seq1 = pF1KE4472.tfa, 1479 bp
seq2 = pF1KE4472/gi568815582f_56861980.tfa (gi568815582f:56861980_57083663), 221684 bp

>pF1KE4472 1479
>gi568815582f:56861980_57083663 (Chr16)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-233  (101031-101145)   100% ->
234-368  (107407-107541)   100% ->
369-439  (107632-107702)   100% ->
440-527  (107935-108022)   100% ->
528-597  (109054-109123)   100% ->
598-658  (109342-109402)   100% ->
659-750  (110013-110104)   98% ->
751-930  (111352-111531)   100% ->
931-981  (113122-113172)   100% ->
982-1146  (116112-116276)   100% ->
1147-1214  (119179-119246)   100% ->
1215-1248  (119668-119701)   100% ->
1249-1321  (120186-120258)   98% ->
1322-1407  (121347-121432)   98% ->
1408-1479  (121613-121684)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCTGCCACAGTCCTGACCCTGGCCCTGCTGGGCAATGCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCTGCCACAGTCCTGACCCTGGCCCTGCTGGGCAATGCCCATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTCCAAAGGCACCTCGCACGAGGCAGGCATCGTGTGCCGCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCTCCAAAGGCACCTCGCACGAGGCAGGCATCGTGTGCCGCATCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCTGCCCTCCTGGTGT         TGAACCACGAGACTGCCAAGGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCTGCCCTCCTGGTGTGTA...TAGTGAACCACGAGACTGCCAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCAGACCGCCTTCCAGCGAGCCAGCTACCCAGATATCACGGGCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 ATCCAGACCGCCTTCCAGCGAGCCAGCTACCCAGATATCACGGGCGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCATGATGCTCCTTGGCCAAGTCAAGTATGGGTTGCACAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101104 GGCCATGATGCTCCTTGGCCAAGTCAAGTATGGGTTGCACAAGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  CATCCAGATCAGCCACTTGTCCATCGCCAGCAGCCAGGTGGAGCTGGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107406 GCATCCAGATCAGCCACTTGTCCATCGCCAGCAGCCAGGTGGAGCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGCCAAGTCCATTGATGTCTCCATTCAGAACGTGTCTGTGGTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107456 GAAGCCAAGTCCATTGATGTCTCCATTCAGAACGTGTCTGTGGTCTTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGACCCTGAAGTATGGCTACACCACTGCCTGGTG         GCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107506 GGGGACCCTGAAGTATGGCTACACCACTGCCTGGTGGTA...CAGGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTATTGATCAGTCCATTGACTTCGAGATCGACTCTGCCATTGACCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107637 GTATTGATCAGTCCATTGACTTCGAGATCGACTCTGCCATTGACCTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCAACACACAGCTGA         CCTGTGACTCTGGTAGAGTGCGGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107687 ATCAACACACAGCTGAGTA...CAGCCTGTGACTCTGGTAGAGTGCGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGATGCCCCTGACTGCTACCTGTCTTTCCATAAGCTGCTCCTGCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107960 CGATGCCCCTGACTGCTACCTGTCTTTCCATAAGCTGCTCCTGCATCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGGGGAGCGAGA         GCCTGGGTGGATCAAGCAGCTGTTCACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108010 AAGGGGAGCGAGAGTA...CAGGCCTGGGTGGATCAAGCAGCTGTTCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATTTCATCTCCTTCACCCTGAAGCTGGTCCTGAAGGGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109082 AATTTCATCTCCTTCACCCTGAAGCTGGTCCTGAAGGGACAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  ATCTGCAAAGAGATCAACGTCATCTCTAACATCATGGCCGATTTTGTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109341 GATCTGCAAAGAGATCAACGTCATCTCTAACATCATGGCCGATTTTGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGACAAGGGCTG         CCAGCATCCTTTCAGATGGAGACATTGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109391 