seq1 = pF1KE4514.tfa, 1638 bp
seq2 = pF1KE4514/gi568815586r_53207492.tfa (gi568815586r:53207492_53421465), 213974 bp

>pF1KE4514 1638
>gi568815586r:53207492_53421465 (Chr12)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-251  (100774-100901)   100% ->
252-307  (105684-105739)   100% ->
308-399  (106040-106131)   100% ->
400-446  (106326-106372)   100% ->
447-545  (106617-106715)   100% ->
546-689  (107025-107168)   100% ->
690-810  (111745-111865)   100% ->
811-935  (112185-112309)   99% ->
936-996  (112446-112506)   100% ->
997-1087  (112651-112741)   100% ->
1088-1181  (112938-113031)   100% ->
1182-1249  (113117-113184)   100% ->
1250-1331  (113333-113414)   100% ->
1332-1416  (113537-113621)   100% ->
1417-1638  (113753-113974)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCTCTCTGGGGTTGTTCCCTCCTCCACCGCCTCGGGGTCAAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCTCTCTGGGGTTGTTCCCTCCTCCACCGCCTCGGGGTCAAGTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTATATGAGCACAATAACGAGCTGGTGACGGGCAGTAGCTATGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTATATGAGCACAATAACGAGCTGGTGACGGGCAGTAGCTATGAGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCCCCGACTTCCGGGGCCAG         TGGATCAATCTTCCTGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 CGCCCCCCGACTTCCGGGGCCAGGTG...TAGTGGATCAATCTTCCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTACAACTGACAAAGGATCCCCTAAAGACCCCTGGAAGGCTGGACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100792 CTACAACTGACAAAGGATCCCCTAAAGACCCCTGGAAGGCTGGACCATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAAGAACTGCCTTCATCCATCACCGGGAGCAAGTGTGGAAGAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100842 CACAAGAACTGCCTTCATCCATCACCGGGAGCAAGTGTGGAAGAGATGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAACATTTG         GCGTGATGTGGGCCTTTTTGGGGTGCTAAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100892 TCAACATTTGGTG...CAGGCGTGATGTGGGCCTTTTTGGGGTGCTAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAATTGCAAACTCAGAAGAAGAGG         TGTTTGAGTGGGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105715 GAAATTGCAAACTCAGAAGAAGAGGGTA...CAGTGTTTGAGTGGGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACGGCATCCGGCTGGGCCCTGGCACTCTGTCGATGGGCCTCTTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 GACGGCATCCGGCTGGGCCCTGGCACTCTGTCGATGGGCCTCTTCCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGGTCCCTGTTCCCCCATCTGTCT         CTCAGGAGCGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106106 ATGGGTCCCTGTTCCCCCATCTGTCTGTA...CAGCTCAGGAGCGAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGATCGCTGAATTTGCCCAAGTCACAAATTG         GTCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106341 CTGATCGCTGAATTTGCCCAAGTCACAAATTGGTG...TAGGTCCAGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTGCTTGCGTGTCTTTGCATGGCACCCCCACACCAACAAGTTTGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106626 CTGCTTGCGTGTCTTTGCATGGCACCCCCACACCAACAAGTTTGCAGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCTGCTAGATGACTCAGTCCGTGTGTATAATGCCAGCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106676 CCCTGCTAGATGACTCAGTCCGTGTGTATAATGCCAGCAGGTG...TAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACCATAGTCCCCTCCCTGAAGCACCGGCTGCAGCGAAATGTGGCGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107026 ACCATAGTCCCCTCCCTGAAGCACCGGCTGCAGCGAAATGTGGCGTCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGCCTGGAAGCCCCTTAGTGCCTCTGTCTTGGCTGTGGCCTGCCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107076 GGCCTGGAAGCCCCTTAGTGCCTCTGTCTTGGCTGTGGCCTGCCAGAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATTCTTATCTGGACCCTGGACCCTACCTCCTTGTCTACCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107126 GCATTCTTATCTGGACCCTGGACCCTACCTCCTTGTCTACCCGGTA...