seq1 = pF1KE4525.tfa, 1704 bp
seq2 = pF1KE4525/gi568815581f_77302055.tfa (gi568815581f:77302055_77598655), 296601 bp

>pF1KE4525 1704
>gi568815581f:77302055_77598655 (Chr17)

1-22  (18273-18294)   100% ->
23-667  (100005-100649)   100% ->
668-859  (180090-180281)   100% ->
860-988  (185370-185498)   100% ->
989-1070  (186186-186267)   100% ->
1071-1208  (186673-186810)   100% ->
1209-1326  (188688-188805)   100% ->
1327-1422  (190567-190662)   100% ->
1423-1519  (190926-191022)   100% ->
1520-1571  (195261-195312)   100% ->
1572-1704  (196469-196601)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGGGACCGGATCTCAG         CCTTGAAAAGATCTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  18273 ATGGAGAGGGACCGGATCTCAGGTA...CAGCCTTGAAAAGATCTTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTCGAGGAGGTCGAGACACCCAACTCCACCCCACCCCGGAGGGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 GGTCGAGGAGGTCGAGACACCCAACTCCACCCCACCCCGGAGGGTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCCCCTACTCCGAGCCACTGTGGCCAGCTCCACCCAGAAATTCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 CTCCCCTACTCCGAGCCACTGTGGCCAGCTCCACCCAGAAATTCCAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGCGTGAAGAACTCAGAACCCTCGGCCCGCCATGTGGACTCCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 CTGGGCGTGAAGAACTCAGAACCCTCGGCCCGCCATGTGGACTCCCTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAACGCTCCCCCAAGGCGTCCCTGCGGAGGGTGGAGCTCTCGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100174 CCAACGCTCCCCCAAGGCGTCCCTGCGGAGGGTGGAGCTCTCGGGCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCGGCCGAGCCGGTGTCCCGGCGCACTGAGCTGTCCATTGACATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100224 AGGCGGCCGAGCCGGTGTCCCGGCGCACTGAGCTGTCCATTGACATCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCAAGCAGGTGGAGAACGCCGGGGCCATCGGCCCGTCCCGGTTCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100274 TCCAAGCAGGTGGAGAACGCCGGGGCCATCGGCCCGTCCCGGTTCGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGAGGGCCGAGGTGTTGGGCCACAAGACGCCAGAACCGGCCCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100324 CAAGAGGGCCGAGGTGTTGGGCCACAAGACGCCAGAACCGGCCCCTCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGACGGAGATCACCATCGTCAAACCCCAGGAGTCAGCCCACCGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100374 GGACGGAGATCACCATCGTCAAACCCCAGGAGTCAGCCCACCGGAGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCCCCCTGCCTCCAAGGTCCCCGAGGTGCCCACTGCCCCTGCCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100424 GAGCCCCCTGCCTCCAAGGTCCCCGAGGTGCCCACTGCCCCTGCCACCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGCAGCCCCCAAGAGGGTGGAGATCCAGATGCCCAAGCCTGCTGAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100474 CGCAGCCCCCAAGAGGGTGGAGATCCAGATGCCCAAGCCTGCTGAGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACCGCCCCCAGCCCAGCCCAGACCTTGGAGAATTCAGAGCCTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100524 CCACCGCCCCCAGCCCAGCCCAGACCTTGGAGAATTCAGAGCCTGCCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTCTCAGCTGCAGAGCAGGCTGGAGCCCAAGCCCCAGCCCCCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100574 GTGTCTCAGCTGCAGAGCAGGCTGGAGCCCAAGCCCCAGCCCCCTGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAGGCTACACCCCGGAGCCAGGAGG         CCACTGAGGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100624 TGAGGCTACACCCCGGAGCCAGGAGGGTG...CAGCCACTGAGGCGGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAGCTGCGTTGGCGACATGGCCGACACCCCCAGAGATGCCGGGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180105 CCAGCTGCGTTGGCGACATGGCCGACACCCCCAGAGATGCCGGGCTCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGGCGCCTGCATCACGGAACGAGAAGGCCCCGGTGGACTTCGGCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180155 CAGGCGCCTGCATCACGGAACGAGAAGGCCCCGGTGGACTTCGGCTACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGGGATTGACTCCATCCTGGAGCAGATGCGCCGGAAGGCCATGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180205 