seq1 = pF1KE4510.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KE4510/gi568815597f_170992659.tfa (gi568815597f:170992659_171217439), 224781 bp

>pF1KE4510 1596
>gi568815597f:170992659_171217439 (Chr1)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-321  (111127-111315)   100% ->
322-484  (115017-115179)   100% ->
485-627  (115421-115563)   100% ->
628-827  (118140-118339)   99% ->
828-1183  (121349-121704)   100% ->
1184-1256  (123550-123622)   100% ->
1257-1596  (124442-124781)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGAAAGTGGCCATCATTGGAGCTGGTGTGAGTGGCTTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGAAAGTGGCCATCATTGGAGCTGGTGTGAGTGGCTTGGCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCAGGAGCTGTCTGGAAGAGGGGCTGGAGCCCACCTGCTTTGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCAGGAGCTGTCTGGAAGAGGGGCTGGAGCCCACCTGCTTTGAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAATGACATTGGGGGCCTGTGGAAATTTTCA         GACCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GCAATGACATTGGGGGCCTGTGGAAATTTTCAGTG...CAGGACCATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAGGGCAGGGCTAGCATTTACAAATCAGTCTTTTCCAACTCTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111136 GAGGAGGGCAGGGCTAGCATTTACAAATCAGTCTTTTCCAACTCTTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGATGATGTGTTTCCCAGACTTCCCATTTCCCGATGACTTCCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111186 AGAGATGATGTGTTTCCCAGACTTCCCATTTCCCGATGACTTCCCCAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTATGCACAACAGCAAGATCCAGGAATATATCATTGCATTTGCCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111236 TTATGCACAACAGCAAGATCCAGGAATATATCATTGCATTTGCCAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGAACCTCCTGAAGTACATACAATTTAAG         ACATTTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111286 AAGAACCTCCTGAAGTACATACAATTTAAGGTA...TAGACATTTGTATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGTGTAAATAAACATCCTGATTTTGCAACTACTGGCCAGTGGGATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115028 CAGTGTAAATAAACATCCTGATTTTGCAACTACTGGCCAGTGGGATGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACTGAAAGGGATGGTAAAAAAGAATCGGCTGTCTTTGATGCTGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115078 CCACTGAAAGGGATGGTAAAAAAGAATCGGCTGTCTTTGATGCTGTAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTTGTTCCGGACATCATGTGTATCCCAACCTACCAAAAGAGTCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115128 GTTTGTTCCGGACATCATGTGTATCCCAACCTACCAAAAGAGTCCTTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AG         GACTAAACCACTTTAAAGGCAAATGCTTCCACAGCAGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115178 AGGTA...CAGGACTAAACCACTTTAAAGGCAAATGCTTCCACAGCAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTATAAAGAACCAGGTGTATTCAATGGAAAGCGTGTCCTGGTGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115460 ACTATAAAGAACCAGGTGTATTCAATGGAAAGCGTGTCCTGGTGGTTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGGGAATTCGGGCTGTGATATTGCCACAGAACTCAGCCGCACAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115510 CTGGGGAATTCGGGCTGTGATATTGCCACAGAACTCAGCCGCACAGCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACAG         GTCATGATCAGTTCCAGAAGTGGCTCCTGGGTGATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115560 ACAGGTA...AAGGTCATGATCAGTTCCAGAAGTGGCTCCTGGGTGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCGGGTCTGGGACAATGGTTATCCTTGGGACATGCTGCTCGTCACTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118177 GCCGGGTCTGGGACAATGGTTATCCTTGGGACATGCTGCTCGTCACTCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGGAACCTTCCTCAAGAACAATTTACCGACAGCCATCTCTGACTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118227 TTTGGAACCTTCCTCAAGAACAATTTACCGACAGCCATCTCTGACTGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTACATGAAGCAGATGAATGCAAGATTCAAGCATGAAAACTATGGCTTGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118277 GTACGTGAAGCAGATGAATGCAAGATTCAAGCATGAAAACTATGGCTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGCCTTTAAATGG         AGTCCTGAGGAAAGAGCCTGTATTTAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118327 TGCCTTTAAATGGGTA...CAGAGTCCTGAGGAAAGAGCCTGTATTTAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGAGCTCCCAGCAAGCATTCTGTGTGGCATTGTGTCCGTAAAGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121377 GATGAGCTCCCAGCAAGCATTCTGTGTGGCATTGTGTCCGTAAAGCCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGTGAAGGAATTCACAGAGACCTCGGCCATTTTTGAGGATGGGACCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121427 CGTGAAGGAATTCACAGAGACCTCGGCCATTTTTGAGGATGGGACCATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGAGGGCATTGACTGTGTAATCTTTGCAACAGGGTATAGTTTTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121477 TTGAGGGCATTGACTGTGTAATCTTTGCAACAGGGTATAGTTTTGCCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCTTCCTTGATGAGTCTATCATCAAAAGCAGAAACAATGAGATCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121527 CCCTTCCTTGATGAGTCTATCATCAAAAGCAGAAACAATGAGATCATTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ATTTAAAGGAGTATTTCCTCCTCTACTTGAGAAGTCAACCATAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121577 ATTTAAAGGAGTATTTCCTCCTCTACTTGAGAAGTCAACCATAGCAGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGGCTTTGTCCAGTCCCTTGGGGCTGCCATTCCCACAGTTGACCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121627 TTGGCTTTGTCCAGTCCCTTGGGGCTGCCATTCCCACAGTTGACCTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCCCGCTGGGCAGCACAAGTAATAAAGG         GAACTTGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121677 TCCCGCTGGGCAGCACAAGTAATAAAGGGTA...CAGGAACTTGTACTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCTTCTATGGAAGACATGATGAATGATATTAATGAGAAAATGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123563 GCCTTCTATGGAAGACATGATGAATGATATTAATGAGAAAATGGAGAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCGCAAATG         GTTTGGCAAAAGCGAGACCATACAGACAGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123613 AGCGCAAATGGTA...CAGGTTTGGCAAAAGCGAGACCATACAGACAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TACATTGTTTATATGGATGAACTCTCCTCCTTCATTGGGGCAAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124473 TACATTGTTTATATGGATGAACTCTCCTCCTTCATTGGGGCAAAGCCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CATCCCATGGCTGTTTCTCACAGATCCCAAATTGGCCATGGAAGTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124523 CATCCCATGGCTGTTTCTCACAGATCCCAAATTGGCCATGGAAGTTTATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTGGCCCTTGTAGTCCCTACCAGTTTAGGCTGGTGGGCCCAGGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124573 TTGGCCCTTGTAGTCCCTACCAGTTTAGGCTGGTGGGCCCAGGGCAGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCAGGAGCCAGAAATGCCATACTGACCCAGTGGGACCGGTCGTTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124623 CCAGGAGCCAGAAATGCCATACTGACCCAGTGGGACCGGTCGTTGAAACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CATGCAGACACGAGTGGTCGGGAGACTTCAGAAGCCTTGCTTCTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124673 CATGCAGACACGAGTGGTCGGGAGACTTCAGAAGCCTTGCTTCTTTTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ATTGGCTGAAGCTCTTTGCAATTCCTATTCTGTTAATCGCTGTTTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124723 ATTGGCTGAAGCTCTTTGCAATTCCTATTCTGTTAATCGCTGTTTTCCTT

   1650     .
   1588 GTGTTGACC
        |||||||||
 124773 GTGTTGACC