTTTCTTGATACTAGACTGAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231542 AAGCAAGATGCCTCCTCCAGGGGGCTTTCTTGATACTAGACTGAAACCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GACCCCATGCTCCTGACACAGCCCAG         TTTGCAGGAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 231592 GACCCCATGCTCCTGACACAGCCCAGGTA...TAGTTTGCAGGAAAAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGACTTATTACCAGGGAAGACACTTAGGAGACACTTTTGGCGAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232643 CAGACTTATTACCAGGGAAGACACTTAGGAGACACTTTTGGCGAAGACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCAGCAAACACCTTTAAGGCAAG         GGTCCTCGGACATCTACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 232693 GCAGCAAACACCTTTAAGGCAAGGTG...CAGGGTCCTCGGACATCTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCACGCCAGAAGGGAAACTGCACGTGGCCCCCACGGGAGAAGCACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236295 GCACGCCAGAAGGGAAACTGCACGTGGCCCCCACGGGAGAAGCACCCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TACGTCAACACTCAGCAGATCCCACCACAGGCCTGGCCGGCTGCGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236345 TACGTCAACACTCAGCAGATCCCACCACAGGCCTGGCCGGCTGCGGTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGTGCTGAGAGCAGCCCAAGGAAAGACCTCTTTGACATGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 236395 CAGTGCTGAGAGCAGCCCAAGGAAAGACCTCTTTGACATGAGTG...CAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AACCTTTTGAAGATGCTCTCAAGAACCAGCCCTTGGGGCCCGTGTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240173 AACCTTTTGAAGATGCTCTCAAGAACCAGCCCTTGGGGCCCGTGTTAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAGGCAGCCTCCGTGGAGTGCATCAGCCCTGTGTCACCTAGAGCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240223 AAGGCAGCCTCCGTGGAGTGCATCAGCCCTGTGTCACCTAGAGCCCCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGCCAAGATGCTGGAGGAACTGCAAGCCGAGACTTGGTACCAAGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240273 TGCCAAGATGCTGGAGGAACTGCAAGCCGAGACTTGGTACCAAGGAGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGAGCAGGAAGGAGGCAGAGGGGCTGCTGGAGAAAGACGGAGACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240323 TGAGCAGGAAGGAGGCAGAGGGGCTGCTGGAGAAAGACGGAGACTTCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTCAGGAAGAGCACCACCAACCCGGGCTCCTTTGTCCTCACGGGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240373 GTCAGGAAGAGCACCACCAACCCGGGCTCCTTTGTCCTCACGGGCATGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CAATGGCCAGGCCAAGCACCTGCTGCTCGTGGACCCAGAAGGCACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 240423 CAATGGCCAGGCCAAGCACCTGCTGCTCGTGGACCCAGAAGGCACGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657      ATCCAGACAAAGGACAGAGTCTTTGACAGTATCAGCCACCTCATC
        ..>>>|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240473 ..TAGATCCGGACAAAGGACAGAGTCTTTGACAGTATCAGCCACCTCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AACCACCACCTAGAAAGCAGCCTGCCCATTGTCTCTGCAGGGAGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264931 AACCACCACCTAGAAAGCAGCCTGCCCATTGTCTCTGCAGGGAGTGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :
   1752 GTGTCTCCAGCAGCCAGTGGAGAGGAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 264981 GTGTCTCCAGCAGCCAGTGGAGAGGAAGCAG