seq1 = pF1KE4524.tfa, 1698 bp
seq2 = pF1KE4524/gi568815582f_55660642.tfa (gi568815582f:55660642_55893957), 233316 bp

>pF1KE4524 1698
>gi568815582f:55660642_55893957 (Chr16)

(complement)

1-52  (60903-60954)   90% ->
53-257  (64987-65191)   100% ->
258-402  (67663-67807)   100% ->
403-536  (70275-70408)   100% ->
537-690  (72437-72590)   100% ->
691-798  (73479-73586)   99% ->
799-903  (74319-74423)   100% ->
904-942  (76996-77034)   100% ->
943-1083  (80915-81055)   100% ->
1084-1164  (82951-83031)   100% ->
1165-1312  (83294-83441)   100% ->
1313-1444  (87494-87625)   100% ->
1445-1517  (90357-90429)   100% ->
1518-1698  (90726-90906)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTCCCTG CTCTTGTCCTGGCCACTCTCGCTGCTTCCGCGGCTT
        |||||||||| ||-||-|| |||||||||||||| |||||||||||||||
  60903 ATGTGGCTCCGTGCCT TTATCCTGGCCACTCTCTCTGCTTCCGCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 GGG         GGCATCCGTCCTCGCCACCTGTGGTGGACACCGTGCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  60952 GGGGTG...CAGGGCATCCGTCCTCGCCACCTGTGGTGGACACCGTGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 GGCAAAGTGCTGGGGAAGTTCGTCAGCTTAGAAGGATTTGCACAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65025 GGCAAAGTGCTGGGGAAGTTCGTCAGCTTAGAAGGATTTGCACAGCCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GGCCATTTTCCTGGGAATCCCTTTTGCCAAGCCGCCTCTTGGACCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65075 GGCCATTTTCCTGGGAATCCCTTTTGCCAAGCCGCCTCTTGGACCCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GGTTTACTCCACCGCAGCCTGCAGAACCATGGAGCTTTGTGAAGAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  65125 GGTTTACTCCACCGCAGCCTGCAGAACCATGGAGCTTTGTGAAGAATGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 ACCTCGTACCCTCCTAT         GTGCACCCAAGATCCCAAGGCGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  65175 ACCTCGTACCCTCCTATGTA...CAGGTGCACCCAAGATCCCAAGGCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 GCAGTTACTCTCAGAGCTATTTACAAACCGAAAGGAGAACATTCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67687 GCAGTTACTCTCAGAGCTATTTACAAACCGAAAGGAGAACATTCCTCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AGCTTTCTGAAGACTGTCTTTACCTCAATATTTACACTCCTGCTGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  67737 AGCTTTCTGAAGACTGTCTTTACCTCAATATTTACACTCCTGCTGACTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 ACCAAGAAAAACAGGCTGCCG         GTGATGGTGTGGATCCACGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  67787 ACCAAGAAAAACAGGCTGCCGGTA...CAGGTGATGGTGTGGATCCACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 AGGGGGGCTGATGGTGGGTGCGGCATCAACCTATGATGGGCTGGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70295 AGGGGGGCTGATGGTGGGTGCGGCATCAACCTATGATGGGCTGGCCCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 CTGCCCATGAAAACGTGGTGGTGGTGACCATTCAATATCGCCTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70345 CTGCCCATGAAAACGTGGTGGTGGTGACCATTCAATATCGCCTGGGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 TGGGGATTCTTCAG         CACAGGGGATGAACACAGCCGGGGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  70395 TGGGGATTCTTCAGGTA...CAGCACAGGGGATGAACACAGCCGGGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 CTGGGGTCACCTGGACCAGGTGGCTGCCCTGCGCTGGGTCCAGGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  72464 CTGGGGTCACCTGGACCAGGTGGCTGCCCTGCGCTGGGTCCAGGACAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TTGCCAGCTTTGGAGGGAACCCAGGCTCTGTGACCATCTTTGGAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  72514 TTGCCAGCTTTGGAGGGAACCCAGGCTCTGTGACCATCTTTGGAGAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GCGGGAGGAGAAAGTGTCTCTGTTCTT         GTTTTGTCTCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  72564 GCGGGAGGAGAAAGTGTCTCTGTTCTTGTG...CAGGTTTTGTCTCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GGCCAAGAATCTCTTCCACCGGGCCATTTCTGAGAGTGGCGTGGCCCTCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73493 GGCCAAGAACCTCTTCCACCGGGCCATTTCTGAGAGTGGCGTGGCCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 CTTCTGTTCTGGTGAAGAAAGGTGATGTCAAGCCCTTGGCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
