seq1 = pF1KE4492.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KE4492/gi568815597f_46699082.tfa (gi568815597f:46699082_46918811), 219730 bp

>pF1KE4492 1536
>gi568815597f:46699082_46918811 (Chr1)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-322  (111727-111868)   100% ->
323-367  (112059-112103)   100% ->
368-495  (113415-113542)   100% ->
496-620  (114401-114525)   100% ->
621-775  (114828-114982)   100% ->
776-882  (115128-115234)   100% ->
883-1073  (115993-116183)   100% ->
1074-1207  (117967-118100)   100% ->
1208-1272  (118884-118948)   100% ->
1273-1355  (119050-119132)   100% ->
1356-1536  (119550-119730)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCCCAGCTTCCTCTCCCTGAGCTTCTCCTCCTTGGGCCTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCCCAGCTTCCTCTCCCTGAGCTTCTCCTCCTTGGGCCTGTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGGGCTGATCTTGGTCTTAGGCTTTCTCAAGCTCATCCACCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGGGCTGATCTTGGTCTTAGGCTTTCTCAAGCTCATCCACCTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGGAGGCAGACGTTGGCTAAGGCTATGGACAAATTCCCAGGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGGAGGCAGACGTTGGCTAAGGCTATGGACAAATTCCCAGGGCCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCACTGGCTTTTTGGACATGCCCTCGAG         ATCCAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 ACCCACTGGCTTTTTGGACATGCCCTCGAGGTA...CAGATCCAGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGGAGCCTGGACAAAGTGGTGTCCTGGGCCCACCAGTTCCCGTATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111738 GGGGAGCCTGGACAAAGTGGTGTCCTGGGCCCACCAGTTCCCGTATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCACTCTGGTTCGGACAGTTCATTGGCTTCCTGAACATCTATGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111788 ACCCACTCTGGTTCGGACAGTTCATTGGCTTCCTGAACATCTATGAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTATGCCAAAGCTGTGTACAGCCGTGGGG         ACCCTAAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111838 GACTATGCCAAAGCTGTGTACAGCCGTGGGGGTG...CAGACCCTAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCTGATGTGTATGACTTCTTCCTCCAGTGGATTG         GGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112069 CCCTGATGTGTATGACTTCTTCCTCCAGTGGATTGGTG...CAGGGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCTGCTGGTTCTTGAGGGGCCCAAGTGGTTGCAGCACCGCAAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113421 GCCTGCTGGTTCTTGAGGGGCCCAAGTGGTTGCAGCACCGCAAGCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACACCTGGCTTTCATTATGATGTGCTGAAGCCCTATGTGGCCGTGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113471 ACACCTGGCTTTCATTATGATGTGCTGAAGCCCTATGTGGCCGTGTTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGTCTACACGTATCATGCTG         GACAAGTGGGAAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113521 TGAGTCTACACGTATCATGCTGGTG...CAGGACAAGTGGGAAGAGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCGGGAGGGTAAGTCCTTTGACATCTTCTGCGATGTGGGTCACATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114420 CTCGGGAGGGTAAGTCCTTTGACATCTTCTGCGATGTGGGTCACATGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAACACACTCATGAAGTGCACCTTTGGAAGAGGAGACACCGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114470 CTGAACACACTCATGAAGTGCACCTTTGGAAGAGGAGACACCGGCCTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCACAG         CAGGGACAGCAGCTACTACCTTGCAGTCAGCGATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114520 CCACAGGTC...TAGCAGGGACAGCAGCTACTACCTTGCAGTCAGCGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACTCTGTTGATGCAGCAGCGCCTTGTGTCCTTCCAGTACCATAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114863 TCACTCTGTTGATGCAGCAGCGCCTTGTGTCCTTCCAGTACCATAATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCATCTACTGGCTCACCCCACATGGCCGCCGCTTCCTGCGGGCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114913 TTCATCTACTGGCTCACCCCACATGGCCGCCGCTTCCTGCGGGCCTGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGGCCCATGACCATACAG         ACCAGGTCATCAGGGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114963 GGTGGCCCATGACCATACAGGTG...CAGACCAGGTCATCAGGGAGCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCAGCCCTGCAGGATGAGAAGGTGCGGAAGAAGATCCAGAACCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115149 AGGCAGCCCTGCAGGATGAGAAGGTGCGGAAGAAGATCCAGAACCGGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACCTGGACTTCCTGGACATTCTCCTGGGTGCCCGG         GATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115199 CACCTGGACTTCCTGGACATTCTCCTGGGTGCCCGGGTG...CAGGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGACATCAAACTGTCAGATGCAGACCTCCGGGCTGAAGTGGACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115998 AGATGACATCAAACTGTCAGATGCAGACCTCCGGGCTGAAGTGGACACAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCATGTTTGAAGGCCATGACACCACCACCAGTGGTATCTCCTGGTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116048 TCATGTTTGAAGGCCATGACACCACCACCAGTGGTATCTCCTGGTTTCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACTGCATGGCCCTGTACCCTGAGCACCAGCATCGTTGTAGAGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116098 TACTGCATGGCCCTGTACCCTGAGCACCAGCATCGTTGTAGAGAGGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCGCGAGATCCTAGGGGACCAGGACTTCTTCCAGTG         GGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116148 CCGCGAGATCCTAGGGGACCAGGACTTCTTCCAGTGGTG...CAGGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCTGGGCAAAATGACTTATCTGACCATGTGCATCAAGGAGAGCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117972 ATCTGGGCAAAATGACTTATCTGACCATGTGCATCAAGGAGAGCTTCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCTACCCACCTGTGCCCCAGGTGTACCGCCAGCTCAGCAAGCCTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118022 CTCTACCCACCTGTGCCCCAGGTGTACCGCCAGCTCAGCAAGCCTGTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTTGTGGATGGCCGGTCTCTACCTGCAG         GAAGCCTGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118072 CTTTGTGGATGGCCGGTCTCTACCTGCAGGTG...CAGGAAGCCTGATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTATGCATATCTATGCCCTCCATAGGAACAGTGCTGTATGGCCCGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118896 CTATGCATATCTATGCCCTCCATAGGAACAGTGCTGTATGGCCCGACCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAG         GTCTTTGACTCTCTGCGCTTTTCCACTGAGAATGCATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118946 GAGGTA...CAGGTCTTTGACTCTCTGCGCTTTTCCACTGAGAATGCATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAAACGCCATCCCTTTGCCTTTATGCCCTTCTCTGCTGGGCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119088 CAAACGCCATCCCTTTGCCTTTATGCCCTTCTCTGCTGGGCCCAGGTA..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356     GAACTGCATTGGGCAGCAGTTTGCCATGAGTGAGATGAAGGTGGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119138 .CAGGAACTGCATTGGGCAGCAGTTTGCCATGAGTGAGATGAAGGTGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACAGCCATGTGCTTGCTCCGCTTTGAGTTCTCTCTGGACCCCTCACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119596 ACAGCCATGTGCTTGCTCCGCTTTGAGTTCTCTCTGGACCCCTCACGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCCATCAAGATGCCCCAGCTTGTCCTGCGCTCCAAGAATGGCTTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119646 GCCCATCAAGATGCCCCAGCTTGTCCTGCGCTCCAAGAATGGCTTTCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1502 TCCACCTGAAGCCACTGGGCCCTGGGTCTGGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119696 TCCACCTGAAGCCACTGGGCCCTGGGTCTGGGAAG