seq1 = pF1KE4490.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE4490/gi568815594r_9726400.tfa (gi568815594r:9726400_10125966), 399567 bp

>pF1KE4490 1533
>gi568815594r:9726400_10125966 (Chr4)

(complement)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-162  (106894-106992)   100% ->
163-323  (129026-129186)   98% ->
324-448  (140174-140298)   100% ->
449-594  (145230-145375)   99% ->
595-727  (183922-184054)   100% ->
728-915  (205395-205582)   100% ->
916-1026  (217622-217732)   99% ->
1027-1128  (235256-235357)   100% ->
1129-1204  (238325-238400)   100% ->
1205-1332  (290959-291086)   100% ->
1333-1533  (299367-299567)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCAGTAAAAAGGACCGAGGAGAAGATGAAGAAAGTGATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTCAGTAAAAAGGACCGAGGAGAAGATGAAGAAAGTGATTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAAGAAATTG         GACTGGTCCTGCTCGCTCCTCGTGGCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAAAGAAATTGGTC...CAGGACTGGTCCTGCTCGCTCCTCGTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTCGCGGGCGCCTTCGGCTCCTCCTTCCTCTACGGCTACAACCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106922 CCCTCGCGGGCGCCTTCGGCTCCTCCTTCCTCTACGGCTACAACCTGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTGAATGCCCCCACCCCG         TACATCAAGGCCTTTTACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106972 GTGGTGAATGCCCCCACCCCGGTG...CAGTACATCAAGGCCTTTTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGTCATGGGAAAGAAGGCATGGACGTCCAATAGACCCAGACACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129046 TGAGTCATGGGAAAGAAGGCATGGACGTCCAATAGACCCAGACACTCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTGCTCTGGTCTGTGACTGTGTCCATATTCGCCATCGGTGGACTTGTG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129096 CTTTGCTCTGGTCTGTGACTGTGTCCATATTCGCCATCGGTGGACTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGACATTAATTGTGAAGATGATTGGAAAGGTTCTTGGGAG         
        ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129146 GGGACGTTAATTGTGAAGATGATTGGAAAGGTTCTTGGGAGGTC...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCACACTTTGCTGGCCAATAATGGGTTTGCAATTTCTGCTGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140174 GAAGCACACTTTGCTGGCCAATAATGGGTTTGCAATTTCTGCTGCATTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATGGCCTGCTCGCTCCAGGCAGGAGCCTTTGAAATGCTCATCGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140224 TGATGGCCTGCTCGCTCCAGGCAGGAGCCTTTGAAATGCTCATCGTGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGCTTCATCATGGGCATAGATGGAG         GCGTCGCCCTCAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 140274 CGCTTCATCATGGGCATAGATGGAGGTG...CAGGCGTCGCCCTCAGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTCCCCATGTACCTCAGTGAGATCTCACCCAAGGAGATCCGTGGCTCTC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145246 GCTCCCCATGTACCTTAGTGAGATCTCACCCAAGGAGATCCGTGGCTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGGCAGGTGACTGCCATCTTTATCTGCATTGGCGTGTTCACTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145296 TGGGGCAGGTGACTGCCATCTTTATCTGCATTGGCGTGTTCACTGGGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTCTGGGCCTGCCCGAGCTGCTGGGAAAG         GAGAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 145346 CTTCTGGGCCTGCCCGAGCTGCTGGGAAAGGTG...CAGGAGAGTACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCATACCTGTTTGGAGTGATTGTGGTCCCTGCCGTTGTCCAGCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183933 GCCATACCTGTTTGGAGTGATTGTGGTCCCTGCCGTTGTCCAGCTGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCTTCCCTTTCTCCCGGACAGCCCACGCTACCTGCTCTTGGAGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183983 GCCTTCCCTTTCTCCCGGACAGCCCACGCTACCTGCTCTTGGAGAAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACGAGGCAAGAGCTGTGAAAG         CCTTCCAAACGTTCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 184033 AACGAGGCAAGAGCTGTGAAAGGTG...CAGCCTTCCAAACGTTCTTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAAGCAGACGTTTCCCAAGAGGTAGAGGAGGTCCTGGCTGAGAGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205414 TAAAGCAGACGTTTCCCAAGAGGTAGAGGAGGTCCTGGCTGAGAGCCGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCAGAGGAGCATCCGCCTGGTGTCCGTGCTGGAGCTGCTGAGAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205464 TGCAGAGGAGCATCCGCCTGGTGTCCGTGCTGGAGCTGCTGAGAGCTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACGTCCGCTGGCAGGTGGTCACCGTGATTGTCACCATGGCCTGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205514 TACGTCCGCTGGCAGGTGGTCACCGTGATTGTCACCATGGCCTGCTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCTCTGTGGCCTCAATGCA         ATTTGGTTCTATACCAACAGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 205564 GCTCTGTGGCCTCAATGCAGTG...CAGATTTGGTTCTATACCAACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTTTGGAAAAGCTGGGATCCCTCTGGCAAAGATCCCATACGTCACCTTG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 217644 TCTTTGGAAAAGCTGGGATCCCTCCGGCAAAGATCCCATACGTCACCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTACAGGGGGCATCGAGACTTTGGCTGCCGTCTTCTCT         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 217694 AGTACAGGGGGCATCGAGACTTTGGCTGCCGTCTTCTCTGTA...TAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTTGGTCATTGAGCACCTGGGACGGAGACCCCTCCTCATTGGTGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235258 TTTGGTCATTGAGCACCTGGGACGGAGACCCCTCCTCATTGGTGGCTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGCTCATGGGCCTCTTCTTTGGGACCCTCACCATCACGCTGACCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235308 GGCTCATGGGCCTCTTCTTTGGGACCCTCACCATCACGCTGACCCTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129          GACCACGCCCCCTGGGTCCCCTACCTGAGTATCGTGGGCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235358 GTG...CAGGACCACGCCCCCTGGGTCCCCTACCTGAGTATCGTGGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCTGGCCATCATCGCCTCTTTCTGCAGTGGGCCAG         GTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 238366 TCTGGCCATCATCGCCTCTTTCTGCAGTGGGCCAGGTA...CAGGTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCCGTTCATCTTGACTGGTGAGTTCTTCCAGCAATCTCAGCGGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290965 TCCCGTTCATCTTGACTGGTGAGTTCTTCCAGCAATCTCAGCGGCCGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCCTTCATCATTGCAGGCACCGTCAACTGGCTCTCCAACTTTGCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291015 GCCTTCATCATTGCAGGCACCGTCAACTGGCTCTCCAACTTTGCTGTTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCTCCTCTTCCCATTCATTCAG         AAAAGTCTGGACACCTACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 291065 GCTCCTCTTCCCATTCATTCAGGTA...CAGAAAAGTCTGGACACCTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GTTTCCTAGTCTTTGCTACAATTTGTATCACAGGTGCTATCTACCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299386 GTTTCCTAGTCTTTGCTACAATTTGTATCACAGGTGCTATCTACCTGTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTTGTGCTGCCTGAGACCAAAAACAGAACCTATGCAGAAATCAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299436 TTTGTGCTGCCTGAGACCAAAAACAGAACCTATGCAGAAATCAGCCAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATTTTCCAAAAGGAACAAAGCATACCCACCAGAAGAGAAAATCGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299486 ATTTTCCAAAAGGAACAAAGCATACCCACCAGAAGAGAAAATCGACTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :
   1502 CTGTCACTGATGGTAAGATAAATGGAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 299536 CTGTCACTGATGGTAAGATAAATGGAAGGCCT