seq1 = pF1KE4504.tfa, 1584 bp
seq2 = pF1KE4504/gi568815597r_32675984.tfa (gi568815597r:32675984_32917244), 241261 bp

>pF1KE4504 1584
>gi568815597r:32675984_32917244 (Chr1)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-204  (106188-106334)   100% ->
205-380  (106479-106654)   100% ->
381-510  (110634-110763)   100% ->
511-591  (119402-119482)   100% ->
592-684  (125991-126083)   100% ->
685-820  (130170-130305)   100% ->
821-906  (130798-130883)   100% ->
907-1042  (134706-134841)   100% ->
1043-1140  (136100-136197)   100% ->
1141-1334  (136967-137160)   100% ->
1335-1476  (137722-137863)   100% ->
1477-1584  (141154-141261)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACGCTCCCAGCCCTGAAGAGAAACTGCACCTTATCACCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACGCTCCCAGCCCTGAAGAGAAACTGCACCTTATCACCCGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCAG         GAGGTTCTGGGGGAAGAGAAGCTGAAGGAGATAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCAGGTC...TAGGAGGTTCTGGGGGAAGAGAAGCTGAAGGAGATAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGGAGCGGGAACTTAAAATTTACTGGGGAACGGCAACCACGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106222 TGAAGGAGCGGGAACTTAAAATTTACTGGGGAACGGCAACCACGGGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACATGTGGCTTACTTTGTGCCCATGTCAAAGATTGCAGACTTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106272 CCACATGTGGCTTACTTTGTGCCCATGTCAAAGATTGCAGACTTCTTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAGGGTGTGAG         GTAACAATTCTGTTTGCGGACCTCCACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106322 GGCAGGGTGTGAGGTA...CAGGTAACAATTCTGTTTGCGGACCTCCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATACCTGGATAACATGAAAGCCCCATGGGAACTTCTAGAACTCCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106507 CATACCTGGATAACATGAAAGCCCCATGGGAACTTCTAGAACTCCGAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTTACTATGAGAATGTGATCAAAGCAATGCTGGAGAGCATTGGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106557 AGTTACTATGAGAATGTGATCAAAGCAATGCTGGAGAGCATTGGTGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTGGAGAAGCTCAAGTTCATCAAAGGCACTGATTACCAGCTCAGCAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106607 CTTGGAGAAGCTCAAGTTCATCAAAGGCACTGATTACCAGCTCAGCAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        AGAGTACACACTAGATGTGTACAGACTCTCCTCCGTGGTCACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106657 A...CAGAGAGTACACACTAGATGTGTACAGACTCTCCTCCGTGGTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCACGATTCCAAGAAGGCTGGAGCTGAGGTGGTAAAGCAGGTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110677 CAGCACGATTCCAAGAAGGCTGGAGCTGAGGTGGTAAAGCAGGTGGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTTTGCTGAGTGGCCTCTTATACCCCGGACTGCAG         GCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110727 CCCTTTGCTGAGTGGCCTCTTATACCCCGGACTGCAGGTA...CAGGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGATGAAGAGTATTTAAAAGTAGATGCCCAATTTGGAGGCATTGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119406 TGGATGAAGAGTATTTAAAAGTAGATGCCCAATTTGGAGGCATTGATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAAAGATTTTCACCTTTGCAGAGAAG         TACCTCCCTGCACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119456 AGAAAGATTTTCACCTTTGCAGAGAAGGTG...CAGTACCTCCCTGCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGCTATTCAAAACGGGTCCATCTGATGAATCCTATGGTTCCAGGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126005 TGGCTATTCAAAACGGGTCCATCTGATGAATCCTATGGTTCCAGGATTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGGCAGCAAAATGAGCTCTTCAGAAGAG         GAGTCCAAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126055 CAGGCAGCAAAATGAGCTCTTCAGAAGAGGTA...TAGGAGTCCAAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATCTCCTTGATCGGAAGGAGGATGTGAAGAAAAAACTGAAGAAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130182 