seq1 = pF1KE4508.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KE4508/gi568815597f_96651423.tfa (gi568815597f:96651423_96913402), 261980 bp

>pF1KE4508 1596
>gi568815597f:96651423_96913402 (Chr1)

1-39  (72135-72172)   89% ->
40-115  (100003-100078)   100% ->
116-288  (118281-118453)   100% ->
289-432  (119286-119429)   100% ->
433-597  (126163-126327)   100% ->
598-708  (126414-126524)   100% ->
709-904  (133637-133832)   100% ->
905-1044  (153378-153517)   100% ->
1045-1078  (154997-155030)   100% ->
1079-1171  (155444-155536)   100% ->
1172-1388  (161290-161506)   100% ->
1389-1466  (161607-161684)   100% ->
1467-1596  (161851-161980)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGAATCGTCACTGAGGTTGCAGTTGGCGTGAAG         AG
         | |-| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
  72135 TTTG CAGAATCGTCACTGAGGTTGCAGTTGGCGTGAAGGTA...TAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGATCTGACGAACTACTCTCAGGCAGTGTTCTCAGTAGTCCGAACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 AGGATCTGACGAACTACTCTCAGGCAGTGTTCTCAGTAGTCCGAACTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATGAGCAGCATGGTAGTTACAG         CCAATGGTAATGATAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100055 ATATGAGCAGCATGGTAGTTACAGGTA...CAGCCAATGGTAATGATAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAAAATTTAAAGGAGAAGATAAAATGGATGGTGCTCCTTCTCGTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118298 AAAAAATTTAAAGGAGAAGATAAAATGGATGGTGCTCCTTCTCGTGTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCATATTCGAAAATTACCTGGGGAAGTAACAGAAACTGAAGTTATTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118348 TCATATTCGAAAATTACCTGGGGAAGTAACAGAAACTGAAGTTATTGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGGCTTACCTTTTGGTAAGGTGACCAACATCCTTATGCTGAAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118398 TAGGCTTACCTTTTGGTAAGGTGACCAACATCCTTATGCTGAAAGGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATCAG         GCATTTTTGGAACTAGCAACCGAGGAAGCAGCTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118448 AATCAGGTA...CAGGCATTTTTGGAACTAGCAACCGAGGAAGCAGCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACTATGGTTAATTACTATTCTGCTGTGACACCTCATCTTCGTAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119321 TACTATGGTTAATTACTATTCTGCTGTGACACCTCATCTTCGTAACCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAATATATATCCAGTACTCGAATCACAAAGAACTAAAGACAGATAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119371 CAATATATATCCAGTACTCGAATCACAAAGAACTAAAGACAGATAATACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAAACCAA         CGTGCTCAGGCAGTTCTTCAAGCTGTGACAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119421 TTAAACCAAGTA...CAGCGTGCTCAGGCAGTTCTTCAAGCTGTGACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCCAGACAGCAAATACTCCTCTTAGTGGCACCACAGTTAGCGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126195 TGTCCAGACAGCAAATACTCCTCTTAGTGGCACCACAGTTAGCGAGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTGACTCCAGCCCAGAGTCCAGTACTTAGAATAATTATTGACAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126245 CAGTGACTCCAGCCCAGAGTCCAGTACTTAGAATAATTATTGACAACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTACCCTGTAACACTTGATGTTCTTCACCAA         ATATTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 126295 TACTACCCTGTAACACTTGATGTTCTTCACCAAGTA...CAGATATTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAGTTTGGTGCTGTATTGAAGATAATCACATTTACAAAAAATAACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126422 TAAGTTTGGTGCTGTATTGAAGATAATCACATTTACAAAAAATAACCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCAAGCTTTGCTCCAGTATGGTGATCCAGTAAATGCTCAACAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126472 TTCAAGCTTTGCTCCAGTATGGTGATCCAGTAAATGCTCAACAAGCAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTA         GCCCTAGATGGTCAGAATATTTATAATGCCTGCTGTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126522 