seq1 = pF1KE4488.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KE4488/gi568815580r_59231416.tfa (gi568815580r:59231416_59459244), 227829 bp

>pF1KE4488 1530
>gi568815580r:59231416_59459244 (Chr18)

(complement)

1-214  (100001-100214)   100% ->
215-369  (103587-103741)   100% ->
370-477  (103825-103932)   100% ->
478-539  (104665-104726)   100% ->
540-639  (105944-106043)   100% ->
640-763  (110009-110132)   100% ->
764-822  (111674-111732)   100% ->
823-955  (113194-113326)   100% ->
956-1149  (120292-120485)   100% ->
1150-1220  (120618-120688)   100% ->
1221-1374  (126001-126154)   99% ->
1375-1496  (127706-127827)   100% ->
1497-1530  (128116-128149)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGATCCAGGCAAAGGGGTCTCCGGGCCAGAGTTCGGCCGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGATCCAGGCAAAGGGGTCTCCGGGCCAGAGTTCGGCCGCTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGCCTTGCTGCTGTCACTCGGTCGCTTCGTCCGGGGCGACGGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGCCTTGCTGCTGTCACTCGGTCGCTTCGTCCGGGGCGACGGCGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGAGACCCCGCGGTCGCGTTGCCACATCGCCGTTTCGAGTACAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGAGACCCCGCGGTCGCGTTGCCACATCGCCGTTTCGAGTACAAATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCTTCAAGGGGCCGCACCTGGTGCAGAGCGACGGGACCGTGCCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCTTCAAGGGGCCGCACCTGGTGCAGAGCGACGGGACCGTGCCCTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCACGCGGGGA         ATGCTATTCCAAGTTCAGATCAAATTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCCACGCGGGGAGTA...TAGATGCTATTCCAAGTTCAGATCAAATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGTAGCACCATCTTTAAAAAGCCAAAGAGGCTCAGTGTGGACAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103614 GAGTAGCACCATCTTTAAAAAGCCAAAGAGGCTCAGTGTGGACAAAGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGCGGCCTTTGAGAACTGGGAAGTTGAGGTGACATTTCGAGTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103664 AAAGCGGCCTTTGAGAACTGGGAAGTTGAGGTGACATTTCGAGTGACTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGAGGTCGAATTGGAGCTGATGGCCTA         GCAATTTGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103714 AAGAGGTCGAATTGGAGCTGATGGCCTAGTA...CAGGCAATTTGGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAAAATCAAGGCTTGGAGGGCCCTGTGTTTGGATCAGCTGATCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103838 CAGAAAATCAAGGCTTGGAGGGCCCTGTGTTTGGATCAGCTGATCTGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATGGTGTTGGAATATTTTTTGATTCTTTTGACAATGATGGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103888 AATGGTGTTGGAATATTTTTTGATTCTTTTGACAATGATGGAAAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     AAAAATAATCCTGCTATAGTAATTATAGGCAACAATGGACAAATCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103938 .TAGAAAAATAATCCTGCTATAGTAATTATAGGCAACAATGGACAAATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTATGACCATCAAAA         TGACGGGGCTAGTCAAGCTTTGGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104711 ATTATGACCATCAAAAGTA...TAGTGACGGGGCTAGTCAAGCTTTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTTGCCAGAGGGACTTCCGCAACAAACCCTATCCTGTCCGAGCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105969 AGTTGCCAGAGGGACTTCCGCAACAAACCCTATCCTGTCCGAGCAAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACCTATTACCAGAACACACTGACA         GTAATGATCAATAATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106019 TACCTATTACCAGAACACACTGACAGTA...TAGGTAATGATCAATAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTTTACACCAGATAAAAATGATTATGAATTTTGTGCCAAAGTGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110025 GCTTTACACCAGATAAAAATGATTATGAATTTTGTGCCAAAGTGGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGATTATCCCTGCACAAGGGCATTTTGGAATATCTGCTGCAACTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110075 ATGATTATCCCTGCACAAGGGCATTTTGGAATATCTGCTGCAACTGGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCTTGCAG         ATGACCATGATGTCCTTTCTTTTCTGACTTTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110125 TCTTGCAGGTA...TAGATGACCATGATGTCCTTTCTTTTCTGACTTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTTGACTGAACCTGGAAAAGAGCCG         CCCACACCAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111707 AGTTGACTGAACCTGGAAAAGAGCCGGTA...AAGCCCACACCAGATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAATTTCGGAAAAGGAAAAAGAAAAGTATCAGGAGGAATTTGAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113209 GAAATTTCGGAAAAGGAAAAAGAAAAGTATCAGGAGGAATTTGAGCACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAACAAGAATTGGATAAAAAAAAAGAGGAATTCCAGAAGGGCCACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113259 TCAACAAGAATTGGATAAAAAAAAAGAGGAATTCCAGAAGGGCCACCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTCCAAGGGCAGCCTG         CGGAGGAAATATTTGAGAGTGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113309 ACCTCCAAGGGCAGCCTGGTG...CAGCGGAGGAAATATTTGAGAGTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGAGATCGAGAGCTAAGACAAGTCTTTGAAGGACAGAATCGTATTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120315 GGAGATCGAGAGCTAAGACAAGTCTTTGAAGGACAGAATCGTATTCATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAATCAAGCAGCTGAACCGGCAGTTAGATATGATTCTTGATGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120365 TGAAATCAAGCAGCTGAACCGGCAGTTAGATATGATTCTTGATGAACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAGATATGTCTCTTCCTTAACAGAGGAAATCTCTAAAAGAGGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120415 GAAGATATGTCTCTTCCTTAACAGAGGAAATCTCTAAAAGAGGAGCAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGCCTGGGCAGCATGGGCAG         ATTACTCAACAAGAACTGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120465 ATGCCTGGGCAGCATGGGCAGGTG...CAGATTACTCAACAAGAACTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TACTGTTGTGAAAACTCAGCATGAGATTCTGAGACAAGTAAATGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120638 TACTGTTGTGAAAACTCAGCATGAGATTCTGAGACAAGTAAATGAAATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 A         AAATTCCTTGAGTGAAACCGTCAGACTGGTCAGTGGAATG
        |>>>...>>>||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 120688 AGTA...CAGAAATTCCATGAGTGAAACCGTCAGACTGGTCAGTGGAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGCACCCTGGCTCTGCTGGAGGCGTCTATGAGACAACACAGCACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126041 CAGCACCCTGGCTCTGCTGGAGGCGTCTATGAGACAACACAGCACTTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGACATCAAAGAGCACCTGCACATAGTAAAGAGGGACATAGATAACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126091 TGACATCAAAGAGCACCTGCACATAGTAAAGAGGGACATAGATAACTTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGCAGCGAAATATG         CCATCAAATGAAAAGCCGAAATGCCCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 126141 TGCAGCGAAATATGGTA...CAGCCATCAAATGAAAAGCCGAAATGCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAACTACCACCATTTCCATCATGTTTGTCTACGGTCCACTTCATTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127733 GAACTACCACCATTTCCATCATGTTTGTCTACGGTCCACTTCATTATATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGTTGTGGTGCAAACTGTATTATTCATTGGTTATATCATGTATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127783 TGTTGTGGTGCAAACTGTATTATTCATTGGTTATATCATGTATAGGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1497     GTCTCAGCAAGAAGCAGCTGCCAAAAAATTCTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127833 .TAGGTCTCAGCAAGAAGCAGCTGCCAAAAAATTCTTT