GATCTCCTTGATCGGAAGGAGGATGTGAAGAAAAAACTGAAGAAGGCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGTGAGCCAGGAAATGTGGAGAACAATGGGGTTCTGTCCTTCATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130232 CTGTGAGCCAGGAAATGTGGAGAACAATGGGGTTCTGTCCTTCATCAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGTCCTTTTTCCCCTTAAGTCCG         AGTTTGTGATCCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130282 ATGTCCTTTTTCCCCTTAAGTCCGGTA...TAGAGTTTGTGATCCTACGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGAGAAATGGGGTGGAAACAAAACCTACACAGCTTACGTGGACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130815 GATGAGAAATGGGGTGGAAACAAAACCTACACAGCTTACGTGGACCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAGGACTTTGCTGCTGAG         GTTGTACATCCTGGAGACCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130865 AAAGGACTTTGCTGCTGAGGTA...CAGGTTGTACATCCTGGAGACCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGAATTCTGTTGAAGTCGCACTGAACAAGTTGCTGGATCCAATCCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134728 AGAATTCTGTTGAAGTCGCACTGAACAAGTTGCTGGATCCAATCCGGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGTTTAATACCCCTGCCCTGAAAAAACTGGCCAGCGCTGCCTACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134778 AAGTTTAATACCCCTGCCCTGAAAAAACTGGCCAGCGCTGCCTACCCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCCTCAAAGCAGA         AGCCAATGGCCAAAGGCCCTGCCAAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 134828 TCCCTCAAAGCAGAGTA...CAGAGCCAATGGCCAAAGGCCCTGCCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATTCAGAACCAGAGGAGGTCATCCCATCCCGGCTGGATATCCGTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136127 ATTCAGAACCAGAGGAGGTCATCCCATCCCGGCTGGATATCCGTGTGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAATCATCACTGTGGAGAAG         CACCCAGATGCAGACAGCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136177 AAAATCATCACTGTGGAGAAGGTA...CAGCACCCAGATGCAGACAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTATGTAGAGAAGATTGACGTGGGGGAAGCTGAACCACGGACTGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136987 GTATGTAGAGAAGATTGACGTGGGGGAAGCTGAACCACGGACTGTGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCGGCCTGGTACAGTTCGTGCCCAAGGAGGAACTGCAGGACAGGCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137037 GCGGCCTGGTACAGTTCGTGCCCAAGGAGGAACTGCAGGACAGGCTGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGGTGCTGTGCAACCTGAAACCCCAGAAGATGAGAGGAGTCGAGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137087 GTGGTGCTGTGCAACCTGAAACCCCAGAAGATGAGAGGAGTCGAGTCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGGCATGCTTCTGTGTGCTTCTAT         AGAAGGGATAAACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 137137 AGGCATGCTTCTGTGTGCTTCTATGTG...CAGAGAAGGGATAAACCGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGTTGAACCTCTGGACCCTCCGGCAGGCTCTGCTCCTGGTGAGCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137739 AGGTTGAACCTCTGGACCCTCCGGCAGGCTCTGCTCCTGGTGAGCACGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTTGTGAAGGGCTATGAAAAGGGCCAACCAGATGAGGAGCTCAAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137789 TTTGTGAAGGGCTATGAAAAGGGCCAACCAGATGAGGAGCTCAAGCCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAAGAAAGTCTTCGAGAAGTTGCAG         GCTGACTTCAAAATTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137839 GAAGAAAGTCTTCGAGAAGTTGCAGGTA...CAGGCTGACTTCAAAATTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGAGGAGTGCATCGCACAGTGGAAGCAAACCAACTTCATGACCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141170 CTGAGGAGTGCATCGCACAGTGGAAGCAAACCAACTTCATGACCAAGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGCTCCATTTCCTGTAAATCGCTGAAAGGGGGGAACATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141220 GGCTCCATTTCCTGTAAATCGCTGAAAGGGGGGAACATTAGC