seq1 = pF1KE4512.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KE4512/gi568815597f_150408210.tfa (gi568815597f:150408210_150613464), 205255 bp

>pF1KE4512 1620
>gi568815597f:150408210_150613464 (Chr1)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-121  (101322-101372)   100% ->
122-223  (101452-101553)   100% ->
224-304  (101713-101793)   100% ->
305-385  (101893-101973)   100% ->
386-708  (102667-102989)   99% ->
709-1083  (103248-103622)   100% ->
1084-1304  (104143-104363)   99% ->
1305-1392  (104516-104603)   100% ->
1393-1620  (105028-105255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCACAGCCAGAGCAGCCTTGGTCTTGACCTATTTGGCTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGACCACAGCCAGAGCAGCCTTGGTCTTGACCTATTTGGCTGTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGCTGCCTCTGAGGGAG         GCTTCACGGCTACAGGACAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGCTGCCTCTGAGGGAGGTG...CAGGCTTCACGGCTACAGGACAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAGCTGAGGCCAGAGCACTTTCAAGAAG         TTGGCTACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101343 GGCAGCTGAGGCCAGAGCACTTTCAAGAAGGTA...TAGTTGGCTACGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCTCCCCCCTCCCCACCCCTATCCCGAAGCCTCCCCATGGATCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101463 GCTCCCCCCTCCCCACCCCTATCCCGAAGCCTCCCCATGGATCACCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCCTCTCAGCATGGCCCTCCCTTTGAGGGACAGAGTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101513 CTCCTCTCAGCATGGCCCTCCCTTTGAGGGACAGAGTCAAGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCAGCCCCCTCCCTCTCAGGAGGCCACCCCTCTCCAACAGGAAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101713 TGCAGCCCCCTCCCTCTCAGGAGGCCACCCCTCTCCAACAGGAAAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTACCTGCCCAACTCCCTGCTGAAAAGGAAG         TGGGTCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101763 CTACCTGCCCAACTCCCTGCTGAAAAGGAAGGTG...CAGTGGGTCCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCTCCCTCAGGAAGCTGTCCCCCTCCAAAAAGAGCTGCCCTCTCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101903 TCTCCCTCAGGAAGCTGTCCCCCTCCAAAAAGAGCTGCCCTCTCTCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCCCAATGAACAGAAGGAAG         GAATGCCAGCTCCATTTGGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||| ||||||||||||||||
 101953 ACCCCAATGAACAGAAGGAAGGTA...CAGGAACGCCAGCTCCATTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GACCAGAGCCATCCAGAACCTGAGTCCTGGAATGCAGCCCAGCACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102687 GACCAGAGCCATCCAGAACCTGAGTCCTGGAATGCAGCCCAGCACTGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACAGGACCGGTCCCAAGGGGGCTGGGGCCACCGGCTGGATGGCTTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102737 ACAGGACCGGTCCCAAGGGGGCTGGGGCCACCGGCTGGATGGCTTCCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGGGCGGCCTTCTCCAGACAATCTGAACCAAATCTGCCTTCCTAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102787 CTGGGCGGCCTTCTCCAGACAATCTGAACCAAATCTGCCTTCCTAACCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGCATGTGGTATATGGTCCCTGGAACCTACCACAGTCCAGCTACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102837 CAGCATGTGGTATATGGTCCCTGGAACCTACCACAGTCCAGCTACTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCACTCGCCAGGGTGAGACCCTCAATTTCCTGGAGATTGGATATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102887 CCTCACTCGCCAGGGTGAGACCCTCAATTTCCTGGAGATTGGATATTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTGCTGCCACTGCCGCAGCCACACAAACCGCCTAGAGTGTGCCAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102937 GCTGCTGCCACTGCCGCAGCCACACAAACCGCCTAGAGTGTGCCAAACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTG         TGGGAGGAAGCAATGAGCCGATTCTGTGAGGCCGAGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102987 