seq1 = pF1KE4489.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE4489/gi568815590f_20097407.tfa (gi568815590f:20097407_20320399), 222993 bp

>pF1KE4489 1533
>gi568815590f:20097407_20320399 (Chr8)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-192  (107078-107133)   100% ->
193-291  (112027-112125)   100% ->
292-385  (112940-113033)   100% ->
386-463  (113163-113240)   100% ->
464-603  (113771-113910)   100% ->
604-705  (114246-114347)   100% ->
706-803  (114696-114793)   100% ->
804-927  (115376-115499)   100% ->
928-1078  (117412-117562)   100% ->
1079-1161  (119007-119089)   100% ->
1162-1266  (119814-119918)   100% ->
1267-1396  (120747-120876)   100% ->
1397-1533  (122857-122993)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGCGGGCGATGCGGGGGATTGTCAACGGGGCCGCACCCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGCGGGCGATGCGGGGGATTGTCAACGGGGCCGCACCCGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCGTGCCCACCGGTGGGCCGGCGGTGGGAGCTCGGGAGCAGGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCGTGCCCACCGGTGGGCCGGCGGTGGGAGCTCGGGAGCAGGCGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTCAGTCGGAACTACCTCTCCCAGCCTCGCCTCA         CATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 CAGTCAGTCGGAACTACCTCTCCCAGCCTCGCCTCAGTG...CAGCATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGACAGTATCTGGAGTCAATGGTCCACTAGTGATCTTAGATCATGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107083 AAGACAGTATCTGGAGTCAATGGTCCACTAGTGATCTTAGATCATGTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         TTTCCCAGGTATGCTGAAATTGTCCATTTGACCTTACCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107133 GGTA...TAGTTTCCCAGGTATGCTGAAATTGTCCATTTGACCTTACCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGCACAAAGAGAAGTGGGCAAGTTCTGGAAGTTAGTGGTTCCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112067 ATGGCACAAAGAGAAGTGGGCAAGTTCTGGAAGTTAGTGGTTCCAAGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAGTTCAG         GTATTTGAAGGGACTTCAGGTATAGATGCTAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112117 GTAGTTCAGGTA...TAGGTATTTGAAGGGACTTCAGGTATAGATGCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAACGTCCTGTGAGTTTACTGGGGATATTCTCCGAACACCGGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112972 GAAAACGTCCTGTGAGTTTACTGGGGATATTCTCCGAACACCGGTGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGATATGCTTG         GTCGGGTATTCAATGGATCGGGAAAACCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113022 AGGATATGCTTGGTA...TAGGTCGGGTATTCAATGGATCGGGAAAACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTGACAGAGGTCCTGTTGTACTGGCCGAAGACTTCCTTGATATCATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113192 ATTGACAGAGGTCCTGTTGTACTGGCCGAAGACTTCCTTGATATCATGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464         GTCAGCCAATCAACCCTCAATGTCGAATCTACCCAGAGGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113242 TA...TAGGTCAGCCAATCAACCCTCAATGTCGAATCTACCCAGAGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATTCAGACTGGCATTTCGGCCATCGATGGGATGAACAGTATTGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113813 TGATTCAGACTGGCATTTCGGCCATCGATGGGATGAACAGTATTGCTAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGCAGAAAATTCCTATCTTCTCTGCTGCTGGGCTACCACACAATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113863 GGGCAGAAAATTCCTATCTTCTCTGCTGCTGGGCTACCACACAATGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        ATTGCAGCTCAGATCTGTCGCCAGGCTGGTTTGGTAAAGAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113913 G...CAGATTGCAGCTCAGATCTGTCGCCAGGCTGGTTTGGTAAAGAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCAAAGATGTAGTAGACTACAGTGAGGAAAATTTTGCAATTGTATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114289 CCAAAGATGTAGTAGACTACAGTGAGGAAAATTTTGCAATTGTATTTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTATGGGT         GTAAACATGGAAACTGCCCGGTTCTTCAAATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 114339 GCTATGGGTGTA...TAGGTAAACATGGAAACTGCCCGGTTCTTCAAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACTTTGAAGAAAATGGCTCAATGGACAATGTCTGCCTCTTTTTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114728 TGACTTTGAAGAAAATGGCTCAATGGACAATGTCTGCCTCTTTTTGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGCTAATGACCCAAC         CATTGAGCGAATTATCACTCCTCGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114778 TGGCTAATGACCCAACGTA...CAGCATTGAGCGAATTATCACTCCTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGGCTCTAACCACAGCTGAATTTCTGGCGTACCAATGTGAGAAACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115401 CTGGCTCTAACCACAGCTGAATTTCTGGCGTACCAATGTGAGAAACATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATTGGTTATTCTAACAGACATGAGTTCTTATGCTGAAGCACTTCGAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115451 ATTGGTTATTCTAACAGACATGAGTTCTTATGCTGAAGCACTTCGAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928         GTTTCAGCAGCCAGGGAAGAGGTACCTGGTCGACGAGGTTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115501 TA...CAGGTTTCAGCAGCCAGGGAAGAGGTACCTGGTCGACGAGGTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCAGGTTACATGTATACAGATTTAGCCACGATATATGAACGCGCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117454 CCAGGTTACATGTATACAGATTTAGCCACGATATATGAACGCGCTGGGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTGGAAGGGAGAAACGGCTCGATTACTCAAATCCCTATTCTAACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117504 AGTGGAAGGGAGAAACGGCTCGATTACTCAAATCCCTATTCTAACCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAATGATG         ATATCACTCACCCCATCCCAGACTTGACTGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117554 CTAATGATGGTA...TAGATATCACTCACCCCATCCCAGACTTGACTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACATTACAGAGGGGCAGATCTATGTGGACAGACAGCTGCACAACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119039 TACATTACAGAGGGGCAGATCTATGTGGACAGACAGCTGCACAACAGACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 G         ATTTATCCACCTATCAATGTGCTGCCCTCACTATCACGGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119089 GGTA...AAGATTTATCCACCTATCAATGTGCTGCCCTCACTATCACGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TAATGAAGTCTGCTATTGGAGAAGGGATGACCAGGAAGGATCATGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119854 TAATGAAGTCTGCTATTGGAGAAGGGATGACCAGGAAGGATCATGCCGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTATCTAACCAGCTA         TATGCGTGCTATGCTATTGGAAAGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119904 GTATCTAACCAGCTAGTA...TAGTATGCGTGCTATGCTATTGGAAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGTGCAAGCCATGAAAGCTGTCGTTGGAGAAGAAGCCCTTACCTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120773 TGTGCAAGCCATGAAAGCTGTCGTTGGAGAAGAAGCCCTTACCTCAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATCTTCTCTACTTGGAATTTCTGCAGAAGTTTGAGAGGAACTTCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120823 ATCTTCTCTACTTGGAATTTCTGCAGAAGTTTGAGAGGAACTTCATTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGG         GTCCTTACGAAAATCGCACTGTCTTTGAGACTTTGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120873 CAGGGTA...AAGGTCCTTACGAAAATCGCACTGTCTTTGAGACTTTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CATTGGCTGGCAGCTACTCCGAATCTTCCCCAAAGAAATGCTGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122894 CATTGGCTGGCAGCTACTCCGAATCTTCCCCAAAGAAATGCTGAAGAGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCCCTCAGAGCACCCTCAGCGAATTTTACCCTCGAGACTCTGCAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122944 TCCCTCAGAGCACCCTCAGCGAATTTTACCCTCGAGACTCTGCAAAGCAT