seq1 = pF1KE4496.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KE4496/gi568815595r_160402107.tfa (gi568815595r:160402107_160665282), 263176 bp

>pF1KE4496 1563
>gi568815595r:160402107_160665282 (Chr3)

(complement)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-114  (128443-128487)   100% ->
115-204  (129386-129475)   100% ->
205-234  (129593-129622)   100% ->
235-287  (129718-129770)   100% ->
288-383  (133726-133821)   100% ->
384-469  (134343-134428)   100% ->
470-556  (137244-137330)   100% ->
557-726  (139176-139345)   100% ->
727-771  (139439-139483)   100% ->
772-903  (143373-143504)   100% ->
904-1032  (149703-149831)   100% ->
1033-1137  (151102-151206)   100% ->
1138-1209  (155412-155483)   100% ->
1210-1372  (157014-157176)   100% ->
1373-1467  (160231-160325)   100% ->
1468-1563  (163081-163176)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACAACGAGAAACTGGACAACCAACGGCTCAAGAATTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACAACGAGAAACTGGACAACCAACGGCTCAAGAATTTCAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGGCCGCGACTTGGAG         ACTATGAGAAGACAACGAAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGGCCGCGACTTGGAGGTA...TAGACTATGAGAAGACAACGAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTTGTAGTTGAATTAAGGAAG         AATAAAAGAGATGAACAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128465 AAGTTGTAGTTGAATTAAGGAAGGTG...AAGAATAAAAGAGATGAACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTCTTAAAGAGAAGGAATGTACCACATGAAGATATCTGTGAAGACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129404 CTCTTAAAGAGAAGGAATGTACCACATGAAGATATCTGTGAAGACTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATAGATGGTGATTATAGAGTG         CAAAATACCTCTCTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 129454 TATAGATGGTGATTATAGAGTGGTA...CAGCAAAATACCTCTCTAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTATTGTTCAA         AATGCTTCAAGTGATAACCAAGGAATTCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 129612 CTATTGTTCAAGTA...TAGAATGCTTCAAGTGATAACCAAGGAATTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTAAGTGCAGTTCAAGCTGCTAG         GAAGCTTTTGTCCAGTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 129748 TTAAGTGCAGTTCAAGCTGCTAGGTA...CAGGAAGCTTTTGTCCAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TCGAAATCCACCAATTGATGACTTAATAAAATCTGGAATATTGCCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133744 TCGAAATCCACCAATTGATGACTTAATAAAATCTGGAATATTGCCCATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TAGTCCATTGTCTTGAAAGAGATGACAA         TCCTTCTTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 133794 TAGTCCATTGTCTTGAAAGAGATGACAAGTG...TAGTCCTTCTTTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 TTTGAAGCTGCATGGGCTTTGACAAACATTGCATCTGGAACTTCTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134356 TTTGAAGCTGCATGGGCTTTGACAAACATTGCATCTGGAACTTCTGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AACTCAAGCAGTAGTTCAGTCCA         ATGCTGTGCCACTTTTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 134406 AACTCAAGCAGTAGTTCAGTCCAGTA...CAGATGCTGTGCCACTTTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TGAGGCTTCTCCATTCACCCCATCAGAATGTCTGTGAGCAAGCAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137262 TGAGGCTTCTCCATTCACCCCATCAGAATGTCTGTGAGCAAGCAGTGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GCATTGGGAAATATCATAG         GTGATGGGCCCCAGTGTAGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 137312 GCATTGGGAAATATCATAGGTT...CAGGTGATGGGCCCCAGTGTAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TTATGTCATAAGTCTTGGAGTTGTGAAACCTTTACTTTCCTTCATAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139198 TTATGTCATAAGTCTTGGAGTTGTGAAACCTTTACTTTCCTTCATAAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CATCTATTCCTATAACATTCTTAAGAAATGTTACTTGGGTTATGGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139248 CATCTATTCCTATAACATTCTTAAGAAATGTTACTTGGGTTATGGTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTATGTCGCCACAAAGACCCACCACCACCAATGGAAACCATTCAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 