seq1 = pF1KE4517.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KE4517/gi568815587f_64456000.tfa (gi568815587f:64456000_64671039), 215040 bp

>pF1KE4517 1650
>gi568815587f:64456000_64671039 (Chr11)

1-393  (100001-100393)   100% ->
394-497  (103136-103239)   100% ->
498-652  (106005-106159)   100% ->
653-821  (106268-106436)   100% ->
822-942  (108309-108429)   100% ->
943-1058  (109223-109338)   100% ->
1059-1273  (111600-111814)   100% ->
1274-1382  (112671-112779)   100% ->
1383-1589  (113653-113859)   100% ->
1590-1650  (114980-115040)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTCTCGAAGCTCTTGGAGCAAGCCGGAGGCGTGGGCCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTTCTCGAAGCTCTTGGAGCAAGCCGGAGGCGTGGGCCTCTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCTGCAGGTGCTCACCTTCATCCTCCCCTGCCTCATGATACCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCTGCAGGTGCTCACCTTCATCCTCCCCTGCCTCATGATACCTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATGCTCCTGGAGAACTTCTCAGCCGCCATCCCAGGCCACCGATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATGCTCCTGGAGAACTTCTCAGCCGCCATCCCAGGCCACCGATGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACACACATGCTGGACAATGGCTCTGCGGTTTCCACAAACATGACCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACACACATGCTGGACAATGGCTCTGCGGTTTCCACAAACATGACCCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCTTCTGACCATCTCCATCCCGCCAGGCCCCAACCAGGGGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCCTTCTGACCATCTCCATCCCGCCAGGCCCCAACCAGGGGCCCCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTGCCGCCGCTTCCGCCAGCCACAGTGGCAGCTCTTGGACCCCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTGCCGCCGCTTCCGCCAGCCACAGTGGCAGCTCTTGGACCCCAATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACGGCCACCAGCTGGAGCGAAGCTGACACGGAGCCGTGTGTGGACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACGGCCACCAGCTGGAGCGAAGCTGACACGGAGCCGTGTGTGGACGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTCTATGACCGCAGCGTCTTCACCTCCACCATCGTGGCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 GGTCTATGACCGCAGCGTCTTCACCTCCACCATCGTGGCCAAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   TGGGACCTGGTGTGCAGCTCCCAGGGCTTGAAGCCCCTAAGCCAGTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103134 AGTGGGACCTGGTGTGCAGCTCCCAGGGCTTGAAGCCCCTAAGCCAGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCTTCATGTCCGGGATCCTGGTGGGCTCCTTTATCTGGGGCCTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103184 ATCTTCATGTCCGGGATCCTGGTGGGCTCCTTTATCTGGGGCCTCCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACCG         GTTTGGGAGGAAGCCGATGCTGAGCTGGTGCTGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103234 CTACCGGTG...CAGGTTTGGGAGGAAGCCGATGCTGAGCTGGTGCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCAGTTGGCCGTGGCGGGCACCAGCACCATCTTCGCCCCAACATTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106040 TGCAGTTGGCCGTGGCGGGCACCAGCACCATCTTCGCCCCAACATTCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATCTACTGCGGCCTGCGGTTCGTGGCCGCTTTTGGGATGGCCGGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106090 ATCTACTGCGGCCTGCGGTTCGTGGCCGCTTTTGGGATGGCCGGCATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCTGAGTTCACTGACACTGA         TGGTGGAGTGGACCACGACCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106140 TCTGAGTTCACTGACACTGAGTG...CAGTGGTGGAGTGGACCACGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAGGAGGGCGGTCACCATGACGGTGGTGGGATGTGCCTTCAGCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106289 GCAGGAGGGCGGTCACCATGACGGTGGTGGGATGTGCCTTCAGCGCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGGCGGCGCTGGGCGGCCTGGCCTTTGCCCTGCGGGACTGGAGGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106339 CAGGCGGCGCTGGGCGGCCTGGCCTTTGCCCTGCGGGACTGGAGGACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAGCTGGCAGCATCAGTGCCCTTCTTTGCCATCTCCCTGATATCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106389 