CTAGTA...CAGGCCCTAGATGGTCAGAATATTTATAATGCCTGCTGTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTAAGGATTGATTTTTCCAAACTTGTGAATTTGAATGTAAAATACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133675 CCTAAGGATTGATTTTTCCAAACTTGTGAATTTGAATGTAAAATACAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGATAAAAGTAGGGATTATACTCGACCTGATCTTCCATCTGGGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133725 ATGATAAAAGTAGGGATTATACTCGACCTGATCTTCCATCTGGGGATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAACCTGCATTGGACCCAGCTATTGCTGCAGCATTTGCCAAGGAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133775 CAACCTGCATTGGACCCAGCTATTGCTGCAGCATTTGCCAAGGAGACATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTCTTAG         CTGTTCCAGGAGCTCTGAGTCCTTTGGCCATTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 133825 CCTCTTAGGTA...CAGCTGTTCCAGGAGCTCTGAGTCCTTTGGCCATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAAATGCTGCTGCAGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCTGGCCGAGTGGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153411 CAAATGCTGCTGCAGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCTGGCCGAGTGGGTATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTGGAGTCTCAGCTGGTGGCAATACAGTCCTGTTGGTTAGCAATTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153461 CCTGGAGTCTCAGCTGGTGGCAATACAGTCCTGTTGGTTAGCAATTTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAAGAG         ATGGTTACGCCCCAAAGTCTGTTTACCCTCTTCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153511 TGAAGAGGTT...AAGATGGTTACGCCCCAAAGTCTGTTTACCCTCTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079          GTGTTTATGGAGATGTGCAGCGTGTGAAGATTTTATACAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155031 GTA...AAGGTGTTTATGGAGATGTGCAGCGTGTGAAGATTTTATACAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGAAAGACAGCGCTCTAATACAGATGGCTGATGGAAACCAATCACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155485 AAGAAAGACAGCGCTCTAATACAGATGGCTGATGGAAACCAATCACAACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TG         CCATGAATCATCTTAATGGACAGAAAATGTATGGAAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155535 TGGTA...TAGCCATGAATCATCTTAATGGACAGAAAATGTATGGAAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTATTCGTGTTACTCTGTCTAAACATCAGACTGTACAGCTACCTCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161329 TTATTCGTGTTACTCTGTCTAAACATCAGACTGTACAGCTACCTCGAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGACTTGATGATCAAGGGCTAACAAAAGATTTTGGTAATTCCCCATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161379 GGACTTGATGATCAAGGGCTAACAAAAGATTTTGGTAATTCCCCATTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCGTTTTAAGAAACCTGGATCCAAAAATTTTCAAAACATTTTTCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161429 TCGTTTTAAGAAACCTGGATCCAAAAATTTTCAAAACATTTTTCCTCCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTGCCACCCTTCACCTATCTAATATCCC         TCCATCAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 161479 CTGCCACCCTTCACCTATCTAATATCCCGTA...TAGTCCATCAGTAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAAGAGGATCTACGAACACTGTTCGCTAACACTGGGGGCACTGTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161620 GAAGAGGATCTACGAACACTGTTCGCTAACACTGGGGGCACTGTGAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATTTAAGTTTTTTCA         AAGAGATCACAAAATGGCTCTTCTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 161670 ATTTAAGTTTTTTCAGTA...CAGAAGAGATCACAAAATGGCTCTTCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGATGGCAACAGTGGAAGAAGCTATTCAGGCCTTGATTGATCTTCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161877 AGATGGCAACAGTGGAAGAAGCTATTCAGGCCTTGATTGATCTTCATAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TATAACCTTGGAGAAAACCATCATCTGAGAGTGTCTTTCTCCAAGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161927 TATAACCTTGGAGAAAACCATCATCTGAGAGTGTCTTTCTCCAAGTCAAC

   1700 
   1593 AATT
        ||||
 161977 AATT