seq1 = pF1KE4505.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KE4505/gi568815583r_72244080.tfa (gi568815583r:72244080_72475972), 231893 bp

>pF1KE4505 1587
>gi568815583r:72244080_72475972 (Chr15)

(complement)

1-253  (100001-100253)   99% ->
254-346  (119356-119448)   100% ->
347-412  (120349-120414)   100% ->
413-459  (122236-122282)   100% ->
460-570  (122795-122905)   100% ->
571-672  (124739-124840)   100% ->
673-805  (125323-125455)   100% ->
806-986  (126714-126894)   100% ->
987-1073  (127839-127925)   100% ->
1074-1146  (128215-128287)   100% ->
1147-1330  (129263-129446)   99% ->
1331-1421  (129648-129738)   100% ->
1422-1526  (130423-130527)   99% ->
1527-1587  (131833-131893)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAAGTTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAGCGTTCGC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAGCGTTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAAACCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAAACCTCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTACGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTACGATGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCTTCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCTTCCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCTTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCTTACCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAG         GGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGGTG...TAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119394 TCTGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAATT         ATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119444 GAATTGTA...CAGATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCTGAGACTGTCTGGGGAGCTCTCCGAG         GTCTGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120385 TCTCTGAGACTGTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTA...TAGGTCTGGAGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTAGCCAGCTTGTTTGGAAATCTGCTGAGGGCACA         TTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122247 TTTAGCCAGCTTGTTTGGAAATCTGCTGAGGGCACAGTA...CAGTTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTCCCCGCTTTCCTCACCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122800 TATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTCCCCGCTTTCCTCACCGGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTGCCACTCTCTAGCATCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122850 TGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTGCCACTCTCTAGCATCCTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCTG         GATGTCATGGCGTACAATAAATTGAACGTGTTCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122900 ACTCTGGTA...CAGGATGTCATGGCGTACAATAAATTGAACGTGTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGAGCTTCACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124774 CTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGAGCTTCACTTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGAGCTCATGAGAAAG         GGGTCCTACAACCCTGTCACCCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 124824 CAGAGCTCATGAGAAAGGTA...CAGGGGTCCTACAACCCTGTCACCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125347 ATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125397 GGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGGACCAG         GTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125447 GGGGACCAGGTA...TAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGTCTGAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126746 GGGTCTGAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TACCTATGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126796 TACCTATGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGATTTTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126846 CAGATTTTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987         GAAGTCCAACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126896 TA...CAGGAAGTCCAACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTCGGTGAGGACTTCAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGAC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127881 CTTCGGTGAGGACTTCAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGTG..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074     GCTGCTGGACATCGTCTCTTCTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127931 .CAGGCTGCTGGACATCGTCTCTTCTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTAAAG         ATTCAGCCAGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128261 CAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTAAAGGTG...CAGATTCAGCCAGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGTGAACTATATGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129277 AATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGTGAACTATATGAAGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCCTTCTCTCTGCCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129327 TGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCCTTCTCTCTGCCCCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGGAAGGATTTCTACGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 129377 TACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGGAAGGATTTCTACATAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAACCCCTGGCATTTGAAG         GTACCCCTGAGCAGAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129427 GGAACCCCTGGCATTTGAAGGTG...CAGGTACCCCTGAGCAGAAGGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGGACAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129669 TGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGGACAACACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACCTGGTCCCCAGGCTCTG         GCCCAGAGCAGGGGCTGTTGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129719 AACCTGGTCCCCAGGCTCTGGTA...CAGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CGAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130444 CGAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAGTTGCTGAG         GCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||
 130494 AACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAATTGCTGAGGTA...CAGGCGAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTCCAGGCCCAACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131840 GTCCAGGCCCAACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACA

   1700 
   1584 GACC
        ||||
 131890 GACC