139298 TTATGTCGCCACAAAGACCCACCACCACCAATGGAAACCATTCAGGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727        ATTCTTCCAGCCCTTTGTGTTTTAATTCATCACACAGATGTAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139348 A...CAGATTCTTCCAGCCCTTTGTGTTTTAATTCATCACACAGATGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AT         ATACTGGTAGACACAGTCTGGGCCCTCTCTTACCTTACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139482 ATGTG...TAGATACTGGTAGACACAGTCTGGGCCCTCTCTTACCTTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GATGCTGGCAATGAACAAATACAGATGGTAATAGACTCTGGAATAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143412 GATGCTGGCAATGAACAAATACAGATGGTAATAGACTCTGGAATAGTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TCATTTGGTTCCTCTGCTCAGCCACCAGGAAGTTAAAGTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 143462 TCATTTGGTTCCTCTGCTCAGCCACCAGGAAGTTAAAGTTCAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904   ACTGCTGCACTTAGAGCTGTGGGCAACATTGTTACTGGAACTGATGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149701 AGACTGCTGCACTTAGAGCTGTGGGCAACATTGTTACTGGAACTGATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CAAACACAAGTAGTTTTGAACTGTGATGCTCTTTCACACTTCCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149751 CAAACACAAGTAGTTTTGAACTGTGATGCTCTTTCACACTTCCCAGCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CCTGACACATCCCAAAGAGAAAATTAATAAA         GAAGCAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 149801 CCTGACACATCCCAAAGAGAAAATTAATAAAGTA...CAGGAAGCAGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GGTTCCTCTCCAACATCACTGCAGGAAATCAGCAGCAGGTACAGGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151112 GGTTCCTCTCCAACATCACTGCAGGAAATCAGCAGCAGGTACAGGCAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ATTGATGCCAATCTTGTACCAATGATAATACACCTTTTGGATAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 151162 ATTGATGCCAATCTTGTACCAATGATAATACACCTTTTGGATAAGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138     GGGGATTTTGGCACTCAAAAAGAAGCTGCTTGGGCCATAAGTAACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151212 .CAGGGGGATTTTGGCACTCAAAAAGAAGCTGCTTGGGCCATAAGTAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TAACAATTAGTGGAAGGAAAGATCAA         GTGGCTTACCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 155458 TAACAATTAGTGGAAGGAAAGATCAAGTA...CAGGTGGCTTACCTTATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CAACAAAATGTTATCCCACCTTTTTGCAACTTGCTGACTGTAAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157029 CAACAAAATGTTATCCCACCTTTTTGCAACTTGCTGACTGTAAAAGATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 ACAAGTTGTGCAAGTAGTACTCGATGGACTAAGTAATATATTAAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157079 ACAAGTTGTGCAAGTAGTACTCGATGGACTAAGTAATATATTAAAAATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CTGAAGATGAGGCAGAAACCATAGGCAATCTTATAGAAGAATGTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 157129 CTGAAGATGAGGCAGAAACCATAGGCAATCTTATAGAAGAATGTGGAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373        GGCTGGAGAAAATTGAACAACTTCAAAATCATGAAAATGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157179 A...CAGGGCTGGAGAAAATTGAACAACTTCAAAATCATGAAAATGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CATCTACAAATTGGCCTATGAGATCATTGATCAGTTCTTCTCTTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160274 CATCTACAAATTGGCCTATGAGATCATTGATCAGTTCTTCTCTTCAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 AT         ATTGATGAAGACCCTAGCCTTGTTCCAGAGGCAATTCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160324 ATGTA...TAGATTGATGAAGACCCTAGCCTTGTTCCAGAGGCAATTCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GGCGGAACATTTGGTTTCAATTCATCTGCCAATGTACCAACAGAAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163120 GGCGGAACATTTGGTTTCAATTCATCTGCCAATGTACCAACAGAAGGGTT

   1700     .
   1557 CCAGTTT
        |||||||
 163170 CCAGTTT