seq1 = pF1KE4516.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KE4516/gi568815587r_62876797.tfa (gi568815587r:62876797_63084690), 207894 bp

>pF1KE4516 1650
>gi568815587r:62876797_63084690 (Chr11)

(complement)

1-369  (100001-100369)   100% ->
370-473  (100644-100747)   100% ->
474-628  (101000-101154)   100% ->
629-797  (102681-102849)   100% ->
798-921  (103308-103431)   100% ->
922-1037  (103591-103706)   100% ->
1038-1252  (104743-104957)   100% ->
1253-1361  (105095-105203)   100% ->
1362-1565  (107304-107507)   100% ->
1566-1650  (107810-107894)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTTAATGACCTCCTGCAGCAGGTGGGGGGTGTCGGCCGCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTTAATGACCTCCTGCAGCAGGTGGGGGGTGTCGGCCGCTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGATCCAGGTCACCCTGGTGGTCCTCCCCCTGCTCCTGATGGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGATCCAGGTCACCCTGGTGGTCCTCCCCCTGCTCCTGATGGCTTCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAACACCCTGCAGAACTTCACTGCTGCCATCCCTACCCACCACTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAACACCCTGCAGAACTTCACTGCTGCCATCCCTACCCACCACTGCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCTGCCGATGCCAACCTCAGCAAGAACGGGGGGCTGGAGGTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGCCTGCCGATGCCAACCTCAGCAAGAACGGGGGGCTGGAGGTCTGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCCGGGACAGGCAGGGGCAGCCTGAGTCCTGCCTCCGCTTCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCCGGGACAGGCAGGGGCAGCCTGAGTCCTGCCTCCGCTTCACCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCAGTGGGGACTGCCCTTTCTCAATGGCACAGAAGCCAATGGCACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCAGTGGGGACTGCCCTTTCTCAATGGCACAGAAGCCAATGGCACAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCACAGAGCCCTGCACCGATGGCTGGATCTATGACAACAGCACCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCACAGAGCCCTGCACCGATGGCTGGATCTATGACAACAGCACCTTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATCTACCATCGTGACTGAG         TGGGACCTTGTGTGCTCTCACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100351 ATCTACCATCGTGACTGAGGTG...CAGTGGGACCTTGTGTGCTCTCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGGCCCTACGCCAGCTGGCCCAGTCCTTGTACATGGTGGGGGTGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 GGGCCCTACGCCAGCTGGCCCAGTCCTTGTACATGGTGGGGGTGCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGAGCCATGGTGTTCGGCTACCTTGCAGACAG         GCTAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100716 GGAGCCATGGTGTTCGGCTACCTTGCAGACAGGTC...CAGGCTAGGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGAAGGTACTCATCTTGAACTACCTGCAGACAGCTGTGTCAGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 CCGGAAGGTACTCATCTTGAACTACCTGCAGACAGCTGTGTCAGGGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCGCAGCCTTCGCACCCAACTTCCCCATCTACTGCGCCTTCCGGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 GCGCAGCCTTCGCACCCAACTTCCCCATCTACTGCGCCTTCCGGCTCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCGGGCATGGCTCTGGCTGGCATCTCCCTCAACTGCATGACACTGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101109 TCGGGCATGGCTCTGGCTGGCATCTCCCTCAACTGCATGACACTGAGTG.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629      ATGTGGAGTGGATGCCCATTCACACACGGGCCTGCGTGGGCACCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 ..CAGATGTGGAGTGGATGCCCATTCACACACGGGCCTGCGTGGGCACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGATTGGCTATGTCTACAGCCTGGGCCAGTTCCTCCTGGCTGGTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 TGATTGGCTATGTCTACAGCCTGGGCCAGTTCCTCCTGGCTGGTGTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TACGCTGTGCCCCACTGGCGCCACCTGCAGCTACTGGTCTCTGCGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102776 TACGCTGTGCCCCACTGGCGCCACCTGCAGCTACTGGTCTCTGCGCCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTTTGCCTTCTTCATCTACTCCTG         GTTCTTCATTGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102826 TTTTGCCTTCTTCATCTACTCCTGGTG...CAGGTTCTTCATTGAGTCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCGCTGGCACTCCTCCTCCGGGAGGCTGGACCTCACCCTGAGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103325 CCCGCTGGCACTCCTCCTCCGGGAGGCTGGACCTCACCCTGAGGGCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGAGAGTCGCCCGGATCAATGGGAAGCGGGAAGAAGGAGCCAAATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103375 CAGAGAGTCGCCCGGATCAATGGGAAGCGGGAAGAAGGAGCCAAATTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TATGGAG         GTACTCCGGGCCAGTCTGCAGAAGGAGCTGACCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103425 TATGGAGGTG...CAGGTACTCCGGGCCAGTCTGCAGAAGGAGCTGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGGCAAAGGCCAGGCATCGGCCATGGAGCTGCTGCGCTGCCCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103625 TGGGCAAAGGCCAGGCATCGGCCATGGAGCTGCTGCGCTGCCCCACCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGCCACCTCTTCCTCTGCCTCTCCATGCTGTG         GTTTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103675 CGCCACCTCTTCCTCTGCCTCTCCATGCTGTGGTA...TAGGTTTGCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAGCTTTGCATACTATGGGCTGGTCATGGACCTGCAGGGCTTTGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104752 TAGCTTTGCATACTATGGGCTGGTCATGGACCTGCAGGGCTTTGGAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCATCTACCTAATCCAGGTGATCTTTGGTGCTGTGGACCTGCCTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104802 GCATCTACCTAATCCAGGTGATCTTTGGTGCTGTGGACCTGCCTGCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTTGTGGGCTTCCTTGTCATCAACTCCCTGGGTCGCCGGCCTGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 CTTGTGGGCTTCCTTGTCATCAACTCCCTGGGTCGCCGGCCTGCCCAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGCTGCACTGCTGCTGGCAGGCATCTGCATCCTGCTCAATGGGGTGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104902 GGCTGCACTGCTGCTGGCAGGCATCTGCATCCTGCTCAATGGGGTGATAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCCAGG         ACCAGTCCATTGTCCGAACCTCTCTTGCTGTGCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104952 CCCAGGGTG...TAGACCAGTCCATTGTCCGAACCTCTCTTGCTGTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGGAAGGGTTGTCTGGCTGCCTCCTTCAACTGCATCTTCCTGTATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105130 GGGAAGGGTTGTCTGGCTGCCTCCTTCAACTGCATCTTCCTGTATACTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGAACTGTATCCCACAATGATCCG         GCAGACAGGCATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105180 GGAACTGTATCCCACAATGATCCGGTG...CAGGCAGACAGGCATGGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGGCAGCACCATGGCCCGAGTGGGCAGCATCGTGAGCCCACTGGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 TGGGCAGCACCATGGCCCGAGTGGGCAGCATCGTGAGCCCACTGGTGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATGACTGCCGAGCTCTACCCCTCCATGCCTCTCTTCATCTACGGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 ATGACTGCCGAGCTCTACCCCTCCATGCCTCTCTTCATCTACGGTGCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCCTGTGGCCGCCAGCGCTGTCACTGTCCTCCTGCCAGAGACCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107421 TCCTGTGGCCGCCAGCGCTGTCACTGTCCTCCTGCCAGAGACCCTGGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGCCACTGCCAGACACGGTGCAGGACCTGGAGAGCAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107471 AGCCACTGCCAGACACGGTGCAGGACCTGGAGAGCAGGTG...CAGGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GGGAAACAGACGCGACAGCAACAAGAGCACCAGAAGTATATGGTCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107814 GGGAAACAGACGCGACAGCAACAAGAGCACCAGAAGTATATGGTCCCACT

   1700     .    :    .    :    .    :
   1620 GCAGGCCTCAGCACAAGAGAAGAATGGACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 107864 GCAGGCCTCAGCACAAGAGAAGAATGGACTC