CCAGCTGGCAGCATCAGTGCCCTTCTTTGCCATCTCCCTGATATCCTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822        GTGGCTGCCAGAATCCGCCCGGTGGCTGATTATTAAGGGCAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106439 C...CAGGTGGCTGCCAGAATCCGCCCGGTGGCTGATTATTAAGGGCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCAGACCAAGCACTTCAGGAGCTCAGAAAGGTGGCCAGGATAAATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108352 CCAGACCAAGCACTTCAGGAGCTCAGAAAGGTGGCCAGGATAAATGGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGGAGGCCAAGAACCTGACCATAGAG         GTGCTGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108402 CAAGGAGGCCAAGAACCTGACCATAGAGGTG...AAGGTGCTGATGTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCGTGAAGGAGGAGGTGGCCTCTGCAAAGGAGCCGCGGTCGGTGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109236 GCGTGAAGGAGGAGGTGGCCTCTGCAAAGGAGCCGCGGTCGGTGCTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGTTCTGCGTGCCCGTGCTCCGCTGGAGGAGCTGCGCCATGCTGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109286 CTGTTCTGCGTGCCCGTGCTCCGCTGGAGGAGCTGCGCCATGCTGGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAA         TTTCTCTCTATTGATCTCCTACTATGGGCTGGTCTTCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109336 GAAGTA...CAGTTTCTCTCTATTGATCTCCTACTATGGGCTGGTCTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACCTGCAGAGCCTGGGCCGTGACATCTTCCTCCTCCAGGCCCTCTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111638 ACCTGCAGAGCCTGGGCCGTGACATCTTCCTCCTCCAGGCCCTCTTCGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCCGTGGACTTCCTGGGCCGGGCCACCACTGCCCTCTTGCTCAGTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111688 GCCGTGGACTTCCTGGGCCGGGCCACCACTGCCCTCTTGCTCAGTTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGCCGCCGCACCATCCAGGCGGGTTCCCAGGCCATGGCCGGCCTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111738 TGGCCGCCGCACCATCCAGGCGGGTTCCCAGGCCATGGCCGGCCTCGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTCTAGCCAACATGCTGGTGCCGCAAG         ATTTGCAGACCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111788 TTCTAGCCAACATGCTGGTGCCGCAAGGTG...CAGATTTGCAGACCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CGTGTGGTCTTTGCTGTGCTGGGAAAGGGATGTTTTGGGATAAGCCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112685 CGTGTGGTCTTTGCTGTGCTGGGAAAGGGATGTTTTGGGATAAGCCTAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTGCCTCACCATCTACAAGGCTGAACTCTTTCCAACGCCAGTGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112735 CTGCCTCACCATCTACAAGGCTGAACTCTTTCCAACGCCAGTGCGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383     GATGACAGCAGATGGCATTCTGCATACAGTGGGCCGGCTGGGGGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112785 .CAGGATGACAGCAGATGGCATTCTGCATACAGTGGGCCGGCTGGGGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATGATGGGTCCCCTGATCCTGATGAGCCGCCAAGCCCTGCCCCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113699 ATGATGGGTCCCCTGATCCTGATGAGCCGCCAAGCCCTGCCCCTGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCCTCTCCTCTATGGCGTTATCTCCATTGCTTCCAGCCTGGTTGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113749 TCCTCTCCTCTATGGCGTTATCTCCATTGCTTCCAGCCTGGTTGTGCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TCTTCCTCCCGGAGACCCAGGGACTTCCGCTCCCTGACACTATCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113799 TCTTCCTCCCGGAGACCCAGGGACTTCCGCTCCCTGACACTATCCAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTGGAGAGCCA         GAAATCAACAGCAGCCCAGGGCAACCGGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113849 CTGGAGAGCCAGTG...TAGGAAATCAACAGCAGCCCAGGGCAACCGGCA

   1700     .    :    .    :    .    :
   1620 AGAGGCCGTCACTGTGGAAAGTACCTCGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 115010 AGAGGCCGTCACTGTGGAAAGTACCTCGCTC