GGGGATTGACTCCATCCTGGAGCAGATGCGCCGGAAGGCCATGAAGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCTTCGAGTTCAACATCATGGTGGTCG         GGCAGAGCGGCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 180255 GCTTCGAGTTCAACATCATGGTGGTCGGTG...CAGGGCAGAGCGGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGTAAATCCACCTTAATCAACACCCTCTTCAAATCCAAAATCAGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185384 GGTAAATCCACCTTAATCAACACCCTCTTCAAATCCAAAATCAGCCGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTCGGTGCAGCCCACCTCAGAGGAGCGCATCCCCAAGACCATCGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185434 GTCGGTGCAGCCCACCTCAGAGGAGCGCATCCCCAAGACCATCGAGATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGTCCATCACGCACG         ATATTGAGGAGAAAGGCGTCCGGATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 185484 AGTCCATCACGCACGGTC...CAGATATTGAGGAGAAAGGCGTCCGGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGCTGACAGTGATTGACACACCAGGGTTCGGGGACCACATCAACAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186212 AAGCTGACAGTGATTGACACACCAGGGTTCGGGGACCACATCAACAACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GAACTG         CTGGCAGCCCATCATGAAGTTCATCAATGACCAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186262 GAACTGGTG...CAGCTGGCAGCCCATCATGAAGTTCATCAATGACCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACGAGAAATACCTGCAGGAGGAGGTCAACATCAACCGCAAGAAGCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186708 ACGAGAAATACCTGCAGGAGGAGGTCAACATCAACCGCAAGAAGCGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCGGACACCCGCGTCCACTGCTGCCTCTACTTCATCCCCGCCACCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186758 CCGGACACCCGCGTCCACTGCTGCCTCTACTTCATCCCCGCCACCGGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTC         CCTCAGGCCCCTGGACATCGAGTTTATGAAACGCCTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186808 CTCGTA...CAGCCTCAGGCCCCTGGACATCGAGTTTATGAAACGCCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCAAGGTGGTCAACATCGTCCCTGTCATCGCCAAGGCGGACACACTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188726 GCAAGGTGGTCAACATCGTCCCTGTCATCGCCAAGGCGGACACACTCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTGGAGGAGAGGGTCCACTTCAAACAGCGG         ATCACCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 188776 CTGGAGGAGAGGGTCCACTTCAAACAGCGGGTA...CAGATCACCGCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCTGCTGTCCAACGGCATCGACGTGTACCCCCAGAAGGAATTTGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190578 CCTGCTGTCCAACGGCATCGACGTGTACCCCCAGAAGGAATTTGATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACTCGGAGGACCGGCTGGTGAACGAGAAGTTCCGG         GAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 190628 ACTCGGAGGACCGGCTGGTGAACGAGAAGTTCCGGGTG...CAGGAGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATCCCATTTGCTGTGGTGGGCAGTGACCACGAGTACCAGGTCAACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190932 ATCCCATTTGCTGTGGTGGGCAGTGACCACGAGTACCAGGTCAACGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAGGATCCTTGGGAGGAAGACCAAGTGGGGTACCATCGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 190982 GAGGATCCTTGGGAGGAAGACCAAGTGGGGTACCATCGAAGGTA...TAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TTGAAAACACCACACACTGTGAGTTTGCCTACCTGCGGGACCTTCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195261 TTGAAAACACCACACACTGTGAGTTTGCCTACCTGCGGGACCTTCTCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AG         GACGCACATGCAGAACATCAAGGACATCACCAGCAGCAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195311 AGGTG...CAGGACGCACATGCAGAACATCAAGGACATCACCAGCAGCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCACTTCGAGGCGTACCGTGTGAAGCGCCTCAACGAGGGCAGCAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196508 CCACTTCGAGGCGTACCGTGTGAAGCGCCTCAACGAGGGCAGCAGCGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGGCCAACGGCGTGGAGGAGAAGGAGCCAGAAGCCCCGGAGATG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 196558 TGGCCAACGGCATGGAGGAGAAGGAGCCAGAAGCCCCGGAGATG