  73543 CTTCTGTTCTGGTGAAGAAAGGTGATGTCAAGCCCTTGGCTGAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799    CAAATTGCTATCACTGCTGGGTGCAAAACCACCACCTCTGCTGTCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74316 CAGCAAATTGCTATCACTGCTGGGTGCAAAACCACCACCTCTGCTGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 GGTTCACTGCCTGCGACAGAAGACGGAAGAGGAGCTCTTGGAGACGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74366 GGTTCACTGCCTGCGACAGAAGACGGAAGAGGAGCTCTTGGAGACGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGAAAATG         AAATTCTTATCTCTGGACTTACAGGGAGACCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
  74416 TGAAAATGGTA...CAGAAATTCTTATCTCTGGACTTACAGGGAGACCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 AGAGAG         AGTCAACCCCTTCTGGGCACTGTGATTGATGGGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  77029 AGAGAGGTA...CAGAGTCAACCCCTTCTGGGCACTGTGATTGATGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 GCTGCTGCTGAAAACACCTGAAGAGCTTCAAGCTGAAAGGAATTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  80950 GCTGCTGCTGAAAACACCTGAAGAGCTTCAAGCTGAAAGGAATTTCCACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 CTGTCCCCTACATGGTCGGAATTAACAAGCAGGAGTTTGGCTGGTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81000 CTGTCCCCTACATGGTCGGAATTAACAAGCAGGAGTTTGGCTGGTTGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 CCAATG         TTGATGAGCTATCCACTCTCCGAAGGGCAACTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81050 CCAATGGTG...CAGTTGATGAGCTATCCACTCTCCGAAGGGCAACTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 CCAGAAGACAGCCATGTCACTCCTGTGGAAGTCCTATCCCCTTGTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  82986 CCAGAAGACAGCCATGTCACTCCTGTGGAAGTCCTATCCCCTTGTTGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165      TGCATTGCTAAGGAACTGATTCCAGAAGCCACTGAGAAATACTTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83036 ..CAGTGCATTGCTAAGGAACTGATTCCAGAAGCCACTGAGAAATACTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 GGAGGAACAGACGACACTGTCAAAAAGAAAGACCTGTTCCTGGACTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83339 GGAGGAACAGACGACACTGTCAAAAAGAAAGACCTGTTCCTGGACTTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 AGCAGATGTGATGTTTGGTGTCCCATCTGTGATTGTGGCCCGGAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83389 AGCAGATGTGATGTTTGGTGTCCCATCTGTGATTGTGGCCCGGAACCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 GAG         ATGCTGGAGCACCCACCTACATGTATGAGTTTCAGTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83439 GAGGTG...CAGATGCTGGAGCACCCACCTACATGTATGAGTTTCAGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CGTCCAAGCTTCTCATCAGACATGAAACCCAAGACGGTGATAGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  87532 CGTCCAAGCTTCTCATCAGACATGAAACCCAAGACGGTGATAGGAGACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CGGGGATGAGCTCTTCTCCGTCTTTGGGGCCCCATTTTTAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
  87582 CGGGGATGAGCTCTTCTCCGTCTTTGGGGCCCCATTTTTAAAAGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1445    AGGGTGCCTCAGAAGAGGAGATCAGACTTAGCAAGATGGTGATGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90354 CAGAGGGTGCCTCAGAAGAGGAGATCAGACTTAGCAAGATGGTGATGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TTCTGGGCCAACTTTGCTCGCAATGG         AAACCCCAATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  90404 TTCTGGGCCAACTTTGCTCGCAATGGGTG...CAGAAACCCCAATGGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AGGGCTGCCCCACTGGCCAGAGTACAACCAGAAGGAAGGGTATCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90741 AGGGCTGCCCCACTGGCCAGAGTACAACCAGAAGGAAGGGTATCTGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 TTGGTGCCAACACCCAGGCGGCCCAGAAGCTGAAGGACAAAGAAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90791 TTGGTGCCAACACCCAGGCGGCCCAGAAGCTGAAGGACAAAGAAGTAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTCTGGACCAACCTCTTTGCCAAGAAGGCAGTGGAGAAGCCACCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90841 TTCTGGACCAACCTCTTTGCCAAGAAGGCAGTGGAGAAGCCACCCCAGAC

   1800     .    :    .
   1683 AGAACACATAGAGCTG
        ||||||||||||||||
  90891 AGAACACATAGAGCTG