AGACAAGGGCTGGTG...CAGCCAGCATCCTTTCAGATGGAGACATTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGGACATTTCCCTGACAGGTGATCCCGTCATCACATCCTCCTACCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 110042 GTGGACATTTCCCTGACAGGTGATCCCGTCATCACAGCCTCCTACCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTCCCATCACAAG         GGTCATTTCATCTACAAGAATGTCTCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110092 GTCCCATCACAAGGTA...CAGGGTCATTTCATCTACAAGAATGTCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGACCTCCCCCTCCCCACCTTCTCGCCCACACTGCTGGGGGACTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111380 AGGACCTCCCCCTCCCCACCTTCTCGCCCACACTGCTGGGGGACTCCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATGCTGTACTTCTGGTTCTCTGAGCGAGTCTTCCACTCGCTGGCCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111430 ATGCTGTACTTCTGGTTCTCTGAGCGAGTCTTCCACTCGCTGGCCAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGCTTTCCAGGATGGCCGCCTCATGCTCAGCCTGATGGGAGACGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111480 AGCTTTCCAGGATGGCCGCCTCATGCTCAGCCTGATGGGAGACGAGTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AG         GCAGTGCTGGAGACCTGGGGCTTCAACACCAACCAGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111530 AGGTG...CAGGCAGTGCTGGAGACCTGGGGCTTCAACACCAACCAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATCTTCCAAGAG         GTTGTCGGCGGCTTCCCCAGCCAGGCCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113161 ATCTTCCAAGAGGTA...CAGGTTGTCGGCGGCTTCCCCAGCCAGGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGTCACCGTCCACTGCCTCAAGATGCCCAAGATCTCCTGCCAAAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116141 AGTCACCGTCCACTGCCTCAAGATGCCCAAGATCTCCTGCCAAAACAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GAGTCGTGGTCAATTCTTCAGTGATGGTGAAATTCCTCTTTCCACGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116191 GAGTCGTGGTCAATTCTTCAGTGATGGTGAAATTCCTCTTTCCACGCCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACCAGCAACATTCTGTAGCTTACACATTTGAAGAG         GATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116241 GACCAGCAACATTCTGTAGCTTACACATTTGAAGAGGTG...CAGGATAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CGTGACTACCGTCCAGGCCTCCTATTCTAAGAAAAAGCTCTTCTTAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119184 CGTGACTACCGTCCAGGCCTCCTATTCTAAGAAAAAGCTCTTCTTAAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCTTGGATTTCCA         GATTACACCAAAGACTGTTTCCAACTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 119234 TCTTGGATTTCCAGTA...CAGGATTACACCAAAGACTGTTTCCAACTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACTGAG         AGCAGCTCCGAGTCCATCCAGAGCTTCCTGCAGTC
        ||||||>>>...>>>||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 119696 ACTGAGGTA...CAGAGCAGCTCCGAGTCCGTCCAGAGCTTCCTGCAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AATGATCACCGCTGTGGGCATCCCTGAGGTCATGTCTC         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 120221 AATGATCACCGCTGTGGGCATCCCTGAGGTCATGTCTCGTA...CAGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TCGAGGTAGTGTTTACAGCCCTCATGAACTGCAAAGGCGTGAGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 121350 TCGAGGTAGTGTTTACAGCCCTCATGAACAGCAAAGGCGTGAGCCTCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GACATCATCAACCCTGAGATTATCACTCGAGAT         GGCTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121400 GACATCATCAACCCTGAGATTATCACTCGAGATGTG...CAGGGCTTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GCTGCTGCAGATGGACTTTGGCTTCCCTGAGCACCTGCTGGTGGATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121621 GCTGCTGCAGATGGACTTTGGCTTCCCTGAGCACCTGCTGGTGGATTTCC

   1600     .    :
   1466 TCCAGAGCTTGAGC
        ||||||||||||||
 121671 TCCAGAGCTTGAGC