GTGGTA...TAGTGGGAGGAAGCAATGAGCCGATTCTGTGAGGCCGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCGGTCAAGACCCGACCCCACTGGTGCTGCACGCGGCAGGGGGAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103286 CTCGGTCAAGACCCGACCCCACTGGTGCTGCACGCGGCAGGGGGAGGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGTTCTCCTGCTTCCAGGAGGAAGCTCCCCAGCCACACTACCAGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103336 GGTTCTCCTGCTTCCAGGAGGAAGCTCCCCAGCCACACTACCAGCTCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCTGCCCCAGCCATCAGCCTGATATTTCCTCGGGTCTTGAGCTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103386 GCCTGCCCCAGCCATCAGCCTGATATTTCCTCGGGTCTTGAGCTGCCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTCCTGGGGTGCCCACATTGGACAATATCAAGAACATCTGCCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103436 CCCTCCTGGGGTGCCCACATTGGACAATATCAAGAACATCTGCCACCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGCGCTTCCGCTCTGTGCCACGCAACCTGCCAGCTACTGACCCCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103486 GGCGCTTCCGCTCTGTGCCACGCAACCTGCCAGCTACTGACCCCCTACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGGGAGCTGCTGGCACTGATCCAGCTGGAGAGGGAGTTCCAGCGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103536 AGGGAGCTGCTGGCACTGATCCAGCTGGAGAGGGAGTTCCAGCGCTGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCGCCAGGGGAACAATCACACCTGTACATGGAAGGCC         TGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103586 CCGCCAGGGGAACAATCACACCTGTACATGGAAGGCCGTA...CAGTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGATACCCTTGACAAATACTGTGACCGGGAGTATGCTGTGAAGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104147 AGGATACCCTTGACAAATACTGTGACCGGGAGTATGCTGTGAAGACCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CACCACTTGTGTTGCCGCCACCCTCCCAGCCCTACTCGGGATGAGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104197 CACCACTTGTGTTGCCGCCACCCTCCCAGCCCTACTCGGGATGAGTGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCCCGTCGGGCTCCTTACCCCAACTATGACCGGGACATCTTGACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104247 TGCCCGTCGGGCTCCTTACCCCAACTATGACCGGGACATCTTGACCATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACATCAGTCGAGTCACCCCCAACCTCATGGGCCACCTCTGTGGAAACCAA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104297 ACATCGGTCGAGTCACCCCCAACCTCATGGGCCACCTCTGTGGAAACCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AGAGTTCTCACCAAGCA         TAAACATATTCCTGGGCTGATCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104347 AGAGTTCTCACCAAGCAGTA...TAGTAAACATATTCCTGGGCTGATCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAACATGACTGCCCGCTGCTGTGACCTGCCATTTCCAGAACAGGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104540 CAACATGACTGCCCGCTGCTGTGACCTGCCATTTCCAGAACAGGCCTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GTGCAGAGGAGGAG         AAATTAACCTTCATCAATGATCTGTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104590 GTGCAGAGGAGGAGGTG...CAGAAATTAACCTTCATCAATGATCTGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGTCCCCGACGTAACATCTGGCGAGACCCTGCCCTCTGCTGTTACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105055 GGTCCCCGACGTAACATCTGGCGAGACCCTGCCCTCTGCTGTTACCTGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCCTGGGGATGAACAGGTCAACTGCTTCAACATCAATTATCTGAGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105105 TCCTGGGGATGAACAGGTCAACTGCTTCAACATCAATTATCTGAGGAACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGCTCTAGTGTCTGGAGACACTGAGAACGCCAAGGGCCAGGGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105155 TGGCTCTAGTGTCTGGAGACACTGAGAACGCCAAGGGCCAGGGGGAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GGCTCAACTGGAGGAACAAATATCAGCTCCACCTCTGAGCCCAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105205 GGCTCAACTGGAGGAACAAATATCAGCTCCACCTCTGAGCCCAAGGAAGA

   1700 
   1620 A
        |
 105255 A