seq1 = pF1KE4521.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KE4521/gi568815593f_132269973.tfa (gi568815593f:132269973_132494269), 224297 bp

>pF1KE4521 1671
>gi568815593f:132269973_132494269 (Chr5)

1-393  (100001-100393)   99% ->
394-497  (108406-108509)   100% ->
498-652  (114175-114329)   100% ->
653-824  (115356-115527)   100% ->
825-951  (117053-117179)   100% ->
952-1052  (118949-119049)   100% ->
1053-1267  (120718-120932)   100% ->
1268-1450  (122461-122643)   100% ->
1451-1586  (123704-123839)   100% ->
1587-1671  (124213-124297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGACTACGACGAGGTGACCGCCTTCCTGGGCGAGTGGGGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGACTACGACGAGGTGACCGCCTTCCTGGGCGAGTGGGGGCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGCCTCATCTTCTTCCTGCTCAGCGCCAGCATCATCCCCAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCGCCTCATCTTCTTCCTGCTCAGCGCCAGCATCATCCCCAATGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGGCCTGTCCTCCGTGTTCCTGATAGCGACCCCGGAGCACCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCGGCCTGTCCTCCGTGTTCCTGATAGCGACCCCGGAGCACCGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGTGCCGGACGCCGCGAACCTGAGCAGCGCCTGGCGCAACCACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGTGCCGGACGCCGCGAACCTGAGCAGCGCCTGGCGCAACCACACTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCACTGCGGCTGCGGGACGGCCGCGAGGTGCCCCACAGCTGCCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCACTGCGGCTGCGGGACGGCCGCGAGGTGCCCCACAGCTGCCGCCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCGGCTCGCCACCATCGCCAACTTCTCGGCGCTTGGGCTGGAGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCGGCTCGCCACCATCGCCAACTTCTCGGCGCTTGGGCTGGAGCCGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCGACGTGGACCTGGGGCAGCTGGAGCAGGAGAGCTGTCCGGATGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100301 CGCGACGTGGACCTGGGGCAGCTGGAGCAGGAGAGCTGTCTGGATGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGTTCAGTCAGGACGTCTACCTGTCCACCATTGTGACCGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 GGAGTTCAGTCAGGACGTCTACCTGTCCACCATTGTGACCGAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   TGGAACCTGGTGTGTGAGGACGACTGGAAGGCCCCACTCACAATCTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108404 AGTGGAACCTGGTGTGTGAGGACGACTGGAAGGCCCCACTCACAATCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTGTTCTTCGTGGGTGTGCTGTTGGGCTCCTTCATTTCAGGGCAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108454 TTGTTCTTCGTGGGTGTGCTGTTGGGCTCCTTCATTTCAGGGCAGCTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGACAG         GTTTGGCCGGAAGAATGTGCTGTTCGTGACCATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108504 AGACAGGTA...CAGGTTTGGCCGGAAGAATGTGCTGTTCGTGACCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCATGCAGACAGGCTTCAGCTTCCTGCAGATCTTCTCGAAGAATTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114210 GCATGCAGACAGGCTTCAGCTTCCTGCAGATCTTCTCGAAGAATTTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGTTTGTCGTGCTGTTTGTCCTTGTAGGCATGGGCCAGATCTCCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114260 ATGTTTGTCGTGCTGTTTGTCCTTGTAGGCATGGGCCAGATCTCCAACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTGGCAGCATTTGTCCTGG         GGACAGAAATTCTTGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114310 TGTGGCAGCATTTGTCCTGGGTA...CAGGGACAGAAATTCTTGGCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGTTCGTATAATATTCTCTACGTTAGGAGTGTGCATATTTTATGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115377 CAGTTCGTATAATATTCTCTACGTTAGGAGTGTGCATATTTTATGCATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCTACATGGTGCTGCCACTGTTTGCTTACTTCATCCGAGACTGGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115427 GGCTACATGGTGCTGCCACTGTTTGCTTACTTCATCCGAGACTGGCGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTGCTGGTGGCGCTGACGATGCCGGGGGTGCTATGCGTGGCACTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115477 