seq1 = pF1KE4494.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KE4494/gi568815575r_154432003.tfa (gi568815575r:154432003_154646155), 214153 bp

>pF1KE4494 1545
>gi568815575r:154432003_154646155 (ChrX)

(complement)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-158  (109978-110015)   100% ->
159-267  (110111-110219)   100% ->
268-485  (110771-110988)   100% ->
486-644  (111660-111818)   100% ->
645-770  (111996-112121)   100% ->
771-864  (112487-112580)   100% ->
865-1051  (113028-113214)   100% ->
1052-1287  (113354-113589)   100% ->
1288-1364  (113694-113770)   100% ->
1365-1457  (113876-113968)   100% ->
1458-1545  (114066-114153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGCAGGTGGCCCTGAGCCGGACCCAGGTGTGCGGGATCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGCAGGTGGCCCTGAGCCGGACCCAGGTGTGCGGGATCCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAGCTTTTCCAGGGCGATGCCTTCCATCAGTCGGATACACACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAGCTTTTCCAGGGCGATGCCTTCCATCAGTCGGATACACACATAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCATCATGGGTGCATCG         GGTGACCTGGCCAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TCATCATCATGGGTGCATCGGTG...CAGGGTGACCTGGCCAAGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCTACCCCACCATCTG         GTGGCTGTTCCGGGATGGCCTTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109999 ATCTACCCCACCATCTGGTA...CAGGTGGCTGTTCCGGGATGGCCTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCCGAAAACACCTTCATCGTGGGCTATGCCCGTTCCCGCCTCACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110135 GCCCGAAAACACCTTCATCGTGGGCTATGCCCGTTCCCGCCTCACAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGACATCCGCAAACAGAGTGAGCCCTTCTTCAAG         GCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110185 CTGACATCCGCAAACAGAGTGAGCCCTTCTTCAAGGTG...CAGGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGAGGAGAAGCTCAAGCTGGAGGACTTCTTTGCCCGCAACTCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110777 CCAGAGGAGAAGCTCAAGCTGGAGGACTTCTTTGCCCGCAACTCCTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCTGGCCAGTACGATGATGCAGCCTCCTACCAGCGCCTCAACAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110827 GGCTGGCCAGTACGATGATGCAGCCTCCTACCAGCGCCTCAACAGCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAATGCCCTCCACCTGGGGTCACAGGCCAACCGCCTCTTCTACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110877 TGAATGCCCTCCACCTGGGGTCACAGGCCAACCGCCTCTTCTACCTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGCCCCCGACCGTCTACGAGGCCGTCACCAAGAACATTCACGAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110927 TTGCCCCCGACCGTCTACGAGGCCGTCACCAAGAACATTCACGAGTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGAGCCAGAT         AGGCTGGAACCGCATCATCGTGGAGAAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110977 CATGAGCCAGATGTA...CAGAGGCTGGAACCGCATCATCGTGGAGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTCGGGAGGGACCTGCAGAGCTCTGACCGGCTGTCCAACCACATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111689 CCTTCGGGAGGGACCTGCAGAGCTCTGACCGGCTGTCCAACCACATCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCTGTTCCGTGAGGACCAGATCTACCGCATCGACCACTACCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111739 TCCCTGTTCCGTGAGGACCAGATCTACCGCATCGACCACTACCTGGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGATGGTGCAGAACCTCATGGTGCTGAG         ATTTGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111789 GGAGATGGTGCAGAACCTCATGGTGCTGAGGTG...CAGATTTGCCAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGATCTTCGGCCCCATCTGGAACCGGGACAACATCGCCTGCGTTATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112007 GGATCTTCGGCCCCATCTGGAACCGGGACAACATCGCCTGCGTTATCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCTTCAAGGAGCCCTTTGGCACTGAGGGTCGCGGGGGCTATTTCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112057 ACCTTCAAGGAGCCCTTTGGCACTGAGGGTCGCGGGGGCTATTTCGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTTGGGATCATCCG         GGACGTGATGCAGAACCACCTACTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112107 ATTTGGGATCATCCGGTG...CAGGGACGTGATGCAGAACCACCTACTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATGCTGTGTCTGGTGGCCATGGAGAAGCCCGCCTCCACCAACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112513 AGATGCTGTGTCTGGTGGCCATGGAGAAGCCCGCCTCCACCAACTCAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACGTCCGTGATGAGAAG         GTCAAGGTGTTGAAATGCATCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112563 GACGTCCGTGATGAGAAGGTA...CAGGTCAAGGTGTTGAAATGCATCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGGTGCAGGCCAACAATGTGGTCCTGGGCCAGTACGTGGGGAACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113051 AGAGGTGCAGGCCAACAATGTGGTCCTGGGCCAGTACGTGGGGAACCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGGAGAGGGCGAGGCCACCAAAGGGTACCTGGACGACCCCACGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113101 ATGGAGAGGGCGAGGCCACCAAAGGGTACCTGGACGACCCCACGGTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGCGGGTCCACCACCGCCACTTTTGCAGCCGTCGTCCTCTATGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113151 CGCGGGTCCACCACCGCCACTTTTGCAGCCGTCGTCCTCTATGTGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAGAGGTGGGATG         GGGTGCCCTTCATCCTGCGCTGCGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113201 TGAGAGGTGGGATGGTA...TAGGGGTGCCCTTCATCCTGCGCTGCGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGCCCTGAACGAGCGCAAGGCCGAGGTGAGGCTGCAGTTCCATGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113381 AGGCCCTGAACGAGCGCAAGGCCGAGGTGAGGCTGCAGTTCCATGATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCGGCGACATCTTCCACCAGCAGTGCAAGCGCAACGAGCTGGTGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113431 GCCGGCGACATCTTCCACCAGCAGTGCAAGCGCAACGAGCTGGTGATCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGTGCAGCCCAACGAGGCCGTGTACACCAAGATGATGACCAAGAAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113481 CGTGCAGCCCAACGAGGCCGTGTACACCAAGATGATGACCAAGAAGCCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCATGTTCTTCAACCCCGAGGAGTCGGAGCTGGACCTGACCTACGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113531 GCATGTTCTTCAACCCCGAGGAGTCGGAGCTGGACCTGACCTACGGCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGATACAAG         AACGTGAAGCTCCCTGACGCCTATGAGCGCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113581 AGATACAAGGTG...CAGAACGTGAAGCTCCCTGACGCCTATGAGCGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATCCTGGACGTCTTCTGCGGGAGCCAGATGCACTTCGTGCGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113726 CATCCTGGACGTCTTCTGCGGGAGCCAGATGCACTTCGTGCGCAGGTG..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365     CGACGAGCTCCGTGAGGCCTGGCGTATTTTCACCCCACTGCTGCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113776 .CAGCGACGAGCTCCGTGAGGCCTGGCGTATTTTCACCCCACTGCTGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGATTGAGCTGGAGAAGCCCAAGCCCATCCCCTATATTTATGGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113922 CAGATTGAGCTGGAGAAGCCCAAGCCCATCCCCTATATTTATGGCAGGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1458       CCGAGGCCCCACGGAGGCAGACGAGCTGATGAAGAGAGTGGGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113972 ...CAGCCGAGGCCCCACGGAGGCAGACGAGCTGATGAAGAGAGTGGGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCCAGTATGAGGGCACCTACAAGTGGGTGAACCCCCACAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114110 TCCAGTATGAGGGCACCTACAAGTGGGTGAACCCCCACAAGCTC