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690   ACCCTCTTCTGGCTGTGCCCAAGTGCTGTCTCACCCTGGGCATACACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111743 AGACCCTCTTCTGGCTGTGCCCAAGTGCTGTCTCACCCTGGGCATACACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTTACCAGCTTGGCCTGGGCCCCCAGTGGGGGGCGGCTGCTCTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111793 TGTTACCAGCTTGGCCTGGGCCCCCAGTGGGGGGCGGCTGCTCTCAGCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CACCCGTGGATGCTGCTATCCGG         GTATGGGATGTCTCAACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111843 CACCCGTGGATGCTGCTATCCGGGTG...TAGGTATGGGATGTCTCAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGACCTGTGTCCCCCTTCCCTGGTTTCGAGGAGGTGGGGTGACCAACCT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 112203 GAGACCTGTGTCCCCCTTCCCTGGTTCCGAGGAGGTGGGGTGACCAACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTCTGGTCCCCAGACGGCAGCAAAATCCTGGCTACCACTCCTTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112253 GCTCTGGTCCCCAGACGGCAGCAAAATCCTGGCTACCACTCCTTCAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCTTTCG         AGTCTGGGAGGCCCAGATGTGGACTTGTGAGAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112303 TCTTTCGGTG...CAGAGTCTGGGAGGCCCAGATGTGGACTTGTGAGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGCCTACTCTATCAGGGCGCTGTCAG         ACTGGCTGCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112480 TGGCCTACTCTATCAGGGCGCTGTCAGGTA...CAGACTGGCTGCTGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCCAGATGGCAGCCGACTGCTGTTCACTGTATTGGGAGAGCCACTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112665 CCCAGATGGCAGCCGACTGCTGTTCACTGTATTGGGAGAGCCACTGATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACTCCCTGTCTTTTCCAGAACGTTGTG         GTGAGGGAAAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112715 ACTCCCTGTCTTTTCCAGAACGTTGTGGTG...CAGGTGAGGGAAAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TGCGTTGGAGGTGCAAAGTCAGCAACGATTGTGGCAGATCTGTCTGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112952 TGCGTTGGAGGTGCAAAGTCAGCAACGATTGTGGCAGATCTGTCTGAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AACAATACAGACACCAGATGGTGAGGAGAG         GCTTGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113002 AACAATACAGACACCAGATGGTGAGGAGAGGTG...CAGGCTTGGGGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGCTCACTCCATGGTCTGGGACCCCAGTGGGGAACGTCTGGCTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113128 AGGCTCACTCCATGGTCTGGGACCCCAGTGGGGAACGTCTGGCTGTGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATGAAAG         GAAAGCCAAGGGTACAGGATGGTAAACCAGTCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113178 ATGAAAGGTG...CAGGAAAGCCAAGGGTACAGGATGGTAAACCAGTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CCTCCTTTTTCGCACTCGAAACAGCCCTGTGTTTGAGCTCCTTCCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113367 CCTCCTTTTTCGCACTCGAAACAGCCCTGTGTTTGAGCTCCTTCCCTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332        TGGCATTATCCAGGGGGAGCCAGGAGCCCAGCCCCAGCTCATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113417 A...TAGTGGCATTATCCAGGGGGAGCCAGGAGCCCAGCCCCAGCTCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ACTTTCCATCCTTCCTTCAACAAAGGGGCCCTGCTCAGTGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113580 ACTTTCCATCCTTCCTTCAACAAAGGGGCCCTGCTCAGTGTGGTG...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1417  GGCTGGTCCACAGGCCGAATTGCCCACATCCCGCTGTACTTTGTCAATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113752 GGGCTGGTCCACAGGCCGAATTGCCCACATCCCGCTGTACTTTGTCAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CCCAGTTTCCACGTTTTAGCCCAGTGCTTGGGCGGGCCCAGGAACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113802 CCCAGTTTCCACGTTTTAGCCCAGTGCTTGGGCGGGCCCAGGAACCCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GCTGGGGGTGGAGGCTCTATTCATGACCTGCCCCTCTTTACTGAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113852 GCTGGGGGTGGAGGCTCTATTCATGACCTGCCCCTCTTTACTGAGACATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCCAACCTCTGCCCCTTGGGACCCTCTCCCAGGGCCACCACCTGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113902 CCCAACCTCTGCCCCTTGGGACCCTCTCCCAGGGCCACCACCTGTTCTGC

   1750     .    :    .    :
   1616 CCCACTCCCCACATTCCCACCTC
        |||||||||||||||||||||||
 113952 CCCACTCCCCACATTCCCACCTC