GCTGCTGGTGGCGCTGACGATGCCGGGGGTGCTATGCGTGGCACTCTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 G         GTTCATCCCTGAGTCCCCCCGATGGCTCATCTCTCAGGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115527 GGTG...CAGGTTCATCCCTGAGTCCCCCCGATGGCTCATCTCTCAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CGATTTGAAGAGGCAGAGGTGATCATCCGCAAGGCTGCCAAAGCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117093 CGATTTGAAGAGGCAGAGGTGATCATCCGCAAGGCTGCCAAAGCCAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GATTGTTGTGCCTTCCACTATCTTTGACCCGAGTGAG         TTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117143 GATTGTTGTGCCTTCCACTATCTTTGACCCGAGTGAGGTA...CAGTTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGACCTAAGTTCCAAGAAGCAGCAGTCCCACAACATTCTGGATCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118953 AAGACCTAAGTTCCAAGAAGCAGCAGTCCCACAACATTCTGGATCTGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGAACCTGGAATATCCGGATGGTCACCATCATGTCCATAATGCTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119003 CGAACCTGGAATATCCGGATGGTCACCATCATGTCCATAATGCTGTGGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053       GATGACCATATCAGTGGGCTATTTTGGGCTTTCGCTTGATACTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119053 ...CAGGATGACCATATCAGTGGGCTATTTTGGGCTTTCGCTTGATACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTAACTTGCATGGGGACATCTTTGTGAACTGCTTCCTTTCAGCGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120762 CTAACTTGCATGGGGACATCTTTGTGAACTGCTTCCTTTCAGCGATGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAAGTCCCAGCATATGTGTTGGCCTGGCTGCTGCTGCAATATTTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120812 GAAGTCCCAGCATATGTGTTGGCCTGGCTGCTGCTGCAATATTTGCCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCGCTATTCCATGGCCACTGCCCTCTTCCTGGGTGGCAGTGTCCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120862 GCGCTATTCCATGGCCACTGCCCTCTTCCTGGGTGGCAGTGTCCTTCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCATGCAGCTGGTACCCCCAG         ACTTGTATTATTTGGCTACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120912 TCATGCAGCTGGTACCCCCAGGTA...CAGACTTGTATTATTTGGCTACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCCTGGTGATGGTGGGCAAGTTTGGAGTCACGGCTGCCTTTTCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122481 GTCCTGGTGATGGTGGGCAAGTTTGGAGTCACGGCTGCCTTTTCCATGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTACGTGTACACAGCCGAGCTGTATCCCACAGTGGTGAGAAACATGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122531 CTACGTGTACACAGCCGAGCTGTATCCCACAGTGGTGAGAAACATGGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGGGAGTCAGCTCCACAGCATCCCGCCTGGGCAGCATCCTGTCTCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122581 TGGGAGTCAGCTCCACAGCATCCCGCCTGGGCAGCATCCTGTCTCCCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TTCGTTTACCTTG         GTGCCTACGACCGCTTCCTGCCCTACAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122631 TTCGTTTACCTTGGTA...TAGGTGCCTACGACCGCTTCCTGCCCTACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCTCATGGGAAGTCTGACCATCCTGACAGCCATCCTCACCTTGTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123732 TCTCATGGGAAGTCTGACCATCCTGACAGCCATCCTCACCTTGTTTCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CAGAGAGCTTCGGTACCCCACTCCCAGACACCATTGACCAGATGCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123782 CAGAGAGCTTCGGTACCCCACTCCCAGACACCATTGACCAGATGCTAAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GTCAAAGG         AATGAAACACAGAAAAACTCCAAGTCACACAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123832 GTCAAAGGGTA...TAGAATGAAACACAGAAAAACTCCAAGTCACACAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GATGTTAAAAGATGGTCAAGAAAGGCCCACAATCCTTAAAAGCACAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124246 GATGTTAAAAGATGGTCAAGAAAGGCCCACAATCCTTAAAAGCACAGCCT

   1750 
   1670 TC
        ||
 124296 TC